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楼主: Yungsiyebu

Yfull官方估算:M1706/F46/F11形成年代和最近共祖年代

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发表于 2015-2-16 10:07 | 显示全部楼层
YFULL上估算的F444共祖年代11400年,此后分化为二叉,而F444FORMED的时间为16600年,存在数千年的瓶颈。F46的共祖年代为6100年,FORMED的时间为10700年,也有四千多年的瓶颈,不知道其准确性如何,而且奇怪的是按照该 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-15 22:40

请教一下,哪位能告诉我以下SNP:Oβ2a1——F444+, F46+,F563+,F209+, F273+, F2173+, F3387+,F2172-,在YFULL上对应哪一个?
YFULL的Oβ2.jpg
发表于 2015-2-16 10:18 | 显示全部楼层
貌似F2887的样本多,F563的没有?
 楼主| 发表于 2015-2-16 10:50 | 显示全部楼层
貌似F2887的样本多,F563的没有?
Lemon_tree 发表于 2015-2-16 10:18


等价于F634。

  • O-F634CTS10888 * CTS11492 * CTS9402... 11 SNPs
发表于 2015-2-16 13:30 | 显示全部楼层
以周人形成的历史来看,周人在其大当量爆发期应该已经囊括了多种 Hg,如不出意外,其中包括了alpha, beta, 以及M120下诸支系
发表于 2015-2-16 21:59 | 显示全部楼层
22# 风虎云龙
FTDNA does not have enough big Y data from haplogroup O right now.  It is hard to say what will come out of it.
fjnj 发表于 2015-2-16 02:17
FT项目联系人来信说O系有25个BIG Y测试者,如果靠这25个样本来写O系的paper话,确实少了点。希望在FTDNA有样本的测试者,如果条件允许,尽量在打折季多为O系贡献个BIG Y。
发表于 2015-2-19 18:32 | 显示全部楼层
21# snelheid 苏美尔和古埃及也有相当可能是Q,特别是前一个
PS:麻花藤若是Q那就太有意思了
若真如此,阿空真得大笑三声了
发表于 2015-2-24 19:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2015-2-24 20:00 编辑

YFull上年龄的计算也要写一篇文章,其中尤其是R系的,估计会很华丽。
发表于 2015-2-24 20:06 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2015-2-24 20:12 编辑

YFull树上O系三大簇年龄还在调整。
image.jpg
发表于 2015-2-25 17:20 | 显示全部楼层
真正令人感兴趣的是日韩部分O2b和另一部分O2b,以及日韩各种O2b和湖南等亚洲南方O2b的共祖时间,是否需要推至旧石器时期
发表于 2015-2-25 17:32 | 显示全部楼层
根据当前的YFULL树,Page59和PK4的共祖K18:formed 26600 ybp, TMRCA 21300 ybp,那么如果O2为均衡二叉且一下来就分为M176和K18的话,整个O2b也应该是相当的年代量级

http://www.yfull.com/tree/O2/

K18.png

本来众所周知PK4是非常古老的,起码比M95更古老,而K18只会比PK4更古老。而M176如果是和K18平辈的SNP,那么起码是旧石器时代的事情
发表于 2015-2-25 18:12 | 显示全部楼层
还有CTS201等的年龄问题。这涉及日韩CTS201*(如F4010等)和亚洲南方M159等之间的共祖时间关系
 楼主| 发表于 2015-2-26 20:06 | 显示全部楼层
因为有4.5万年前西伯利亚pr-NOX样本作参考,假设yFull对K-M2335(NO-X)的TMRCA估算合理,即4.11万年前。
然后,根据3个M117+F+M1706+M1532+样本的1KG raw data估算,得到的TMRCA数值如下:
M134+ 1.75万年前【yfull估算为1.68万】;
M1706+ 7,100年前【[size=13.63636302948px]yfull估算为7,900年前】;
M1532+【1个日本及2个华南样本】6,200年前【yfull未更新】;
[size=13.63636302948px]M1532+ CTS9678+【两个华南样本】4,100年前【[size=13.63636302948px]yfull未更新】;
发表于 2015-2-26 20:32 | 显示全部楼层
yBP = years before present (指1950,C14测年法基准年),所以当然需要加65年
发表于 2015-2-26 21:32 | 显示全部楼层
根据当前的YFULL树,Page59和PK4的共祖K18:formed 26600 ybp, TMRCA 21300 ybp,那么如果O2为均衡二叉且一下来就分为M176和K18的话,整个O2b也应该是相当的年代量级

snelheid 发表于 2015-2-25 17:32


《高句丽灭亡后的人口流向考》选段:

