人类生物学在线 Biological Anthropology online's Archiver

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sahaliyan 发表于 2017-7-14 13:44

A comprehensive map of genetic variation in Han Chinese

[align=left]Charleston W. K. Chiang, Serghei Mangul, Christopher R. Robles, Warren W. Kretzschmar, Na Cai, Kenneth S. Kendler, Sriram Sankararam, Jonathan Flint[/align]

[align=left]doi:
[/align][url=https://doi.org/10.1101/162982]https://doi.org/10.1101/162982[/url]

[align=left]Abstract[/align]

[align=left]As are most non-European populations around the globe, the Han Chinese are relatively understudied in population and medical genetics studies. From
[/align][b]low-coverage whole-genome sequencing of 11,670 Han Chinese women[/b][align=left]
we present a catalog of 25,057,223 variants, including 548,401 novel variants that are seen at least 10 times in our dataset. Individuals from our study come from
[/align][b]19 out of 22 provinces across China[/b][align=left], allowing us to study population structure, genetic ancestry, and local adaptation in Han Chinese.
[/align][b]We identify previously unrecognized population structure along the East-West axis of China and report unique signals of admixture across geographical space, such as European influences among the Northwestern provinces of China[/b][align=left]. Finally, we identified a number of highly differentiated loci, indicative of local adaptation in the Han Chinese. In particular, we detected extreme differentiation among the Han Chinese at MTHFR, ADH7, and FADS loci, suggesting that these loci may not be specifically selected in Tibetan and Inuit populations as previously suggested. On the other hand, we find that
[/align][b]Neandertal ancestry does not vary significantly across the provinces[/b][align=left], consistent with admixture prior to the dispersal of modern Han Chinese. Furthermore,
[/align][b]contrary to a previous report, Neandertal ancestry does not explain a significant amount of heritability in depression[/b][align=left]. Our findings provide the largest genetic data set so far made available for Han Chinese and provide insights into the history and population structure of the world's largest ethnic group.[/align]


[align=left][url=http://www.biorxiv.org/content/early/2017/07/13/162982]http://www.biorxiv.org/content/early/2017/07/13/162982[/url][/align]

Yungsiyebu 发表于 2017-7-14 15:05

1.7x全基因组数据的族源分析。

hercules 发表于 2017-7-14 15:10

北方人高度单一,甘肃陕西有西方血统,辽宁山东有东北亚血统。

imvivi001 发表于 2017-7-14 23:58

一转眼,当年的青葱少年Sankararam已经开始做指导老师了,岁月如梭啊,呵呵
不过感觉这个预览版的描述有点杂乱,除了显示出Sankararam最拿手的建模水平,并没有说明白汉族的群体遗传学问题,倒像是一篇说得过去的哈佛医学院博士答辩论文而已。
人类的思辨往往是这样,面对一大堆通过各种新炫手段得来的数据,即便是第一接触人,并不一定能够明白其中的真正有价值的寓意~

imvivi001 发表于 2017-7-15 10:12

无论如何,都不失为全面揭开汉族群体遗传真实情况的一个不错的序幕~

imvivi001 发表于 2017-7-15 10:34

原文中:We did, however, identify nine CONVERGE individuals, primarily from
the Northeastern provinces, exhibiting affinity for 1000 Genomes JPT population in PCA analysis of merged CONVERGE and 1000 Genome East Asian dataset (Data not shown).
These 9 outliers are not otherwise obvious in PCA with CONVERGE alone, but when grouped we find in them evidence for admixture between Japanese
and primarily Northern Chinese [TABLE S4], consistent with [b]possibly recent
admixture from Japan.[/b]
[b]-------------------------------------------------------------[/b]

    会不会与当年日本遗孤有关?
(附维基词条介绍)
1950年,日本政府对中国东北的滞留者统计是26492人,直至1958年还有22187人。1959年日本政府公布《关于未归还者的特别措施法》(未帰還者に関する特別措置法施行令),将在中国没有任何消息的未归还者宣告为战时死亡,对家人发放三万日圆吊慰金,并取消其户籍。
日本厚生劳动省在1985年3月制定了一套针对遗华日侨的“身份担保人制度”,规定遗华日侨必须征得其日本亲族的同意才可以在日本居留。然而由于各种原因,许多人均拒绝做“身份担保人”。1989年,日本国会通过《入境管理及难民认定法》,限制遗华日侨归国时只有与日本人有血缘关系的嫡子才能够一同取得国籍,而那些被收养的遗华日侨的养子、继子则被排除在外。由于有十位不符合规定的日本残留妇女在回国后被扣留在日本机场,引起了日本国内民众的注意和不满。迫于国内压力,1995年日本政府实施了《中国残留邦人援助法》,国家将承担遗华日侨的回国事务。据日本厚生劳动省提供的资料,从昭和47年至平成7年(1972~1995年),赴日定居的残留孤儿有2171人,携带配偶和子女人数达7801人。

MNOPS 发表于 2017-7-15 11:53

这是那篇文章里的PCA图表,我觉得比较符合我观察到的南相北相
[img]http://i.imgur.com/ZKn8GBd.jpg[/img]

imvivi001 发表于 2017-7-15 12:39

这一组数据还是非常具有价值的:

