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蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

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东亚线粒体B、F、A的进化路线和途径区域。

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发表于 2015-9-7 15:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
以下括号里时间单位为(千年)
东亚线粒体B系的进化路线:L3撒哈拉以南非洲(71.5)-N南亚(71.2)-R南亚(65.6)-R中东(59.1)-R东亚(54.3)-B东亚(50.7)-B4(44.2)-B2美洲(14.6)
东亚线粒体F系的进化路线:L3撒哈拉以南非洲(71.5)-N南亚(71.2)-R南亚(65.6)-R中东(59.1)-R东亚(54.3)-R9东亚(47.2)-F东亚(43.4)-F1东亚(33.5)
东亚线粒体A系的进化路线:L3撒哈拉以南非洲(71.5)-N南亚(71.2)-N中东(61.9)-N东亚(58.2)-N9东亚(49.1)-A东亚(29.2)
综上,东亚线粒体B系和F系亲缘关系近些都是R东亚(54.3)的后代,东亚线粒体A系与B、F系共祖年代在N南亚(71.2)。就是说B、F系在5.43万年以前共祖母,A与BF在7.12万年前共祖母。
发表于 2015-9-8 14:26 | 显示全部楼层
这样来看,南亚是早期出非洲人类一个至关重要的分化点,这个对云老师的n万年前南亚“找不到智人活动痕迹”理论大大不利吖~
发表于 2015-9-8 17:08 | 显示全部楼层
这样来看,南亚是早期出非洲人类一个至关重要的分化点,这个对云老师的n万年前南亚“找不到智人活动痕迹”理论大大不利吖~
imvivi001 发表于 2015-9-8 14:26

什么证据支持?
 楼主| 发表于 2015-9-12 22:31 | 显示全部楼层
这样来看,南亚是早期出非洲人类一个至关重要的分化点,这个对云老师的n万年前南亚“找不到智人活动痕迹”理论大大不利吖~
imvivi001 发表于 2015-9-8 14:26
南亚是各种早期人类的栖息繁衍地,因为赤道沿线相对生存环境好些食物充足,南亚大部分区域在赤道两侧,在每个冰河期也是各种早期人类回撤和避难场所。
发表于 2015-9-20 13:03 | 显示全部楼层
5# xavierxh
你这是正常符合逻辑的判断,但是云老师不同意~
 楼主| 发表于 2015-9-20 23:11 | 显示全部楼层
什么证据支持?
Yungsiyebu 发表于 2015-9-8 17:08
云老师多参考下人种起源版:从地猿到南猿湖畔种-肯尼亚平脸人-南方古猿-非洲南方古猿-南方古猿源泉种-印尼东部岛屿弗洛里斯人-东非鲁道夫人-匠人-爪哇直立人-海德堡人、泥安德特人、丹尼索瓦人、智人130万年前共祖。
从六百多万年前的地猿到几十万年前的尼人丹人的几百万年之间,现代人祖先的主系和他系、主系和支系、主系和下一级主系一直在竞争和混血,东南亚、南亚至少在爪哇直立人之前就一直在竞争和混血,到了智人的时代也是如此。东亚和欧洲人都有尼人的常染色体基因,此外东亚人额外含丹尼索瓦人常染色体基因接近4%,印尼东部岛屿和更东的南太平洋部分岛屿上的现代人的丹尼索瓦人常染色体基因含量比较高最高达8%。因此,我猜测亚洲人特有的B型血是否和丹尼索瓦人混血有关,或是线粒体M系晚期的都是B型血,线粒体N、R系晚期的都是A型血,线粒体N、R、M早期的都是O型血。这个猜想有待论坛上和世界上的分子人类学专家验证。
发表于 2015-9-21 05:34 | 显示全部楼层
这样来看,南亚是早期出非洲人类一个至关重要的分化点,这个对云老师的n万年前南亚“找不到智人活动痕迹”理论大大不利吖~
imvivi001 发表于 2015-9-8 14:26
冰期海岸线目前在水下,当时智人迁移路线可能沿海。所以...

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 楼主| 发表于 2015-9-21 10:51 | 显示全部楼层
昨晚有一条回复着了很久发出来的,还没看到。希望编辑审核快一点增加论坛的活跃度和人气。建议审核在发表后进行,不合适的发了以后删除。这样论坛群友讨论的反馈就很快。
发表于 2015-9-27 21:19 | 显示全部楼层
6# xavierxh
B才应该是与n、r的人群相关的!A应该与M人群有关!
 楼主| 发表于 2015-9-29 11:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 xavierxh 于 2015-9-29 11:43 编辑
6# xavierxh  
B才应该是与n、r的人群相关的!A应该与M人群有关!
romantic-wk 发表于 2015-9-27 21:19
A和M最近的关联是L3撒哈拉以南非洲(71.5),即A与M最近共祖在7.15万年。你看下本版线粒体综合精华帖上的进化树图例。A东亚(29.2)到A东亚(25.3)再进入美洲进化为A2美洲(14.2)。不知道怎么发图,想把人类线粒体进化路线图贴上来。
 楼主| 发表于 2015-9-29 11:48 | 显示全部楼层
发表于 2017-12-24 13:06 | 显示全部楼层
我之前搞错了,谢谢。都是N系!
发表于 2018-1-5 05:10 | 显示全部楼层
南亚从地理学上来讲必定是避难所呀
发表于 2018-1-9 01:38 | 显示全部楼层
不知道怎么发图,想把人类线粒体进化路线图贴上来。
xavierxh 发表于 2015-9-29 11:28


