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F3555单倍群树形及分化年龄初算

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发表于 2018-1-4 13:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 风虎云龙 于 2018-1-8 09:41 编辑

刚刚做完F3555树形及分化年龄的计算,按照对F948的随机抽样测序显示F3555大概占中国人口的1%这样,等待以后将此位点更新到芯片做大范围人群筛查。F3555下现在看是个多叉,年龄也在商代初年这样。其下游最大的支系是F13864,是个明确的多叉,年龄在周初。接着是F13136,也是个明显的多叉,年龄在2500年这样。
F3555.png

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发表于 2018-1-4 14:06 | 显示全部楼层
从这个树看F13864和F13136爆发都挺厉害的,不知分别对应到哪位厉害的人物
 楼主| 发表于 2018-1-4 14:14 | 显示全部楼层
后面等兰海那边的数据加上来树形会更加详尽,年龄也会更加准确。
发表于 2018-1-4 15:50 | 显示全部楼层
继刘汉之后,殷商宋子孔圣家族基因被攻克
发表于 2018-1-4 17:39 | 显示全部楼层
如此看来,分化树是一种发现古代超级祖父的好方法,有年代有发育关系,说服力很强。

比古DNA更容易,古代DNA首先数量少,而且由于某个支系祖先只占当时总人口的趋近于几万分之一,从概率上看只有几十个个体的遗址中恰好发现某支系的概率非常低,所以发现的往往都是*,给很多人凭空假想的空间,所以古代DNA的方法虽然直接,但难度极大。

现在看,F3555年代配合度非常高
商王F3555(商代初期距今约3600年,TMRCA=3610符合)
宋公族微仲F13864(封微子距今约3100年,TMRCA=3180符合)
孔圣人F13136(孔子出生距今2568年,TMRCA=2469基本符合,孔子由于只有孔鲤一个后裔,且衍圣公都是孔伋后裔,孔伋大致是2500-2419年也符合)
281297可能涉及南北孔,考虑到现在的衍圣公本支,则281297为北孔,TMRCA=969也是合理的
C2南支在商周的历史上应该是起了非常大的作用

另外这么看,外孔的M120不是孔子生物学上的后人

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发表于 2018-1-4 21:41 | 显示全部楼层
F13136下是个多叉,搞清楚这是什么挺重要的,因为按家谱,孔子以下似乎七代单传,并不支持这个年代多叉,可能是因为有些样本SNP较少所以年龄拉低,F3555到F13864下一个SNP共430年,F13864到F13136下两个SNP共710年,都偏多。感觉F16605才是孔家

还有就是F13864能否确证为宋公室结果,能否有其他公室后裔,如宋戴公后裔戴氏,如能把这里弄通,F16605相应是孔家的可能性也确定很多

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发表于 2018-1-4 21:45 | 显示全部楼层
本帖最后由 kongshibei 于 2018-4-20 03:52 编辑

这个共祖时间上下浮动20%都是有可能的,结合历史和家谱,可以把时间定的更准确。
F13136是F8841的下游位点,似乎应该再早个几百年,大约2900年左右的样子。
YQ1340被highlight了,可能是个少数民族。
商朝君主世系:
https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%95%86%E6%9C%9D%E5%90%9B%E4%B8%BB%E4%B8%96%E7%B3%BB%E5%9B%BE
宋国君主世系:
https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%AE%8B%E5%9B%BD%E5%90%9B%E4%B8%BB%E4%B8%96%E7%B3%BB%E5%9B%BE
孔子世家大宗世系:
https://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%AD%94%E5%AD%90%E4%B8%96%E5%AE%B6%E5%A4%A7%E5%AE%97%E4%B8%96%E7%B3%BB%E5%9B%BE
发表于 2018-1-4 22:30 | 显示全部楼层
F13136下是个多叉,搞清楚这是什么挺重要的,因为按家谱,孔子以下似乎七代单传,并不支持这个年代多叉,可能是因为有些样本SNP较少所以年龄拉低,F3555到F13864下一个SNP共430年,F13864到F13136下两个SNP共710年, ...
Lep1dus 发表于 2018-1-4 21:41
不错,在原有的树形中F13864等价于F3555,F13136等价于F8841。按之前河南戴姓的结果为F8841,应当是F13136之下的分支。据称河南戴姓按族谱出自宋戴公,则与孔子共祖于宋前湣公,大概是2900年前。则F13136应是宋国公室的类型,F16605则当是弗父何之后孔子一脉的某一祖先。
由于不同支系积累突变的差异性,估算得到共祖时间可能只能提供一个大概的范围。树形才是更为重要的。

