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楼主: simonbob

K47分析器中古南岛成分是个什么属性的成分?

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发表于 2018-2-7 07:49 | 显示全部楼层
19# 远方的云

他早期還是K30時貼的,後來更改的那些我不清楚,因為那個forum上面無法改太多次自己的post他就沒update的

  • Slavic (Belarus, East Ukraine)
  • Baltic (Latvian, Lithuanian)
  • East-Med (Sicilian, Maltese, Cyprus)
  • West-Balkan (Albanian, Montenegro)
  • Insular-Celtic (Irish, Scottish)
  • Scando-Germanic (Sweden, Norway)
  • Sardinian
  • Basque
  • West-Finn (Finn, Vepsian, Karelian, Ingrian)
  • East-Finn (Mordva, Mari, Udmurt)
  • Altaic-Turkic (Altaian, Tuvan, Shor, Hakas)
  • Siberian (Nganassan, Selkup)
  • NE-Asian (Koryak, Chukchi)
  • East-Asian (Han, Korean)
  • Indo-Chinese (Burmese, Thai, Cambodian. Vietnamese)
  • North-Austronesian (Taiwan, Philipino populations)
  • West-Austronesian (Sumatra populations)
  • Papuo-Melanesian
  • South-Indian (many Dravidian pops)
  • Caucasian (north Caucasus pops but not Turkic speaking or Ossetian)
  • Semitic (Yemen, Saudi, Beduin)
  • Kalash
  • North-Amerindian (Athabaskan)
  • Amazonian (Surui, Karitiana)
  • Andean (Quechua)
  • Mesoamerican (Zapotec, Mixe, Mixtec)
  • West-African (Yoruba, Mandenka, Esan)
  • Pygmy
  • Khoisan
  • East-African (Masai, Hadza)

Amuro-Manchurian他說是Amur tribes跟日本人主要的成分。

另外因為我有跟他提出怎麼北漢比南漢多South Chinese疑問,他後來自己去對比其他的學術樣本。想看出來的數據可去 https://anthrogenica.com/showthr ... -Calculator&p=344139&viewfull=1#post344139


翻譯一下他的原話,他說他當初用做的時候沒想到East Chinese + South Chinese那麼多overlap,應該是用的很多Northern Han當East Chinese標桿之中一些標桿有southern segments導致East Asian/South Chinese比例變得南漢反而比較多East Asian, 之後會調整標桿調整East Asian/south Chinese的比例 。 作者人很nice的,又很認真^^

如果有啥建議可以去論壇跟他討論,他也很希望能參考更多非學術性東方樣本的數據~
发表于 2018-2-7 09:00 | 显示全部楼层
17# imvivi001

嗯額,我是也覺得12.26 Proto-Austronesian沒毛病,沒比其他人高一點才奇怪,因此那個imputed data又把他搞低了我就。。。覺得怪怪der。

主要覺得抽象的點是East Asian/South Chinese 比例,這部分我疑惑解決了。

哈哈哈 林媽利 那篇文我6年前好像在研究自家族譜+基因時看過,因為他的立場關係我就對辣麼高的平埔族基因有些催之以鼻,不過當時就很想做基因檢測了,但當時看到台灣有一個檢測我覺得不太靠譜(好像就是跟林媽利有關係的檢測公司,現在應該不在了),而且又貴。然後大概2年前真的有遇到平時非常聰明的同事信我們是被KMT逼著漢化的平埔族,我當時很想問那些廟難不成是KMT逼著台灣人蓋,那些族譜KMT逼著台灣人改嗎。。。(當然我是保持沉默哈哈)。

Anyway,還好我在台灣做檢測,現在人在國外,23andMe方便。而且23andMe立場中立,QA也最靠譜,sales的時候買 不貴。唯一(很大的?)黑點就是v5實在是坑人(一切都為了$$$吧),我現在跑啥數據都只有~0.28 genotype rate,結果都有點抽象。

