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K47分析器中古南岛成分是个什么属性的成分?

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发表于 2018-1-29 14:05 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 simonbob 于 2018-3-18 22:54 编辑

我的古南岛成分超过7%,而印尼和马来西亚人的样本古南岛也只有5%左右,普遍比中国南方人都低。很好奇这是种什么属性的成分,难道东南亚岛国人的祖先来自中国?

psbUM60P33Y.png
发表于 2018-1-29 14:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2018-1-29 15:09 编辑

1# simonbob

从你的成分构成来看,这个计算器的古南岛成分可能是一种汤加古人高频的成分(目前只有这一批古南岛人群的aDNA数据),而这些古南岛人群的核心阶层的常染成分是百分百的SEA(也即EAS-2华南成分),他们的mt经过分析,可以断定来自中国东南沿海(与台湾土著一致)。

     岛屿东南亚的南岛先祖肯定来自中国(东南沿海),这个是国际学界公认的。当然,现在的东南亚土著并不是只有一个中国先祖,还有本地土著先祖,他们大部分是混合型种系,除了极个别的不愿意与当地土著混血的山区族群,这个本坛早已经有过讨论。
 楼主| 发表于 2018-1-29 16:32 | 显示全部楼层
2# imvivi001
哦,谢谢解说!
发表于 2018-1-29 22:01 | 显示全部楼层
QQ图片20180129220000.png

贴一个我自己的,广东客家人比较一下吧。
发表于 2018-1-29 22:08 | 显示全部楼层
相比之下,客家人只能说是新南方人,呵呵
发表于 2018-1-29 22:35 | 显示全部楼层
5# imvivi001 楼主是四川客家人啊。
发表于 2018-1-29 22:56 | 显示全部楼层
6# cwqjack
  呵呵,怪不得呢
发表于 2018-1-30 14:00 | 显示全部楼层
East-Asian  40.52
South-Chinese  27.92
Mongolian 13.66
Amuro-Manchurian 7.76
Tibeto-Burman 5.42
Indo-Chinese 1.43
Malay 1.16
Proto-Austronesian 0.88
NE-Asian 0.48
Pamirian 0.37
Andean 0.24
North-Amerind 0.12
Siberian  0.02
Papuan 0.01
发表于 2018-1-30 14:06 | 显示全部楼层
这个K47连南汉北汉都傻傻分不清。。。微基因,各色,都没有南汉,个人感觉应该是北汉跟南汉共享成分。参考南方网友的数据,在东亚和南汉成分上差不多的。那这个South-Chinese到底是什么标杆?呵呵。
发表于 2018-1-30 14:14 | 显示全部楼层
9# romantic-wk
尽管没有看到K47的成分说明原稿,不过从你们列出来的成分结构来看,K47应该是直接根据对非常大数目的古今族群做的高K值ADMIXTURE分析,然后根据在不同人群中的成分peak值让算法自动分配成分标签,其实这是一种非常科学客观的分析方法
发表于 2018-1-30 14:46 | 显示全部楼层
10# imvivi001 我是计算了1万多一点个SNP,用了好长时间,相对gedmatch,不过这样就把差异减小了。是这么理解么?
发表于 2018-1-30 15:26 | 显示全部楼层
11# romantic-wk
感觉getmatch相比这个最新的K47还是粗糙一些,一是可能K值不如K47高,更主要的是,后者似乎加入了一些古人数据做对比~
发表于 2018-1-30 22:06 | 显示全部楼层

666

666
给你们提供另一个山东人作参考
发表于 2018-2-4 00:00 | 显示全部楼层
我是台灣人~ 結果如下
East.Asian        47.33
South.Chinese        23.6
Proto.Austronesian        12.26
Indo.Chinese        6.83
Amuro.Manchurian        4.9
Tibeto.Burman        2.45
Mongolian        1.72
Malay        0.9
North.Amerind        0.01
Siberian        0.01
感覺有點玄~

