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云南纳西族人群Y染色体SNP位点的遗传多态性研究及法医学意义

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发表于 2017-2-22 23:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
云南纳西族人群Y染色体SNP位点的遗传多态性研究及法医学意义[url=]唐维[/url]
[url=]昆明医科大学[/url]


摘要:[目的]建立云南纳西族男性人群Y-SNP位点法庭科学基础DNA数据库,为云南纳西族人群的法医学个人识别和亲权鉴定提供基础数据,用于评估Y-SNP单倍型的系统效能和证据价值,为法医学应用奠定基础;寻找纳西族Y-SNP位点的特有单倍型,以期推断生物样本的种族来源,缩小侦查范围,为侦查提供方向,丰富中华民族群体遗传资源数据库,为民族学研究提供依据。[材料和方法]在志愿者知情同意的原则下,严格按照准入标准,在云南丽江纳西族聚居地采集284例纳西族男性样本,磁珠法提取DNA,采用MassARRAY分析技术检测实验样本的35个Y-SNP位点,应用SPSS 17.0、Arleuin 3.5、 MEGA4.0、DISPAN、JMP12.2统计学软件进行分析。[结果]构建了两个复合扩增分析体系,对35个Y-SNP位点进行分析,在284个无关纳西族男性个体中,Y-SNP主干支O、C、D、F、K、N、P上均存在突变,其中O单倍群为云南纳西族男性人群的主要单倍群,约占总分析样本的45.4%。用实验获得的纳西族Y-SNP单倍群频率,构建系统进化树、主成分分析二维分析图以及聚类分析图,结果显示,O单倍群突变率最高,其他分支单倍群比较分散,呈高度多态性以及多样性。聚类分析符合各人群语系特点。[结论]建立了云南纳西族男性人群Y-SNP位点法庭科学基础DNA数据库,为法医学应用奠定基础。通过群体遗传学分析,明确纳西族的父系遗传特点以及各个民族问的遗传关系,为人类进化和中国各民族源流、迁徙和划分提供生物学依据,为民族学研究提供依据




http://kns.cnki.net/KCMS/detail/detail.aspx?dbcode=CMFD&dbname=CMFDTEMP&filename=1016295836.nh&uid=WEEvREcwSlJHSldTTEYzU3EyVWpuSmU1dVJWSFZobnh4ZGc3UUdBRFFMYz0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw!!&v=MDM3OTNaRWJQSVI4ZVgxTHV4WVM3RGgxVDNxVHJXTTFGckNVUkwyZlplUnRGQ3JrVjcvTlZGMjZHTEd4RzluUHE=
发表于 2019-7-7 13:24 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-7-7 10:57
第一,你要么回答,东亚各地各族群可以支持仰韶文化期分离的F5分支在哪?我们认为欧洲的G早在新石 ...


     给戎狄学校的高级讲师普及一下欧洲目前青铜时期之前的农业文化人群的检测情况,那就是,这些农夫们的远不止只有G2a一种类型,而是在后期多种类型山花浪漫,其中就包括我刚才在你的“青铜戎狄取代中原农夫”一贴中调侃你的I2a2,呵呵
发表于 2019-7-7 09:18 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-7-7 09:11
欢迎你拿反例。初步证据已经出来了,无法支持F5与新石器时代扩张的仰韶文化相关。


   神马“初步证据”? 难道就是F5与F8迷迷瞪瞪的分不清的“初步证据”? 抑或还是把一大堆α下面各支系纠缠不清的万年str数据? 呵呵
发表于 2019-7-7 09:11 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2019-7-7 08:58
整了这么多年,原来小云老师还是在练兵吖,依然还要让俺们广大吃瓜观众耐心等待阁下“随着数据的增 ...

欢迎你拿反例。初步证据已经出来了,无法支持F5与新石器时代扩张的仰韶文化相关。
发表于 2019-7-7 10:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-7-7 10:59 编辑
imvivi001 发表于 2019-7-7 09:18
神马“初步证据”? 难道就是F5与F8迷迷瞪瞪的分不清的“初步证据”? 抑或还是把一大堆α下面各支 ...

