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楼主: 风虎云龙

刘氏F813共祖时间分析

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发表于 2016-2-26 10:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2016-2-26 10:41 编辑

] M. Karmin, L. Saag, M. Vicente, M.A.W. Sayres, M. Järve, U.G. Talas, S. Rootsi, A.-M. Ilumäe, R. Mägi, M. Mitt, L. Pagani, T. Puurand, Z. Faltyskova, F. Clemente, A. Cardona, E. Metspalu, H. Sahakyan, B. Yunusbayev, G. Hudjashov, M. DeGiorgio, E.-L. Loogväli, C. Eichstaedt, M. Eelmets, G. Chaubey, K. Tambets, S. Litvinov, M. Mormina, Y. Xue, Q. Ayub, G. Zoraqi, T.S. Korneliussen, F. Akhatova, J. Lachance, S. Tishkoff, K. Momynaliev, F.-X. Ricaut, P. Kusuma, H. Razafindrazaka, D. Pierron, M.P. Cox, G.N.N. Sultana, R. Willerslev, C. Muller, M. Westaway, D. Lambert, V. Skaro, L. Kovačevic′, S. Turdikulova, D. Dalimova, R. Khusainova, N. Trofimova, V. Akhmetova, I. Khidiyatova, D.V. Lichman, J. Isakova, E. Pocheshkhova, Z. Sabitov, N.A. Barashkov, P. Nymadawa, E. Mihailov, J.W.T. Seng, I. Evseeva, A.B. Migliano, S. Abdullah, G. Andriadze, D. Primorac, L. Atramentova, O. Utevska, L. Yepiskoposyan, D. Marjanovic′, A. Kushniarevich, D.M. Behar, C. Gilissen, L. Vissers, J.A. Veltman, E. Balanovska, M. Derenko, B. Malyarchuk, A. Metspalu, S. Fedorova, A. Eriksson, A. Manica, F.L. Mendez, T.M. Karafet, K.R. Veeramah, N. Bradman, M.F. Hammer, L.P. Osipova, O. Balanovsky, E.K. Khusnutdinova, K. Johnsen, M. Remm, M.G. Thomas, C. Tyler-Smith, P.A. Underhill, E. Willerslev, R. Nielsen, M. Metspalu, R. Villems, T. Kivisild, A recent bottleneck of Y chromosome diversity coincides with a global change in culture, Genome Res., 25 (2015) 459-466.

Karmin的论文里,按0.74的突变率算出F5扩张年代7455年。如果按YFull 0.82的突变率,则为6728年。而其计算的样本5个中有4个来自CTS1642

复旦之前的研究没有包含CTS1642样本,用1的突变率算出5400的年代,按0.82的突变率应该为6585年。

因此目前Yfull 6950的年代仍有偏大可能。当然,估年要更接近实际,还需大量样本加入。
 楼主| 发表于 2016-2-26 10:53 | 显示全部楼层
] M. Karmin, L. Saag, M. Vicente, M.A.W. Sayres, M. Järve, U.G. Talas, S. Rootsi, A.-M. Ilumäe, R. Mägi, M. Mitt, L. Pagani, T. Puurand, Z. Faltyskova, F. Clemente, A. Cardona, E. Metsp ...
Tocharian_2 发表于 2016-2-26 10:35
印象里这篇paper错误百出,当时只看了其中M134下的就发现很多错误(比如分支错误、上下游错误)。
发表于 2016-2-26 10:57 | 显示全部楼层
新加的样本再多,不校准所使用的突变率还是不能反映实际情况。
所以海昏侯的遗骸必须测,这是精确校准两千多年区间SNP突变率的准绳,是科研的宝贵资源。
发表于 2016-2-26 11:00 | 显示全部楼层
20# Ryan
Ryan版主能否回答一下我上面的问题:你前面提到的提供了48个F316等价位点的那些样本测过F813这个点吗? 谢谢
发表于 2016-2-26 11:01 | 显示全部楼层
本帖最后由 Tocharian_2 于 2016-2-26 11:28 编辑
印象里这篇paper错误百出,当时只看了其中M134下的就发现很多错误(比如分支错误、上下游错误)。
风虎云龙 发表于 2016-2-26 10:53

当时论坛上讨论时是发现了个别错误。但如果是个别位点错误,而完全否认文章数据;也不太恰当呀。Yfull的分析结果也不是毫无争议的。就我自己的样本讲,Yfull与FGC分析的结果并不完全一样。
我记得好像这些样本的数据是公开的。如果你不认可作者的数据解析,可否重新分析一下呢?
发表于 2016-2-26 11:10 | 显示全部楼层

