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哈萨克O3 F444 F46 L1360样本17 Y-STR匹配

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发表于 2017-7-25 16:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 16:27 编辑

0-1步突变的样本,全部来自哈萨克和邻近的蒙古及新疆维吾尔族样本。以YHRD突变率计算,这些样本多数在200-300年内的共祖,不排除一些偶然的巧合相似。

No.Populationlocation,freeulideanmutationYears
Kazakheast Kazakhstan41000
1KazakhKazakhstan1000
39AltaiansAltai1000
89UighurXinjiang1000
MG3_82Mongol-NorthWestMongolia1000
NaimansKazakhKazakhstan1000
KH5KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1000
KH7KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1000
Eljanar MazMongolMongolia1000
Eljanar Maz Khujir KazakhstanKazakhKazakhstan1000
Emjanar Maz Jambalbai Khujir Tsengel, Bayan-Olgii, MongoliaMongolMongolia1000
Shagdar Buk Numrug, Zavkhan, MongoliaMongolMongolia1000
KH5KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1000
KH7KazaksAltai Prefecture, Xinjiang1000
89UigurXinjiang1000
73UyghurXinjiang1000
Nayman7KazakKazakhstan111225
90UighurXinjiang111225
KH2KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
KH3KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
KH94KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
unknownMongolMongolia111225
KH2KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
KH3KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
KH94KazaksAltai Prefecture, Xinjiang111225
90UigurXinjiang111225


DYS19DYS385aDYS385bDYS389ABDYS389CDDYS390DYS391DYS392DYS393
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121723101312
151318121623101312
151318121723101212
141318121723101312
151318121723101312
151318121623101312
151318121723101212
151318121723101312


DYS437DYS438DYS439DYS448DYS456DYS458DYS635GATA_H4
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171911
1510121915171911
1510131915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510131915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171911
 楼主| 发表于 2017-7-25 16:30 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 16:32 编辑

Y-str估算,400-700年,是一个重要区间,对于乃蛮L1360+起源很关键。

样本除了中亚样本外,还有大量来自韩国、四川、江苏、浙江、河南等省份的东亚样本。


refNo.Populationlocation,freeulideanmutationYears
59241KoreanKorean21.41421362450
129KorYH-320KoreanSeoul, Korea11.41421362450
Mitochorial a Y-chromosomal profile of the Kazakh population from East Kazakhstan45KazakhEast Kazakhstan11.41421362450
Mitochorial a Y-chromosomal profile of the Kazakh population from East Kazakhstan66KazakhEast Kazakhstan11.41421362450
Population Genetics of 23 Y-Chromosomal STR Loci in South KoreansKoreanKorea11.41421362450
Population Genetics of 23 Y-Chromosomal STR Loci in South KoreansKoreanKorea11.41421362450
Analysis of 420 Y chromosomal STR haplotypes in a Chinese Han population sample from Henan Province, Central ChinaH397HanHenan11.41421362450
The Connection of the Genetic, Cultural and Geographic Landscapes of Transoxiana509UzbekXorezm Region1.41421362450
Inner and inter population structure construction of Chinese Jiangsu Han population based on Y23 STR systemXuzhou053HanJiangsu11.41421362450
Inner and inter population structure construction of Chinese Jiangsu Han population based on Y23 STR systemSuqian086HanJiangsu11.41421362450
Genetic polymorphism investigation of the Chinese Yi minority using PowerPlex® Y23 STR amplification systemH194YiSichuan11.41421362450
Genetic polymorphisms of 17 Y-chromosomal STRs in the Chengdu Han population of Chinah0967Hansichuan11.41421362450
Genetic polymorphisms of 17 Y-chromosomal STRs in the Chengdu Han population of Chinah1457Hansichuan11.41421362450
411470Hanzhejiang11.73205083675
411483Hanzhejiang11.73205083675
411487Hanzhejiang11.73205083675
41H47Hanzhejiang11.73205083675
59232KoreanKorean11.73205083675
59242KoreanKorean11.73205083675
129KorYH-281KoreanSeoul, Korea11.73205083675
129KorYH-471KoreanDaejeon, Korea11.73205083675
129KorYH-531KoreanDaejeon, Korea11.73205083675
Inferring population structure and demographic history using Y-STR data from worldwide populationsCH40San Francisco,USA [Chinese]11.73205083675
Phylogenetic analysis and forensic characteristics of 12 populations using 23 Y-STR lociCH40San Francisco,United States [Han Chinese]1.73205083675
Analysis of 404 Y chromosomal STR haplotypes in a Chinese Han population sample from Henan Province, Central ChinaH381HanHenan11.73205083675
Genetic population data of Yfiler Plus kit from 2567 unrelated Hans in Henan Province (Central China)1134HanHenan11.73205083675
Genetic population data of Yfiler Plus kit from 2651 unrelated Hans in Henan Province (Central China)1218HanHenan11.73205083675
Genetic population data of Yfiler Plus kit from 2726 unrelated Hans in Henan Province (Central China)1293HanHenan11.73205083675
Analysis of 585 Y-chromosomal STR haplotypes in a Han population of Henan province, Central ChinaID0135Hanhenan11.73205083675
Analysis of 647 Y-chromosomal STR haplotypes in a Han population of Henan province, Central ChinaID0373Hanhenan11.73205083675
Inner and inter population structure construction of Chinese Jiangsu Han population based on Y23 STR systemSuqian033HanJiangsu11.73205083675
Inner and inter population structure construction of Chinese Jiangsu Han population based on Y23 STR systemSuqian111HanJiangsu11.73205083675
Genetic polymorphisms of 17 Y-chromosomal STRs in the Chengdu Han population of Chinah0291Hansichuan11.73205083675
Genetic polymorphisms of 17 Y-chromosomal STRs in the Chengdu Han population of Chinah1445Hansichuan11.73205083675