話說我的E11是這樣的
African        0
European        0
India        0
Malay        2.15
SouthChineseDai        29.57
SouthwestChineseYi        6.86
EastChinese        52.99
Japanese        2.62
NorthChineseOroqen        3.98
Yakut        1.13
American        0.71

唉~萬惡的23andme v5,現在感覺算什麼都有點抽象(尤其是wegene那個新祖源相似度功能),覆蓋點都少的可憐。
发表于 2018-2-5 06:48 | 显示全部楼层
河南驻马店+许昌
1fdbb304cbc5545d.png
发表于 2018-2-6 08:29 | 显示全部楼层
这个K47连南汉北汉都傻傻分不清。。。微基因,各色,都没有南汉,个人感觉应该是北汉跟南汉共享成分。参考南方网友的数据,在东亚和南汉成分上差不多的。那这个South-Chinese到底是什么标杆?呵呵。
romantic-wk 发表于 2018-1-29 22:06


我問了K47 的作者了,他說South-Chinese標桿是 土家族、苗族、彝族、畬族。呃,可能南北漢族 彝族畬族苗族比例不一樣但加起來差不多。。。我對於土家族不是很了解。如果有問題可能可以跟他建議吧,然鵝我不是專業人士我不好亂說。

East Asian標桿是北漢跟一些韓國(怎麼感覺怪怪的,不知北漢是啥標準。。。)

Indo-Chinese是Tahai and Cambodian。


話說我用imputed data算出來的結果:
East.Asian        43.49
South.Chinese        26.62
Proto.Austronesian        9.91
Indo.Chinese        5.81
Malay        4.61
Amuro.Manchurian        3.16
Mongolian        3.04
Tibeto.Burman        3
Nilotic        0.14
North.Amerind        0.14
Central.African_HG        0.05
Siberian        0.02

呃,赫然出現兩個非洲,趕腳也沒辣麼可信。E11 是
African: 0.00%
European: 0.00%
India: 0.00%
Malay: 3.19%
South Chinese Dai: 29.62%
Southwest Chinese Yi: 8.27%
East Chinese: 48.52%
Japanese: 5.59%
North Chinese Oroqen: 2.41%
Yakut: 1.65%
American: 0.75%

但由於是imputed data所以依然很抽象。
发表于 2018-2-6 14:34 | 显示全部楼层
我是台灣人~ 結果如下
East.Asian        47.33
South.Chinese        23.6
Proto.Austronesian        12.26
Indo.Chinese        6.83
Amuro.Manchurian        4.9
Tibeto.Burman        2.45
Mongolian        1.72
Malay        0.9
North.Amerind        0.01
Siberi ...
yz4250 发表于 2018-2-4 00:00

  相比你楼上的山东人,你的‘南岛成分Proto.Austronesian’比较高,也是正常的。

   根据体质人类学者陈叔倬及西拉雅人段洪坤共同在学术期刊上发表〈平埔血源与台湾国族血统论〉[14] ,对林妈利的2007年新论点提出方法上的质疑。首先,他们质疑林妈利的数据前后矛盾。在人类组织抗原(HLA)方面,2000-2001年的林妈利指出13%台湾人的单倍型来自原住民;为何2007年的数据变成52%?
    在粒腺体DNA 方面,2006年的林妈利指出台湾人有26%拥有来自原住民的母系血缘;为何2007年的数据变成47%?其次,在三个基因系统当中,只要有一个与原住民相同,就被林妈利归类为原住民血统。然而,人类的基因有数万个。只要分析更多基因,则任一基因系统与原住民相同的比例就会愈高

    陈叔倬与段洪坤指出:「如此持续的进行更多的基因系统分析,可以得到99.99%台湾汉人都有原住民血统的结论。」第三,根据同样的计算方式,只要有一个基因与亚洲大陆族群相同,也可归类为亚洲大陆血统。如此一来,可得出87%台湾人带有亚洲大陆的血统。为何林妈利只选择性地公布85%台湾人带有台湾原住民的血统呢?

