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美洲土著始祖人群的父系在旧石器时代西伯利亚地区的起源过程

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发表于 2018-7-14 19:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Ryan 于 2018-7-14 22:26 编辑

Paternal origin of Paleo-Indians in Siberia: insights from Y-chromosome sequences

Lan-Hai Wei, Ling-Xiang Wang, Shao-Qing Wen, Shi Yan, Rebekah Canada, Vladimir Gurianov, Yun-Zhi Huang, Swapan Mallick, Alessandro Biondo, Amy O’Leary, Chuan-Chao Wang, Yan Lu, Chao Zhang, Li Jin, Shuhua Xu & Hui Li
European Journal of Human Genetics (2018) | Download Citation

Abstract
The expansion of modern humans to the American continent after the Last Glacial Maximum led the way to the present-day distribution of American aborigines. Recent advances in autosomal DNA research and expanded testing of mtDNA lineages has provided a clearer picture of the number and timing of founding lineages. However, both autosomal DNA and mtDNA research have provided unresolved competing theories between the short-term and the long-term models of the Beringian standstill hypothesis. Further, the source of founding paternal lineages of American aborigines and their relationship with ancient Siberia populations remains ambiguous. In this study, we reanalyzed a 7.0 Mbp region of 132 paternal Y-chromosome sequences, including 39 newly reported ones, of male samples from American aborigines and Eurasian populations. Among Eurasian samples, we identified Y-chromosome branches that are most closely related to known American aborigine founding lineages, that is, Q1-L804 links to Q1-M3, Q1-L330 links to Q1-Z780, Q1-M120 links to Q1-B143, and C2-F1756 links to C2-P39. The revised phylogenetic tree and age estimates indicate a narrow timeframe (~15.3–14.3 kya) for the upper time limit of human entry to the American continent. Our analysis suggests that the in situ differentiation of Q-M242 in Central Eurasia and South Siberia region gave rise to numerous sub-lineages older than 15.3 kya, and the founding of Paleo-Indian paternal lineages is part of the great Q1-L53 diffusion throughout the Eurasia after the Last Glacial Maximum. The results of our study will assist in future studies of the history of modern populations in Eurasia and the Americas.

https://www.nature.com/articles/s41431-018-0211-6
Fig.1.gif
Fig.2.gif
Fig.3.png
 楼主| 发表于 2018-7-14 19:17 | 显示全部楼层
https://cloud.189.cn/t/qIvIfyzYzuym(访问码:0055)
发表于 2018-7-14 20:08 | 显示全部楼层
数据分享了,赞。

The raw sequence data reported in this paper has been deposited in the Genome Sequence Archive [44] in BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIG) [45],Chinese Academy of Sciences, under accession numbers PRJCA000419, PRJCA000420, and PRJCA000430 that are publicly  accessible  at http://bigd.big.ac.cn/gsa.  The sequences of the 15 citizen science testers from Family Tree DNA were deposited in the NCBI GenBank database under accession number SRP135954.
发表于 2018-7-14 20:16 | 显示全部楼层
有点意思,似乎是重大新发现吖……
发表于 2018-7-14 20:22 | 显示全部楼层
提一个小建议,论文标题中美洲土著的英文称谓不当,宜为Amerindians或干脆啰嗦一点为native americans~
发表于 2018-7-14 23:32 | 显示全部楼层
英格兰的L804似乎有独特的故事,不过今晚他们球队的表现着实差强人意,呵呵
发表于 2018-7-15 08:52 | 显示全部楼层
6# imvivi001
三四名历来如此
发表于 2018-7-15 12:36 | 显示全部楼层
尽管目前还无法断定旧石器晚期MA1时期的亚欧古人迁徙美洲的情况,但是从本文的最新数据来看,在冰期末期的北亚的鲜卑利亚地区,无疑是存在一个大迁徙时期,主力军无疑是L53,其中M930是非常成功的支系,其下游M3主频人群源源不断地大规模东迁,最终成为美洲的主流(可能取代了更早期的美洲土著),而M3的兄弟L804动态不明,有可能主要活动于西部地区,之后在北上的东亚陶器人群(比如N1a或C2)的冲击下,继续西迁,其中大部分融入东北欧的I2人群,成为日后日耳曼人的源头之一~
发表于 2018-7-15 13:46 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-7-15 14:36 编辑