DYS19DYS385aDYS385bDYS389ABDYS389CDDYS390DYS391DYS392DYS393
151318121723101213
151318121723101213
151319121723101312
151319121723101312
151218121723101212
151318121723101213
151218121723101312
151217121723101312
151218121723101212
151318121723101212
151318121623101312
151218121723101312
151317121723101312
151217121723101312
151218121723101212
151318121723101212
151217121723101312
151318121723101212
151318121723101213
151318121723101213
151318121623101213
151318121623101213
151218121723101212
151218121723101212
151218121723101212
151218121723101212
151318121723101212
151318121723101213
151218121723101312
151219121723101212
151217121723101212
151217121723101212
151218121723101212
151218121723101212


DYS437DYS438DYS439DYS448DYS456DYS458DYS635GATA_H4
1510121915171912
1510121915171912
1510121915161912
1510121915181912
1510121915171912
1510121915171912
1510111915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510131915171912
1511121915171912
1510121915161912
1510121915181912
1610121915171912
1510121915181912
1410121915181912
1610121915171912
1410121916171912
1510121915181912
1510121915181912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915181912
1510121915181912
1410121915171912
1410121915171912
1410121915181912
1510121914171912
1510131915161912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915171912
1510121915172012
1510121915181912
 楼主| 发表于 2017-7-25 16:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-25 16:40 编辑