對於非洲基因,我是覺得還好啦畢竟大家都是從非洲出來的,但對imputed data也不能說完全信任就是惹。。。用的是DNA.land 的imputed VCF轉回23andMe格式,他們號稱有99.994%準確度但不建議完全信,我就。。。
发表于 2018-2-7 09:59 | 显示全部楼层
16# yz4250 怎么我一个广东梅州客家,跑出那么高的东亚?北汉加日韩?太假了。我E11结果跟你差不了多少。 Screenshot_2018-01-31-11-11-44.png
发表于 2018-2-7 12:35 | 显示全部楼层
16# yz4250 欧美人士做分析器之前,要对东亚,东南亚等有比较深入的研究再做最好,否则会让人感到很奇怪。那些南方土著民族定义为南中国人,不能称之为南汉,这就可以理解了。但是感觉应该没那么高比例共享成分的!
发表于 2018-2-7 12:52 | 显示全部楼层
24# romantic-wk

呃,那些少數民族不也是中國人嗎。。。他沒特別說是Southern Han Chinese啊。。。Wegene 英文版下面 苗族土家族畬族等等 都是列在"Chinese"下面的。。。

感覺作者很認真想搞好東方這個部分,很少看到歐美人做admixture這麼細分東方人的。 不了解也是因為很少交流吧,我貼我的結果還有另外做admixture網友說“終於有漢人回復了!",200多頁我是唯一一個回復的漢人嗎。。。= =??作者自己也是同意,希望能跟東亞人更多交流。

至於 共享部分 他說他用非常多北漢樣本當East Asian標桿,就得看他如果有更改標桿(把outlier等去除)會不會看起來正常一點的比例咯。他好像挺自信調整過後南漢會比北漢更多South Chinese,但不知道以後啥時/會不會調整。
发表于 2018-2-7 13:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-7 14:25 编辑
16# yz4250 欧美人士做分析器之前,要对东亚,东南亚等有比较深入的研究再做最好,否则会让人感到很奇怪。那些南方土著民族定义为南中国人,不能称之为南汉,这就可以理解了。但是感觉应该没那么高比例共享成分的!
romantic-wk 发表于 2018-2-7 12:35

我稍微看了下,基本明白了为什么这个K47的East Asian“东亚成分”和South Chinese “华南成分”为什么分辨率不高(甚至有时南北颠倒)了。
作者的“东亚标杆”主要是“汉族混合组”,“华南标杆”是彝族土家族苗族畲族。
作者大概翻开地图册和民族分布资料,认为汉族是均匀分布中国南北的,所以用“东亚成分”命名。而彝族则分布在中国偏南的位置,所以归入“华南成分”

但这里有两个问题:
1,有些“汉族混合组”,整体取样地点似乎非常偏南。
2,彝族虽然在地理纬度上偏南,但常染上是十分偏北的(有点类似北汉偏西的成分)。
苗族畲族归为“南中国成分”没问题,但彝族归为“南中国成分”是有问题的。

从K=17的资料,可以明显的发现上面的两点问题(1,汉族混合组取样偏南,2,彝族常染偏北):

彝族.png
土家.png
苗族.png
设.png
1802040140ab31aaed9e034e40.png
上面那个汉族混合组,对比真正的北汉,差异非常大的
北汉.png
真正的北汉,主成份和第二成分的比例,倒是和彝族有些相似。
第三成分,也就是北亚成分,也就是末端的淡黄色成分,彝族和北汉也很接近。
差异在于彝族有些绿色维达成分和紫色巴布亚成分,而北汉没有;北汉有些西亚欧成分,彝族没有。

只要作者把彝族样本从“华南成分”(或称“南中国成分”)去除,然后“东亚成分”用的 汉族混合组取样别太偏南,就能解决“华南成分”和“东亚成分”在南北汉族分辨率不高的问题。
发表于 2018-2-7 14:06 | 显示全部楼层
26# 大昊 那十个有高加索成分的北方汉族样品应该是偏西部的,这个北京汉族样品大多数没有高加索成分,可能北方汉族的高加索成分是越往西北越高频
C9241A4C-C069-4BD8-8325-6041BF200E65.png
发表于 2018-2-7 14:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 大昊 于 2018-2-7 14:32 编辑