[table=98%][tr][td=1,1,37]Chr[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]Start (Mb)[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]Stop (Mb)[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]Locus Size[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]Lead SNP[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]P--‐value[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]Previously reported?[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]Notable Genes[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]Notable Phenotype[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][/tr][tr][td=1,1,37]

[/td][td=1,1,77]

[/td][td=1,1,74]

[/td][td=1,1,101](Mb)[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]

[/td][td=1,1,88]

[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]

[/td][td=1,1,134]Associations[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][/tr][tr][td=1,1,37]

[/td][td=1,1,77]

[/td][td=1,1,74]

[/td][td=1,1,101]

[/td][td=1,1,108]

[/td][td=1,1,88]

[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]C1orf167, MTHFR,[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]Homocysteine[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]1[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]11.84[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]12.00[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.161[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]1:11856378[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]4.45E--‐11[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]CLCN6[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]levels[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]1[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]207.66[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]207.80[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.143[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]1:207694357[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]2.07E--‐08[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]CR1[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]3[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]75.59[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]75.76[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.163[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]3:75632610[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]9.59E--‐12[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]

[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]3[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]162.37[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]163.25[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.881[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]3:162732731[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]1.41E--‐14[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]

[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]6[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]29.72[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]30.47[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.747[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]6:29878687[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]5.26E--‐13[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]MHC, Liu et al.*, Suo et al.*[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]MHC region[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]6[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]31.31[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]31.35[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.04[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]6:31313972[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]1.53E--‐10[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]MHC, Liu et al.*, Suo et al.*[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]MHC region[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37][font=Calibri][size=11.0000pt]6[/size][/font][font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]32.68[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]32.68[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.001[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]6:32682207[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]1.16E--‐08[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]MHC, Liu et al.*, Suo et al.*[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]MHC region[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]

[/td][td=1,1,77]

[/td][td=1,1,74]

[/td][td=1,1,101]

[/td][td=1,1,108]

[/td][td=1,1,88]

[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]MYRF, TMEM258,[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]

[/td][td=1,1,77]

[/td][td=1,1,74]

[/td][td=1,1,101]

[/td][td=1,1,108]

[/td][td=1,1,88]

[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]FEN1, FADS1, FADS2,[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]11[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]61.52[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]61.69[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.176[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]11:61579463[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]7.80E--‐14[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]Suo et al.*[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]FADS3, RAB3IL1[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]13[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]99.60[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]99.77[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.17[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]13:99759875[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]2.02E--‐11[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]Suo et al.*[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]DOCK9, DOCK9--‐AS2[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]14[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]105.91[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]106.38[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.479[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]14:106134635[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]9.34E--‐32[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]IGH cluster[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]

[/td][td=1,1,77]

[/td][td=1,1,74]

[/td][td=1,1,101]

[/td][td=1,1,108]

[/td][td=1,1,88]

[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]PWRN2, PWRN3,[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]15[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]24.34[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]24.97[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.639[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]15:24341809[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]1.26E--‐22[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]PWRN1, NPAP1[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]


[/td][/tr][tr][td=1,1,37]19[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]54.74[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]54.80[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.057[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]19:54800371[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]2.80E--‐26[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]Hirayasu et al.[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,157]LILRB5, LILRB2, LILRA3[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,134]

[/td][/tr][tr][td=1,1,37]20[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,77]0.77[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,74]0.78[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,101]0.011[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,108]20:773680[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,88]1.09E--‐08[font=Calibri][size=11.0000pt][/size][/font]
[/td][td=1,1,192]

[/td][td=1,1,157]

[/td][td=1,1,134]
[/td][/tr][/table]

imvivi001 发表于 2017-7-15 12:42

其实我本人一直很关心与东亚人密切相关的豆腐related selective variant or variants~

imvivi001 发表于 2017-7-15 13:13

这是李辉教授若干年前提供的一份欧亚人群的variant频度数据一览表(原文一时找不到了,那位坛友如有,欢迎贴上来)


Table S1. Allele Frequencies of 68 AIMs of the Eurasian Populations(part1)[table][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]Gene[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]RS#[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]丹麦[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]匈牙利[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]芬兰[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]俄罗斯[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]阿迪盖[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]阿系犹太[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]撒玛利亚人[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]哈扎拉[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]汉特[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]WARS2[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs963171[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]WARS2 C_8013966[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.167[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.182[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.206[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.271[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.269[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.095[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.012[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.346[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.439[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]SFRS4[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs1994859[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]SFRS4 C_2558108[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.167[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.218[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.343[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.292[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.25[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.241[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.5[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.464[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.75[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]NECAP2[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs279025[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]NECAP2 C_8861049[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.206[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.331[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.333[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.365[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.222[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.278[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.138[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.412[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.52[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]IGSF4B,FY,hCG39431,hCG39425[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs12075[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]IGSF4B C_2493442[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.353[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.409[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.443[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.406[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.557[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.394[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.61[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][b][font=Verdana][size=8pt]0.769[/size][/font][/b][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.51[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]TMEM9[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs1404402[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]TMEM9 C_1942792[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.28[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.287[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.343[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.255[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.25[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.266[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][b][font=Verdana][size=8pt]0.638[/size][/font][/b][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][b][font=Verdana][size=8pt]0.115[/size][/font][/b][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.53[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,185][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]ANON01[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,65][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]rs2065160[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,145][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]ANON01 C_1648531[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,43][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.147[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,67][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.14[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,41][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.157[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,51][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.094[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,46][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.148[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,59][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.106[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,56][align=center][align=center][b][font=Verdana][size=8pt]0.012[/size][/font][/b][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,47][align=center][align=center][font=Verdana][size=8pt]0.344[/size][/font][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][td=1,1,60][align=center][align=center][b][font=Verdana][size=8pt]0.5[/size][/font][/b][font=Verdana][size=8pt][/size][/font][/align][/align][/td][/tr][/table]

litis 发表于 2017-7-15 22:06

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-15 22:07 编辑 [/i]