  林妈利在回应陈叔倬与段洪坤的文章中,并未回答上述三个问题,而是质疑他们的动机。林妈利指出陈叔倬与中国复旦大学有合作关系,「他的为文攻击台湾的研究是不是为了配合中国复旦大学同事的论调?是不是有汉人血统论的政治意图?」[15]。陈叔倬与段洪坤再次回应:「林妈利医师选择回避我们的质疑,却花较多篇幅提出非关〈平埔血源与台湾国族血统论〉内容的问题。」他们要求林妈利正面回应他们的三个问题。[16]

  林妈利并未再回应陈叔倬与段洪坤,而是将她过去关于台湾人基因研究的文章与讲稿集结成书:《我们流着不同的血液》。在序中,林妈利暗指陈叔倬与段洪坤是北方汉人血统论者,并宣称要「堵住台湾人的北方汉人血统论者的嘴巴」(页11)。
    她引用刘如峰医师的话:「台湾人是汉化的越族,到台湾后与平埔族混血的后代」。由于这本书是集结林妈利不同年代的作品,因此,同一本书当中出现许多不一致的结论。例如,页79与页199指出「台湾人13%的基因是来自原住民」;页64指出「台湾人有26%拥有来自原住民的母系血缘」;页112指出「85%的台湾人是带有台湾原住民的血缘」;页48指出「原本推测台湾人85% 带有原住民基因的结果,频率可能需要再向上修正」。[17]

  2009年,陈叔倬取得史丹福大学人类学博士学位。他的博士论文分析了172个平埔族(包括巴宰族、西拉雅族)样本、34个居住在西拉雅吉贝耍部落的汉人样本、138个台南汉人样本,并对照已发表的高山原住民基因数据与中国汉人基因数据。
     对于平埔族样本的认定,在林妈利的研究中,只要受试者说他是平埔族,这个样本就被放到平埔族中。因此,一个实际上没有平埔族血统的受试者,可能藉由自我宣称而成为平埔族样本,并使其他没有平埔族血统的样本也被鉴定为平埔族。

     陈叔倬采取不同于林妈利的方式,陈叔倬则结合日本时代的户籍资料,确认受试者的家庭从19世纪末以来未曾与汉人通婚,才算是平埔族样本。他的分析结果显示,台南汉人的基因较接近中国南方汉人,不同于平埔族。至于居住在吉贝耍部落的汉人,其父系血缘较接近台南汉人与中国南方汉人;其母系血缘较接近吉贝耍的平埔族。
发表于 2018-2-6 14:43 | 显示全部楼层
...話說我用imputed data算出來的結果:
East.Asian        43.49
South.Chinese        26.62
Proto.Austronesian        9.91
Indo.Chinese        5.81
Malay        4.61
Amuro.Manchurian        3.16
Mongolian        3.04
Tibeto.Burman        3
Nilotic        0.14
North.Amerind        0.14
Central.African_HG        0.05
Siberian        0.02

呃,赫然出現兩個非洲,趕腳也沒辣麼可信。
yz4250 发表于 2018-2-6 08:29


   有极其微量的“非洲成分”是正常的,东亚欧人群自古至今都会有(田园洞古人还有不少的非洲约鲁巴成分,可视为‘Nilotic +Central.African_HG”的综合,现代印度洋沿岸人群依然还有不少,有一些是后来持续的交流的结果。所以东亚人的底层成分会有一些’非洲成分‘,尽管极其微量~
发表于 2018-2-6 19:39 | 显示全部楼层
16# yz4250 您好!可否让作者发一份各种人群标杆的说明呢?
发表于 2018-2-7 03:32 | 显示全部楼层
18# imvivi001 这些非洲成分是不是世界上所有人群都有的一种较早走出非洲的智人遗留下来的?还是晚期和非洲人群混血的结果?这种非洲成分在世界上不同人群的比例有什么差异?
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