27# lll
你这北京汉的“泰雅成分”,多的多,少的少,参差不齐的,你认为这些是北京土著?
不仅“泰雅成分”,“北亚成分”也同样是参差不齐的。
你这北京汉倒是更接近我前面发的“汉族混合组”(虽然会比上面的汉族混合组偏北些,但绝不是单纯北京土著的数据,而应该是一些大学的数据。)
发表于 2018-2-7 15:00 | 显示全部楼层
18# imvivi001 这些非洲成分是不是世界上所有人群都有的一种较早走出非洲的智人遗留下来的?还是晚期和非洲人群混血的结果?这种非洲成分在世界上不同人群的比例有什么差异?
lll 发表于 2018-2-7 03:32

估计早期遗留占了四成,其他主要是后期在农业时代来临前持续性交流的~
发表于 2018-2-7 15:06 | 显示全部楼层
19# 远方的云
他早期還是K30時貼的,後來更改的那些我不清楚,因為那個forum上面無法改太多次自己的post他就沒update的

Slavic (Belarus, East Ukraine)
Baltic (Latvian, Lithuanian)
East-Med (Sicilian, Maltese, Cyprus)
...
yz4250 发表于 2018-2-7 07:49

East-Med (Sicilian, Maltese, Cyprus)
这里East-Med标注不太妥当,西西里人群是欧洲人群中‘非洲成分’最浓的人群,几乎接近北非。东地中海成分以叙利亚最为妥当。西西里马耳他可标注为“中地中海”比较合适。


West-Balkan (Albanian, Montenegro)
这个可以直接标注巴尔干,总的来看该地区人群差别不大,尽管语言相差蛮大的。(希腊可以单独列出或与撒丁岛并列)


East-Asian (Han, Korean)
汉族与韩族尽管都是EA(即EAS-1成分)占优,但是区别依然明显,后者是EAS-1EAS-2为主,后者与日本是EAS-1+EAS-W(藏族成分或羌巴成分,可能是早期华北主流成分)为主。


Indo-Chinese (Burmese, Thai, Cambodian. Vietnamese)
越南与中南半岛其他族群差别也是比较明显,越南的ASE成分明显低于泰国和缅甸。


North-Austronesian (Taiwan, Philipino populations)
不妥。台湾土著是纯粹的EAS-2,而菲律宾南岛人群大部分是混合型人群,除了极个别的如Igorot族。


West-African (Yoruba, Mandenka, Esan)
约鲁巴成分与西非主流的Mandenka迥然不同,二者的Fst值估计大于通古斯与南岛,应该分列。
发表于 2018-2-7 15:16 | 显示全部楼层
...

翻譯一下他的原話,他說他當初用做的時候沒想到East Chinese + South Chinese那麼多overlap,應該是用的很多Northern Han當East Chinese標桿之中一些標桿有southern segments導致East Asian/South Chinese比例變得南漢反而比較多East Asian, 之後會調整標桿調整East Asian/south Chinese的比例 。
yz4250 发表于 2018-2-7 07:49


East Chinese(EAS-1)与 South Chinese(EAS-2)是极为接近的两种成分,前者可视为后者在新仙女木之后北上与少量当地成分混合的一种成分。
目前还没有发现纯粹的‘EAS-1成分’人群,估计今后也不会发现,主要是华中华北的地理隔绝性太差,经过中华帝国大一统的几千年混合,已经不太可能还存在‘纯粹’的种系。所以对那些不太了解中华历史的外国人来说,是不可能理解这一点的。

如果单纯从pop genetics的角度出发,可以不用费神去找北汉标杆。如果一定要给普通老百姓一个通俗的印象的话,建议把冀中鲁北人群作为标杆。
至于南汉,考虑到EAS-2的peak值出现在台湾泰雅族,那建议取福建汉族比较妥当。
发表于 2018-2-7 17:40 | 显示全部楼层
16# yz4250 怎么我一个广东梅州客家,跑出那么高的东亚?北汉加日韩?太假了。我E11结果跟你差不了多少。55936
cwqjack 发表于 2018-2-7 09:59