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 楼主| 发表于 2018-6-3 13:48 | 显示全部楼层
14# cpan0256
mmexport1527903879920.jpg
 楼主| 发表于 2018-6-25 10:39 | 显示全部楼层
1、早先的mtDNA研究的结论是所有现存的现代人类的非洲起源,沿南部沿海路线(中东、西亚、南亚的南部沿线扩张路线)也被用来解释这些非洲拓荒者(母系线粒体L3),这个早前的结论基于线粒体L3(所有的母系欧亚大陆和大多数非洲血统起源)的诞生年龄,即走出非洲的时间定位于6-7万年前。相反的,我们目前的研究提出了一条线粒体L?(L非洲19.2万年前、L1非洲16.6万年前、L5非洲14.9万年前的后代,L3非洲7.16万年前的祖先)穿越中亚的北路线(起源东南亚——穿过西亚——中东——地中海东部黎凡特——非洲路线进行扩张),这条路线与古人类化石记录一致,我们把它(线粒体L?)定在12.5万年前左右(线粒体L、L1、L5的后代或者姐妹在12.5万年前从非洲到达东南亚又从东南亚经西亚中东回到非洲进化成为L3)。为了帮助弥合分子人类生物学研究和化石记录研究对于人类迁徙进化时间之间的差异,在本文中,我们评估的可能性,线粒体DNA基因组群L3的祖先在欧亚大陆进化诞生,并返回非洲进化成为L3谱系在7万年前左右。
2、所有线粒体欧亚(M,N)和非洲(L3)谱系的同一母系祖先时间在7.1 万年前左右。最古老的M和N欧亚分支发现在东南亚而不是非洲附近,正如南部路线假说所预期的那样。Y染色体复合单倍体群的分裂与线粒体DNA L3的年龄非常相似。在非洲的非洲Y染色体单倍型群E由欧亚大陆起源和向非洲迁徙,母体L3和父系E系的频率分布呈正相关。这种相关性没有完全解释地理或民族亲缘关系。这种相关性似乎是由新欧亚传入者(母系L3、父系E)对旧非洲原地父系(?)和母系非洲(?)替代的结果。
3、这些结果与提出非洲迁徙到亚洲的一个模型相一致,这是一条北方路线,12.5万年前L3的祖先——前L3线粒体DNA谱系到达亚洲,随后前L3线粒体进化为L3的基础谱系从东南亚经欧亚大陆回到非洲。大约7万年前全现代人类L?(母系前L3谱系)在非洲之外的M和N系在欧亚大陆继续进化,第二次欧亚大陆现代人类的祖先的全球扩张最有可能起源于6万年前的东南亚。气候条件因素、尼安德特人、丹尼索瓦人和同时期(12.5万年前——19.2万年前)存在的其他直立人,在进化迁徙路线中扮演了重要角色(和智人混血促进人类进化)。此外,基于古DNA和全基因组测序的最新研究也与这一假说相一致。
 楼主| 发表于 2018-6-25 11:16 | 显示全部楼层
本帖最后由 xavierxh 于 2018-11-14 10:26 编辑

BMC Evolutionary Biology(英国《BMC进化生物学》,在SCI影响因子3.4)最新论文


https://bmcevolbiol.biomedcentra ... 6/s12862-018-1211-4

7万年前线粒体单倍群L3返回非洲

Carriers of mitochondrial DNA macrohaplogroup L3 basal lineages migrated back to Africa from Asia around 70,000 years ago

BMC Evolutionary Biology201818:98

Received: 10 August 2017
Accepted: 5 June 2018
Published: 19 June 2018

Abstract

Background

The main unequivocal conclusion after three decades of phylogeographic mtDNA studies is the African origin of all extant modern humans. In addition, a southern coastal route has been argued for to explain the Eurasian colonization of these African pioneers. Based on the age of macrohaplogroup L3, from which all maternal Eurasian and the majority of African lineages originated, the out-of-Africa event has been dated around 60-70 kya. On the opposite side, we have proposed a northern route through Central Asia across the Levant for that expansion and, consistent with the fossil record, we have dated it around 125 kya. To help bridge differences between the molecular and fossil record ages, in this article we assess the possibility that mtDNA macrohaplogroup L3 matured in Eurasia and returned to Africa as basal L3 lineages around 70 kya.

