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楼主: 风虎云龙

云南纳西族人群Y染色体SNP位点的遗传多态性研究及法医学意义

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发表于 2017-2-24 10:30 | 显示全部楼层
哎呀,大新闻啊,居然把F5和大地湾,这不就是本人以前的观点么,比如
http://www.ranhaer.org/thread-34603-4-1.html
61楼,或者
http://www.ranhaer.org/thread-33444-5-1.html
98楼
不过归根结底看到最早 ...
Lep1dus 发表于 2017-2-24 00:55

大地湾遗址7000年以下就是细石器地层,除非在这一层的古人骨检出F5。否则应不是最早的F5。
我认为F5最少是横跨大溪和仰韶的。他的起源应是长江中游更早的考古文化。
大地湾-1.png
发表于 2017-2-24 10:37 | 显示全部楼层
你们反复提的所谓多叉,通俗点讲,从来不意味着地理意义上的扩张,而仅仅意味着这个时期未曾经历严重的人口瓶颈,暗示此期人群生产力水平大大提升,人口生存率大大提升,一个private snp标记的家族,有数支,甚至像F ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-23 23:27

大地湾遗址第六层(BP 7000)可能伴随F5其中一支的兴起。

你认为F5只有7000年? 如果否,那更早的F5源自哪里?

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发表于 2017-2-24 10:41 | 显示全部楼层
大地湾遗址7000年以下就是细石器地层,除非在这一层的古人骨检出F5。否则应不是最早的F5。
我认为F5最少是横跨大溪和仰韶的。他的起源应是长江中游更早的考古文化。
guwei0001 发表于 2017-2-24 10:30

就像欧洲TMRCA也在新石器时代中早期的U106,M152等主流支系到现在也很难众多R1b样本中测到一样,东亚古dna更多测到的也不是M117,而是各种M324*,P201*。甚至唯一的一例M117也未必是F5。

F5这个家族最初诞生在7000多年的年代,东亚人群少说也在百万以上,一个家族性的private snp想变成族群标记不是那么简单的事情,更不要说走向地理大扩张后自然分别在不同地域创造奇迹,成为各地族群的标记。
发表于 2017-2-24 10:51 | 显示全部楼层
就像欧洲TMRCA也在新石器时代中早期的U106,M152等主流支系到现在也很难众多R1b样本中测到一样,东亚古dna更多测到的也不是M117,而是各种M324*,P201*。甚至唯一的一例M117也未必是F5。

F5这个家族最初诞生在7 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-24 10:41

你在28楼也说了,“而此前该地区(大地湾)考古文化基本上处于一个人迹罕至的状态。”
显然BP7000的大地湾只是农业人群迁徙的末端。
发表于 2017-2-24 11:16 | 显示全部楼层
你在28楼也说了,“而此前该地区(大地湾)考古文化基本上处于一个人迹罕至的状态。”
显然BP7000的大地湾只是农业人群迁徙的末端。
guwei0001 发表于 2017-2-24 10:51

这个很难讲文化传播一定意味着种系更迭,关中仰韶组与长江下游地区新石器时代种系聚类,但西北地区种系则与农业文化的早期发祥地种系相距甚远,因为缺乏细石器文化人骨资料,不能准确判断细石器和长江流域早期农业文化,和古西北种系之间的种系关系,但古西北种系有些高水平的细石器文化血统是不会有大的问题的。就文化而言,学界也有声音认为北方旱地农业文化脱胎于本地细石器文化。

P201下,M7出现多叉现象,暗示摆脱人口瓶颈已经深至1.5万年前,与长江中游早期农业文化兴起吻合。而华北细石器文化过渡到农业文化,多在7000-8000间,与F5和F46吻合。

因为史前长江流域主要是O1-O2的组合,我认为他们应当是长江流域早期农业文化的主体。P201在末次盛冰期结束后有过一次小规模的人口爆发期,这个时期,可能以M7为标记的支系南下长江流域,赶上了长江中游地区农业文化的兴起,但未见长江下游地区,也暗示P201起源地偏向华北内陆西部。留在华北的P201,以F5经历的人口瓶颈期更长,暗示恶劣的自然环境,因此,推测起源区域更偏西北。
发表于 2017-2-24 11:30 | 显示全部楼层
90# Yungsiyebu 若P201在西北,那么M7穿过黄土高原、关中平原一直到长江中游是不是太远了点?
发表于 2017-2-24 11:45 | 显示全部楼层
这个很难讲文化传播一定意味着种系更迭,关中仰韶组与长江下游地区新石器时代种系聚类,但西北地区种系则与农业文化的早期发祥地种系相距甚远,因为缺乏细石器文化人骨资料,不能准确判断细石器和长江流域早期农业 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-24 11:16

你是说F5源自西北细石器人群?

但是常染的分析似乎不支持你的推论。yayul的K=2结果贴出来后你就没有回贴了。
http://www.ranhaer.org/viewthread.php?tid=33444&page=1#pid473418
发表于 2017-2-24 11:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-24 12:07 编辑
你是说F5源自西北细石器人群?

