Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 2755|回复: 0

一种基于主成分分析的混杂人群祖代信息遗传标记选择算法

[复制链接]
发表于 2009-11-8 12:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
中国科学C辑:生命科学 2009, 39(10) 980-985 DOI:     ISSN: 1006-9259 CN: 11-3755/N
一种基于主成分分析的混杂人群祖代信息遗传标记选择算法





① 西安交通大学生命科学与技术学院, 生物医学信息工程教育部重点实验室及分子遗传研究所, 西安 710049; ② 北京交通大学理学院, 生命科学与生物工程研究院, 北京 100044; ③ Departments of Orthopedic Surgery and Basic Medical Science, School of Medicine, University of Missouri-Kansas City, Kansas City, MO 64108, USA


摘要:
鉴定群体的结构可以帮助追溯群体的发展史, 定位疾病的易感基因. 结构相关是一种常用的群体结构鉴定和关联作图方法. 结构相关应用中的一个主要问题是它的统计效力高度依赖于所使用的祖代信息遗传标记. 目前主要的祖代信息遗传标记选择方法大多要求已知研究样本的祖代信息, 但是实际研究中个体的祖代信息大多未知或者难以确定. 为了解决这个问题, 本研究开发了一种新的基于主成分分析的祖代信息遗传标记选择算法. 该方法不需要事先已知研究样本的祖代信息. 模拟研究和真实的遗传数据分析提示, 与传统的随机挑选祖代信息遗传标记的方法相比, 新方法可以显著提高群体结构推断的准确性. 本方法可以容易地应用于全基因组数据, 挑选出富含群体结构信息的遗传标记. 这些遗传标记可被广泛用于鉴定群体的结构和校正关联作图中群体混杂引起的统计偏差.


关键词: 群体结构   主成分分析   祖代信息遗传标记   

发表,阅读
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2020-2-24 01:44 , Processed in 0.106468 second(s), 16 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表