17 str估算,1000年左右共祖的样本,东亚、东北亚、北亚、中亚都有一些,不过,这个4-5步突变区间,是不是一个群的把握度就大打折扣了。

No.Populationlocation,freeulideanmutationYears
MongolLiaoning11.90787844900
Ht122MongolLiaoning11.90787844900
1362Hanzhejiang124900
1410Hanzhejiang124900
1411Hanzhejiang124900
1486Hanzhejiang124900
240KoreanKorean124900
197KoreanKorea124900
316KoreanKorea124900
KorYH82KoreanSeoul, Korea124900
KorYH97KoreanSeoul, Korea124900
KorYH-316KoreanSeoul, Korea124900
JapaneseJapan124900
JapaneseJapan224900
李 NasosHanHubei124900
H38Hanshandong124900
191JapaneseJapan124900
KoreanKorea124900
KoreanKorea124900
IN271IndonesiaWestern Indonesia (Kalimantan West)124900
SL241Taiwan Plain TribesSiraya (Hwalien)124900
H307HanHenan124900
H383HanHenan124900
6HanHenan124900
293HanHenan124900
451HanHenan124900
1201HanHenan124900
1217HanHenan124900
ID0136Hanhenan124900
ID0374Hanhenan124900
ID0751Hanhenan124900
11UyghurXinjiang124900
H57HanJilin124900
H23KoreanJilin124900
Changzhou205HanJiangsu124900
Suqian028HanJiangsu124900
D278MongolOrdos124900
h0998Hansichuan124900
h1162Hansichuan124900
h1246Hansichuan124900
h1623Hansichuan124900
h1818Hansichuan224900
h1874Hansichuan224900
h1891Hansichuan224900
h1956Hansichuan224900
h2028Hansichuan224900
h2092Hansichuan324900
h2160Hansichuan524900
310Hanzhejiang22.23606851125
1356Hanzhejiang12.23606851125
1461Hanzhejiang12.23606851125
1772Hanzhejiang12.23606851125
2809Hanzhejiang12.23606851125
H46Hanzhejiang12.23606851125
H68Hanzhejiang12.23606851125
179KoreanKorean12.23606851125
238KoreanKorean12.23606851125
265KoreanKorean12.23606851125
267KoreanKorean12.23606851125
550KoreanKorean12.23606851125
143TibetanTibet12.23606851125
HanHebei12.23606851125
KorYH-225KoreanSeoul, Korea12.23606851125
JapaneseJapan12.23606851125
JapaneseJapan12.23606851125
HGDP01228MongolChina12.23606851125
HGDP01353TuChina12.23606851125
Ht170ManchuLiaoning12.23606851125
195JapaneseJapan22.23606851125
216JapaneseJapan12.23606851125
225JapaneseJapan12.23606851125
641JapaneseJapan12.23606851125
Ht83XibeLiaoning12.23606851125
KoreanKorea12.23606851125
KoreanKorea12.23606851125
KH1KazaksAltai Prefecture, Xinjiang12.23606851125
YL14Taiwan Plain Tribes (debated)Yunlin12.23606851125
1 of 201ManchuLiaoning12.23606851125
dörwödMongolKalmykia12.23606851125
KH1KazaksAltai Prefecture, Xinjiang12.23606851125
JK4702Seoul, South Korea [Koreans]12.23606851125
h76TibetanTibet12.23606851125
M1-6Fujian, China [She]2.23606851125
H289HanHenan12.23606851125
H380HanHenan12.23606851125
H386HanHenan12.23606851125
H390HanHenan22.23606851125
H457HanHenan12.23606851125
H695HanHenan12.23606851125
292HanHenan12.23606851125
349HanHenan12.23606851125
356HanHenan12.23606851125
374HanHenan12.23606851125
475HanHenan12.23606851125
582HanHenan12.23606851125
819HanHenan12.23606851125
874HanHenan12.23606851125
1041HanHenan12.23606851125
1081HanHenan12.23606851125
1212HanHenan12.23606851125
1223HanHenan12.23606851125
1321HanHenan12.23606851125
H285HanShandong12.23606851125
H373HanShandong12.23606851125
HN47[Kinh]Hanoi  12.23606851125
ID0162Hanhenan12.23606851125
ID0468Hanhenan12.23606851125
ID0025Hanhenan12.23606851125
ID0754Hanhenan12.23606851125
ID1069Hanhenan12.23606851125
Ht177KoreanLiaoning12.23606851125
H25KoreanJilin12.23606851125
6KK6FB2 莊Han2.23606851125
Xuzhou001HanJiangsu12.23606851125
h0241Hansichuan12.23606851125
h0280Hansichuan12.23606851125
h0529Hansichuan12.23606851125
h0854Hansichuan12.23606851125
h1039Hansichuan12.23606851125
h1387Hansichuan12.23606851125
h1543Hansichuan12.23606851125
h1557Hansichuan12.23606851125
h1567Hansichuan12.23606851125
h1618Hansichuan12.23606851125
h1684Hansichuan12.23606851125
h1804Hansichuan22.23606851125
h1952Hansichuan22.23606851125
h2123Hansichuan42.23606851125
h2124Hansichuan42.23606851125
发表于 2017-7-25 20:04 | 显示全部楼层
2# Yungsiyebu
哈萨克乃曼的簇应该是对应哈萨克汗国建立后的扩张。听萨哈讲维吾尔有与乃曼簇相近的类型,锡伯族也有但稍远一些,小永能算一下他们之间的分离年龄吗?
发表于 2017-7-25 20:13 | 显示全部楼层
5# sahaliyan
我没有说锡伯有乃曼簇,看过那个L1360的分形图乃曼簇除了与维吾尔的较近外,锡伯族的L1360离乃曼簇也相对比较近,呵呵
发表于 2017-7-25 20:17 | 显示全部楼层
5# sahaliyan
能计算一下乃曼簇与蒙古、维吾尔、吉尔吉斯、钦察草原非乃蛮簇之间的分离时间的话最好,能对应一些草原历史事件发生的时间。
发表于 2017-7-25 22:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 乃曼 于 2017-7-25 22:55 编辑