但是常染的分析似乎不支持你的推论。yayul的K=2结果贴出来后你就没有回贴了。
http://www.ranhaer.org/viewthread.php?tid=33444&page=1#pid473418
guwei0001 发表于 2017-2-24 11:45

第一,admixture分析,还是像我一样亲自跑跑数据,文献的分析ref人群太多,k不深(k值每增加一层,运算量都会几何性暴增),对于判断人群内部结构没什么大用,因此,我也不打算太多参与低K值的讨论,意义不大。

http://ranhaer.com/viewthread.php?tid=33218&highlight=

第二,连外东北的细石器文化人群都能对现代东亚人群有20-40%的血统共享成分,我不相信华北地区细石器文化对现代华北人群没有血统影响,更何况,除了仰韶合并组外,几乎所有华北新石器文化都介于北亚和南亚种系之间。
发表于 2017-2-24 12:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-24 12:14 编辑
90# Yungsiyebu 若P201在西北,那么M7穿过黄土高原、关中平原一直到长江中游是不是太远了点?
yingchuan 发表于 2017-2-24 11:30

已经盛冰期结束的年代了,类似年代,R1b都从亚洲腹地跑回了黑非洲。我相信,走在远古藏彝走廊路上的不光有F5。此期,处于游猎经历状态,迁移性很大。
发表于 2017-2-24 16:20 | 显示全部楼层
61# imvivi001

请 Yungsiyebu 和大家不要误解。我没有说是 受到 Yungsiyebu 的误导。

论坛有很多网友经过思考,提出了很多有启发性的见解。有很多观点我也都非常赞同。所以在 讨论的时候会尽量指出最初提出这种观点的人,以示重视大家的最初的贡献。关于 F438的问题,我 在看到 Yungsiyebu的发言后,自己也用 Network分析了一下藏族的Y-STR数据,因此同意 Yungsiyebu的看法。我还把关于藏族中的F438写入了博士论文之中。现在看来这种做法是十分不正确的(没有Y-SNP实测数据)。 因为才有了这个帖子“三个藏族M117样本在Oα下的归属”。(原帖标题似有不妥,我修改一下)


据告知,Poly最近有测试一大批 M117的序列,以往的 F5*的问题已经基本全部解决。藏缅系的M117比以前知道的会更加复杂。特别地,确实存在不少的 F316,原因未知。期待 Poly的最终的分析结果,但他事情较多,估计还需要等上一段时间。
发表于 2017-2-24 16:21 | 显示全部楼层
Poly最近有测试一大批 M117的序列,以往的 F5*的问题已经基本全部解决。藏缅系的M117比以前知道的会更加复杂。特别地,确实存在不少的 F316,原因未知。
Ryan 发表于 2017-2-24 16:20

This is huge...
发表于 2017-2-24 16:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Lep1dus 于 2017-2-24 22:56 编辑
大地湾遗址7000年以下就是细石器地层,除非在这一层的古人骨检出F5。否则应不是最早的F5。
我认为F5最少是横跨大溪和仰韶的。他的起源应是长江中游更早的考古文化。
guwei0001 发表于 2017-2-24 10:30



CTS1642是很好的标杆,从STR看多样性很高,分布偏西南,而且这个帖子风虎云龙也提到有不少M117下游未知支系,所以即使从SNP角度分析,未来也许也会得出西南是M117多样性很高甚至最高的地区。而且南喜马拉雅的M117如果直接从大地湾或者按照萨哈林主张仰韶直接迁过去是很困难的,还是从西南跨横断山脉要容易些。所以个人有两个考虑,第一,要么是M117在大地湾或者按萨哈林主张仰韶农业兴盛起来,然后CTS1642部分支系很快(最迟仰韶文化衰落期)往南迁徙的,要么是CTS1642等支系是南方本土的,属于M117未北迁的支系,F438等支系后来北迁的,但如果按过去说的石家河文化明显晚,所以如果认为是石家河很久之前长江中游的某种当地文化迁过去,个人可以接受,西南当地找不到很好对应的考古文化,如果从长江中游溯流而上,有一定可能性






至于大地湾是当地土著还是仰韶或者大溪迁过去的,个人不是特别关心,但以前倾向于认为是后来迁过去的,因为M134最近的兄弟F871过去觉得分布是非常南的,但后来有些信息好像又不是,希望看到一些确定的北方F871样本
发表于 2017-2-24 16:48 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-24 16:52 编辑
据告知,Poly最近有测试一大批 M117的序列,以往的 F5*的问题已经基本全部解决。藏缅系的M117比以前知道的会更加复杂。特别地,确实存在不少的 F316,原因未知。期待 Poly的最终的分析结果,但他事情较多,估计还需要等上一段时间。

Ryan 发表于 2017-2-24 16:20


复旦有很多未公开的数据,一些新进展,支持我对藏缅F5复杂性的推测。

17str虽然精度很差,但作为有着庞大数据量的基础数据,还是有些重要价值的,作为科研论据不够,但作为初筛工具,甚至可以作为设计taqman 探针等低通量测序方法的依据,仅就当前的 1KG数据和商业测试数据,我想粗略分型的准确率也应当在70%以上。总比,想当然的咬定F316是典型汉族的snp的臆想科学的多。

