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刘氏F813共祖时间分析

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发表于 2016-2-24 16:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 风虎云龙 于 2016-6-2 14:04 编辑

两个刘姓F813的Big Y 的数据出来了,其中454785是广东梅州刘,454786是河南漯河刘(即坛友SNPEC)。

初步对比二人的数据,两人最近共祖于F813,其中漯河刘的私人位点共12个,梅州刘的私人位点共21个(另有1-2两个点暂时不能确定)。这倒是与两个F4249下样本的私人位点数量相似(YF02175徐州刘的私人位点12个,YF03940海州刘的私人位点23个)。

参考Yfull对F4249年龄的计算,F813的年龄估计也是在2000年左右。
F813.png
F316.png

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 楼主| 发表于 2016-2-24 16:42 | 显示全部楼层
另外,从现有的数据分析,F813下似乎也是一个多叉,现有的四个数据(另有YCH14、NA18557),直接从F813下分为四支,无两两更近关系。
发表于 2016-2-24 16:44 | 显示全部楼层
与F813等价的位点有几个?
 楼主| 发表于 2016-2-24 16:48 | 显示全部楼层
与F813等价的位点有几个?
Tocharian_2 发表于 2016-2-24 16:44
F813等价的位点还需要F813-的支系进行区分。现在手里可对比四个样本都是F813+。22754的广东李姓样本是F316+,F813-,他很早就做过Big Y 不过数据没有公布,有认识他的可否联系一下。
发表于 2016-2-24 19:22 | 显示全部楼层
O3 project和China project的管理员都能联系到他吧。
发表于 2016-2-24 21:02 | 显示全部楼层
F813等价的位点还需要F813-的支系进行区分。现在手里可对比四个样本都是F813+。22754的广东李姓样本是F316+,F813-,他很早就做过Big Y 不过数据没有公布,有认识他的可否联系一下。
风虎云龙 发表于 2016-2-24 16:48


就原~4M的测试结果所见,F813似乎没有其他等价位点。

hg19: 6309911 A->G 是可能的选项,因为在其他 F316+, F813-样本上这点恰好没有读值。这个点有可能与F316等价。总之,待定。
 楼主| 发表于 2016-2-24 21:41 | 显示全部楼层
就原~4M的测试结果所见,F813似乎没有其他等价位点。

hg19: 6309911 A->G 是可能的选项,因为在其他 F316+, F813-样本上这点恰好没有读值。这个点有可能与F316等价。总之,待定。
Ryan 发表于 2016-2-24 21:02
16509400 T->C,这个点是两个刘姓的共享点,而NA18557在这个点是No call,不知道是不是F813等价点。还有14995637G->A,8799343T->C,这2个点没有在你上次列出的F316等价位点表中.
发表于 2016-2-24 22:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2016-2-24 22:14 编辑

T16509400C(F7113)除了在YCH19上+以外,其他样本上没有读值。

除了NA18557, 14995637在其他样本上都没有读值。

8799343在YCH19是-。在YCH14上无读值。如果在454785和454786上都是+的话,则应等价于F813.
 楼主| 发表于 2016-2-24 22:17 | 显示全部楼层
14995637可以确定是等价F316了,8799343可能是F813的等价点了。这样F813可能就1-2个等价位点,也就是F813和F316的年龄非常接近。从前面的分析看,F316下直接是个多叉,下面没多久F813下又直接是个多叉,似乎非常吻合“帝簇”的特质
 楼主| 发表于 2016-2-24 22:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2016-2-24 22:29 编辑

刘姓在是存在F316+,F813-的样本的(特质439≠11),当然比F813的总数少得多。曾经估计过F316在汉人中的比例近2%,在刘姓中约8%。在一二百年内连续两次多叉扩张,岂汉刘之一脉乎?
发表于 2016-2-24 22:36 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2016-2-24 22:41 编辑

分析得很有道理。
发表于 2016-2-25 09:38 | 显示全部楼层
9# 风虎云龙 请问版主:海昏侯刘贺的遗骨到底有无希望检测?
发表于 2016-2-25 09:39 | 显示全部楼层
刘姓在是存在F316+,F813-的样本的(特质439≠11),当然比F813的总数少得多。曾经估计过F316在汉人中的比例近2%,在刘姓中约8%。在一二百年内连续两次多叉扩张,岂汉刘之一脉乎?
风虎云龙 发表于 2016-2-24 22:25
Ryan在另一个帖子里提供的48个SNP,也全都是梅州刘和漯河刘两位的共享位点吗?
那48个位点的提供者测过F813吗?
发表于 2016-2-26 07:06 | 显示全部楼层
虽然两位刘兄在F813这个点后各自分化成独立的一支,推算F813的形成时间和最近共祖时间成了关键点。另外,站在科学的角度来看,他们的结果对于我们了解F5这个超级祖先有一定的帮助,因此F5最近共祖的时间也有希望冲过7000年这一关。
发表于 2016-2-26 09:36 | 显示全部楼层
他们的结果对于我们了解F5这个超级祖先有一定的帮助,因此F5最近共祖的时间也有希望冲过7000年这一关
william0509 发表于 2016-2-26 07:06


目前所有样本算出来的扩张年代暂时已经低于7000年。但Yfull选择了一个年龄高于平均值的下游支系代表F5的扩张年龄。去年有段时间Yfull也是这样,用最高值9000年来表示F5的扩张年代。
1.jpg
发表于 2016-2-26 10:02 | 显示全部楼层
F5最近共祖的时间也有希望冲过7000年这一关。
william0509 发表于 2016-2-26 07:06


或可达 7500-7700ybp。但恐怕不能再高了。
发表于 2016-2-26 10:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2016-2-26 10:12 编辑
或可达 7500-7700ybp。但恐怕不能再高了。
Ryan 发表于 2016-2-26 10:02


基于什么突变率? 0.82 x 10^-9? 0.74 x 10^-9?
发表于 2016-2-26 10:16 | 显示全部楼层
一年多的时间,从9000年到7000年,波动区间可为不小,YFULL上的O系估算年龄依据的样本还是太少,造成波动较大,可能随着样本增加,这个波动幅度会越来越小,最终趋近于实际值。
 楼主| 发表于 2016-2-26 10:18 | 显示全部楼层
单从千人组的数据看,F5下一级子分支中SNPs数量最多的还是数CTS1642下的,CTS1642现在没有Big Y 数据提交到Yfull分析,如果以后有这一支的提交分析的话,估计年龄还会相应增加。
发表于 2016-2-26 10:33 | 显示全部楼层
17# Tocharian_2

0.74.
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