多年以来,被主流研究机构认定为东亚人群(甚至汉人)迁徙标记的M120,即认为标记起源于新石器时代的华北中原地区,然后,伴随汉民族迁徙而影响周边。现在,终于快到了认祖归宗的时间了。M120是最早被认为是新石器时代华夏族独有的特异性标记,我相信,东亚多个主流类型是青铜时代前后才从周边区域注入的历史故事,绝不仅仅M120一家。

Genetic evidence supports demic diffusion of Han culture
Y chromosome haplotypes reveal prehistorical migrations to the Himalayas

Q1a1-M120 is an East Asian-specific subhaplogroup. It occurs in most of the NEAS populations. In SEAS populations, it occurs mainly in southern Han Chinese with relatively low Y-STR diversity (fig. 4f), implying that the spread of Q1a1-M120 was from north to south likely due to the demic diffusion of Han culture during Neolithic time (Wen et al. 2004a)


我个人为对M120起源,早期推断,复盘一下。

北亚若没有,Q1-M120应算是汉族特有成分,或者他们早已分开,何无瓜葛?
既然北亚找不到Q1-M120踪迹,他们很可能直接从西面东进,而不是从北亚南下。
隆攀gdzq 发表于 2010-3-2 23:34

有赖于对M120突变年代的估算。
Yungsiyebu 发表于 2010-3-2 23:57

而另一支,则是我们的主体祖先O3系尚未完全分化的O系大军(伴随着少量尚未分化的N、P和Q系同胞,特别是我们华夏民系独有的Q-M120基因)。   
imvivi001 发表于 2010-9-19 16:47


从y-str判断,爱斯基摩人的Q1a*很可能是NWT01+ M120-,与北美印第安人一致。而东亚Q1a1是NWT01+,M120+。Q1a1的西伯利亚起源,应当是一个较为肯定的推测。
Yungsiyebu 发表于 2013-2-25 02:20


具体到这些其他类型,比如N,如今蒙古主要是北支,但不见得古代的N南支比例也如今天一样低,再如Q,蒙古族M120很少,但不见得M120最早的携带者不是北亚迁来的北亚种系。
Yungsiyebu 发表于 2014-7-27 14:33

比如M120几乎不见西伯利亚,但古DNA显示他们与西北地区具有典型西伯利亚种系特征的义渠戎人牧业族群相关,暗示蒙古草原起源背景。
Yungsiyebu 发表于 2016-2-28 10:50

... 类似的,如果以当今人群的基因多态性,你也能得出M120从东亚进入北方草原地带的推论,但事实上,古dna证据显然暗示M120与青铜时代进入西北地区的北亚种系牧业族群相关。
Yungsiyebu 发表于 2016-3-20 00:15
发表于 2018-7-15 16:27 | 显示全部楼层
9# Yungsiyebu    义渠戎是西伯利亚种?戎狄竟然是北亚种?
发表于 2018-7-15 16:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-7-15 16:43 编辑
9# Yungsiyebu    义渠戎是西伯利亚种?戎狄竟然是北亚种?
welson 发表于 2018-7-15 16:27


我对这个问题做过探讨,进入青铜时代,古西北类型相对新石器时代的本地土著(与很多人想象的不同,新石器时代的西北很偏华南人),整体更多北亚因素的影响,其中,部分样本,如彭阳组,则相当的北亚。

遗憾,图谱失效,稍候,再更新。


古代西北种系的PCA分析

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=32186&highlight=


尽管华南福建组和华北山西河北合并组,包括抚顺东北组,差异明显,我们还是可以观察到三者的相似性远高于绝大多数古代组,而这些现代东亚人群则与西北各古代组的亲缘关系更接近,而与中原古代组相距甚远,其中包括仰韶合并组,同样也包括周人和秦人。而周人秦人的内部差距也远远大于现代人的差距,有的更像关中土著,有的更像是西北古人。

青铜时代开始,西北地区出现北亚种系因素,很多西北古代组要么可以归入古蒙古高原类型,要么尽管仍然归入古西北类型,但种系特征介于古西北和古蒙古之间,西藏b组也是在类似的位置,这次作图疏忽了,忘记加藏族样本。

至于文献描述古中原类型是通常认为相对接近华南组,没错,相对华北组,北亚组,南亚组的确更接近华南组。文献说的没错,只是你没注意这种接近只是相对,而且没注意到文献的聚类分析显示华南组同样更接近古西北组,原比石器时代古中原组更接近,而青铜时代古中原组已经大多数与石器时代古中原相距甚远了。
发表于 2018-7-15 17:09 | 显示全部楼层
我对这个问题做过探讨,进入青铜时代,古西北类型相对新石器时代的本地土著(与很多人想象的不同,新石器时代的西北很偏华南人),整体更多北亚因素的影响,其中,部分样本,如彭阳组,则相当的北亚。