总之,那些认为F316为汉族独有的,最多少量渗入周边民族的会很快失望的。当然,你可以继续脑补刘邦后裔跟着文成公主去了西藏,并且成为了藏人F5重要组成。
发表于 2017-2-24 17:07 | 显示全部楼层
这个很难讲文化传播一定意味着种系更迭,关中仰韶组与长江下游地区新石器时代种系聚类,但西北地区种系则与农业文化的早期发祥地种系相距甚远,因为缺乏细石器文化人骨资料,不能准确判断细石器和长江流域早期农业 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-2-24 11:16
某机构早期史前长江流域人骨数据系伪作也,没看马普所测的在贝冢之下保存很好的亮岛人骨只出了母系线粒体结果,Y结果三四年了还没有下落。这才是目前南方唯一可靠测出DNA的人骨结果。
发表于 2017-2-24 17:12 | 显示全部楼层
某机构早期史前长江流域人骨数据系伪作也,没看马普所测的在贝冢之下保存很好的亮岛人骨只出了母系线粒体结果,Y结果三四年了还没有下落。这才是目前南方唯一可靠测出DNA的人骨结果。
奋斗 发表于 2017-2-24 17:07

因为线粒体拷贝数多,我们用相当于0.5x全基因组数据也可以得到近于全序列的数据。

另外,我不觉得,sanger做一些特定的snp有多大的难度和失败率。
发表于 2017-2-24 17:16 | 显示全部楼层

标题

你在28楼也说了,“而此前该地区(大地湾)考古文化基本上处于一个人迹罕至的状态。”
显然BP7000的大地湾只是农业人群迁徙的末端。
guwei0001 发表于 2017-2-24 10:51


     也效法一下云老师的欧洲参考法,既然中东与高加索的G2a可以迁移到千里之外的西南欧,那F5迁去并不遥远的甘陕一带也无需惊奇吧😊
发表于 2017-2-24 17:32 | 显示全部楼层

标题

总比,想当然的咬定F316是典型汉族的snp的臆想科学的多。

总之,那些认为F316为汉族独有的,最多少量渗入周边民族的会很快失望的。当然,你可以继续脑补刘邦后裔跟着文成公主去了西藏,并且成为了藏人F5重要组成。
Yungsiyebu 发表于 2017-2-24 16:48


    请首先分清楚推测与臆想的区别,我的推测是建立在一个值得信赖的TMRCA以及它在汉族特别是很难说是巧合的刘姓频度的基础上,这个是概率推算技巧,可懂?

    至于你提出文成公主人群的可能性,不能说不可能,或许也是其中一部分的来源之一吧,类似的来源多了去了,如果阁下了解中国(包括藏族)的历史的话
发表于 2017-2-24 17:38 | 显示全部楼层
因为线粒体拷贝数多,我们用相当于0.5x全基因组数据也可以得到近于全序列的数据。

另外,我不觉得,sanger做一些特定的snp有多大的难度和失败率。
Yungsiyebu 发表于 2017-2-24 17:12
是吗?吉林所前几年测了滇越万人坑很多人骨都说采样不成功,刘贺人骨牙齿采样两次都不成功,这些都是南方近两千多年左右的人骨。另外我看了江苏蒋庄良诸人骨中科院考古所的人说是之前长江以南的良诸人骨保存完整的没有只有出土过五例已风化的人骨,是一碰就碎的那种连人骨体质人类学类型都做不了的,某机构还在其中测出了DNA还真是有水平。不过目前蒋庄良诸人骨中科院考古所已在测DNA了,看以后什么结果吧。
发表于 2017-2-24 17:44 | 显示全部楼层
    请首先分清楚推测与臆想的区别,我的推测是建立在一个值得信赖的TMRCA以及它在汉族特别是很难说是巧合的刘姓频度的基础上,这个是概率推算技巧,可懂?

    至于你提出文成公主人群的可能性,不能说不可能 ...
imvivi001 发表于 2017-2-24 17:32


改的真快。

本人再次重申:F316就是典型的汉族SNP!如果结合其TMRC与它在目前汉族的成功情况综合考评的话! 相比其他任何可能性,这是最大最大的概率! 其他可能性几乎为零(假如二者概率差值大于30%为前提的话)。而现代科学是建立在概率论的基础上,除此之外,一切都是扯淡!
发表于 2017-2-24 17:45 | 显示全部楼层
85# SNPEC
其实找刘邦族系的单倍群不是这样找的,既然刘邦后代那么多,在刘姓当中比例最高的单倍群才是刘邦的后代,如果这种分子人类学的分析方法在理论没问题,这种单倍群应是存在的,即一定会存在一种共祖年代在2200年左右,在刘姓中高发的、频率与刘邦族系相应的单倍群,这当然不会是F316的8%那么少。如果找不到这种单倍群,分子人类学的方法就可能是有问题的。

如果黄帝、炎帝之类的神话、传说中的人物找不到相应的单倍群还说得过去,但连汉代刘邦族系这样的单倍群也找不到,这种方法就岌岌可危了!
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