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一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:43

玩弄序列,其乐无穷!——跟浆糊哥一起玩转基因组

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-11-1 21:02 编辑 [/i]

[font=宋体]闲话少说,也得要说。浆糊哥俺混迹本坛许久,惯看风春月秋。今天开个主题,与大家一起学习交流。这里不是夹带私货,灌输填鸭,就像某些人一样。而是强调自己动手,共同参与,利用完全公开的数据,得到完全靠谱的结论。那怕是最新的新手,也可以直接“玩”“转”基因组。
[/font]
补7记:题目改了,计划改成一个周更的帖子。

[font=宋体][size=5][color=Red]第一页:因其冷漠如冰,故须团结热情――中华民族是最没有同情心的民族?![/color][/size](跟浆糊哥一起玩转基因组之[/font]1.1[font=宋体])!
[/font]
[font=宋体][font=宋体][size=5][color=Red]第三页:四秒内解决谁是老子,谁是儿子的问题。[/color][/size](跟浆糊哥一起玩转基因组之[/font]1.2[font=宋体])![/font][/font]

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:44

从哪里入手呢?自然从雇狗开始。搜一下“interesting gene snp”我们看到如下结果:

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:45

任何一条都很有料,我点开第二个就是23andme的那个,对我来说比较亲切,我们全家都在这里测过基因了。

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:47

打开后发现很多东西,浏览一下发现一个SNP。跟同情心还有社会行为有关,有意思。跟进点开那个RS53576的链接。

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:48

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-10-24 08:51 编辑 [/i]

[font=宋体]本来也不懂那个[/font]Oxytocin[font=宋体]是个啥玩意儿,虽然看前有点眼熟。查了一下是催产素,越来越好玩了。有谁去[/font]YY[font=宋体]一下催产素如何令人有同情心?将会很有看头。后面跟了几十篇文献,简单扫了一下,数据像是比较[/font]SOLID. [font=宋体]在[/font]3[font=宋体]号染色某位置,[/font]GG[font=宋体]个体富有同情心,抗压能力强,希望我就是。[/font]AA[font=宋体],[/font]AG[font=宋体]比较冷漠。相信自己肯定是[/font]GG[font=宋体],因为浆糊俺一向温和热情,达观豁达。[/font]

[font=宋体]到这里就结束了么?没有,一切只是刚刚开始。 下一步呢,让我们看一下[/font]1000[font=宋体]基因组的数据:[/font][url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/[/url]

紫蔻 发表于 2017-10-24 08:49

前在就座{:8_215:}

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:51

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-10-25 07:51 编辑 [/i]

[font=宋体]画面太乱,不用多看。只在[/font]SEARCH[font=宋体]框里打上[/font]RS53576[font=宋体],回车。[/font]

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:53

[font=宋体]如箭头所指的一列,就是[/font]RS53576[font=宋体]的数据。[/font]

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:54

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-10-24 09:00 编辑 [/i]

总体上A的allele频率有39%,G有61%,是一个有话可说的好比例。往下看可就出事了。汉族居然是所有民族中G频率最低的,尤其北汉(CHB)只有30%。考虑到这是个隐性基因,只有GG个体才有同情心,这样汉族中只有10%的人有同情心。傣族同胞有好一些,有39%。往下拉看到日本人有34%,看来是大大滴坏(说这话时我忘了汉族数据比日本还低)。选取一些数据做一个柱形图,注意,为了增强效果,把上图中的allele频率改成了基因型频率,当然,我们的说法是跟allele相比,基因型跟表型的关系更密切:

一统浆糊 发表于 2017-10-24 08:55

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-10-24 09:06 编辑 [/i]

图一出,哎呀我滴天啊!汉族之中有同情心的人口比例之低,尽管已经有所准备,还是令人震惊。不由得想起当年追女生时看到一张张冷脸,比绝对0度还要冷的。好处是这不是因为俺昧力不足,基因之中天然如此,受伤的心竟然愈合了。最热情最乐观最有同情心的当然是黑人朋友啦。这也完全符合生活中实际上的遭遇。