这个对于现代哈萨克乃曼部很重要,不过数据(如果老永的计算大致无误)结合历史记载,现代乃曼和古代乃曼汗国初期父系结构比较看来,很可能发生了较大变化。200-300年内的共祖的数据大多在哈萨克、蒙古、维吾尔,貌似和准格尔-哈萨克战争有关,而“400-700年,是一个重要区间,对于乃蛮L1360+起源很关键”、“样本除了中亚样本外,还有大量来自韩国、四川、江苏、浙江、河南等省份的东亚样本”看来和哈萨克汗国、准格尔汗国初期、明清交界期历史有关,这些都不能和元朝之前的乃曼汗国时期建立联系。而历史记载乃曼早先位于蒙古高原西北部至今图瓦一带,这里古代数据和今天所测父系类型都罕见O系,大多以Q\R\N为主辅以少量C,只有在偏南的地带比如吐鲁番-甘肃内蒙西部才有可能较多的O。所以我推测早期乃曼很可能不是以o父系为主,可能是和古代塞种人、匈奴、突厥等类似以Q为核心,辅以R、C、N等,O的来源大概有几种可能:一是来自乌孙系乌古斯,乌孙最早由河西走廊延天山山脉西迁,可能带来大量南部的O,乃曼汗国在后期并有今天蒙古国和新疆交界地带的乌孙部落;二是可能来自东亚的契丹;三是可能来自蒙古准格尔,但是准格尔本身是鲜有O系的西伯利亚部族,所以即使这种可能其O也很可能是间接来自其他某部族。
发表于 2017-7-25 23:37 | 显示全部楼层
10# 乃曼

乃曼先民主体更早时期可能不在蒙古高原西北部及阿尔泰一带,那是后来才迁徙的游牧地区。根据F444-L1360乃曼簇在哈萨克、维吾尔、吉尔吉斯等族的分布,结合史料综合分析,乃曼先民更早可能来自蒙古高原中部或中北部,应与回鹘(九姓乌古斯)有渊源 关系。
发表于 2017-7-25 23:41 | 显示全部楼层
“准格尔本身是鲜有O系的西伯利亚部族”,不是。从准噶尔分离出去的俄罗斯卡尔梅克的土尔扈特、杜尔伯特、和硕特三部都有比例不低的O3.
 楼主| 发表于 2017-7-26 08:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-26 09:14 编辑
这里古代数据和今天所测父系类型都罕见O系,大多以Q\R\N为主辅以少量C,
乃曼 发表于 2017-7-25 22:49

事情不能静态的看,如阿尔泰古dna可以测到比例不低的C3南xM407和Q南支,但今天几乎绝迹了。

根据韩国中央大学团队的早期韩文论文,古代蒙古草原近百例样本以O占多数。

很多人无法接受结果,说韩国团队论文造假,其实,这个团队陆续有高质量英文论文刊发,有位蒙古国的学生Gavaachimed Lkhagvasuren在团队内,最近的文献是第一作者,预计未来英文论文也会持续刊发。

Molecular Genealogy of a Mongol Queen’s Family and Her Possible Kinship with Genghis Khan

A western Eurasian male is found in 2000-year-old elite Xiongnu cemetery in Northeast Mongolia
img-f75bf35c8c48311348132757a385a234.jpg
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 楼主| 发表于 2017-7-26 10:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-26 10:12 编辑
2# Yungsiyebu
哈萨克乃曼的簇应该是对应哈萨克汗国建立后的扩张。听萨哈讲维吾尔有与乃曼簇相近的类型,锡伯族也有但稍远一些,小永能算一下他们之间的分离年龄吗?
Bgbilim 发表于 2017-7-25 20:04

上边列表已经给出,Uighur样本最近的有全同的,还有多个差1步突变的,200-300年左右共祖。

Liaoning xibe样本较远,~1000年上下。

17 Y-str只能提供有限的参考,不排除偶然的Y-STR型相似的可能性,年代估算也很粗,浮动区间很大。但因为17 y-str有海量数据,所以,可以提供更多有价值的信息。
 楼主| 发表于 2017-7-26 10:16 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-26 10:26 编辑

再看一下风虎他们提供的高通量数据信息。从高通量测序数据来看,应当可以侧面支持,乃蛮L1360+样本在东亚有普遍的近2000以内的亲族样本。

因为17 y-str的把握度上限一般4-5步突变,也即1000年上下,再多突变,多数样本恐怕就不是一个大群了。如果上述列表中当前文献报道的样本果真有高比例也在乃蛮簇的细分群内的话,则暗示这个1000年前前后爆发的家族,很可能是辽金元时代,出于草原与华北交界地区的某个贵族家族。

我个人第一念,想到的是,沙陀突厥李克用等相关家族。

Yfull的 Haplogroup YTree v4.06 新增一例哈萨克奈曼的L1360+的样本,这例样本与之前的YF03136样本共祖时间只有五六十年,他们的L360以下的42个私有位点全部相同,于是获得了哈萨克奈曼L1360簇的全部SNPs。将这些SNP与台湾全测数据对比整理获得如此的分化树形。其中比较有意思的是奈曼部与台湾汉人最晚近共祖于FGC16911,算下来FGC16911分化年代只有2082年左右。