标题

本帖最后由 Ryan 于 2016-2-26 12:01 编辑
新加的样本再多,不校准所使用的突变率还是不能反映实际情况。
所以海昏侯的遗骸必须测,这是精确校准两千多年区间SNP突变率的准绳,是科研的宝贵资源。
jyxz 发表于 2016-2-26 10:57

不增加现代人或者古人测试样本,如何去校准突变率?另国内古人遗骨测试质量和进度都不太理想,海昏侯遗骨测试的后续进展未知。
发表于 2016-2-26 11:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2016-2-26 12:01 编辑
不增加现代人或者古人测试样本,如何去校准突变率?另国内古人遗骨测试质量和进度都不太理想,海昏侯遗骨测试的后续进展未知。
SNPEC 发表于 2016-2-26 11:10
光是增加现代人的样本,对于突变率的调整没有任何用处,所以必须有已知生活年代的古代的样本做对照才能准确判定哪些snp是在什么时候以前出现的。
 楼主| 发表于 2016-2-26 11:35 | 显示全部楼层
当时论坛上讨论时是发现了个别错误,但也没有到"错误百出",完全不可采用的程度吧。
我记得好像这些样本的数据是公开的。如果你不认可作者的数据解析,可否重新分析一下呢?
Tocharian_2 发表于 2016-2-26 11:01
当时我仅对M134下的数据做了对比,就发现了This study样本中F5下和F46下的就发现很多错误(比如分支错误、上下游错误)。当时fjnj也回应说“It probably is not the only mistake that these authors made.  I heard that there are problems with C tree topology too.  However, the BAM files are public so the tree can be checked using those files.”

所以我说印象里错误百出。


另外我也没有太大兴趣和精力去解析这篇文献中其他分支的错误之处和正确的树形。当然对这些文献存在的错误也非常理解,尤其是超大数量数据分析。做过类似工作的人想必都能理解。
 楼主| 发表于 2016-2-26 11:37 | 显示全部楼层
20# Ryan
Ryan版主能否回答一下我上面的问题:你前面提到的提供了48个F316等价位点的那些样本测过F813这个点吗? 谢谢
jyxz 发表于 2016-2-26 11:00
是通过两个F316+,F813-的样本对比确定的。
 楼主| 发表于 2016-2-26 11:39 | 显示全部楼层
Yfull与FGC分析的结果并不完全一样。

Tocharian_2 发表于 2016-2-26 11:01
能具体说说有哪些不一样吗?因为我也都在两边做了分析,咱们可以讨论一下可能的成因。
发表于 2016-2-26 12:08 | 显示全部楼层
是通过两个F316+,F813-的样本对比确定的。
风虎云龙 发表于 2016-2-26 11:37


是的。两个F316+,F813-的样本。
发表于 2016-2-26 12:10 | 显示全部楼层
新加的样本再多,不校准所使用的突变率还是不能反映实际情况。
所以海昏侯的遗骸必须测,这是精确校准两千多年区间SNP突变率的准绳,是科研的宝贵资源。
jyxz 发表于 2016-2-26 10:57


速率的校正是一个很复杂的事情。只靠一个点也不够。不同时间时代,不同单倍群下的突变速率也可能有轻微差异。短期内恐怕还看到很理想的结果。
发表于 2016-2-26 13:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 jyxz 于 2016-2-26 13:35 编辑
是通过两个F316+,F813-的样本对比确定的。
风虎云龙 发表于 2016-2-26 11:37
谢谢版主的回答。

他们那48个共享点对于SNPEC来说,也全都是+的?
如果真是这样,那就说明这两位F813-的测试者跟SNPEC他们几乎同时分叉成三支了,也就是说以现有的数据没有推导两两之间谁更近的分辨能力了-- 这点又刚好跟F813下4支的分叉模式类似。
这个F316的瓶颈期真够长的,五六千年啊,而且这也是从另一个侧面验证了F316的大规模分叉是在距今2000年左右。

因为没有别的单倍群在这个时间跨度产生了这个规模的人口数,所以也不可能有别的解释了吧?
发表于 2016-2-26 13:37 | 显示全部楼层
是的。两个F316+,F813-的样本。
Ryan 发表于 2016-2-26 12:08

这两个就是复旦以前测过的那两个F813-的样本后来追加了全测吗?不过也奇怪,F316下三个样本中偏偏没有追测F813+的那个?如果真的是这样,这两位复旦的全测者各自的私有SNP又是多少个呢?

