Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 9873|回复: 79

中日韩三国基因构成分离时间及相互渗透

[复制链接]
发表于 2018-4-27 22:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ChinaHistory 于 2018-4-27 22:15 编辑

https://hereditasjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s41065-018-0057-5

Genetic structure, divergence and admixture of Han Chinese, Japanese and Korean populations

Received: 19 January 2018
Accepted: 23 March 2018
Published: 6 April 2018

Abstract

Background

Han Chinese, Japanese and Korean, the three major ethnic groups of East Asia, share many similarities in appearance, language and culture etc., but their genetic relationships, divergence times and subsequent genetic exchanges have not been well studied.
            
Results

We conducted a genome-wide study and evaluated the population structure of 182 Han Chinese, 90 Japanese and 100 Korean individuals, together with the data of 630 individuals representing 8 populations wordwide. Our analyses revealed that Han Chinese, Japanese and Korean populations have distinct genetic makeup and can be well distinguished based on either the genome wide data or a panel of ancestry informative markers (AIMs). Their genetic structure corresponds well to their geographical distributions, indicating geographical isolation played a critical role in driving population differentiation in East Asia. The most recent common ancestor of the three populations was dated back to 3000 ~ 3600 years ago. Our analyses also revealed substantial admixture within the three populations which occurred subsequent to initial splits, and distinct gene introgression from surrounding populations, of which northern ancestral component is dominant.
           
Conclusions

These estimations and findings facilitate to understanding population history and mechanism of human genetic diversity in East Asia, and have implications for both evolutionary and medical studies.
 楼主| 发表于 2018-4-27 22:14 | 显示全部楼层


Fig. 1           Asian samples location and population relatedness. (a) Geographic location of the sampled populations (generated by R 2.15.2 and Microsoft PowerPoint 2010); (b) Principal component analysis (PCA) of all the 10 Asian sample populations
 楼主| 发表于 2018-4-27 22:14 | 显示全部楼层


Fig. 2          Population level phylogenetic Tree and Principal component analysis (PCA). (A) The maximum likelihood tree was constructed based on pair-wise FST matrix. And the marked number are bootstrap value; (B) The top two PCs of individuals representing six East Asian populations, mapped to their corresponding geographic locations (generated by R 2.15.2 and Microsoft Excel 2010)
发表于 2018-4-28 06:25 | 显示全部楼层
徐教授团队的最新成果,值得热烈祝贺!
发表于 2018-4-28 06:57 | 显示全部楼层
粗看了一下,与我之前在本坛的分析基本一致,南北汉、韩傣倭越构成‘东亚簇’的核心,蒙古高原的族系处于‘东亚种系’的边缘(应该也包括西南与中南半岛西部的族系,如柬埔寨缅甸)
  略为有一些惊奇的是,倭人与汉族尤其是北汉的距离如此之近。 细想一下,只能说,以徐福刘阿知倭女借种以及后期以郑成功为代表的历代中国移民的实际影响远大于史料记载(现代如本坛绿兄弟仍在延续这一悠久的历史进程,呵呵)。当然,弥生文化的主流(O-47z+mtD等)人群本身就是古华北人群的一种,其遗传距离与北汉是相差不大的。

至于韩人,血统上几乎可视为北汉的一种,这个与我多年前在本坛的观点是一致的,尽管我是根据史记三国志韩人神话传说以及《老乞大》得出的结论~~
发表于 2018-4-28 07:10 | 显示全部楼层
另外,看附件数据,琉球人与日本人的遗传距离也是很明显的,远大于南北汉之间,尽管他们之间的语言差距则未必~
发表于 2018-4-28 07:26 | 显示全部楼层
瑕不掩瑜之处亦是有的,比如徐教授依然坚持使用他之前一直采用的STRUCT算法,尽管本次他明显加大了K值取值区间,而本文ADMIX测算则是一带而过,不得不说是一个遗憾,因为ADM的精髓正好在于通过不断地往高K值区域推进,可逐步揭示各种成分之间的发生学关系(STRUCT算法也是可以的,不过精准度相对较低)

另外,文中把青海蒙族标注为DeeDu蒙族,不知典出何处?
发表于 2018-4-28 08:01 | 显示全部楼层
基本跟以往发表过的数据差不多,没什么新东西。至于日韩人群特别是韩跟古代华北人群有紧密联系是我早就提出的,也没什么好奇怪的。
发表于 2018-4-28 08:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 无诸王 于 2018-4-28 08:12 编辑

这篇paper其实有个问题,缺少北汉。。。。。这篇文章的chb本身是北师大的学生,而且恰好南方人居多。这组chb平均以后,在gedmatch上大致和江西北部的人群差不多。而chs又是福建、湖南人。。。。