Results

The coalescence ages of all Eurasian (M,N) and African (L3 ) lineages, both around 71 kya, are not significantly different. The oldest M and N Eurasian clades are found in southeastern Asia instead near of Africa as expected by the southern route hypothesis. The split of the Y-chromosome composite DE haplogroup is very similar to the age of mtDNA L3. An Eurasian origin and back migration to Africa has been proposed for the African Y-chromosome haplogroup E. Inside Africa, frequency distributions of maternal L3 and paternal E lineages are positively correlated. This correlation is not fully explained by geographic or ethnic affinities. This correlation rather seems to be the result of a joint and global replacement of the old autochthonous male and female African lineages by the new Eurasian incomers.

Conclusions

These results are congruent with a model proposing an out-of-Africa migration into Asia, following a northern route, of early anatomically modern humans carrying pre-L3 mtDNA lineages around 125 kya, subsequent diversification of pre-L3 into the basal lineages of L3, a return to Africa of Eurasian fully modern humans around 70 kya carrying the basal L3 lineages and the subsequent diversification of Eurasian-remaining L3 lineages into the M and N lineages in the outside-of-Africa context, and a second Eurasian global expansion by 60 kya, most probably, out of southeast Asia. Climatic conditions and the presence of Neanderthals and other hominins might have played significant roles in these human movements. Moreover, recent studies based on ancient DNA and whole-genome sequencing are also compatible with this hypothesis.



Fig. 1   Geographic origin and dispersion of mtDNA L haplogroups: a Sequential expansion of L haplogroups inside Africa and exit of the L3 precursor to Eurasia. b Return to Africa and expansion to Asia of basal L3 lineages with subsequent differentiation in both continents. The geographic ranges of Neanderthals, Denisovans and Erectus are estimates only
 楼主| 发表于 2018-11-14 10:28 | 显示全部楼层

Fig. 1   Geographic origin and dispersion of mtDNA L haplogroups: a Sequential expansion of L haplogroups inside Africa and exit of the L3 precursor to Eurasia. b Return to Africa and expansion to Asia of basal L3 lineages with subsequent differentiation in both continents. The geographic ranges of Neanderthals, Denisovans and Erectus are estimates only
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发表于 2018-11-16 22:56 | 显示全部楼层
我以前说过多次,现有计算年代常假设各个分支突变率相等,实际上这是不对的。这就算出尽管M和N距离L3突变数差不多,算出来的年代却差了一两万年的咄咄怪事。印度与东南亚的M、N家族下的分支,虽然是同一共祖上分下来的,就因为突变少了几个,结果年代判定比东南亚年轻一万年。文章就建立在这种沙子上的。
 楼主| 发表于 2018-11-28 14:55 | 显示全部楼层
尼安德特人与东亚人群之间发生过多次基因交流|自然-生态与演化论文

原创: Nature自然科研  Nature自然科研  昨天

《自然-生态与演化》本周发表了一项针对当今东亚人和欧洲人携带的尼安德特人DNA片段的研究Multiple episodes of interbreeding between Neanderthal and modern humans。这项大规模遗传分析显示,尼安德特人与解剖学意义上的现代人的祖先曾在多个时间点发生过基因交流。

不同古人类和古代现代人类之间的相遇。
Fabrizio Mafessoni
解剖学上的现代人从非洲向外扩散时,曾在欧亚大陆西部遇到尼安德特人。这些遭遇事件在当今非非洲人族群的基因组中留下了印记:该族群约2%的基因组中有尼安德特人成分。考古学家最初假定现代人与尼安德特人只发生过一次基因交流,但分析显示,东亚人携带的尼安德特人基因比例比欧洲人高12-20%,这表明可能发生过多次遭遇。

美国天普大学的Fernando Villanea和Joshua Schraiber运用一个大型现代人基因组数据集,对东亚与欧洲血统个体中源自尼安德特人DNA的图谱进行了不对称性分析。作者随后基于不同的基因交流次数,对解剖学上的现代人基因组中的尼安德特人DNA贡献进行了模拟,并通过机器学习方法,用多种参数对这些复杂模型进行探索。作者认为,对现代人基因组中观察到的源自尼安德特人DNA的图谱的最佳解释是,尼安德特人与东亚和欧洲人群之间发生过不止一次,而是多次基因交流。

在msprime中模拟的五种不同的人口统计模型。
Villanea & Schraiber
作者总结道,现代人与尼安德特人的多次遭遇事件与一种新出现的观点相符,这种新观点认为不同古人类之间曾发生过复杂频繁的交流。
微信图片_20181128145305.jpg
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