谢谢楼主的信息。这篇文章数据量很大,说服性很强,难得的。如果能做的更加精细就好了。 唯一不太好的就是采样,上海汉族同时接近广东汉族和甘肃汉族的结果很明显是移民影响。广东汉族也有好几个相对的“团”,对应从广府到潮汕到湖南甚至湖北。。很显然可能是把深圳居民算进去了。。浙江也有一点散而不聚。。

其他晚近移民较少的省都非常有价值,文章甚至还分出了汉族的东西轴,甘肃四川广东广西有西的极大值,江浙汉族有东的极大值,与经度对应非常好[local]2[/local]。这是以前文章做不到的精细度。
如果能规范一下采样,把上海广东浙江三省的新移民剔除,并且图片再清晰一点,就更有说服力了。

litis 发表于 2017-7-15 22:25

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-15 22:35 编辑 [/i]

数据比以前看到的“符合想象”的多了。

排除开上面三个新移民干扰的地方,其他地方都不错。陕西比以前正常多了,和江苏非常明显分离开。陕南也能清晰看到相应的落入川北范围的个体。江西几乎处于南方各省聚类的中心,众星拱月,与江西长期作为南方汉族移民输出地的历史相符合。四川汉族以前在新加坡的文章中样本太少而且严重非线性分布也得到了一定解释。川北的确独占了一块PCA的区域(因为偏西所以全国没有其他样本和他们重合),南北程度应该和同纬度的苏南浙北汉族接近。另一块和粤北汉族聚在一起,显示出“湖广填四川”移民中的客家移民后裔(不过可能因为在成都靠近客语区而取了过大比重的样本)。还有一些重合湖南汉族的个体显示出湖南移民的影响。还有两个混入甘肃汉族的个体,我的个人猜测不是新移民就是九寨或者青川平武的部分本地汉族(不过那些地方人口很少)。
陕西也回归到正常了,陕南人也很清晰显示出来,大致落在川北汉族的区间。陕北也有表现,最北边的都是sw山西和几个sx陕北汉族。陕西和四川大概是省内不同地域汉族差异最大的省,四川大概在苏中-粤北范围内都有分布,陕西汉族分布区域大概是晋北和浙江都有分布。不过四川汉族文化因为新移民重塑而格外统一,陕西因为不同的地理区域和移民历史而三块地区迥异。

imvivi001 发表于 2017-7-15 23:03

匆忙之中漏了很重要的另一张表格:

[table][tr][td=1,1,38][align=center][align=center]Chr[/align][/align][/td][td=1,1,78][align=center][align=center]Start (Mb)[/align][/align][/td][td=1,1,72][align=center][align=center]Stop[/align][/align][/td][td=1,1,71][align=center][align=center]Locus Size (Mb)[/align][/align][/td][td=1,1,102][align=center][align=center]Lead SNP[/align][/align][/td][td=1,1,89][align=center][align=center]P--‐value[/align][/align][/td][td=1,1,112][align=center][align=center]Previously[/align][/align][/td][td=1,1,151][align=center][align=center]Notable Genes[/align][/align][/td][td=1,1,211][align=center][align=center]Notable Phenotype[/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,38][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,78][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,72][align=center][align=center](Mb)[/align][/align][/td][td=1,1,71][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,102][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,89][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,112][align=center][align=center]reported?[/align][/align][/td][td=1,1,151][align=center][align=center]
[/align][/align][/td][td=1,1,211][align=center][align=center]Associations[/align][/align][/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]ALG1L6P, FAM86DP,
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]3
[/td][td=1,1,78]75.45
[/td][td=1,1,72]75.95
[/td][td=1,1,71]0.504
[/td][td=1,1,102]3:75599989
[/td][td=1,1,89]3.11E--‐32
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]ENPP7P2, ZNF717
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]3
[/td][td=1,1,78]162.12
[/td][td=1,1,72]163.26
[/td][td=1,1,71]1.139
[/td][td=1,1,102]3:162446617
[/td][td=1,1,89]2.45E--‐40
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]4
[/td][td=1,1,78]9.77
[/td][td=1,1,72]10.42
[/td][td=1,1,71]0.651
[/td][td=1,1,102]4:10065873
[/td][td=1,1,89]3.33E--‐12
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]SLC2A9, WDR1
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]Suo et al.*,
[/td][td=1,1,151]ADH7
[/td][td=1,1,211]Upper aerodigestive tract
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]Grossman et al.*,
[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]cancer
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]4
[/td][td=1,1,78]100.32
[/td][td=1,1,72]100.45
[/td][td=1,1,71]0.125
[/td][td=1,1,102]4:100332865
[/td][td=1,1,89]2.37E--‐08
[/td][td=1,1,112]Higasa et al.*,
[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]5
[/td][td=1,1,78]144.22
[/td][td=1,1,72]144.29
[/td][td=1,1,71]0.068
[/td][td=1,1,102]5:144244236
[/td][td=1,1,89]2.15E--‐08
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]6
[/td][td=1,1,78]32.50
[/td][td=1,1,72]33.18
[/td][td=1,1,71]0.678
[/td][td=1,1,102]6:32632189
[/td][td=1,1,89]2.66E--‐17
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]HLA region
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]PTPRN2, THAP5P1,
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]7
[/td][td=1,1,78]158.27
[/td][td=1,1,72]158.59
[/td][td=1,1,71]0.322
[/td][td=1,1,102]7:158366586
[/td][td=1,1,89]1.76E--‐12
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]NCAPG2, ESYT2
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]CSMD1
[/td][td=1,1,211]Age of menarche;
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]8
[/td][td=1,1,78]3.16
[/td][td=1,1,72]3.32
[/td][td=1,1,71]0.164
[/td][td=1,1,102]8:3177530
[/td][td=1,1,89]5.96E--‐13
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]schizoprenia
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]9
[/td][td=1,1,78]1.54
[/td][td=1,1,72]1.84
[/td][td=1,1,71]0.299
[/td][td=1,1,102]9:1626977
[/td][td=1,1,89]1.45E--‐15
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38] 12
[/td][td=1,1,78] 40.49
[/td][td=1,1,72] 40.82
[/td][td=1,1,71] 0.328
[/td][td=1,1,102]
[font=Times New Roman][size=14.6667px]12:40586433[/size][/font]
[/td][td=1,1,89]
[size=14.6667px][font=Times New Roman]        [/font][/size]
[font=Times New Roman][size=14.6667px]8.15E--‐09[/size][/font]
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]LRRK2#, SLC2A13#
[/td][td=1,1,211][color=#ff0000][b]Inflammatory bowel disease,[/b][/color]
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211]Parkinson Disease,
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]12
[/td][td=1,1,78]40.49
[/td][td=1,1,72]40.82
[/td][td=1,1,71]0.328
[/td][td=1,1,102]12:40586433
[/td][td=1,1,89]8.15E--‐09
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211][font=Times New Roman][size=14.6667px]Crohn’s [/size][/font]Disease
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]14
[/td][td=1,1,78]106.07
[/td][td=1,1,72]106.16
[/td][td=1,1,71]0.088
[/td][td=1,1,102]14:106092003
[/td][td=1,1,89]7.79E--‐09
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]IGH cluster
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]PWRN2, PWRN3,
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]15
[/td][td=1,1,78]24.35
[/td][td=1,1,72]24.82
[/td][td=1,1,71]0.472
[/td][td=1,1,102]15:24341825
[/td][td=1,1,89]5.48E--‐15
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]PWRN1, NPAP1
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]16
[/td][td=1,1,78]20.55
[/td][td=1,1,72]20.61
[/td][td=1,1,71]0.056
[/td][td=1,1,102]16:20599947
[/td][td=1,1,89]3.01E--‐08
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]ACSM2B
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]NFAT5, NOB1,
[/td][td=1,1,211]Age of menarche
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]WWP2, SNORA62,
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]16
[/td][td=1,1,78]69.54
[/td][td=1,1,72]70.08
[/td][td=1,1,71]0.538
[/td][td=1,1,102]16:70070508
[/td][td=1,1,89]1.62E--‐09
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]CLEC18A, PDXDC2P
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]18
[/td][td=1,1,78]14.68
[/td][td=1,1,72]15.02
[/td][td=1,1,71]0.341
[/td][td=1,1,102]18:14696035
[/td][td=1,1,89]1.90E--‐10
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]ANKRD30B
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]19
[/td][td=1,1,78]54.74
[/td][td=1,1,72]54.80
[/td][td=1,1,71]0.057
[/td][td=1,1,102]19:54800371
[/td][td=1,1,89]1.19E--‐14
[/td][td=1,1,112]Hirayasu et al.
[/td][td=1,1,151]LILRB2, LILRA3
[/td][td=1,1,211]

[/td][/tr][tr][td=1,1,38]

[/td][td=1,1,78]

[/td][td=1,1,72]

[/td][td=1,1,71]

[/td][td=1,1,102]

[/td][td=1,1,89]

[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]HORMAD2
[/td][td=1,1,211]
[/td][/tr][tr][td=1,1,38]22
[/td][td=1,1,78]30.45
[/td][td=1,1,72]30.60
[/td][td=1,1,71]0.157
[/td][td=1,1,102]22:30599596
[/td][td=1,1,89]3.41E--‐10
[/td][td=1,1,112]

[/td][td=1,1,151]

[/td][td=1,1,211][font=Times New Roman][size=14.6667px]T1D, i[color=#ff0000][b]nflammatory bowel[/b][/color][/size][/font]
[color=#ff0000][b]disease,[/b][/color]
Crohn’s Disease
[/td][/tr][/table]