好了,我们已经证明了中国人,尤其是汉族,从基因上来看是世界上非常䍇同情心的。仍然到雇狗看一下有没有人提到过这个梗,中文英文都搜一下。太棒了。为保险起见,回到那一大堆文献里再看一下,这个结论有没有大问题,没有。但有一些小问题,也好,日后还可以有话可讲。
起一个题目,就是本文的题目。马克一下:时隹2017年10又23日,一统讳浆糊完成于XX斋。自己的书斋还没有名字,先留白。还有很多别的事,今天就收工了。

一统浆糊 发表于 2017-10-24 09:04

[quote]前在就座{:8_215:}
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-24 08:49[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521346&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
欢迎欢迎

紫蔻 发表于 2017-10-24 09:09

刚才也查了一下,这个和社交能力有关,如果这样的话还是有点靠谱

wanhuatong 发表于 2017-10-24 09:40

[quote]刚才也查了一下,这个和社交能力有关,如果这样的话还是有点靠谱
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-24 09:09[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521353&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]这个可能确实是。

紫蔻 发表于 2017-10-24 09:53

[i=s] 本帖最后由 紫蔻 于 2017-10-24 09:56 编辑 [/i]

[b] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=521358&ptid=37121]13#[/url] [i]wanhuatong[/i] [/b]识别表情的能力是社交能力的基础,一直觉得这个基础能力很可能和人群最初的环境有关,人口密度大气温宜人的地方这个能力应该强一些,而在生存环境恶劣地广人稀的环境中这个能力可能因为用得不多而变异,而且肯定因为变异会获得其它的能力,比如在当地自然环境下更好生存的能力。但是把这个解释为同情心就太牵强了,只是一个识别表情有关的能力。在汉语中同情心有更多其它的含义而非词汇表面的意义。

imvivi001 发表于 2017-10-24 10:19

呵呵,灰常有意思

感觉尼日利亚人的确是比较善于表达呢

tigernets123 发表于 2017-10-24 10:25

[b] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521350&ptid=37121]9#[/url] [i]一统浆糊[/i] [/b]转发一下啊,{:8_207:}

imvivi001 发表于 2017-10-24 12:44

[quote]刚才也查了一下,这个和社交能力有关,如果这样的话还是有点靠谱
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-24 09:09[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521353&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
      好像是有道理的。rs53576A型与孤独症与自闭症存在关联性,如果是显性。应该会带来“冷漠感”,稍微严重一点就会孤独症(孤独症我怀疑在亚欧智人中比较普遍),严重的就会经常性冷漠症(我猜的,呵呵),再严重的可能就是自闭症吧

     不知道性冷淡症是否与此有关…?

一统浆糊 发表于 2017-10-24 12:45

[quote] 9# 一统浆糊 转发一下啊,{:8_207:}
[size=2][color=#999999]tigernets123 发表于 2017-10-24 10:25[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521363&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

随意,防这一招,一般会在文中穿插上自己的名字。{:8_214:}

imvivi001 发表于 2017-10-24 12:51

以前看过一份什么报道,说许多名人都有自闭症症状,比如牛顿,莫扎特,安徒生等。还有人说甚至包括爱因斯坦。不过天才往往都是孤独者,我看未必是病理性的自闭症,呵呵

imvivi001 发表于 2017-10-24 12:53

顺势乱猜一下,rs53576A会不会与智商有一定的关系?{:8_192:}

edcaaa 发表于 2017-10-24 12:58

黑人最高东亚人最低  只看到美国黑人不知道美国白人怎么样

novazxy 发表于 2017-10-24 13:56

[i=s] 本帖最后由 novazxy 于 2017-10-24 14:04 编辑 [/i]

[size=14px][quote]顺势乱猜一下,rs53576A会不会与智商有一定的关系?[/size]{:8_192:}
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-10-24 12:53[/color] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=521383&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.org/images/common/back.gif[/img][/url][/size][size=14px][/quote][/size]
查了一下我是GG,[size=14px]看来和智商无关[/size] {:8_192:}

好像在wegene上的微解读也看到过

紫蔻 发表于 2017-10-24 13:56

[b] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=521385&ptid=37121]21#[/url] [i]edcaaa[/i] [/b]欧洲也大概也是越往北A:G越高:Iberian 31:69;British38:62;Finnish46:54;Toscani31:69

imvivi001 发表于 2017-10-24 17:14

[b] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521397&ptid=37121]23#[/url] [i]紫蔻[/i] [/b]
北欧流行社会主义,南欧流行小农经济,呵呵

wanhuatong 发表于 2017-10-24 19:19

[quote] 21# edcaaa 欧洲也大概也是越往北A:G越高:Iberian 31:69;British38:62;Finnish46:54;Toscani31:69
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-24 13:56[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521397&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]以前看过报道,芬兰的自杀率很高。

一统浆糊 发表于 2017-10-25 09:57

下一步,我们研究一下rs53576两个等位基因哪一个是原始型,那一个是突变型。
要不大家先猜一下?或者有什么思路?