复旦这两位全测的覆盖范围跟bigY的一样吗?

新手学习中,问题会比较多,但是这个事情实在太有趣了,希望两位版主不吝赐教。
发表于 2016-2-26 15:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2016-2-26 15:57 编辑

他们那48个共享点对于SNPEC来说,也全都是+的?
---按系统树关系的话,这48个点在SNPEC也应是+。

如果真是这样,那就说明这两位F813-的测试者跟SNPEC他们几乎同时分叉成SNPEC三支了,也就是说以现有的数据没有推导两两之间谁更近的分辨能力了。
--YCH33测试结果不好,不确定是否与其他样本共享位点。

这两个就是复旦以前测过的那两个F813-的样本后来追加了全测吗?不过也奇怪,F316下三个样本中偏偏没有追测F813+的那个?如果真的是这样,这两位复旦的全测者各自的私有SNP又是多少个呢?
---这两个F316+, F813-样本是YCH33和YCH19。只有YCH19有加测。由于没有认真筛选过,所以他的私有位点没有确定。

有机会的话,会尽量加测这一支系的样本。
发表于 2016-2-27 00:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-2-27 00:54 编辑

F5/F11/F46等的TMRCA想拉近到R1b西支的最近共祖年代,我觉得可能性很低。目前可以看到的证据而言,只有F5极为勉强的同汉藏语族建起来若即若离的关联,其它类型,不要说具化到某一个民族,具化到某一个大的语系都没什么希望。东亚各古代人群,虽然绝大多数都融合成为一个现代民族,但其内部的来源复杂性,远远高于随便拉来的任何两个西欧印欧语族。
发表于 2016-2-27 03:37 | 显示全部楼层
α的年龄都这么高了,那我们的γ不要九千多一万岁了?
如果我的数据加入yfull,有可能γ的年龄还会增加一截。
感觉这无法和古代哪一群人对应了
无善 发表于 2016-2-26 22:47

无善兄,我个人数据给出的F5的最近共祖年龄是5966年。我相信F5 6500年的机会依旧有可能。这得看各下游的结果了。 如风虎版主所言,CTS1642的SNP显然是比其他支系为多,只能随着样本量的增加才能确定下来。
http://www.ranhaer.com/thread-32972-2-1.html
 楼主| 发表于 2016-2-27 08:51 | 显示全部楼层
α的年龄都这么高了,那我们的γ不要九千多一万岁了?
如果我的数据加入yfull,有可能γ的年龄还会增加一截。
感觉这无法和古代哪一群人对应了
无善 发表于 2016-2-26 22:47
无论F11年龄有一万年,还是有六千年,生物学的证据已经说明了历史上肯定有他这么个存在。这个存在肯定不会因为年龄超过1万岁,就消失了的。
感觉你的逻辑是“我现在只见过15码-50码的鞋子,今天来了个55码的脚,我就怀疑他算不算个脚。”
 楼主| 发表于 2016-2-27 09:08 | 显示全部楼层
F5/F11/F46等的TMRCA想拉近到R1b西支的最近共祖年代,我觉得可能性很低。目前可以看到的证据而言,只有F5极为勉强的同汉藏语族建起来若即若离的关联,其它类型,不要说具化到某一个民族,具化到某一个大的语系都没什 ...
Yungsiyebu 发表于 2016-2-27 00:48
东亚的地理、人文、族群演化的历史和欧洲为什么一定要相似?为什么一定要让F5/F11/F46等的TMRCA拉近到R1b西支的最近共祖年代?不同地理单元的不同人群所面临的选择压力本身就如天生五指,各有不同。

另外,还是那句话,撇开人口规模,谈汉族和欧洲各族的父系复杂性,本身就有失
偏颇。

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 楼主| 发表于 2016-2-27 09:12 | 显示全部楼层
无善兄,我个人数据给出的F5的最近共祖年龄是5966年。我相信F5 6500年的机会依旧有可能。这得看各下游的结果了。 如风虎版主所言,CTS1642的SNP显然是比其他支系为多,只能随着样本量的增加才能确定下来。
http:/ ...
william0509 发表于 2016-2-27 03:37
你为什么一定想把F5的年龄拉倒6500年呢?还是和小永一个思路?用F5比对M269?亦或是用M269在欧洲的地位来类比F5在东亚的地位?
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