   请不要离题万里,故意混淆目标,试图转移视线是徒劳无益的。

   我已经告诉F5下面最大的支系F8的年代远远高于你的青铜上限4千年,更别提F8的曾曾祖父F5的年代了,现在该你考虑如何圆“最多四千年的青铜戎狄F5是如何成为中原最主要的父系”の巨大神话故事了~


第一,你要么回答,东亚各地各族群可以支持仰韶文化期分离的F5分支在哪?我们认为欧洲的G早在新石器时代就扩散到欧洲大陆各地,是因为其支系与近东的近支最近共祖只能追溯到新石器时代,而F5情况与G完全不同,而与M269相似,绝大多数分支共享的最近共祖均在青铜时代以后。

第二,如果把我让你回答的问题作为“离题万里”,就请不要跟帖捣乱制造垃圾。

F5的上游标记CF还能到非洲呢?又如何?难道F5诞生于非洲?

F5的扩张年代要看各地各族群F5分支的分离年代,如果各地各族群的F5普遍远在仰韶文化时代就分离,泾渭分明,也支持新石器时代的扩张,相反,如果各地各族群的F5彼此犬牙交错,都是在青铜时代及历史时期才分离,则显然支持青铜时代以后的族群扩张。
 楼主| 发表于 2017-2-22 23:08 | 显示全部楼层
云南佤族人群Y-SNP遗传多态性研究

王琳

昆明医科大学

摘要:[目的]本课题依据Y染色体系统进化树,选择各个主干支上的35个Y-SNP位点,以云南佤族男性为研究对象,从父系遗传角度,对Y-SNP遗传标记进行分析,建立了云南佤族男性人群Y-SNP位点的法庭科学基础DNA数据库,为法医学应用奠定基础,并对云南世居民族的遗传关系进行比较,进一步探寻佤族的来源及与其他民族间的遗传关系,为民族学研究提供依据。[方法]在志愿者知情同意的原则下,严格按照准入标准,在云南省临沧市沧源县采集276例佤族男性样本,采用MassARRAY法检测实验样本Y染色体系统进化树上35个Y-SNP位点,获得SNP位点的群体遗传学数据,应用SPSS 19.0统计学软件进行统计学分析。[结果]获得276例云南佤族男性人群35个Y-SNP单倍群频率,在选取的12个主干支单倍群中,有7支存在突变,其中O、K、N支突变数最多,分别占31.87%、29.35%、28.62%;基于Y-SNP单倍群D、D1、C、F、G、K、N、O、P的频率建立的系统进化树、聚类分析图及主成分二维分析图中,人群聚类符合东亚人群的特点。[结论]建立了云南佤族男性人群Y-SNP法庭科学基础DNA数据库,为法医学应用奠定基础,为民族学研究提供依据。

http://kns.cnki.net/KCMS/detail/ ... nh4ZGc3UUdBRFFMYz0=$9A4hF_YAuvQ5obgVAqNKPCYcEjKensW4ggI8Fm4gTkoUKaID8j8gFw!!&v=MTYzNDR1eFlTN0RoMVQzcVRyV00xRnJDVVJMMmZaZVJ0RkNya1ZiL0lWRjI2R0xHeEc5blBxcEViUElSOGVYMUw=
 楼主| 发表于 2017-2-22 23:11 | 显示全部楼层
论文运用了新版的ISOGG系统树,两文中,尤其是对F5下的支系测的较细,说明昆明医科大的法医学师生还是很关注分子人类学的学术进展和动态的,值得表扬。
 楼主| 发表于 2017-2-22 23:39 | 显示全部楼层
比较有意思的是,纳西族的M117有37%的是CTS1642(符合藏缅特征),然后还有近40%的M117属于非已知支系,佤族的非已知支系比例更是更高达90%。
发表于 2017-2-23 00:06 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 00:44 编辑

非常不错,F5下游点射了主要的marker。
Page23*,共16例;

F438 - Y17728 - CTS1304*F155*F316,共1例;

CTS7634,共1例;

CTS5063*CTS5492,共1例;

M1726 - M1532 - CTS9678,共7例;

CTS1642 - CTS5308,共15例;

情况与我估计的很吻合,虽然西南藏缅族群F5多态性较低,以CTS1642占很大比例,但绝不意味着藏缅只有CTS1642一个分支,除了目前已经识别到的分支外,还有小一半的样本是F5*。