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发表于 2018-1-4 22:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 kongshibei 于 2018-4-20 03:55 编辑

2# Peruvian

一个是晚商时期的人,一个是西周初期的人。
发表于 2018-1-4 22:45 | 显示全部楼层
3# sahaliyan

我觉得后一种情况的可能性大,这个图上的时间应该有个上下20%的变动范围,魔方那篇《历史时期的父系祖先》文章中给的范围是30%。这些snp的时间范围和历史或家谱上的时间范围的交集,应该更接近真实的时间。如果知道这些测试者的姓氏和家族起源就好了。
发表于 2018-1-4 22:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 kongshibei 于 2018-11-13 17:03 编辑

4# 风虎云龙

宁阳孔可以用编号表示,其在复旦的编号应该是Ych2508,这样显得更统一,多谢。
发表于 2018-1-4 23:02 | 显示全部楼层
本帖最后由 kongshibei 于 2018-4-20 03:54 编辑

6# 隔壁老王

当代人都是古代人的活化石,取样容易得多。古代DNA其实不少,但很多样本拿不到,拿到也不一定能够成功提取,身份认定有时也是问题。商朝时期估计已经有几十万几百万人了。F13864可能不是微仲衍,而是商朝晚期的某个人。
发表于 2018-1-4 23:42 | 显示全部楼层
姓氏没有显示,都是姓孔?
发表于 2018-1-5 00:02 | 显示全部楼层
15# 一统浆糊

不都是吧。
发表于 2018-1-5 01:10 | 显示全部楼层
15# 一统浆糊

不都是吧。
kongshibei 发表于 2018-1-5 00:02


如此则不可轻易跟古人联系起来。
发表于 2018-1-5 12:24 | 显示全部楼层
18# 一统浆糊

这个分析并没有专门针对孔姓,可能是从魔方的100个C2南支的高通数据里提取出来的,各姓氏都有,F3555也不可能都姓孔的。
发表于 2018-1-5 13:54 | 显示全部楼层
本帖最后由 kongshibei 于 2018-1-5 13:56 编辑

24# sahaliyan

Y染色体检测也有精确度问题,目前顶多能够精确到100年,三四代人,要想精确到一两代人,几乎是不可能的,除非有其他的辅助手段或者信息。不过对于一百年以内分开的,可以借助于常染色体,对于超过一千年的,常染色体检测也没啥用了。有的时候也会存在近支内的过继,这些事情也不一定都写在家谱上,时间长了,其后人也不知道自己的祖先是过继的。
发表于 2018-1-6 15:59 | 显示全部楼层
其实金元之际的一个人有那么多后裔的,查看内孔的20派六十户可以很容易猜出究竟是谁,因为那个六十户中有多少户出自一个人后裔,达到M120占曲阜孔氏的比例是很清楚的。
不过我这里要强调的是,无论测出的结果是什 ...
sahaliyan 发表于 2018-1-5 10:32
这段话说得有道理!
发表于 2018-1-6 16:02 | 显示全部楼层
24# sahaliyan

Y染色体检测也有精确度问题,目前顶多能够精确到100年,三四代人,要想精确到一两代人,几乎是不可能的,除非有其他的辅助手段或者信息。不过对于一百年以内分开的,可以借助于常染色体,对于超过 ...
kongshibei 发表于 2018-1-5 13:54
这段话说的也有道理!
发表于 2018-1-6 18:43 | 显示全部楼层
我这边的数据分析也会尽快。

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