  相信大家都会对表中的 inflammatory bowel disease感兴趣,起码我就是这样。当然还有一些人更感兴趣,比如莱希博士~{:8_192:}

imvivi001 发表于 2017-7-16 07:24

[quote]这是李辉教授若干年前提供的一份欧亚人群的variant频度数据一览表(原文一时找不到了,那位坛友如有,欢迎贴上来)


Table S1. Allele Frequencies of 68 AIMs of the Eurasian Populations(part1)GeneRS#
丹 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-15 13:13[/color] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=511244&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.org/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

终于找到了,居然是8年前李辉教授(彼时不知道是不是已经评上教授)与国际知名的分子遗传学学家Kidd教授(国际遗传医学方面著作颇丰,同时也是‘分子人类学出非洲论’的主要倡导者)联手的作品
[url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2790568/]Genetic Landscape of Eurasia and “Admixture” in Uyghurs[/url]

Hui Li, Kelly Cho, Judith R. Kidd, Kenneth K. Kidd
1Department of Genetics, Yale University School of Medicine, New Haven, CT 06520, USA

imvivi001 发表于 2017-7-18 22:49

文中列出两类亚欧大陆的尼人,一类是‘高加索尼人(Mezmaiskaya,   in  purple) ’,这一类在欧洲与汉族之间更接近欧洲人;另一类是‘西伯利亚尼人或阿尔泰尼人 (Altai, dark blue) ’,则明显更接近汉族。  不过作者担心高加索Mezmaiskaya尼人可能因为低覆盖率或受污染而影响准确率。 至于文中提及的克罗地亚尼人 好像与阿尔泰尼人更接近,不明白是怎么回事?

imvivi001 发表于 2017-7-19 06:48

[i=s] 本帖最后由 imvivi001 于 2017-7-19 19:31 编辑 [/i]

从Fst看各省人群的‘亲疏关系’(下图数据为放大1万倍的数据)

[attach]52328[/attach]
.
很明显,广东、福建、重庆与江西的南方色彩非常鲜明,其中以广东为甚,可归为‘华南簇’。如果以湖北定为‘华中’的标杆,湖南则介于华中与华南之间。浙江与湖北差不多,但是江苏相对而言明显偏北,与其他‘六南人群’明显拉开了距离...

imvivi001 发表于 2017-7-19 06:52

[i=s] 本帖最后由 imvivi001 于 2017-7-19 19:33 编辑 [/i]

说明,上表的最顶端各省的中文简称,在右三漏掉了‘赣’,正确排序应该是“...浙、赣、湘、闽、粤”

[b] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=506544&ptid=35324]1#[/url] [i]紫蔻[/i] [/b]

已经改过来了~

无诸王 发表于 2017-7-19 09:03

[i=s] 本帖最后由 无诸王 于 2017-7-19 09:06 编辑 [/i]

[quote]从Fst看各省人群的‘亲疏关系’(下图数据为放大1万倍的数据)

52318
.
很明显,广东、福建、重庆与江西的南方色彩非常鲜明,其中以广东为甚,可归为‘华南簇’。如果以湖北定为‘华中’的标杆,湖南则介于华中 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 06:48[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511629&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
这张fst图感觉比那张pca图更符合我的认知一些,不过那张pca贵在反应了东西差异

imvivi001 发表于 2017-7-19 10:23

[quote]从Fst看各省人群的‘亲疏关系’(下图数据为放大1万倍的数据)

52318
.
…浙江与湖北差不多,但是江苏相对而言明显偏北,与其他‘六南人群’明显拉开了距离.
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 06:48[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511629&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
.
        有一个情况需要说明,本文采样基本来自各省的大城市,内地基本是省会,所以江苏的偏北可能更多反映的是南京的情况~

litis 发表于 2017-7-19 17:57

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-19 18:47 编辑 [/i]

[quote]
.
        有一个情况需要说明,本文采样基本来自各省的大城市,内地基本是省会,所以江苏的偏北可能更多反映的是南京的情况~
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 10:23[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511650&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]江苏如果是南京采样的数据的话,不会太偏北的吧。论坛里的南京朋友不知道怎样,毕竟江苏江北才是大头纬度要高不少。
川渝如果都是成渝主城采样的话,成都看起来和重庆平均几乎没有什么区别。而且成都偏南接近粤北的个体比重庆还更加密集,重庆似乎接近湖南的水平,但是成都采出来也有不少和江苏一样北的个体,方差拉的更大,但是个体不多。我感觉成都接近粤北的那一坨就是成都东南部客家移民影响的因素(成渝之间的地区闽粤移民应该不少),成都接近江苏的个体应该是川北在成都务工的人或者是老成都(看资料记载的话老成都城居民籍贯和郊区有显著区别)。
[attach]52323[/attach]
[attach]52324[/attach]

imvivi001 发表于 2017-7-19 21:53

[quote]
...
我感觉成都接近粤北的那一坨就是成都东南部客家移民影响的因素(成渝之间的地区闽粤移民应该不少),成都接近江苏的个体应该是川北在成都务工的人或者是老成都(看资料记载的话老成都城居民籍贯和郊区有显著区别)
[size=2][color=#999999]litis 发表于 2017-7-19 17:57[/color] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=511718&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.org/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

   可惜找不到取样的具体资料,不然就可以知道这些样品是否来自“成渝之间的地区闽粤移民”。
   你认为老成都居民比较偏北是吗? 为什么呢? 他们的籍贯北方偏多吗?