我们M1532这支的南支CTS9678比例也非常高,是一个很有意思的现象。

那些认为藏缅人和汉人在F5分化之初就分道扬镳,藏缅主要是CTS1642,而汉是F438等其他支系的人,必然要失望的。
发表于 2017-2-23 00:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 00:50 编辑

佤族的样本中,也有两例F438 - Y17728 - CTS1304*F155*F316,我以前根据17str推测藏缅应当普遍携带一些汉族非常普遍的F438+样本,相信未来更多数据会支持这种推测,17str在2-3步突变以内的细分单倍体群推测,还是有一定的参考价值的。
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=30278&highlight=F438%2Byungsiyebu

虽然存在很多干扰,判断把握性不高,但还是能粗略判断一下主流类型的情况,推测如下:

一、CTS1642应当占最大比例,应当是藏缅的主流分支。其中CTS1642+Y7980+占绝对优势,str可以看到两个簇,另外应有少量CTS1642+CTS9713+样本。这两支在汉族中也有一定比例;


二、图谱中有一个我标记为unknown的簇,应当代表一支F5*,是藏族的一个重要支系。


三、F438一系比例应当也不低,F438+F316+和F438+F1754+应当都有一定比例。


四、CTS7634+F317+这一系看似在这组藏族样本中比例有限或者缺失,Y8389+F666+,应当有一些,但不多。


五、日本等代表的东北亚地区分支,样本少,且很散,不好判断。




另一篇文献数据,The Himalayas as a Directional Barrier to Gene Flow

使用经典的cluster,筛选出来的M117样本。从这组数据来看,汉族常见的F438(特别是F316)也应当是这组藏族样本的第一大群,同时,与首贴文献数据类似,CTS1642(特别是Y7080)是另一个大群,这个群在东南亚地区更为高频,也零散见于汉族。另外,还有一些F666等其他支系,整体而言,与首贴数据类似,F438(特别是F316)和CTS1642(特别是Y7080)应当占主流,即兼含东亚和东南亚常见的两个支系。

CTS7634+F317+这一系汉族常见类型,与上一组数据类似,看似在这组藏族样本中比例有限或者缺失。


The Himalayas as a Directional Barrier to Gene Flow

尼泊尔这组数据,CTS1642(含Y7080)应当极少或者缺失,主要是F438(含F316)以及一些尚无法分型的支系。
发表于 2017-2-23 01:20 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 01:26 编辑

纳西族样本的CTS1642不是此前西南地区人群大量测到的Y7080,而是另一个分支CTS5308,而后者在东亚地区的CTS1642中应当比Y7080更常见,但有一组甘肃样本,17str匹配有很高比例的Y7080疑似样本。


目前种种迹象表明,汉藏分离年代应当远远晚于F5的TMRCA(5400-7200 YBP),F5标记的始祖人群真正走向地理意义的大扩张,远在其生物意义分化年代之后。而当其标记人群走向大扩张时,不管是向东迁徙的支系,还是向西南迁徙的支系,都应当包含复杂的支系。也即意味着,F5标记标记的人群在其家中生理意义分化之后,应当在一个相当漫长的历史时期内,都混合生活在一个相对聚集的区域(最似西北),各支系彼此混杂,直到F5由家族性的private snp变为族群常见标记后,才开始走向扩张,这样各民族各地域都包含彼此共享的复杂F5分支的现象才能得到合理解释。


只不过限于人口规模有限,越向西南地区,人口瓶颈效应越为明显,西南地区出现CTS1642逐渐占据主流分支类型位置。
发表于 2017-2-23 07:27 | 显示全部楼层
佤族的样本中,也有两例F438 - Y17728 - CTS1304*F155*F316,我以前根据17str推测藏缅应当普遍携带一些汉族非常普遍的F438+样本,相信未来更多数据会支持这种推测,17str在2-3步突变以内的细分单倍体群推测,还是有一 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 00:35

