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楼主: 风虎云龙

刘氏F813共祖时间分析

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发表于 2016-2-27 09:56 | 显示全部楼层
我也认为中国人群演化未必能与欧洲相比,拿历史时期来说,欧洲从来就没统一过,而中国则是分-合循环
发表于 2016-2-27 10:11 | 显示全部楼层
是通过两个F316+,F813-的样本对比确定的。
这两个F316+, F813-样本是YCH33和YCH19。只有YCH19有加测。
Ryan 发表于 2016-2-26 15:52


这是自相矛盾的呀。只加测了YCH19,是不可能得出那48个共享点的。所以必定还有别的全测样本加入对比,那另外的这个样本是什么呢?
发表于 2016-2-27 10:16 | 显示全部楼层
我讨论问题的标尺是古代考古文化的对应关系。我们以青铜文化前后作为时间轴比对,汉族内部的遗传多态性,或者说始祖文化人群的来源复杂性,远远高于西欧印欧语族的来源复杂性。这一点,显然,毫无问题。
 楼主| 发表于 2016-2-27 10:23 | 显示全部楼层
我也认为中国人群演化未必能与欧洲相比,拿历史时期来说,欧洲从来就没统一过,而中国则是分-合循环
welson 发表于 2016-2-27 09:56
汉族内部各地父系混合的相对均匀,正是拜中国大一统的历史所赐。
 楼主| 发表于 2016-2-27 10:25 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2016-2-27 10:38 编辑
这是自相矛盾的呀。只加测了YCH19,是不可能得出那48个共享点的。所以必定还有别的全测样本加入对比,那另外的这个样本是什么呢?
jyxz 发表于 2016-2-27 10:11
YCH19是F316+,F813-;NA18557是F316+,F813+,两个样本对比足以确定二者F316的共享点了。
发表于 2016-2-27 10:46 | 显示全部楼层
YCH19是F136+,F813-;NA18557是F136+,F813+,两个样本对比足以确定二者F316的共享点了。
风虎云龙 发表于 2016-2-27 10:25
哦,那另外的这个样本就是NA18557而不是YCH33了,这才说的通。

既然你有NA18557和SNPEC的数据,为何不算一下NA18557的私点数量呢?这对于F316和F813的年龄是非常关键的信息啊。如果你没时间算,能否把原始文件传给我? 我也想学习一下匹配的细节。
发表于 2016-2-27 10:49 | 显示全部楼层
欧洲在史前,完成印欧语族的大迁徙后,很少出现大规模的大陆级别的战争,局部小规模战争不断,但大战较少,人口迁徙流动较低,种系相对稳定,以至于连凯尔特,伊比利亚和亚平宁之间都能找到族群标记。而东亚的情况则完全不同,大一统的大陆级战争不断,几乎每一次都带进来剧烈的种系变迁,这也是为什么汉族父系表现出极其复杂的种系混合特征,而整个东亚地区都不太容易找到一个地域性族群的标记,当然,人口稀少的少数民族除外。

所以,东亚种系变迁史当然与欧洲不同,表现出更为强烈的种系大迁徙和混合。
发表于 2016-2-27 10:52 | 显示全部楼层

标题

本帖最后由 SNPEC 于 2016-2-27 10:57 编辑
哦,那另外的这个样本就是NA18557而不是YCH33了,这才说的通。
既然你有NA18557和SNPEC的数据,为何不算一下NA18557的私点数量呢?这对于F316和F813的年龄是非常关键的信息啊。如果你没时间算,能否把原始文件传给 ...
jyxz 发表于 2016-2-27 10:46

复旦3个F316全序,一个F813+,两个F813-;另一个是千人组数据是F813+;复旦的加测过的F813-样本对比千人组的F813+样本可以得出。
 楼主| 发表于 2016-2-27 11:05 | 显示全部楼层
哦,那另外的这个样本就是NA18557而不是YCH33了,这才说的通。

既然你有NA18557和SNPEC的数据,为何不算一下NA18557的私点数量呢?这对于F316和F813的年龄是非常关键的信息啊。如果你没时间算,能否把原始文件传给 ...
jyxz 发表于 2016-2-27 10:46
千人组的数据在这个链接就可以下载:ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502/
发表于 2016-2-27 12:27 | 显示全部楼层
复旦3个F316全序,一个F813+,两个F813-;另一个是千人组数据是F813+;复旦的加测过的F813-样本对比千人组的F813+样本可以得出。
SNPEC 发表于 2016-2-27 10:52
谢谢。
这我知道  我问的不是这个。
发表于 2016-2-27 12:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 jyxz 于 2016-2-27 12:33 编辑
千人组的数据在这个链接就可以下载:ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/release/20130502/
风虎云龙 发表于 2016-2-27 11:05