发表于 2017-7-26 10:22 | 显示全部楼层
事情不能静态的看,如阿尔泰古dna可以测到比例不低的C3南xM407和Q南支,但今天几乎绝迹了。

根据韩国中央大学团队的早期韩文论文,古代蒙古草原近百例样本以O占多数。

很多人无法接受结果,说韩国团队论文造 ...
Yungsiyebu 发表于 2017-7-26 08:43

那个早期论文他们自己都不提了,A western Eurasian male is found in 2000-year-old elite Xiongnu cemetery in Northeast Mongolia论文里的数据已经被很多国外论文和网站引用了,那早期论文的数据国外哪个论文还用过了?
 楼主| 发表于 2017-7-26 10:24 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-26 10:25 编辑
那个早期论文他们自己都不提了,A western Eurasian male is found in 2000-year-old elite Xiongnu cemetery in Northeast Mongolia论文里的数据已经被很多国外论文和网站引用了,那早期论文的数据国外哪个论文还 ...
双头鹰 发表于 2017-7-26 10:22

你看过哪篇英文期刊刊发的援引论文列表中,有中文文献?这是韩文论文,当然不会被广泛援引。我说的是,这个团队的技术水平是可信的,是东亚古dna研究领域的顶尖机构。
发表于 2017-7-26 10:26 | 显示全部楼层
你看过哪篇英文期刊刊发的援引论文列表中,有中文文献?这是韩文论文,当然不会被广泛援引。我说的是,这个团队的技术水平是可信的。
Yungsiyebu 发表于 2017-7-26 10:24


是标准论文,就该把取样地、数据出处列出来,啥都没有的,算什么论文?
 楼主| 发表于 2017-7-26 10:30 | 显示全部楼层
是标准论文,就该把取样地、数据出处列出来,啥都没有的,算什么论文?
双头鹰 发表于 2017-7-26 10:26

可以检索论文标题,获取详细信息,应当是个学位论文,超级大。
 楼主| 发表于 2017-7-26 11:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-7-26 11:56 编辑
你确信一楼那些是200-300年共祖?17全同或者差一步可以是亲兄弟,也可以是两千多年共祖
如果按你的算法,哈萨克部落几乎都是200-300年共祖。而且其中还有维族样本呢(维族的乃蛮簇在伊犁和南疆都有),1700-1800年 ...
sahaliyan 发表于 2017-7-26 11:50

我表述的很清楚,一个家族繁衍200-300年,0-1突变为主是不成问题的。但不同群str跳来跳去,偶然很接近,是另一回事。另外,没什么大量,uighur的haplotype接近的,就这么几例而已,我不觉得有什么不可能,近200-300年人群迁徙混合太正常了。
发表于 2017-7-26 12:01 | 显示全部楼层
15# Yungsiyebu
根据史料判断乃曼应该是回鹘的一支,后来回鹘崩溃南下到达高昌(吉木萨尔),还有部分到了阿尔泰山一带。吐鲁番维吾尔族约有9%的F444,应与此相关,如果维吾尔族的L1360与哈萨克乃曼簇200-300共祖就很奇怪了,好象那个时期哈萨克乃曼部没有什么动乱,乃曼的克宰部与卡拉克列部都是发展壮大时期。与沙陀相关就更奇怪了。
 楼主| 发表于 2017-7-26 12:02 | 显示全部楼层
你就鬼扯吧,看来你对乃蛮部的历史一无所知,光是黑宰就不止200-300年共祖,你说这些L1360会是一个部族分支的吗?
sahaliyan 发表于 2017-7-26 12:00

我反复强调过,不排除偶然巧合17 y-str相似,但一个200-300年共祖的家族,其后裔0-1步突变差异最为常见,是不成问题。有大量家系DNA支持这个突变率。
 楼主| 发表于 2017-7-26 12:05 | 显示全部楼层
15# Yungsiyebu
如果维吾尔族的L1360与哈萨克乃曼簇200-300共祖就很奇怪了,好象那个时期哈萨克乃曼部没有什么动乱,乃曼的克宰部与卡拉克列部都是发展壮大时期。与沙陀相关就更奇怪了。
Bgbilim 发表于 2017-7-26 12:01

仅指上述列表样本,维吾尔的数据很少,仅200-300年,邻近民族彼此通婚,有少量混合,没什么不正常的。

与相差1步突变的样本,也都是邻近内蒙古东南部的朝鲜和满族样本。
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