     F316这种典型的汉族SNP出现在汉族周边民族中一点都不奇怪,明显就是历史时期的产物,不会是很久以前的事件。完全没有必要与所谓的汉藏分离(如果存在的话)挂钩。至于汉族与藏缅语族民系共享一些F5下面的某些支系,最多可以证明二者与某一类古族群组合相关,无法简单与F5人群作为一个整体的扩散直接相关联,更谈不上什么F5与所谓的‘汉藏语系“(如果存在的话)的直接关联性。不管怎么说,汉藏缅之间更多的关联性还是体现在CTS1642方面~
发表于 2017-2-23 07:56 | 显示全部楼层
CTS1642(Y7080)的大头应该在两广,融合在两广的汉族当中,人口基数大,广府人(两广的白话佬)M117(F5)占比约为18~20%,当中CTS1642(Y7080)约占一半,所以总人数达到四五百万,这个数量是西南少数民族包括藏族无法比拟的,所以认为CTS1642(Y7080)的源头在两广,准确一点,源自珠三角的西樵山文化人群,然后在新石器晚期随着双肩石器的传播向西南方向扩散,藏族的Y7080来自珠三角的西樵山人群。
发表于 2017-2-23 08:10 | 显示全部楼层
11120916.gif
推测Y7080与有肩石器传播有关。
发表于 2017-2-23 09:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 09:18 编辑
     F316这种典型的汉族SNP出现在汉族周边民族中一点都不奇怪,明显就是历史时期的产物,不会是很久以前的事件。完全没有必要与所谓的汉藏分离(如果存在的话)挂钩。至于汉族与藏缅语族民系共享一些F5下面的某些 ...
imvivi001 发表于 2017-2-23 07:27

请不要信口胡说,谁告诉你F316是典型的汉族SNP?因为目前F5下游marker样本基本都是来自网友商业检测,而网友基本都是汉族,因为人多,所以,测到什么,什么就是典型汉族snp吗?

因为西南藏缅cts1642较多(注意仅仅是西南东南亚,西北藏羌没有数据,尼泊尔ystr也不似有很多cts1642),所以,只有cts1642是藏缅原始成本,其他汉族混的。你能再创造一些更可笑的逻辑吗?
发表于 2017-2-23 09:40 | 显示全部楼层
纳西族是一个只有三十多万人口的小民族,还不及一个县城人多,而仅仅一个地方的采样,就有着很复杂的F5,这明显暗示,在藏羌族群沿藏彝走廊南下时,其F5混合了多重复杂的支系,也即暗示,在F5在7000多年前开始由一个家族性private snp变成一个族群标记,要需要数千年的孕育期,直到完成这个孕育,F5各分支已经在西北戎狄种系中成为主要族群标记后,才以混合状态走向扩张的。

cts1642在西南比例很高,对于小族群非常正常。1KG的Y7080样本,显然来自于一个历史时期的共同祖先。我们不能因为草原地区,以千年左右共祖的star cluster占多数,就咬定草原地带其他c来自周边民族混血,这是非常可笑的。
发表于 2017-2-23 09:49 | 显示全部楼层
请不要信口胡说,谁告诉你F316是典型的汉族SNP?因为目前F5下游marker样本基本都是来自网友商业检测,而网友基本都是汉族,因为人多,所以,测到什么,什么就是典型汉族snp吗?

因为西南藏缅cts1642较多(注意仅 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 09:04
F316无论怎么说共祖时间只有2200年左右,不可能和青铜时代的扩张有关吧,如果西南地区的其他F5是青铜时代扩张的,那F316也是后期才混入。所以西南地区F5的多样性肯定要去除掉后期混入的因素再讨论。
发表于 2017-2-23 09:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 10:03 编辑
F316无论怎么说共祖时间只有2200年左右,不可能和青铜时代的扩张有关吧,如果西南地区的其他F5是青铜时代扩张的,那F316也是后期才混入。所以西南地区F5的多样性肯定要去除掉后期混入的因素再讨论。
豢龙氏 发表于 2017-2-23 09:49

我说的是青铜时代开始陆续扩张,藏缅人群主力南下开始于青铜时代,而大规模的南迁已经是秦汉以后的事情了。这是一个持续的历史迁移过程。同时,戎狄大规模汉化,也主要开始于秦汉之际。

