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Characterizing the genetic history of admixture across inner Eurasia

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发表于 2018-5-24 09:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Tocharian_2 于 2018-5-24 09:59 编辑

The indigenous populations of inner Eurasia, a huge geographic region covering the central Eurasian steppe and the northern Eurasian taiga and tundra, harbor tremendous diversity in their genes, cultures and languages. In this study, we report novel genome-wide data for 763 individuals from Armenia, Georgia, Kazakhstan, Moldova, Mongolia, Russia, Tajikistan, Ukraine, and Uzbekistan. We furthermore report genome-wide data of two Eneolithic individuals (~5,400 years before present) associated with the Botai culture in northern Kazakhstan. We find that inner Eurasian populations are structured into three distinct admixture clines stretching between various western and eastern Eurasian ancestries. This genetic separation is well mirrored by geography. The ancient Botai genomes suggest yet another layer of admixture in inner Eurasia that involves Mesolithic hunter-gatherers in Europe, the Upper Paleolithic southern Siberians and East Asians. Admixture modeling of ancient and modern populations suggests an overwriting of this ancient structure in the Altai-Sayan region by migrations of western steppe herders, but partial retaining of this ancient North Eurasian-related cline further to the North. Finally, the genetic structure of Caucasus populations highlights a role of the Caucasus Mountains as a barrier to gene flow and suggests a post-Neolithic gene flow into North Caucasus populations from the steppe.

https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/23/327122

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发表于 2018-12-23 13:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-12-23 13:09 编辑
imvivi001 发表于 2018-6-23 23:42
发一个让戎狄学院云教授师徒再次欲哭无泪的最新成果(来自本文有传超博士参与的马普所团队)
很明显,鬼门 ...




证据越来越清楚,不光光阿穆尔河新石器时代的细石器猎人Devil' gate与台湾原住民有高比例的共享成分,贝加尔新石器时代的细石器猎人Litoi文化人群也有接近的共享成分,蒙古西北部原属唐努乌梁海区域的Khovsgol同样有高比例的台湾原住民共享成分。

很明显,包括台湾原住民在内的蒙古人种马来类型,其始祖人群到底起源于哪?越来越清楚了。

我们从人骨证据来看,最接近今天马来类型的种系出现在长江下游的良渚文化,而更南方的古华南类型新石器土著则介于马来和澳大利亚人种之间。值得一提的是,长江下游更早一些的河姆渡文化也是这类介于马来和澳大利亚的种系。因此,我判断,今天马来人包括台湾原住民的祖先,直到新石器时代晚期(即大约4000多年前欧亚草原普遍进入青铜时代的年代)仍然是今天长江下游地区甚至更北方地区的农夫,台湾新石器农夫携带华北地区的小米,山东地区古人与台湾原住民都有拔牙习俗,这些相信绝不是偶然现象。

如今,东南亚那些被复旦等主流研究者认为是东亚人甚至北亚人始祖的类尼格利陀旧石器土著,已经被古DNA证明基本与蒙古人种无关,我相信古华南类型的新石器土著到底与马来人种有无关系,也不会太远了。

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发表于 2019-1-8 22:29 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 22:36 编辑
豢龙氏 发表于 2019-1-8 22:00
你的这些重量级发现的价值完全可以发到国际期刊,在本论坛发言真是屈才了


Fst十多年前就有了,最通用的算法,我从来没有听说,有哪个文献说,澳大利亚人种和蒙古人种的亲缘关系更近。这点Fst未必比族群内部的差异更大。我们只能说,澳大利亚人种,除了与尼格罗人种明显更远一些,与欧亚大陆其他两大人种根本没有明显的谁更近谁更远的关系。分离年代折算下来,差不了三两千年,根本形成不了种系差异,更无法支撑蒙古人种从南线跟澳大利亚人种的祖先一起东进。相反,南印度人种和美拉尼西亚人种,按Fst折算,大约3.5万年分离,与几何形细石器文化由印度经印尼进入澳洲的年代有吻合度,后者上限3万年,略晚一点。
发表于 2019-1-8 16:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 16:13 编辑
豢龙氏 发表于 2019-1-8 16:03
据我所知这是目前最能够模拟人群实际分化与融合情况的工具。至少要比简单的admixture分析强的多,admixtu ...


恰恰相反,最可靠的线粒体的谱系树是,尼人和非洲智人更近,丹尼索瓦人人早在百万年就分离了,尼人和丹尼索瓦人是有混血迹象,丹尼索瓦人洞在测DNA前一直怀疑是尼人,因为石器是典型的莫斯特,可见Mixtree根本解不了这个问题。

再如,K14的YDNA谱系显然与澳大利亚的C更近,与几何形细石器文化在西亚欧洲北非和印度印尼澳大利亚的扩张有吻合性,MIXTREE都做出相反的结论。

用常染色体的基因频度尝试做系统发育树本身的逻辑就是不靠谱的。Admixture用常染色体基因频度估算共享基因成分比例,当然是靠谱的。

发表于 2019-1-8 17:21 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 17:59 编辑
哈特曼元帅 发表于 2019-1-8 17:13
我总觉得永老师低估了蒙古人种扩散的年代,比如南岛语系,像长江中游稻作文明产生的年代少说距今9500-10000 ...