评分

1

查看全部评分

发表于 2018-4-28 08:14 | 显示全部楼层
这篇paper其实有个问题,缺少北汉。。。。。这篇文章的chb本身是北师大的学生,而且恰好南方人居多。这组chb平均以后,在gedmatch上大致和江西北部的人群差不多。而chs又是福建、湖南人。。。。
无诸王 发表于 2018-4-28 08:10

缺少最北的山西内蒙和最南的两广,不过也没关系,并不影响这篇文章的结论
发表于 2018-4-28 11:55 | 显示全部楼层
" Individuals from any two populations can be distinguished with a sufficient number of AIMs, and we use Matthews correlation coefficient (MCC, see Methods) to measure the clustering ability of AIMs (Additional file 7: Figure S5). As a result, we could use only 89 SNPs (CHB/KOR), 46 SNPs (CHB/JPT), 44 SNPs (CHS/KOR), 26 SNPs (CHS/JPT) ...”---------------------------------------

说明倭人与韩人与汉族一样,皆为南北结合的产物,这个与本坛多年前的讨论推测是一致的~

为什么中国人和日本人在体质上如此接近? - 体质人类学区 Physical Anthropology - 人类生物学在线 Biological Anthropology online - Powered by Discuz!  http://www.ranhaer.org/thread-29870-1-1.html
发表于 2018-4-28 20:24 | 显示全部楼层
日本的土著绳文人对现代日本人常染有多大影响?
发表于 2018-4-29 00:15 | 显示全部楼层
12# lll
也是比较大的,约三成吧
发表于 2018-4-29 19:48 | 显示全部楼层
长得太像了没有太多测的必要。

如果那个区域人的各项体质基因差异度小的话,肯定是东亚东南亚一带。

像印度,欧洲 这种地方差异度肯定高,中东可能也挺高的,不知道有没有论文分析常染方差的。
发表于 2018-4-30 07:01 | 显示全部楼层
9# 无诸王 哪里说这篇文章选的是北师大学生了?
发表于 2018-4-30 07:16 | 显示全部楼层
9# 无诸王 我看引用文献HapMap 上面是说无相关北京汉族 你这北师大学生哪里来的?
发表于 2018-4-30 07:20 | 显示全部楼层
10# MNOPS 引用文献HapMap 上面是说无相关北京汉族 哪里来的北师大学生?再说科研人员怎么可能用国家首都的大学里的学生来代表这个地方的人?太不严谨了吧。。。。。。。
发表于 2018-4-30 07:44 | 显示全部楼层
9# 无诸王 两篇数数据源引用文献(International HapMap[3] Genomes Project C[4])CHB都是无相关北京汉族 你这北师大学生哪来的?
发表于 2018-4-30 09:04 | 显示全部楼层
9# 无诸王 两篇数数据源引用文献(International HapMap[3] Genomes Project C[4])CHB都是无相关北京汉族 你这北师大学生哪来的?
fuweihan00 发表于 2018-4-30 07:44
基因组计划的CHB有两组,一组是北京土著,一组是北师大学生,来源于全国。很多文章都不加区分。这里的CHB与CHS交叉,且有部分样本落入越南人的范围内,显然这是后者。
发表于 2018-4-30 10:05 | 显示全部楼层
9# 无诸王 我看引用文献HapMap 上面是说无相关北京汉族 你这北师大学生哪里来的?
fuweihan00 发表于 2018-4-30 07:16

原文:

Individuals from any two populations can be distinguished with a sufficient number of AIMs, and we use Matthews correlation coefficient (MCC, see Methods) to measure the clustering ability of AIMs (Additional file 7: Figure S5). As a result, we could use only 89 SNPs (CHB/KOR), ... and 73 SNPs (JPT/KOR)

说明这组北京汉族相当的‘北’(这个‘北’仅指 整个东亚族群而言)。 当然,肯定无法与东亚族群中真正的‘北方族群’如达斡尔鄂伦春相比。 换言之,正如我之前一再所提示的,‘东亚种系’整体而言都是南北混合的结果,只不过比例不同而已。

至于蒙古高原族群如布里亚特则是另一种情况,因为混有较多的西亚欧成分而明显处于‘东亚种系’的边缘,但是估计依然算是‘东亚种系’(EA成分主要是EAN肯定>6成,而东亚AIM大体上高于东亚族群的下限之上,尽管本文没有提供相关数据。  另外说明一下,正如我上面指出的,本文的admixture分析做的不尽人意,因此仅从本文的STRUCT方法得出的结果是看不出布里亚特族的EA成分的,我的数据另有来源)
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2018-10-24 10:47 , Processed in 0.126265 second(s), 18 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表