Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 24678|回复: 176

311例四川凉山彝族23Y-STR

[复制链接]
发表于 2017-1-17 19:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
Genetic polymorphism investigation of the Chinese Yi minority using PowerPlex® Y23 STR amplification system
AbstractTwenty-three Y-STR loci (DYS576, DYS389I, DYS389 II, DYS448, DYS19, DYS391, DYS481, DYS549, DYS533, DYS438, DYS437, DYS570, DYS635, DYS390, DYS439, DYS392, DYS393, DYS458 DYS456, DYS643, Y-GATA-H4, and DYS385a/b) included in the next-generation PowerPlex® Y23 System were first investigated in 311 unrelated, healthy male individuals from the Yi minority population residing in the Liangshan Yi Autonomous Prefecture, Sichuan, China. A total of 179 alleles and 297 haplotypes were discovered in the Yi group. In total, 285 haplotypes among them were unique, and the remaining 12 haplotypes were observed in two or three individuals. Haplotype discrimination capacity and haplotype diversity were 0.9550 and 0.9989, respectively. Genetic diversity ranged from 0.4550 (DYS437) to 0.9556 (DYS385a/b). Population comparisons between the Yi minority group and 10 Asian meta-populations comprising 58 individual populations were performed. Both multidimensional scaling plots and phylogenetic analyses demonstrated that the genetic structure of the Chinese Yi ethnicity was extremely different compared to Taiwan indigenous inhabitants among 10 Asian meta-populations. Additionally, the genetic structure resemblance of the Yi group was obtained from a geographically close population (Xuanwei Han) or similar language family groups (Thai populations). Besides, our study has demonstrated that the PowerPlex® Y23 System has high polymorphism in a Chinese Yi ethnic population and high discriminatory power for forensic purposes. Population data of the 23 Y-STR obtained from a Yi ethnic population has enriched the Chinese ethnic genetic information.
KeywordsPhylogenetic analysisForensic geneticsYi ethnicityY-STRPowerPlex® Y23 system



http://link.springer.com/article/10.1007/s00414-017-1537-2
发表于 2017-1-17 20:24 | 显示全部楼层
一直缺彝族的大样本量数据。这份数据值得仔细分析一下。相对与其他人群,彝语支人群似乎有比例较高的 O3*-M122(xM134)。彝语支人群本身也是一个庞大的族群,对研究整个汉藏语人群的起源而言是很重要的。
发表于 2017-1-17 20:27 | 显示全部楼层
彝族应该是在夏朝以后就远离华夏人群了
发表于 2017-1-17 23:03 | 显示全部楼层
这篇文章的附件是 word形式,ht031之后的每两个数值单独作为一个对象排列,整个数据转换成 excel几乎是不可能完成的任务。放弃了。

推测了前三十个Y-STR单倍型的可能Y-SNP单倍群归宿:


H001    D1a1a2-F1635
H005    D1a1a1-F738
H009    D1a1a2-F1635
H011    D1a1a1-F738
H025    D1a1a2-F1635
H022    C2a1-F2613/Z1338
H013    F2-M427
H024    N1d2-M1800
H006    O1a1a1-F446
H015    O1b1a1-M95
H021    O1b1a1-M95
H028    O1b1a1a2a-F5506
H016    O1b1a1a1a-M88
H003    O1b1a1b1*-M1368
H026    O1b1a1b1*-M1368
H010    O2a-M324
H002    Oα-F5
H012    Oα-F5
H023    Oα-F5/M1514
H007    Oα1-F5970
H008    Oα1-F5970
H027    Oα1-F5970
H030    Oα1b-F6800
H019    Oα1d1a-CTS1154
H017    Oβ(O2a2b1a2a1)-F46
H004    Oβ1a-F14214
H014    Oβ1a-F14214
H029    Oβ1a-F14214
H020    Oβ1a1a1-F152
H018    Oβ1b1a2-KM3031

评分

1

查看全部评分

发表于 2017-1-17 23:08 | 显示全部楼层
前30个样本,结果和彝族的数据还是很吻合的。就是N少了点,但目测后面的单倍型中N的个数应该挺多。
发表于 2017-1-17 23:36 | 显示全部楼层
本帖最后由 baiyueren 于 2017-1-17 23:59 编辑

彝族从Y和mt看,应该也是混出来的。比如高发mt-A来自华中地区,似乎其祖先历史上还给更西部的藏缅族群输送过A。而M系成分和其它藏缅族群相差无几。
发表于 2017-1-17 23:42 | 显示全部楼层
y-F2比想象中的少很多,不知道有没有区分黑彝还是白彝?
发表于 2017-1-18 14:00 | 显示全部楼层
已转成excel
311_Chinese Yi_23Y-STR.xlsx (42.26 KB, 下载次数: 246)

评分

6

查看全部评分

发表于 2017-1-18 14:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 Hanhe 于 2017-1-18 18:21 编辑

彝族绝对值得研究,根据他们的天文与历法传说,可能是接触过五千年前先进古人的少数人群之一。对彝族,要去掉晚期西南人群常见类型再分析。要研究其它少数民族也应如此,比如广西壮族、两湖土家族,估计有一半是唐朝以后混入的中南汉人类型。
发表于 2017-1-18 15:36 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2017-1-18 16:59 编辑