我从来没有讲蒙古人种在中石器时代才扩散到长江流域,我在上边列举大量旧石器考古证据证明,西伯利亚起源的石叶工业在MIS3 期,即4.5–3万年的暖季就扩散到了东亚腹地,以水洞沟为代表,但并不成功。很快被百万年历史传统呢简单石核–石片技术覆盖取代。

MIS2期,也就是3万年以后的LGM开始,石叶–石核技术开始大规模取代传统的简单石核–片技术,这个年代刚好对应O的最近共祖年代。其中,柿子滩为代表的本土化的船型细石器又进一步延伸到日本和华东地区,比如上文提到的江苏的细石器年代至1.6–1.0万年前,就是船型细石器。

新石器时代伊始,长江流域水稻农业分别向南北扩张的历史当然是清晰的。但我们要弄清楚这种界限,华南水稻农业进入日韩没有问题,但显然没有进入外东北特别是西伯利亚的证据,而西伯利亚的陶器历史也远远早于出现零星的农业痕迹,无疑就像南方与陡刃砾石技术伴随的状态下产生了陶器,北方细石器技术中也独立产生的,二者传统不同,一个寰底一个平底,显然两个系统,只有日本在早期阶段出现两种陶器比传统。中原的华北的情况类似日本,两种文化传统都出现了。且以南方因素至少在整体特征上看更占优势。

所以,我不是反对南人北上,我很支持类似关中仰韶等组更接近良渚文化的类马来类型,是长江流域人群北上的结果。但要看什么年代和具体的区域。比如5-1万年前,非洲智人迁徙而来的年代,华南地区的陡刃砾石技术影响到印度东北和东南亚,但我们基本上找不到任何证据支持这种陡刃技术跨过长江天险,上边有人举例河南的陡刃孤例其年代高达10多万年,与真正兴起于3万年前的陡刃技术有近十万年断层,根本无法支持非洲智人北上,所以,东亚人走南线进入东南亚再北上的假说找不到任何考古证据支持,但北方石叶–细石叶技术传统在华北普遍取代东亚百万年传统的简单小石片工业却非常清晰,同样,澳大利亚的几何形细石器由西亚、印度经印尼进入澳洲,都有清晰的考古证据支持。

发表于 2019-1-8 16:36 | 显示全部楼层
永师傅,问你个问题,就是你认为在距今18000-20000年左右发明陶器的玉蟾岩和仙人洞的先民最有可能是什么人种?
发表于 2019-1-8 09:53 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 09:56 编辑
lll 发表于 2019-1-8 09:50
这个K14古人的狭义西欧亚成分是大西洋波罗的海和西亚成分,加起来狭义的西欧亚成分是51.58%,和田园洞人 ...


南印度是五大人种之一的澳大利亚人种,不是东欧亚,也不是西欧亚,南印度人种的历史不会比蒙古人种和高加索人种的形成更晚,没有这么将就的。田园洞简单的种系归类是不可取的。
发表于 2019-1-8 09:12 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 09:22 编辑
MNOPS 发表于 2019-1-8 04:40
另外,我不认为稻作两万多年前就已经起源了,不应该对发现疑似稻米硅晶体这句话做出过分解读,就算真的是发 ...


M95的新证据已经出来了,最新证据估算,M95的蒙达人支系年代低于6000年,而常染色体估算的南亚族进入印度与土著混合的年代最早中数在~3800年左右,最早不超过4500年。所以,很显然,水稻农业伴随南亚语族以东亚西南进入印度的年代非常晚。如果水稻农业早在2万年前就在华南地区起源,为什么要蛰伏1.5万年后才开始向临近地区迁徙?所以,更合理的推测是,M95起源于长江下游华东地区的发达水稻农业,然后,在典型的新石器水稻农业兴起后才扩张到华南地区,并辐射到印度,年代在4000年前左右。

The genetic legacy of continental scale admixture in Indian Austroasiatic speakers

We used ALDER to test this scenario and to infer the admixture time that led to the genesis of the Mundas. The admixture midpoint was 3846 (3235 – 4457) years ago for South Mundas, which may point to the time of arrival of the Southeast Asian component in the area, and 2867 (1751 – 4525) years ago for North Mundas.

The entire Southeast Asian Y chromosome variation within the clade O2a2 has been estimated to be only 5 965 (CI 5 312 – 7 013) years old.