遗憾, ...
Yungsiyebu 发表于 2018-7-15 16:39
然后一个华南和北亚能混出个古西北来
发表于 2018-7-15 17:57 | 显示全部楼层
然后一个华南和北亚能混出个古西北来
wanhuatong 发表于 2018-7-15 17:09


道理像说,中西混血,可以混出一个维吾尔来一样。看你怎么理解,看着像,还是基因组水平可以相互区分。
发表于 2018-7-15 19:16 | 显示全部楼层
现在,终于快到了认祖归宗的时间了。M120是最早被认为是新石器时代华夏族独有的特异性标记,我相信,东亚多个主流类型是青铜时代前后才从周边区域注入的历史故事,绝不仅仅M120一家。
Genetic evidence supports demic diffusion of Han culture
Y chromosome haplotypes reveal prehistorical migrations to the Himalayas
Q1a1-M120 is an East Asian-specific subhaplogroup. It occurs in most of the NEAS populations. In SEAS populations, it occurs mainly in southern Han Chinese with relatively low Y-STR diversity (fig. 4f), implying that the spread of Q1a1-M120 was from north to south likely due to the demic diffusion of Han culture during Neolithic time (Wen et al. 2004a) ...
Yungsiyebu 发表于 2018-7-15 13:46


.
     服了你,俺2010年的观点也被你挖出来了,呵呵。 可是之后俺曾经与你关于M120夏商时期进入中原的可能性那段讨论被你无视了,再次被精神阉割,呜呜呜

      夏商时期融入华夏那华夏就不能具有独特的M120支系吗? 更遑论之后形成的汉族了

      至于京族独特的M120支系是何时南下,目前还不好下结论吧……
发表于 2018-7-15 19:24 | 显示全部楼层
     服了你,俺2010年的观点也被你挖出来了,呵呵。 可是之后俺曾经与你关于M120夏商时期进入中原的可能性那段讨论被你无视了,再次被精神阉割,呜呜呜

      夏商时期融入华夏那华夏就不能具有独特的M12 ...
imvivi001 发表于 2018-7-15 19:16

说的是,复盘,当然,要从最早的讨论开始。
发表于 2018-7-15 19:26 | 显示全部楼层
m120的案例,再次说明,不要迷信专家,国内分子人类学家,往往首传统的本土论中原中心论影响太深,很难客观分析数据,看看数据本身即可,回过头来看,基本上,他们就没怎么对过。
发表于 2018-7-15 20:36 | 显示全部楼层
道理像说,中西混血,可以混出一个维吾尔来一样。看你怎么理解,看着像,还是基因组水平可以相互区分。
Yungsiyebu 发表于 2018-7-15 17:57
两个大脑袋混出了小脑袋?上古时期,人群普遍的都是大脑袋
发表于 2018-7-15 20:50 | 显示全部楼层
本帖最后由 zzzz 于 2018-7-15 20:52 编辑
m120的案例,再次说明,不要迷信专家,国内分子人类学家,往往首传统的本土论中原中心论影响太深,很难客观分析数据,看看数据本身即可,回过头来看,基本上,他们就没怎么对过。
Yungsiyebu 发表于 2018-7-15 19:26
不知道你在自言自语什么?这篇文章作者基本上都是国内的学者。至于M120,站在我民科的角度看,即使是别处起源的,但其它地方的都基本上死绝了。而唯独存于华夏,现在说是汉族的特征单倍群,没有问题。
发表于 2018-7-15 21:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-7-15 21:10 编辑
两个大脑袋混出了小脑袋?上古时期,人群普遍的都是大脑袋
zzzz 发表于 2018-7-15 20:36


这都是不看数据的说法。

中原新石器1527.603282
中原青铜期1469.763743
中原秦汉后1446.04575
古西北1441.98512
南北汉族1436.136581
脑容量.jpg
发表于 2018-7-15 21:09 | 显示全部楼层
这都是不看数据的说法。

中原新石器1527.603282中原青铜期1469.763743中原秦汉后1446.04575古西北1441.98512南北汉族1436.136581
Yungsiyebu 发表于 2018-7-15 21:05
讲的是新石器时代,各地普遍都是大脑袋
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