谢谢。看来还有些较繁琐的前期工作要做。

从这个链接只能获得一个F316的全序数据,还需要另一个数据。
Ryan或者SNPEC,你们的数据能提供一下吗?
发表于 2016-3-5 17:37 | 显示全部楼层
也感谢风虎兄、Ryan版主的分析和解读,等3、4月份bam文件出来后,需作进一步的校正。
 楼主| 发表于 2016-3-12 11:48 | 显示全部楼层
] M. Karmin, L. Saag, M. Vicente, M.A.W. Sayres, M. Järve, U.G. Talas, S. Rootsi, A.-M. Ilumäe, R. Mägi, M. Mitt, L. Pagani, T. Puurand, Z. Faltyskova, F. Clemente, A. Cardona, E. Metsp ...
Tocharian_2 发表于 2016-2-26 10:35
从对比数据看,CTS1642下SNP数量较多的是Y7080下的支系,缅甸的四例数据正好又都是Y7080-.
CTS1642.png
发表于 2016-3-12 14:44 | 显示全部楼层
55# 风虎云龙 藏族的CTS1642大部分是y7080,这说明CTS1642在云南川西有一个大扩散。
发表于 2016-3-12 22:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-3-12 23:18 编辑
55# 风虎云龙 藏族的CTS1642大部分是y7080,这说明CTS1642在云南川西有一个大扩散。
wolfgang 发表于 2016-3-12 14:44

17str推测,藏族应当是以F438(本贴主题F813上游)和CTS1642为主,有少量F666等,缺失或者少见东亚另一主流F317。
因为东亚CTS1642+较为少见,所以,F438+可能是解析汉藏分离的重要marker,包括本贴讨论的下游F813+。

201KG1NA19062JPTJapanF5 F438 *
21Fudan1胡 luozeeHanHubeiF5 F438 *
221KG1NA18557CHBBeijingF5 F438 F316/CTS1304
23Fudan1TYH 唐 湖南HanHunanF5 F438 F316/CTS1304
24Fudan1SNPEC YCH1226HanHenanF5 F438 F316/CTS1304
25ZHONGZHENG1TWITTER 宋HanLiaoningF5 F438 F316/CTS1304
261KG1NA18622CHBBeijingF5 F438 F1754
27Fudan1严 polyhedronHanBeijingF5 F438 F1754
28Fudan1吴 yingchuan代发Hanchifeng,Inner MongoliaF5 F438 F1754

藏族样本中的疑似F316+F816+样本,比例略多于1%。
F316 F816.png
 楼主| 发表于 2016-6-2 09:02 | 显示全部楼层
两位刘姓F813样本的YFULL分析出来了,共祖时间定在了2318年前,与汉高祖的年龄2272年已经非常吻合了。基本上能确定汉刘与F316的关系了(或许严谨的说至少是汉刘中的主支与F316的关系)。同时也验证了Yfull对全测数据的算法是比较严谨的,对年龄的计算也是相当的准确的。
F316.png

评分

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 楼主| 发表于 2016-6-2 10:12 | 显示全部楼层
经历4000多年的瓶颈,然后在2300年前才爆发出F316簇,这样的话基本排除了F316与姬周的关系。看来姬周另有人选。
发表于 2016-6-2 10:42 | 显示全部楼层
经历4000多年的瓶颈,然后在2300年前才爆发出F316簇,这样的话基本排除了F316与姬周的关系。看来姬周另有人选。
风虎云龙 发表于 2016-6-2 10:12
谁是姬周簇看来又成了谜团了。
 楼主| 发表于 2016-6-2 12:18 | 显示全部楼层
若将F316的人口全部计为汉刘后裔,则有2500万之众,而按照刘姓七千万人口中以F316的8%计算则有500万之众。那么可知汉刘后裔中经历两千年还姓刘的500万,改为他姓的则2000万。时间是把杀猪刀
发表于 2016-6-2 12:46 | 显示全部楼层
如果海昏侯测定为F316,那风虎就太了不起了。
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