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【PRJEB9041】Sanger Institute尼泊尔藏缅人群WGS样本的y和mt分析

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发表于 2017-9-29 10:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 wmch_928 于 2018-2-1 00:52 编辑

NCBI项目编号:PRJEB9041
T19_Tibet;
The Wellcome Trust Sanger Institute

We propose to sequence 35 Tibetan samples to provide a comparative dataset for a project examining Himalayan samples (I1911). Tibetans have been studied in several ways such as their adaptations to high altitude life, although not, thus far, at the genome sequence level. We chose this number of individuals because similar numbers will be sequenced from many African, European and HGDP populations, and thus the Tibetan data can also be included in many other analyses.
绿色是40x的
QQ图片20170929101305.png

把树形理了一下,在楼下;正好昨天也出了篇印度东北的文章,可惜不是WGS的数据。
发表于 2017-9-29 10:50 | 显示全部楼层
和汉族共享的成分主要是CTS1642,贝塔2和N-M1819,非常有价值的资料,马兄辛苦!
发表于 2017-9-29 10:51 | 显示全部楼层
古 藏缅人群 无 C
发表于 2017-9-29 11:07 | 显示全部楼层
本帖最后由 双头鹰 于 2017-9-29 11:11 编辑
说明M217前往西部的时间很晚,但也不是全部,不丹人和BURUSHO人还是有M217下游分支的,BURUSHO人也有贝塔2,不过BURUSHO人没有藏缅类型
sahaliyan 发表于 2017-9-29 10:55
BURUSHO人里那个C2还是南支,不过他们是巴基斯坦北部族群,这个C2的来源可能和藏缅族群关系不大,不丹那个M48确实蛮奇怪的,藏族样本里好像比较常见的是448del
发表于 2017-9-29 11:15 | 显示全部楼层
本帖最后由 双头鹰 于 2017-9-29 11:31 编辑
我说的是不丹的C2南支
孟加拉人也有
sahaliyan 发表于 2017-9-29 11:12
嗯,孟加拉有F3777,不丹的南支数据出自哪里?能给一下么?
发表于 2017-9-29 11:58 | 显示全部楼层
嗯,孟加拉有F3777,不丹的南支数据出自哪里?能给一下么?
双头鹰 发表于 2017-9-29 11:15

http://www.ranhaer.com/thread-33354-1-2.html
发表于 2017-9-29 12:37 | 显示全部楼层
9# Lep1dus
多谢了,原来是复旦的数据呀
发表于 2017-9-29 15:19 | 显示全部楼层
https://www.23mofang.com/communi ... 3692b9b4672d69b0b50
藏缅可分为北部藏缅和南部藏缅
北部藏缅以D-N1、D-M533、M117(以CTS1642为主)等支系为主
南部藏缅以M117(CTS1642)、N1b、O-M95等支系为主
发表于 2017-9-29 19:24 | 显示全部楼层
根据10楼引用的文字,SK1730/Y7080还是有比较大的可能和这支3000多年的N1b2支系结伴迁徙的,这样,他们还是从马家窑-营盘山迁徙而来的可能性大些,不知道SK1730/Y7080的年龄是不是也在这个区间范围内

N1b1和N1b2按以往经验也是不容易分开的,无论N1b2(6600ybp)还是F5(7300ybp)年龄都够不上仰韶以前的大地湾-老官台文化,所以它们可能应该与这些N1b1有关,仰韶以及马家窑兴起后,N1b2超过N1b1成为汉藏中N南支的主流

这里的贝塔2都标明是CTS7377-,不知是否意味着是4700ypb扩张的汉族常见支系以外的早期支系,不知道有多早,如较早,则也许还有其他可能

再一次说明藏缅中的F5以CTS1642为绝对多数
 楼主| 发表于 2018-2-1 00:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 wmch_928 于 2018-2-1 01:08 编辑

补充下用这些新的WGS数据得出的树形:
Oα6的,
QQ图片20180201003328.png

Oβ2*的,
QQ图片20180201004756.png

Q-M120的,
QQ图片20180201010736.png

评分

1

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发表于 2018-2-1 05:59 | 显示全部楼层
4# 大凌河
别把话说这么满,汉藏语系的汉族,藏缅语系的土家族和哈尼族以及印度东北的Garo人都有比例不低的C2南支
发表于 2018-2-1 06:00 | 显示全部楼层
12# guwei0001
南部一些藏缅族群的O-M95和F2更有可能是融合进藏缅的南亚或百濮,并非藏缅最初的成分
发表于 2018-2-1 06:02 | 显示全部楼层
从母系来看藏缅人群的RBF很少,基本都是A,C,D4,G,M9之类的,显示他们跟亚洲北部族群的关系更近
发表于 2018-2-1 10:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 Peruvian 于 2018-2-1 10:56 编辑
补充下用这些新的WGS数据得出的树形:
Oα6的,
55825

Oβ2*的,
55826

Q-M120的,
55827
wmch_928 发表于 2018-2-1 00:51

你好,F242此处样本算得TMRCA是4800?具体是哪一级呢?
发表于 2018-2-1 11:06 | 显示全部楼层
CTS7377-只有4800,和23魔方时间差异很大
发表于 2018-2-1 11:33 | 显示全部楼层
梳理了下藏缅的CTS1642,总体感觉下面的两支分布还是有些偏向性,CTS5308支系总体偏西偏北,藏族(藏族的F5主要是CTS5308),尼泊尔、不丹、夏尔巴人,西北汉人、华北汉人、日本人。F14408支系则偏东偏南,印东北的藏缅(Riang)、孟加拉、缅甸、纳西族、彝族、景颇族、土家族、两广汉族等。当然这个说的是大体情况,相互交融的局面也是存在的。另外偏东的多数缺D父系,或者伴随的D系明显比偏西的低。
 楼主| 发表于 2018-2-1 11:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 wmch_928 于 2018-2-1 11:59 编辑
你好,F242此处样本算得TMRCA是4800?具体是哪一级呢?
Peruvian 发表于 2018-2-1 10:50


4800年用的是yfull上、F242即Oβ2这一级的共祖时间;并排除了山东的那例魔方样本,yfull时间显示有些问题,点info进去就可以看到正确的值:(4311+5331)/2=4831
如果加上尼泊尔的这3个wgs样本,那么Oβ2的共祖时间算出来是5134年,增加了一点。
CTS7377-只有4800,和23魔方时间差异很大
 楼主| 发表于 2018-2-1 11:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 wmch_928 于 2018-2-1 12:00 编辑

4800年是排除魔方样本后yfull给出的Oβ2的共祖时间;
CTS7377-的,目前仅见(误,本意是所见)的也就是尼泊尔藏缅的这支,共祖年代估计是1500年。
发表于 2018-2-1 11:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 风虎云龙 于 2018-2-1 11:57 编辑
4800年用的是yfull上、F242即Oβ2这一级的共祖时间;并排除了山东的那例魔方样本,yfull时间显示有些问题,点info进去就可以看到正确的值:(4311+5331)/2=4831



4800年是排除魔方样本后yfull给出的Oβ2的 ...
wmch_928 发表于 2018-2-1 11:47
CTS73777-的汉族样本还是有的,现在至少析出了F1866这一支。尼泊尔的数据我还没看,不知道是不是属于F1866这一支。
F563.jpg
发表于 2018-2-1 11:59 | 显示全部楼层
另外F242--CTS4266的年龄肯定比这个大,从私有位点数量就能看出来,现在还没来得及算。
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