F444支系SNP树及细分型的单倍群Y-STR特征匹配专贴

风虎云龙

结合复旦、1000genomes、HGDP、SGDP、KPGP、FT、yfull等资料，获得F444树形如下，供爱好者参考。
另附千人组及HGDP样本的23Y-STR资料于后。

风虎云龙

扶楼贴，Oβ1a2a1b-F3530的中心型及已发表数据的匹配。

风虎云龙

2

yayul

2# sahaliyan The phylogenetic tree of F2887 samples in 1K genome, HGDP-CEPH,Fudan.

Nasos

贝塔3下很多是缺资料，你和大力那支可能包含不少人
另外NASOS和哈萨克乃蛮，山东杨氏等属于贝塔3下另外一支
sahaliyan 发表于 2014-5-1 17:00

F2887下面这么多*

占了贝塔3的2/3

只能是研究还不深入的结果......

看好这一支，貌似最喜欢流窜

Nasos

记得俺跟鹤山那个谁

STR差的相当大

都看不出属于一个SNP了

只能说分离很久了

所以F2887，至少在五个农民出现之后不久就诞生了

Nasos

2# sahaliyan The phylogenetic tree of F2887 samples in 1K genome, HGDP-CEPH,Fudan.

37524
yayul 发表于 2014-5-2 10:29

看来虎子那个表问题不少.........

风虎云龙

看来虎子那个表问题不少.........
Nasos 发表于 2014-5-2 11:00

表里面标示为*，其实是只是测了当位位点，并没有测当位以下的位点，因此有些支系*的人数多，但未必是不能归类的那种*，而是还没有实测下游的SNP进行确认。

比如连云港刘氏那例，被归为Oβ3*，从STR及姓氏籍贯推断他应该是下游的F4249+，只不是过他现在只测了F2887+，F4249位点在确认中，所以只能把他放在Oβ3*中。

风虎云龙

贝塔3下很多是缺资料，你和大力那支可能包含不少人
另外NASOS和哈萨克乃蛮，山东杨氏等属于贝塔3下另外一支
sahaliyan 发表于 2014-5-1 17:00

感谢大力失败的全测中贡献出F4249位点的信息，要不然我等还得泯然众Oβ3*矣。

F4249可能算是Oβ3下相对年轻的支系，上游的CTS558年龄估算在3800年左右，那么F4249应该更为晚近，对比了下数据（图一），发现F4249+的样本还是有些特色的，最重要的几个点是437=14 （特色点，突变率较低，而且在F444中大多数是15）& 448=19 & 635=19（635=19可能是极大多数Oβ3的特点）。


不过也有朋友推测，奈曼簇也可能是F4249+，蒙古的HGDP01228样本STR与奈曼簇也相对接近（图二），不过我觉得图三这些样本才算是和奈曼簇真正比较相似的，或者是特征性较强的。


当然都是推测，希望能早日看到奈曼F444簇的归属，Nasos老兄，点射个F4249看看呗！

Nasos

要钱木有......

不过那几个点当初是注意到了

因为跟奈曼的差距相对很小，有差异的主要是高变点

所以推算分开在1500年左右，最多不超过2000年太多

现在同属一个SNP，看来猜对了

风虎云龙

要钱木有......

不过那几个点当初是注意到了

因为跟奈曼的差距相对很小，有差异的主要是高变点

所以推算分开在1500年左右，最多不超过2000年太多

现在同属一个SNP，看来猜对了
Nasos 发表于 2014-5-2 22:35

测个F4249也就是一包烟钱，还要钱没有·········

Nasos

俺现在对任何点射都木有性趣

只对跟奈曼和李唐遗骸的比对有感觉的说

Nasos

关键F4249测出来也木有啥呀

要是一包烟钱，跟多面体打个招呼直接测了，支付宝划账

不过再采血一次........上次疼死俺了，这辈子还没献过血呢...........

