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用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立

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发表于 2011-1-23 18:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立
陈丹1, 2, 张雯2, 朱智东2, 黄银3, 王平4, 周贝贝2, 杨晓楠2, 肖华胜2, 张庆华1,2

1. 上海交通大学医学院附属瑞金医院, 医学基因组学国家重点实验室, 上海 200025;
2. 生物芯片上海国家工程研究中心, 上海 201203;
3. 国家人类基因组南方研究中心, 上海 201203;
4. 上海交通大学医学院基础医学院病理教研室, 上海 200025


文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法, 并结合第二代测序技术, 以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台, 对1 250个基因的11 824个外显子共2 414 977 bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计, 并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA, 超声打断后末端补平并磷酸化, 连接SOLiD接头, 回收150bp~200bp的DNA片段, 与靶序列探针杂交捕获目标序列, 油包水微乳滴PCR扩增后, 磁珠分离富集, 上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价, 或正式测序反应。结果显示对所包含的11 147个基因外显子片段设计出并合成了46 509个捕捉探针, 制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段, 定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%, 覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行, 可直接用于SOLiD测序仪的测序。

关键词: 靶序列捕获   第二代测序   液相杂交   油包水PCR

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