每一个单倍型的推测见附件。总的Y-SNP的比例是这样:

HGN%
C*30.96%
C3-M217113.54%
D1-M156119.61%
F2-M427144.50%
N1c-F120620.64%
N2-F2930319.97%
O1-M119206.43%
O2*-M268
(xM95,M176)
41.29%
O2a-M953611.58%
O2a1-M8830.96%
O3-M122206.43%
O3-M1177323.47%
O3-F444268.36%
O3-00261161.93%
R1a1a-M1710.32%
Sum311

GuangLin He2017, Yi, 23Y-STR, 单倍群推测.rar

83.85 KB, 下载次数: 193

评分

1

查看全部评分

发表于 2017-1-18 15:44 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2017-1-18 15:46 编辑

D1的比例比以往的彝族数据高了不少。N2的比例很适中。002611的比例低于预期。没有看到Q。文章本身也说了,样本中有一些亲缘个体。不过彝族本身也也就是这样,各地的小支系内部都有一些晚近扩张的父系类型,也属正常。
发表于 2017-1-18 17:00 | 显示全部楼层
12# sahaliyan

10#已更新。
发表于 2017-1-18 18:14 | 显示全部楼层
本帖最后由 Hanhe 于 2017-1-18 18:19 编辑

N比Q还神秘,彝族的N是否就是某支先夏人群?有没有可能北极人群的Q在末次冰期向中纬度迁徙?(与现在的说法刚好相反)

参考年代:
末次冰期是于第四纪更新世内发生的最近一次冰河时期。末次冰期约于11万年前开始,于前9600-9700年完结。于这段期间,曾出现几次冰川的前进及消退,最盛期发生于约1.8万年前。
盛冰期(pleniglacial)是指晚更新世晚期的末次冰期的最寒冷时期,即在距今2.5-1.5万年前冰川发展最盛的时期,海平面最低比现在低155米。
发表于 2017-1-18 18:15 | 显示全部楼层
每一个单倍型的推测见附件。总的Y-SNP的比例是这样:

HGN% C*30.96% C3-M217113.54% D1-M156119.61% F2-M427144.50% N1c-F120620.64% N2-F2930319.97% O1-M119206.43% O2*-M268
(xM95,M176)41.29% O2a-M953611. ...
Ryan 发表于 2017-1-18 15:36
我个人看法其中的O1a中有个簇是西南少数民族中常见的KM203支系有3.53%的比例,而不是F140,我对比过有23-STR和傣族KM203是差一步的。有23-STR可以对比的。
彝族KM203.png
1K-GENOME-M119-YSTR.JPG

评分

2

查看全部评分

 楼主| 发表于 2017-1-18 19:06 | 显示全部楼层
每一个单倍型的推测见附件。总的Y-SNP的比例是这样:

HGN% C*30.96% C3-M217113.54% D1-M156119.61% F2-M427144.50% N1c-F120620.64% N2-F2930319.97% O1-M119206.43% O2*-M268
(xM95,M176)41.29% O2a-M953611. ...
Ryan 发表于 2017-1-18 15:36
H018应该是F444,你后面的表算到F5里了。
发表于 2017-1-19 15:58 | 显示全部楼层
我的划分都比较粗,主要是为了弄清大单倍群的比例。每一个样本的更准确的上下游结果,大家可以进一步细化。
发表于 2017-1-22 17:58 | 显示全部楼层
每一个单倍型的推测见附件。总的Y-SNP的比例是这样:

HGN% C*30.96% C3-M217113.54% D1-M156119.61% F2-M427144.50% N1c-F120620.64% N2-F2930319.97% O1-M119206.43% O2*-M268
(xM95,M176)41.29% O2a-M953611. ...
Ryan 发表于 2017-1-18 15:36

请问能否找到参与测试的人的姓?在凉山各大家族的源流是比较清楚的,这样两相对比,可以得出更多的信息。
发表于 2017-1-22 18:14 | 显示全部楼层
18# Ryan
能否得到这些样本背后的姓氏呢?
发表于 2017-3-4 13:59 | 显示全部楼层
10# Ryan
O3-F444268.36%



比例不少嘛,谁说西南彝缅缺F46?
发表于 2017-11-20 00:01 | 显示全部楼层
每一个单倍型的推测见附件。总的Y-SNP的比例是这样:HG                     N         %
C*                     3        0.96%
C3-M217           11        3.54%
D1-M15             61        19.61%

F2-M427          14        4.50%

N1c-F1206          2        0.64%
N2-F2930           31        9.97%
O1-M119            20        6.43%
O2*-M268(xM95,M176)
                          4        1.29%
O2a-M95            36        11.58%
O2a1-M88           3        0.96%
O3-M122            20        6.43%
O3-M117            73        23.47%
O3-F444             26        8.36%
O3-002611          6        1.93%
R1a1a-M17          1        0.32%
Sum                   311        Ryan 发表于 2017-1-18 15:36



    彝族的F2的频度,倒是与其最新的常染检测中的南亚成分非常吻合。
     这样会带来一个疑问:难道彝族以及其他相关的彝缅语族族群的南亚成分,主要是F2人群带来的吗?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2018-10-15 17:13 , Processed in 0.600070 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表