   成都作为中国历史上最古老的城市(似乎中国一时还找不出同样古老的大城市),期间的历史甚至可谓是最具神奇色彩的,人口的变化也极大,起码现在的成都人,和当年非常辉煌的金沙三星堆人群已经大不相同了,与当年操‘巴蜀方言’人群估计也大不相同了,以至于现代成都居民成分很难一下子说的清,值得深入研究...

litis 发表于 2017-7-19 23:13

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-19 23:57 编辑 [/i]

[quote]

   可惜找不到取样的具体资料,不然就可以知道这些样品是否来自“成渝之间的地区闽粤移民”。
   你认为老成都居民比较偏北是吗? 为什么呢? 他们的籍贯北方偏多吗?

   成都作为中国历史上最古老的城市(似 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 21:53[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511744&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]按照湖广填四川的历史,其实陕甘到四川无疑是最近的,因此最初移民也是西北人居多。以至于当时的记载说成都城中非常凋敝,居民不多,俱为秦人移民。而后而来的移民高潮湖南人是主力,然后土客械斗等各种生存压力导致了很多闽粤客家被迫远走他乡到四川移民。江西籍贯也应该不少。除了川北蜀道沿线的几个市,其他市在后期应该都是南方移民逐渐占了主力以至于形成一些聚族而居的方言岛。
成都依然历史有一点不一样,作为中心城市老成都在移民大潮中远不止湖广和客家移民,除了最初的几个西北人拓荒者,应该还有河南山东江浙一代更远的各种随军或者商业移民(参见《竹枝词》)。另外成都还有满城占据了老成都的中心地带,比如川大不久前去世的赵尔宓院士就是成都满族。另外还有。。。成都因为靠近岷江上游的河谷,有老成都朋友声称家族是战时避难岷江上游(现在的汶川茂县松潘等少数民族地区)后回迁的。。。老成都居民来源就是一坨乱麻,所以应该是比周边客语方言岛和湘语方言岛人群来源要“偏北”一点。
另外就成都方言来说,我觉得很有意思的就是成都方言实际上很接近川北几个大城市的通用口音(比如绵阳,南充,广元)而和郊区的岷江片以及客家话有系统性的差异,成都城区是一个被岷江小片和客家话三面包围的半岛,恰好沿着蜀道从北一直往南突出到成都城为止,口音像是岷江片和川北成渝片的混合。相比起川东成渝片的重庆话,成都话很少有湘语借词,hf也截然分明,nl归派恰好与关中西府方言类似,而西北官话比如“瓜”之类的借词也很多。李伯清是资格的老成都人著名的笑星(地位好比京津的马三立),在四川话吧里也依然有成都人会觉得他的口音是“川北”来的。实际上是新派成都话越来越像周边岷江片了,韵母an的音变成了梅花音甚至e,以至于an带着鼻音的读法会被新派当成是外地人口音。另外岷江片也不好说的,我感觉岷江片大体是明代四川话口音,岷语区土著存留比例应该会大一些。但是实际情况是土著势力过于强大,以至于少数同化多数(就像美国的德裔被同化一样),而且成都以南的岷语区外来人口中闽粤等偏南的人群来源比例较大,所以岷语区也恐怕很难说就比其他地区接近四川土著的血缘。而且就算找到一个明末清初躲过大屠杀土著比例极高的地方测测,也只能测出“第一次湖广填四川”的后裔,因为元明时期四川被屠后就接收了大量湖广移民,据说那一次湖北孝感籍贯的不少,以至于第二次湖广填四川时n多湖南人江西人和土著也攀附孝感的传说(相对来说客家人记忆比较独立)。

litis 发表于 2017-7-19 23:40

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-20 00:02 编辑 [/i]

[quote]

   可惜找不到取样的具体资料,不然就可以知道这些样品是否来自“成渝之间的地区闽粤移民”。
   你认为老成都居民比较偏北是吗? 为什么呢? 他们的籍贯北方偏多吗?

   成都作为中国历史上最古老的城市(似 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 21:53[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511744&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]按照“老成都”网友的回忆,成都客家人分布最早一直分布到老成都城边的东门大桥(实际是东南,因为成都城市轴线为了顺应山水要道形势与真正的南北轴有30度的倾角),也就是现在的春熙路往东走一点,一环内。从成华区的龙潭寺,新都区东部的木兰一直到龙泉都是客家话方言区,大致包围了成都城三分之一的区域吧。另外估计三分之一多一点的区域都是岷江片(温江双流的南部岷江和郫县新繁的北部岷江差别还不小,只是因为他们都有入声所以都被丢进了岷江片;新繁郫县的岷江片音系跟茂县汶川少数民族的四川话类似不过口音有差别就像南北方人讲普通话一样,跟孤悬川北的盐亭西充岷江方言岛也多有类似;双流的似乎更加类似眉山等地的岷江下游地区的南路口音);还有一丁点是成渝片和成都主城区连着。
县志会记在一个地区的移民来源,虽然不太准确,但是清朝的地方志对于川内各地人口籍贯的调查和现在四川人口口相传的“湖北孝感麻城”还是有不小差别的,以前的地方志记载比现在的口口相传的传说要复杂得多,不同地区其实来源区别很大。说明“湖北孝感麻城”认同在清朝后都还在不断蔓延全川,以至于四川不管是常染接近广东人还是北方人的人都可能会说自己祖籍湖北孝感。。。据说湖北孝感每年还有很多四川人回去祭祖。。。文化这东西变得挺快的。