风虎云龙

关键F4249测出来也木有啥呀

要是一包烟钱，跟多面体打个招呼直接测了，支付宝划账

不过再采血一次........上次疼死俺了，这辈子还没献过血呢...........
Nasos 发表于 2014-5-2 23:00

有一种取样方式叫口腔拭子···········

风虎云龙

感谢yayul提供的数据，F444树有了更多更新，可以分为33个不同支系了，有些位点没被命名，暂且编号并提供物理位置信息于表上。

风虎云龙

最细化的F4249支系按照FT最新的排序命名应该叫O1a1b2a1a1b2a1a-F4249，如果按照复旦的命名顺序应该叫O2a2b1b1a1c1b2a1a-F4249。

风虎云龙

HGDP中F444样本很有意思，有点剑走偏锋的感觉，12个样本中涉及国内的土、畲、拉祜、赫哲、土家、蒙古、锡伯、维吾尔等8个少数民族，却没有一个汉族的样本-----》属于小概率事件，然后国外的样本中竟然能抽到巴基斯坦的Burusho人F444，又是小概率事件，然后在三个土族样本中，细分下来其中竟然有一例F444样本（HGDP01347）是属于久闻其名，不见其状的Oβ5样本。总之，算是比较神奇的一次F444样本大汇合。看了看这个Oβ5的Y-STR,在渭南汉族中有不少的较近样本，牡丹江也有一些。448值偏高不知道是不是Oβ5的一大特色。

Nasos

感觉那几个渭南汉族，其中的大部分，若干代之前，有可能属于同一个大家族？

两个牡丹江汉族可能也是

风虎云龙

感觉那几个渭南汉族，其中的大部分，若干代之前，有可能属于同一个大家族？

两个牡丹江汉族可能也是
Nasos 发表于 2014-5-6 02:16

渭南的这几个疑似贝塔五样本确实可能是当地一个较大的大家族，比例接近有该样本的百分之一。

同看这些匹配，贝塔五可能整体人数不多，但分布或许也是相当的广泛，从西北的土族，到东北的朝鲜族、汉族，再到关中渭南的汉族、西南的土家族，甚至在东南的浙江和台湾的阿美族都有一定比例。

推测这些样本的共祖时间可能并不遥远，极有可能是在历史时期内，这东西南北、天涯海角的分布状况，究竟是什么样的历史情形造就的，总让人无尽的好奇。

Nasos

渭南的这几个疑似贝塔五样本确实可能是当地一个较大的大家族，比例接近有该样本的百分之一。

同看这些匹配，贝塔五可能整体人数不多，但分布或许也是相当的广泛，从西北的土族，到东北的朝鲜族、汉族，再到关中 ...
风虎云龙 发表于 2014-5-6 19:07

呵呵，F444中的相当部分，跟Q1一样，在历史时期，貌似喜欢到处流窜啊

可能跟早期农牧兼营的经济形态，以及地处兵荒马乱之地关系较大

风虎云龙

匹配数据的时候发现一个F444的STR簇，人数不少，中心型STR组合特征为：
15 12 17 23 10 12 12 14 10 12 19 16 18 19 12 12 17


已知的几个F4249的样本，都是在这个中心型三步以内的匹配（表里绝大多数搜集的是其3步以内的匹配样本），这个中心型极有可能是F4249支系的STR特征型。

数据涵盖了俄罗斯卡尔梅克首府埃利斯塔的杜尔伯特与和硕特样本（约占卡尔梅克样本的2.8%的比例）；蒙古国中部和西北部的喀尔喀样本；朝鲜首尔和忠清道的韩人样本；菲律宾人样本；国内的甘肃回族、辽宁回族、辽宁满族、辽宁锡伯族、重庆酉阳土家族样本；汉族的云南宣威、台湾外省人、江苏（徐州、连云港、盐城）、浙江、山东济南、陕西渭南、河南南阳、河北石家庄、辽宁、黑龙江牡丹江等处样本。

风虎云龙

又有一个重大收获，哈萨克奈曼的F46的簇归属有了最终的答案。

     因为第一次下载的千人组的Y数据的版本是20101123版的，数据比较老，coverage较少，今天又下载了更新到20130415的资料，结果在北京NA18543样本中发现了L1360<7589390 REF->ALT (A->C)>这个位点，之前就注意到哈萨克奈曼F46簇的朋友参加WTY的测试时候发现了该位点，当时发现者注释为：Found in a hg O-P201 WTY participant，哈萨克的分子人类学爱好者称之为奈曼专属SNP，还号召更多的奈曼人去测这个点。
     因为当时没有确切的对比数据，所以不清楚这个位点在树上的位置，今天在千人组中发现北京NA18543汉族样本中L1360+，另外在FT项目中的国内一位乔姓朋友（编号229673），测的SNP结果是M134+,M117-,L1360-,这样就可以确定L1360这个位点是在F444的下游了，所以现在确定了是奈曼F46簇的是Oβ3下的KM3028，FO1788支下游的L1360支系。

     结合千人组的数据，更新了F444的SNP系统树状图于首楼。