另外注意,TMRCA从来不等于地理扩张年代。还一个值得注意的是,目前缺少藏缅F316全序列数据,目前在汉族中完全连锁的等价marker不见得在藏缅也完全连锁,也即不见得TMRCA也在2000左右的区间内,目前只能证明汉族的F316主要来自秦汉之际的这位超级父系祖先,这个人很可能就是一位汉化的戎狄领袖,西北血统强烈的周秦人群的某位历史人物都是潜在候选。
发表于 2017-2-23 10:03 | 显示全部楼层
我说的是青铜时代开始陆续扩张,藏缅人群主力南下开始于青铜时代,而大规模的南迁已经是秦汉以后的事情了。这是一个持续的历史迁移过程。同时,戎狄大规模汉化,也主要开始于秦汉之际。

另外注意,TMRCA从来不等 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 09:54
那这么说F316在地理上的扩张时间岂不是更晚,跟尼泊尔三千年前的CTS1642明显不是同一批扩张的啊,难道尼泊尔的CTS1642不能代表CTS1642在青铜时代已在西南地区扩张?这更说明西南人群在历史时期有混入的成分。
发表于 2017-2-23 10:07 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 10:09 编辑
那这么说F316在地理上的扩张时间岂不是更晚,跟尼泊尔三千年前的CTS1642明显不是同一批扩张的啊,难道尼泊尔的CTS1642不能代表CTS1642在青铜时代已在西南地区扩张?这更说明西南人群在历史时期有混入的成分。
豢龙氏 发表于 2017-2-23 10:03

西北青铜文化的扩张从来都不是一蹴而就的,考古文化明显具有持续的南迁特征,历史时期就更频繁了。

喜马拉雅古dna,分析的一例应当是cts1642xY7080,但从今天的尼泊尔数据来看,似乎很少cts1642,暗示古今变化很明显,这个很正常,比如汉族F316,就是秦汉之际的一个强悍人物一扩张,就从一个private matker变成了一个庞大民族的重要族群标记。这个有极大的历史偶然性。
发表于 2017-2-23 10:12 | 显示全部楼层
西北青铜文化的扩张从来都不是一蹴而就的,考古文化明显具有持续的南迁特征,历史时期就更频繁了。

喜马拉雅古dna,分析的一例应当是cts1642xY7080,但从今天的尼泊尔数据来看,似乎很少cts1642,暗示古今变化很 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 10:07
private snp变成一个族群标记,要需要数千年的孕育期,三千年前测不到Y7080是很正常的,Y染兄弟族群一般都是混合迁徙,不会分家的,所以既然三千年前的尼泊尔测出了CTS1642,其他的CTS1642肯定也在不会太远的地方。
发表于 2017-2-23 10:14 | 显示全部楼层
请不要信口胡说,谁告诉你F316是典型的汉族SNP?因为目前F5下游marker样本基本都是来自网友商业检测,而网友基本都是汉族,因为人多,所以,测到什么,什么就是典型汉族snp吗?

因为西南藏缅cts1642较多(注意仅 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 09:04

如果F316不是典型的汉族SNP,那请你解释一下为何这个如此晚近的snp为啥可以在当时人口基数已经相当庞大的汉族中获得如此巨大的成功? 难道秦汉之际中国存在着一个历史没有记载的‘刘邦家族’或‘成吉思汗家族’?
另外,根据您TMRC与地理扩张不同步理论,那这个F316现象岂不是更加难以解释,呵呵~
发表于 2017-2-23 10:21 | 显示全部楼层
现在欧洲的aDNA已经初步证明,现今西欧主流的M269都不是同一批迁入西欧的,既然您如此热衷于以西欧模板反推中国,那为何这一次却一反常态厚彼薄此呢?
发表于 2017-2-23 10:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-23 10:32 编辑
如果F316不是典型的汉族SNP,那请你解释一下为何这个如此晚近的snp为啥可以在当时人口基数已经相当庞大的汉族中获得如此巨大的成功? 难道秦汉之际中国存在着一个历史没有记载的‘刘邦家族’或‘成吉思汗家族’?  ...
imvivi001 发表于 2017-2-23 10:14

第一,F316只是一个marker,有一组连锁marker,比如文献测试的F155,目前的证据只能支持汉族的F316主要是一位秦汉之际的超级祖父,不见得藏缅样本也携带全部这组marker。也就说藏缅F316不见得TMRCA也在秦汉之际。

第二,即使藏缅F316也是一样来自这位秦汉之际的超级祖先,也不意味着这位超级祖先是汉族。秦汉之际,正值戎狄大规模汉化,文化意义上的戎狄逐渐在西北故地消失的阶段。
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