wanhuatong 发表于 2017-7-20 00:03

中国最北的汉族人群是山西人,却不是东北三省人群......当地的少数民族竟然不能明显抬高东北三省汉族的北方程度,而且这个图看上去似乎东北三省的汉族还和山东河北汉聚在一起无法区分。

litis 发表于 2017-7-20 00:08

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-20 00:13 编辑 [/i]

[quote]中国最北的汉族人群是山西人,却不是东北三省人群......当地的少数民族竟然不能明显抬高东北三省汉族的北方程度,而且这个图看上去似乎东北三省的汉族还和山东河北汉聚在一起无法区分。
[size=2][color=#999999]wanhuatong 发表于 2017-7-20 00:03[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511761&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]是的,之前的文章就是山西内蒙甘肃三个省汉族最北。东北那个之前觉得意外,这次看来结果又是一样的,看来是真的,东北汉族似乎一点也不比黄河流域的北方多少。晚近移民有“折中效应”,各省移民愈发混杂,混合后的新民系的极端特点越来越模糊。
山西历史上就是鲜卑人入主中原的大本营之一,这个并不例外。内蒙更好理解,基本是山西汉族的平移还混了蒙古族自然更北方。
甘肃之前的文章显示也偏北,论坛里祖籍就在秦岭脚下的天水朋友数据在北汉中也算偏北了,这篇文章甘肃人则只有中等水平中等水平,我想原因可能是采样,兰州历史跟新疆那些有些像,晚近移民南北交融程度更大。

imvivi001 发表于 2017-7-20 08:38

[quote] ...
另外还有。。。成都因为靠近岷江上游的河谷,有老成都朋友声称家族是战时避难岷江上游(现在的汶川茂县松潘等少数民族地区)后回迁的。。。
...
[size=2][color=#999999]litis 发表于 2017-7-19 23:13[/color] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=511756&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.org/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

我也一直怀疑,当地土著不会彻底消失,应该有不少人当年避难于周边的山区或少数民族之中了~

geoanth 发表于 2017-7-20 12:10

[quote]按照湖广填四川的历史,其实陕甘到四川无疑是最近的,因此最初移民也是西北人居多。以至于当时的记载说成都城中非常凋敝,居民不多,俱为秦人移民。而后而来的移民高潮湖南人是主力,然后土客械斗等各种生存压力导致 ...
[size=2][color=#999999]litis 发表于 2017-7-19 23:13[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511756&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
这个秦人恐怕还是陕西南部的,比如汉中之类,一说话还是西南官话。

litis 发表于 2017-7-20 20:06

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-20 20:31 编辑 [/i]

[quote]
这个秦人恐怕还是陕西南部的,比如汉中之类,一说话还是西南官话。
[size=2][color=#999999]geoanth 发表于 2017-7-20 12:10[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511798&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]陕南的恢复似乎比四川还晚,湖广填四川已经接近末尾了才有各省填陕南的记载.这里的秦人很显然指关中和陇东一代的民系.

imvivi001 发表于 2017-7-20 22:35

[quote]...
县志会记在一个地区的移民来源,虽然不太准确,但是清朝的地方志对于川内各地人口籍贯的调查和现在四川人口口相传的“湖北孝感麻城”还是有不小差别的,以前的地方志记载比现在的口口相传的传说要复杂得多,不同地区其实来源区别很大。说明“湖北孝感麻城”认同在清朝后都还在不断蔓延全川,以至于四川不管是常染接近广东人还是北方人的人都可能会说自己祖籍湖北孝感。。。据说湖北孝感每年还有很多四川人回去祭祖。。。文化这东西变得挺快的
[size=2][color=#999999]litis 发表于 2017-7-19 23:40[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511759&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

赞同,感觉“孝感麻城群体意识”被过度渲染了(起码现在的常染测试结果不支持这一点),类似的还有‘大槐树意识’与‘小云南意识’~

剪径者 发表于 2017-7-21 14:02

安徽人这下又比江苏人北了?