紫蔻 发表于 2017-10-25 10:11

[b] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=521481&ptid=37121]26#[/url] [i]一统浆糊[/i] [/b]好问题!其实我一直没搞清楚,他们怎么知道哪个是原始型哪个是突变型?难道现在都相信“出非洲”了非洲多的型号就是原始型吗?原始到什么地步才能叫做原始型呢?是和动物比吗?然后认为动物更原始?

wanhuatong 发表于 2017-10-25 10:30

[quote] 26# 一统浆糊 好问题!其实我一直没搞清楚,他们怎么知道哪个是原始型哪个是突变型?难道现在都相信“出非洲”了非洲多的型号就是原始型吗?原始到什么地步才能叫做原始型呢?是和动物比吗?然后认为动物更原始?
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-25 10:11[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521483&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]肯定是以常态对应非常态,比如糖尿病基因,正常人很少,糖尿病人较高频,那么糖尿病基因就是突变型,通过统计,自闭症的A多,正常人G多,那么肯定会认为A是突变型,不过这个我感觉还是需要古DNA的印证,石器时期的人口比现在少得多,各个部落之间交流也很有限,可以说上古时期的古人大部分都是孤独的,所以这个也不好说。

一统浆糊 发表于 2017-10-25 12:05

[i=s] 本帖最后由 一统浆糊 于 2017-10-25 12:15 编辑 [/i]

[quote] 26# 一统浆糊 好问题!其实我一直没搞清楚,他们怎么知道哪个是原始型哪个是突变型?难道现在都相信“出非洲”了非洲多的型号就是原始型吗?原始到什么地步才能叫做原始型呢?是和动物比吗?然后认为动物更原始?
[size=2][color=#999999]紫蔻 发表于 2017-10-25 10:11[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521483&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
如果还有别的问题也请提出来。

声明一下,“原始型”这种说法不够专业,但是容易理解,是我发明的,专业的说法是“野生型”。

在某个时间点以前,所有的人(或者说人的祖先)在这个位点上全都是A或者G。这个类型就是野生型。这个时间点,某个人体内发生了突变。这样,人群中就有了两个等位基因型。并且,这个突变型逐渐增长,比例越来越高,形成了我们今天看到的样子。

现在,我们就要想办法找到发生突变之前是哪一个,既野生型。发生突变的时间,也可能搞出来,相对复杂一些,日后可以涉及到。

乃曼 发表于 2017-10-25 13:55

野生型、突变型应该只是相对的,漫长的演化中肯定会有反复。

imvivi001 发表于 2017-10-25 14:03

我现在最新的观点,还真不好说原始型野生型与突变型,有可能A突变的历史与G突变的历史都是非常悠久,至于在族群中的频度可能是动态的,或许与环境选择有关。这个观点是受到今年我对370a的反思得到的(所以我最新的表述已经修正为“亚美大人种的诞生以370a变异的大规模蔓延为标志”。没看付团队最新的原始文件,不知道这个古人有没有370a,我猜还没有)

Manaus 发表于 2017-10-25 15:15

[quote]黑人最高东亚人最低  只看到美国黑人不知道美国白人怎么样
[size=2][color=#999999]edcaaa 发表于 2017-10-24 12:58[/color] [url=http://www.ranhaer.org/redirect.php?goto=findpost&pid=521385&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.org/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]更正:最低的是北亚人