语言学家对蒙达语言的分离年代估算也不会超过7000年。

The Munda branch split from other Austroasiatic languages less than 7000 years ago based on Fuller’s archeolinguistic reconstruction.
发表于 2019-1-6 13:27 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-6 17:33 编辑
w_howard 发表于 2019-1-6 13:03
东亚人不擅长玩石头,几乎找不到古代的巨石建筑,东亚人擅长土木工程。北京学院路边保留的元代城墙,还是夯 ...


不能认可,我们看不出同为石叶工业,欧洲的怎么就比西伯利亚更先进。而欧洲西亚印度印尼北非澳洲的几何型细石器也看不出比西伯利亚东亚北美的细石核细石叶更先进。

我们只能说,当欧洲的克鲁马农人基本在3-4万年前取代尼安德特人时,东亚大陆的石叶技术先行者则没有那么幸运,3-4万年前的MIS3期,东亚百万年传统的小石片依然占据统治地位,一度消灭了早期如水洞沟等地出现的石叶技术和莫斯特技术。

补充一些中国研究者关于旧石器时代石叶工业的看法。研究者显然认为,即使存在非洲智人东进东亚腹地,也应当在3万年以后,而不是6万年前。当然,最新的年代估算,水洞沟等遗址的上限被提高到接近4万年。且,莫斯特和类欧洲奥瑞纳石叶技术同时出现在水洞沟,看似非洲智人和尼安德特人是肩并肩出现在东亚大陆腹地的。


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发表于 2019-1-8 09:41 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-1-8 09:51 编辑
lll 发表于 2019-1-8 09:32
那假设现代东欧亚人来到东亚的时间比田园洞人更晚那就更奇怪了,3万年前西伯利亚东部都已经有西欧亚人 ...


这都是简单归类的问题,事实上的情况,以K14为例。K7b结果如下,这个3.8万年前的俄罗斯西部古人,也有近20%的类南印度成分,~10%的类蒙古人种成分,接近10%的类黑非洲。小一半的非高加索人种因素存在就说他们是西欧亚。就跟你说说奥巴马是白人有什么区别?把旧石器时代的古人简单归入东欧亚还是西欧亚是不可取的。

田园洞有没有4万年是很难讲的,出土人骨的角砾层动物骨骼在3-4万年间,田园洞更似和山顶洞一样,都在3.-4万年间的MIS3间。争取大量考古证据所看到的那样,MIS3期,东亚仍然是百万年土著小石片工业的天下,直到MIS2期,与非洲智人相关的石叶-细石叶工业才开始取代小石片技术传统的简单石核-石片。因此,田园洞更似在MIS3期进入东亚,并最终灭绝的现代东亚人始祖旁系,其常染色体特征也根本无法归入东欧亚。不管是4万年还是3-4万年,田园洞也超出了东亚核心父系单倍体群3万年共祖的上限。可见O的始祖人群也更似在3万年后,也就是MIS2期才开始与N系兄弟分离。

K7b

41.82% Atlantic_Baltic
19.06% South_Asian
10.45% Southern
9.76% West_Asian
8.61% African
6.66% East_Asian
3.66% Siberian
发表于 2019-1-8 09:32 | 显示全部楼层
本帖最后由 lll 于 2019-1-8 09:38 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-1-8 09:28
不管是Ust还是Tianyuan,现代对比组标尺,共享成分最多的即不是西欧亚也不是东欧亚,而是澳大利亚人种的 ...


那假设现代东欧亚人来到东亚的时间比田园洞人更晚那就更奇怪了,3万年前西伯利亚东部都已经有西欧亚人,2万年前时西伯利亚到处是类ANE的西欧亚人,现代东欧亚人在这种时期还能在西伯利亚形成且还能出淤泥而不染,没有与西欧亚人群发生混血那就更奇怪了
发表于 2018-5-24 11:22 | 显示全部楼层
本帖最后由 lindberg 于 2018-5-24 11:24 编辑

这篇和前几天《科学》的另一篇倒是有一些关联。
发表于 2018-5-24 11:34 | 显示全部楼层
这次韩俄中联队(传超算是中方代表)联手几个大牛,阵容也算是蛮强大的,呵呵
发表于 2018-5-24 11:53 | 显示全部楼层
这个联队也真是的,干嘛一定要测出这个博泰古人不是欧洲人常见的M269呢(极有可能是现在中亚较为常见的M73),会让多少欧洲坛友的玻璃心破碎吖
发表于 2018-5-24 11:55 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2018-5-24 12:18 编辑