剪径者 发表于 2017-7-21 14:04

[quote]从Fst看各省人群的‘亲疏关系’(下图数据为放大1万倍的数据)

52328
.
很明显,广东、福建、重庆与江西的南方色彩非常鲜明,其中以广东为甚,可归为‘华南簇’。如果以湖北定为‘华中’的标杆,湖南则介于华中 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-7-19 06:48[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511629&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

这个亲疏关系上安徽人最有意思,一方面和北方各省距离都是0或1,几乎没区别,另一方面又和南方诸省距离比其他北方省份小。

剪径者 发表于 2017-7-21 14:08

[quote]陕西也回归到正常了,陕南人也很清晰显示出来,大致落在川北汉族的区间。陕北也有表现,最北边的都是sw山西和几个sx陕北汉族。陕西和四川大概是省内不同地域汉族差异最大的省,四川大概在苏中-粤北范围内都有分布,陕西汉族分布区域大概是晋北和浙江都有分布。不过四川汉族文化因为新移民重塑而格外统一,陕西因为不同的地理区域和移民历史而三块地区迥异。
[size=2][color=#999999]litis 发表于 2017-7-15 22:25[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511290&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
我怎么看在这个图上,河南的南北差距比陕西大,河南最北北过陕西最北,河南最南也南过陕西最南。

lindberg 发表于 2017-7-21 14:11

[b] [url=http://ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511918&ptid=35548]31#[/url] [i]剪径者[/i] [/b]

以往碰到类似情况,一般就以“安徽人更接近与南北人群的共享的祖先群体”来解释。

litis 发表于 2017-7-21 15:08

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-21 19:15 编辑 [/i]

[quote]
我怎么看在这个图上,河南的南北差距比陕西大,河南最北北过陕西最北,河南最南也南过陕西最南。
[size=2][color=#999999]剪径者 发表于 2017-7-21 14:08[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511919&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]看图还是陕西跨度大,最南的陕西人进入重庆北部的范围了,有几个SX在一团聚在那里,不过河南也有晋语人群所以不例外,而且河南只有一个孤例。如果光看一两个极端个体的话,你仔细看有两个SC人落在甘肃人里(同样ZJ还散步全国各省),可能是搬迁来的移民。红点是重庆的采样。

剪径者 发表于 2017-7-21 15:22

[b] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511936&ptid=35548]34#[/url] [i]litis[/i] [/b]
我仔细看了一下我看错了,河南最北比陕西最北要北一点,河南最南则没有陕西最南南。

不过总体上河南和陕西都是内部差距很大,不仅南北差距大,而且东西差距大,其实也不好说谁的差距更大,河南有些点很东南,落在江浙的区域里,还有些点比较西南,落在四川的区域内,陕西有落在西南的点,没有落在东南的点,但陕西有很西北的点,河南有很东北的点,却没有很西北的点。

剪径者 发表于 2017-7-21 16:37

[quote]中国最北的汉族人群是山西人,却不是东北三省人群......当地的少数民族竟然不能明显抬高东北三省汉族的北方程度,而且这个图看上去似乎东北三省的汉族还和山东河北汉聚在一起无法区分。
[size=2][color=#999999]wanhuatong 发表于 2017-7-20 00:03[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511761&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
山西是农业时代开篇的时候受影响最小的地区之一,应该土著狩猎人群的比重很大

Peruvian 发表于 2017-7-21 17:25

[quote]
山西是农业时代开篇的时候受影响最小的地区之一,应该土著狩猎人群的比重很大
[size=2][color=#999999]剪径者 发表于 2017-7-21 16:37[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511971&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
河南最南无非也就是靠近湖北的大别山区 新县 商城这些
陕西最南的是陕南安康一些地方 湖南老湘语移民、广东客家移民都有集中分布
二者完全不在一个梯度

wanhuatong 发表于 2017-7-21 17:45

[quote]
山西是农业时代开篇的时候受影响最小的地区之一,应该土著狩猎人群的比重很大
[size=2][color=#999999]剪径者 发表于 2017-7-21 16:37[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511971&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]东北当地的通古斯土著是非常北的人群,而且还生活着大量的满族人,怎么可能东三省的汉人和华北汉常染差不多呢?也不可能比一部分华北汉还南啊

剪径者 发表于 2017-7-21 18:16

[quote]东北当地的通古斯土著是非常北的人群,而且还生活着大量的满族人,怎么可能东三省的汉人和华北汉常染差不多呢?也不可能比一部分华北汉还南啊
[size=2][color=#999999]wanhuatong 发表于 2017-7-21 17:45[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511984&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
东北人主体来自山东河北等,而山东河北可能本身就比山西偏南,这样就能解释了,满族血统等只是少数。

litis 发表于 2017-7-21 19:22

[i=s] 本帖最后由 litis 于 2017-7-21 19:36 编辑 [/i]

[quote] 34# litis
我仔细看了一下我看错了,河南最北比陕西最北要北一点,河南最南则没有陕西最南南。

不过总体上河南和陕西都是内部差距很大,不仅南北差距大,而且东西差距大,其实也不好说谁的差距更大,河南有些点 ...
[size=2][color=#999999]剪径者 发表于 2017-7-21 15:22[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=511943&ptid=35548][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]要考虑一下很多省份的移民影响。我不知道你们省移民多不多,近年来还有越南新娘等现象。东部地区这个现象应该更多。不过河南确实可以考虑一下南阳和信阳的特殊性。
之前的新加坡文章对广东人探究已经非常细致了,广府,客家,潮汕都有数据。这个数据里的gd肯定包含非常多的移民二代,有大量落在湖南湖北四川乃至更北方的点,很明显是移民影响。 浙江也一样的,分布非常广泛。比如这个图里的四川的点虽然跨度很大,但是从粤北到江苏对应的区间大体是连续且集中分布在西侧显示出本地人的特性,只有两个混入甘肃的个体可能是移民后代。

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