   时至今日,我只能说,E11这种分类早已经过时了,呵呵
发表于 2018-2-7 17:48 | 显示全部楼层
26# 大昊

OK,謝謝建議~ 我有跟作者反應彝族問題了(順便指導他到這邊看你這些圖因為我在那邊等級也很低,無法貼圖和鏈接)。

我上面貼的那個是K30的時候用的標桿,後來他應該是有改,最後East Asian是Northern Han + Korean,他說他沒用南方漢族當reference population的。

話說我回帖都審核好久 心好累。。。
发表于 2018-2-7 17:48 | 显示全部楼层
18# imvivi001 这些非洲成分是不是世界上所有人群都有的一种较早走出非洲的智人遗留下来的?还是晚期和非洲人群混血的结果?这种非洲成分在世界上不同人群的比例有什么差异?
lll 发表于 2018-2-7 03:32
应该不是混血,除了软件因素,我猜由于一部分人历史上由亚洲回流非洲,导致非洲成分不纯造成假想。
发表于 2018-2-7 20:39 | 显示全部楼层
21# yz4250 非常感谢,之前我也纳闷,为什么我的南中国比南方朋友还多。现在明白了。
发表于 2018-2-7 21:12 | 显示全部楼层
28# 大昊 这些北京汉族有很多个的南岛成分、东亚成分、通-蒙成分和东北亚成分和上面的北方汉族基本一致,应该就是北京土著,即使不是北京土著也非常有可能是北方汉族
发表于 2018-2-8 11:09 | 显示全部楼层
作者的“东亚标杆”主要是“汉族混合组”,“华南标杆”是彝族土家族苗族畲族。
作者大概翻开地图册和民族分布资料,认为汉族是均匀分布中国南北的,所以用“东亚成分”命名。而彝族则分布在中国偏南的位置,所以归入“华南成分”

但这里有两个问题:
1,有些“汉族混合组”,整体取样地点似乎非常偏南。
2,彝族虽然在地理纬度上偏南,但常染上是十分偏北的(有点类似北汉偏西的成分)。
苗族畲族归为“南中国成分”没问题,但彝族归为“南中国成分”是有问题的。

从K=17的资料,可以明显的发现上面的两点问题(1,汉族混合组取样偏南,2,彝族常染偏北) ...
大昊 发表于 2018-2-7 13:52

南汉北汉两分法从genetics的角度是完全可以成立的(尽管二者的成分极为接近,大约是瑞典与德国北部人群的差距)。

彝族从常染图上看‘偏北’,也是正常的,主要是因为带有较多‘藏族成分(羌巴成分或EAS-W成分)’的缘故,而EAS-W这种成分,尽管目前来看位置偏西,但是历史上未必如此, 其genetic位置介于EAS与EAN之间,略为偏向EAS(很快我会在本版专门开一个贴论述一下)。
发表于 2018-2-9 11:03 | 显示全部楼层
31# imvivi001 不知道纯粹的EA成分人群会不会在青藏高原附近存在,毕竟尼泊尔的kusunda人基本没有EAN和SEA,只有近一半的EA和一半的ASE和少量巴布亚和美洲成分
发表于 2018-2-9 11:58 | 显示全部楼层
31# imvivi001 不知道纯粹的EA成分人群会不会在青藏高原附近存在,毕竟尼泊尔的kusunda人基本没有EAN和SEA,只有近一半的EA和一半的ASE和少量巴布亚和美洲成分
lll 发表于 2018-2-9 11:03

  视乎你如何定义EA。付杨团队是把EAS(包括早几年西方团队的EA与SEA)作为东亚标志性成分,但是根据Fst值聚类的话,藏族(羌巴成分)与北亚恩嘎纳桑成分可以与EAS构成一个大簇,这个定义为真正的EA大簇比较合适。也即EA大类成分包括:EAS、EAS-W(或EAW即羌巴成分)以及EAN(恩嘎纳桑成分),其中EAS是东亚主流人群绝对的主成份。
      kusunda人群主要是EAW以及很少量的EAS,当然,还有约二成的ASE。
发表于 2018-2-24 04:09 | 显示全部楼层
和大家分享一下我的K47结果。虽然地缘上比较接近台湾,但是古南岛成分也不算高。

William0509的K47

William0509的K47
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