噢对了,安老师的巨著的最新版的名称可能要改为《the wagon、the language,and the imagination》
发表于 2018-5-24 12:10 | 显示全部楼层
我认为这次检测结果最大的发现是:本坛坛友关注的‘鬼门古人’有较高比例的‘类阿美成分’,提示冰期结束后(或新石器初期)有一波‘南人’北上,与当地土著混合成为‘原始通古斯’人群~
发表于 2018-5-24 12:19 | 显示全部楼层
高加索地区的确是一个比较封闭的地区

大高加索-独特的基因结构-2018韩俄Reich-Krauss.png
发表于 2018-5-24 13:44 | 显示全部楼层
我认为这次检测结果最大的发现是:本坛坛友关注的‘鬼门古人’有较高比例的‘类阿美成分’,提示冰期结束后(或新石器初期)有一波‘南人’北上,与当地土著混合成为‘原始通古斯’人群~
imvivi001 发表于 2018-5-24 12:10
阿美是什么意思?
发表于 2018-5-24 14:35 | 显示全部楼层
8# wanhuatong
  张震岳罗志祥萧敬腾所宣称从属的那个阿美族是也~
发表于 2018-5-24 14:39 | 显示全部楼层
6# imvivi001

然而鬼门洞古人还是跟今天的通古斯人群最类聚,而并不是跟台湾原住民类聚,所以你的谎言不攻自破。
发表于 2018-5-24 14:41 | 显示全部楼层
不信的话你们可以找出鬼门洞古人那篇文章自己去看,造谣是可耻的。鬼门洞古人的常染比日韩还北最接近今天的通古斯乌尔其Ulchi人。
发表于 2018-5-24 14:45 | 显示全部楼层
6# imvivi001  

然而鬼门洞古人还是跟今天的通古斯人群最类聚,而并不是跟台湾原住民类聚,所以你的谎言不攻自破。
MNOPS 发表于 2018-5-24 14:39
.
对于这种大脑缺氧的论调,俺现在选择忽视,等俺有了空闲再来理会
发表于 2018-5-24 14:47 | 显示全部楼层
12# imvivi001

嚼舌头没用,有本事找出鬼门洞那篇文章里的常染图片咱们当面对质。
发表于 2018-5-24 14:58 | 显示全部楼层
没找到鬼门洞的那篇文章,找到了后套木嘎的文章,结论是后套木嘎人群跟现代同一地区的人群有很强的延续性,不支持这一地区曾经发生过来自南方的大规模人群替代。

http://www.ranhaer.com/thread-37091-1-2.html


发表于 2018-5-24 19:24 | 显示全部楼层
我认为这次检测结果最大的发现是:本坛坛友关注的‘鬼门古人’有较高比例的‘类阿美成分’,提示冰期结束后(或新石器初期)有一波‘南人’北上,与当地土著混合成为‘原始通古斯’人群~
imvivi001 发表于 2018-5-24 12:10

基本上再次证实了我之前的分析

      再次提醒大家,新石器鬼门古人的常染成分,很明显就是北上的东亚成分与当地一种类西伯利亚成分(旧石器末期)的充分混合而成的,之后可能随着华北与华东地区的农业大爆发,阻隔了之前沿海地区的采猎人群的传统南北迁徙路线,于是东北亚至西伯利亚近海阿穆尔流域人群,开始不同程度地隔离演化,其中北通古斯人群相对比较封闭,与七千年前的差异不是很大(当然,也是存在一样差异的)。而南通古斯与日韩人群则与南方地区一直保持人员交流融合,以至于即便是隔离如东瀛,其人群与大陆华东地区人群也不是很大(毫无疑问,Fst相对鬼门古人,无疑更接近大陆华东人群)
imvivi001 发表于 2017-10-21 16:36
发表于 2018-5-24 20:17 | 显示全部楼层
感觉这今年亚欧大陆各个地区都要有这种历史人群分析的优质文章出现了。

剩下的中东和东亚相比来说,东亚还是更容易做出来一些。
发表于 2018-5-24 20:17 | 显示全部楼层
15# imvivi001

个人推测没用,有本事拿出鬼门洞那篇文章的常染图片
发表于 2018-5-24 20:27 | 显示全部楼层
感觉这今年亚欧大陆各个地区都要有这种历史人群分析的优质文章出现了。

剩下的中东和东亚相比来说,东亚还是更容易做出来一些。
skyyrie 发表于 2018-5-24 20:17

东亚南方的古DNA都出来了,东亚核心地区的检测结果还会远吗...?
发表于 2018-5-24 21:40 | 显示全部楼层
东亚南方的古DNA都出来了,东亚核心地区的检测结果还会远吗...?
imvivi001 发表于 2018-5-24 20:27


关键是谁在做啊,根本没个消息,万一人家中东的都做出来,东亚的还没有就太不应该了
发表于 2018-5-24 21:47 | 显示全部楼层
19# skyyrie
英美的考古界和中东的联系一直很紧密,那么多样本,搞个合作挺方便的
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