  总章二年(669年)夏四月,高宗对高句丽遗民又进行了一次大规模移民。史书对这次移民数量的记载不尽相同,甚至相差甚大。《通典·高句丽》:“移高丽户二万八千三百,配江淮、岭南、山南、京西。”《资治通鉴》卷201载:“敕徙高丽户三万八千二百于江淮之南及山南、京西诸州空旷之地。”《三国史记·高句丽纪十》:“总章二年夏四月,高宗移三万八千三百户于江淮及山南、京西诸州空旷之地。”在这些史书中,《通典》成书最早,也为当朝人所写,记载比较可信,“二万八千三百”的记载当是比较准确的。司马光在撰《资治通鉴》的过程中,也参考了《通典》等书,故“三万八千二百”当为“二万八千二百”之误。高丽史学家金富轼又错上加错,把“三万八千二百”误写成“三万八千三百”了。按“五口之家”计算,推估出这次移往中国内地的高句丽人大约有十四万一千五百人左右。同年,李谨行“破之于发庐河,再战,俘馘万计”[3 J‘卷220脚瑚’。这“万计”是指人口数,并非户数。“馘”意为在战争中割取敌人的左耳,用以记功H儿P1126’。在这里当为杀头之意。这次军事打击对高句丽来说,可以说是致命一击,正如《新唐书·高丽传》所载“平壤痍残不能军”了。那么,这里“万计”的数量范围至少在一万人以上,十万以下,不然不可能使平壤溃不成军。

  高句丽灭亡后,其遗民展开了声势浩大的复国运动。唐高宗为了慰抚他们,仪凤二年(677年)授高句丽末代王高藏为开府仪同三司、辽东都督,封朝鲜王,使其居于安东,“镇本蕃为主”【5】‘卷212P5328,同时把原来散迁于内地州郡之高句丽人遣还原籍。但宝藏王到辽东后,与高句丽复国活动谋通,密谋反叛唐王朝。唐朝于是又将宝藏王流配到邛州,然后“并分徙其人,散向河南、陇右诸州,其贫弱者留在安东城傍”【5】‘卷212P5328。对其遗民再次流配的情况,《新唐书·高丽传》也有记载,云“厮其人于河南、陇右,弱窭者留安东”【3】‘卷220P6198。也就是说,在这次流配中,限于身强力壮者,羸弱者则留居原地了。《唐六典·兵部》记载“秦、成、岷、渭、河、兰六州,有高丽、羌兵”。显然,这六州之高丽兵,是仪凤二年(677年)迁去无疑了。虽然我们无法确知这次遣还和重新遣配的人数,但绝大多数人实际上并没有最终离开唐朝内地,迁入和迁出者大体相当。

  我们对以上的数字做一近似叠加,总数当在三十五万人至五十万人之间。这当中,还包括一些后来被迁回辽东,再次迁移时,因年老羸弱没有迁移的人。如果除去那些“年老羸弱”,其人数可能也在四十万人左右,这个数字占到高句丽当时总人数的十分之一强。


关键在于,

1)朝鲜半岛是否发现过明确为其本土起源的K3等中国特色支系的近旁下游亲属支系

2)中国境内特别是中国南方是否仅存在K3这一个支系。越南和印尼的又属何支系

3)这些支系与其他支系的共祖时间能否推到晚至历史时期直至初唐的总章二年

4)即使解决了这部分,韩半岛F4010等与亚洲南部M159的远亲关系如何解释的问题。因为这些M188-CTS201内部关系是根本性的发育树树形关系的问题,不是唐代内迁的高句丽移民所可以解决的问题

基于以上的理由,即使当前发现的中国长江流域的K3只是M176下的一个二级支,也仍不能排除这些支系与亚洲其他地区的支系的共祖时间更为久远、甚至不排除旧石器中晚期共祖的推测。不清楚其M188是否也如此,如果也是的话,那么就姑且承认以前关于韩人有来自历史时期陈楚地区的文化和基因双重流入成分的猜测是错误的,因为这是需要追溯到旧石器的共祖关系。否则,仅就后一部分而言,还是暂时列作一个悬疑问题吧
发表于 2015-3-2 21:33 | 显示全部楼层
发表于 2015-3-2 21:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2015-3-2 21:45 编辑

里面有计算方法的详细解释,想了解计算年龄方法的可以细细看看
发表于 2015-3-2 21:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2015-3-2 22:03 编辑

几种测序研究的对比,其中的Область маппирования, Mbp为测序的长度,Покрытие, Х раз为覆盖率。
1.png
 楼主| 发表于 2015-3-2 23:51 | 显示全部楼层
暂时不考虑突变率。。。
以X样本为标尺,千人组几个主要支系积累的共享snp数量,有些位点部分样本未读出值,不是非常精确,但估计浮动区间应当不会超出5 snp,未读出值的点不是特别多。
[X-NO]->F238 ~302SNP【注】:仅2个华南样本。
[X-NO]->F11 ~320SNP
[X-NO]->M1706 ~360SNP
[X-NO]->F46 ~327SNP


这样看来,Yfull估算年代的可靠性不及复旦文献的估算,应当是F238>F11>F46>M1706,且F11和F46相差不多。
发表于 2015-3-3 00:04 | 显示全部楼层
我晕,不加下游怎么计算年龄,你这样算的话,千人组中的2个M122+,M324-的样本终端SNP年龄都2万年前了。
发表于 2015-3-3 00:15 | 显示全部楼层
原文下载链接在此
http://rjgg.molgen.org/index.php/RJGGRE/article/view/150/174
风虎云龙 发表于 2015-3-2 21:33

推荐个能打开链接的代理吧,我goagent三个规则都试了进不去。这个倒是应该找个时间研究一下
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