Manaus 发表于 2017-10-25 15:19

中原朝廷和共产主义都要求团结和互助

imvivi001 发表于 2017-10-25 19:06

扯一点题外话,根据本楼的ncibi网站,370aG在非洲各土著民族中几乎完全缺失。但是西南米国非洲裔却有3%(混入的日耳曼系白人血统影响? 当地华人通婚?),而加勒比地区非洲裔与非洲土著一样。东亚民族中。傣族与越南京族均高于日本和族(样本量? 阿伊努血统的影响?),不过隐性allele方面三者频度很接近。
作为北欧族系代表的芬兰人,隐性370aG频度达到11%,可能与乌拉尔人血统有关。另外本坛今年转发的关于瑞典人的最新检测报告中,我记得瑞典人的隐性370aG频度也是蛮高的,具体多少不记得了。
噢对了,七千年前的北欧motala古人中,370aG的频度居然高达50%,而他们的y竟然都是y-I,不知道怎么回事?

imvivi001 发表于 2017-10-25 19:14

修正一下表述: 应该是“杂合性频度”。“隐性频度”表达不是很精准

一统浆糊 发表于 2017-10-26 01:43

[quote]扯一点题外话,根据本楼的ncibi网站,370aG在非洲各土著民族中几乎完全缺失。但是西南米国非洲裔却有3%(混入的日耳曼系白人血统影响? 当地华人通婚?),而加勒比地区非洲裔与非洲土著一样。东亚民族中。傣族与越南 ...
[size=2][color=#999999]imvivi001 发表于 2017-10-25 19:06[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521509&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]

学以致用!很好。
美国黑人混有土著人的血统。加勒比黑人来之前,土著被杀光。日本人看来是被美国兵糟蹋了,在基因上显露无疑。

imvivi001 发表于 2017-10-26 07:13

[quote]

学以致用!很好。
美国黑人混有土著人的血统。加勒比黑人来之前,土著被杀光。日本人看来是被美国兵糟蹋了,在基因上显露无疑。
[size=2][color=#999999]一统浆糊 发表于 2017-10-26 01:43[/color] [url=http://www.ranhaer.com/redirect.php?goto=findpost&pid=521525&ptid=37121][img]http://www.ranhaer.com/images/common/back.gif[/img][/url][/size][/quote]
米国南方非洲裔有土著通婚史,也有华裔通婚史(已经测出一定频度的y-O)

日本人的底层从常染来看是典型的南北二元结构,上面我猜测是阿伊努血统的影响,刚才查了一下,其实更多的是琉球底层的影响(详见Japanese Population Structure, Based on SNP Genotypes from 7003 Individuals Compared to Other Ethnic Groups: Effects on Population-Based Association Studies  [url]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2561928/[/url]),亦进一步印证新移民(弥生系与渡来系)与之前土著‘琉球系’之间的不太均衡的混合同化过程~

aragon 发表于 2017-10-26 12:31

哈哈哈真好玩

紫蔻 发表于 2017-10-27 09:39

[i=s] 本帖最后由 紫蔻 于 2017-10-27 14:04 编辑 [/i]

记得微基因中有一个类似的解读,就查了一下,结果是rs4680,同样是AA\AG表示识别能力低,GG 识别表情能力高,按目前微基因用户统计的结果,A:G为28:72。再到热心楼主提供的那个超级网站上查此基因,结果CHB的A:G为31.5:68.5,考虑到微基因测试的用户南北都有,说明超级网站上给的基因频率统计基本还是靠谱。在东亚这块A:G的频率由低到高为傣(26.9:73.1)、南汉、日本、北汉,基本顺序与rs53576一样吧。这个基因的A:G最低频率在西非Mende in Sierra Leone(23.5:76.5),最高在Finnish in Finland(59:41)。
与本楼所说的不太一致的地方:北汉的A:G是在东亚这块较高,但高的绝对程度相差很远。(虽然位点不同,但其被认为表现出来影响的“能力“基本是相同的吧)
以上是否说明:
1.影响某种能力的基因不止一个,是很复杂的,只拿其中一个说事会以偏概全,得不到真正的接近事实的结果。
2.西非人是不是就是特别黑的那种,他们识别表情的能力高再扩展想一下也是的,如果是我到那里肯定主要识得他们人脸上的牙齿和眼白,对其它的更丰富表情真是一筹莫展了,但是人际交往需要更多的细节识别,因此他们发展出了这个超强能力。所以我觉得这个G是突变型

kl_david_sun 发表于 2017-10-27 13:08

冷漠和没同情心是两回事

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