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Iadmix:Bam大文件快速始祖分析工具

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发表于 2018-8-19 10:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-8-19 10:39 编辑

Fast individual ancestry inference from DNA sequence data leveraging allele frequencies for multiple populations.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Iadmix

介绍一个非常快速计算Bam文件的始祖分析工具,它是以族群基因频度作为计算基础,可以直接快速运算Bam,当然,genotype数据和plink数据自然也接受。



虽然方法不同,但Iadmix的运算结果与经典的admixture基本一致,但相对admixture运算要便捷和快速的多。缺点是,reference数据的族群样本不能太少,否则基因频度自然不会太准。

陆续汇总一些Bam文件跑出来的结果,Hapmap作为基因频度的reference。

欧亚草原样本:DA231,父系C3。

YRI:0.074698

CHB:0.062436

CHD:0.000000

TSI:0.141277

MKK:0.000000

LWK:0.000000

CEU:0.721589

JPT:0.000000

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 楼主| 发表于 2018-8-19 10:47 | 显示全部楼层
田园洞样本:

YRI:0.000000
CHB:0.144869
CHD:0.273043
TSI:0.000000
MKK:0.127529
LWK:0.000000
CEU:0.206788
JPT:0.247771

其中,比例12.7529%的类MKK,是马萨人Maasai in Kinyawa, Kenya,比例20.6788%的CEU是犹他州白人。
发表于 2018-8-19 14:02 | 显示全部楼层
Fast individual ancestry inference from DNA sequence data leveraging allele frequencies for multiple populations.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Iadmix

介绍一个非常快速计算Bam文件的始祖分析工具,它是以族群基因频度作为计算基础,可以直接快速运算Bam,当然,genotype数据和plink数据自然也接受。



虽然方法不同,但Iadmix的运算结果与经典的admixture基本一致,但相对admixture运算要便捷和快速的多。缺点是,reference数据的族群样本不能太少,否则基因频度自然不会太准。
...
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 10:35
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     2015年的方法,相比ADM可能会快一些,不过看不出其他优点。


    说到reference,其实ADM的准确度也是受制于这个指标,这也是之前我提示你的~
发表于 2018-8-19 14:07 | 显示全部楼层
...
陆续汇总一些Bam文件跑出来的结果,Hapmap作为基因频度的reference。

欧亚草原样本:DA231,父系C3。

YRI:0.074698

CHB:0.062436

CHD:0.000000

TSI:0.141277

MKK:0.000000

LWK:0.000000

CEU:0.721589

JPT:0.000000
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 10:35

关于这个安德罗诺沃古人DA231,之前本坛也曾讨论过,‘欧洲血统’很高,另外‘类印度成分’也不低,估计是早期雅利安人的一种。不过在你上面的运算中,不加区分地把这两种成分同归为‘欧洲成分’,这恐怕是不准确的~
 楼主| 发表于 2018-8-19 14:10 | 显示全部楼层
关于这个安德罗诺沃古人DA231,之前本坛也曾讨论过,‘欧洲血统’很高,另外‘类印度成分’也不低,估计是早期雅利安人的一种。不过在你上面的运算中,不加区分地把这两种成分同归为‘欧洲成分’,这恐怕是不准确的 ...
imvivi001 发表于 2018-8-19 14:07


自己学会基本工具,就不会总讲不沾板的话。工具就是工具,reference就是reference,怎么准确是另一码事。
发表于 2018-8-19 14:15 | 显示全部楼层
田园洞样本:

YRI:0.000000
CHB:0.144869
CHD:0.273043
TSI:0.000000
MKK:0.127529
LWK:0.000000
CEU:0.206788
JPT:0.247771

其中,比例12.7529%的类MKK,是马萨人Maasai in Kinyawa, Kenya, ...
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 10:47

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      关于田园洞古人的‘非洲成分’,我之前在本坛多次提及并有展示,你这次再次展示,正好可以印证。

      就像我之前多次提及的,亚欧与非洲之间的基因交流一直未曾中断,不过随着亚欧大陆农业逐步完全成熟,人口急剧膨胀,这样,来自非洲的基因输入就显得微不足道了。   不过尽管如此,我们依然可以在3千年前的东南亚地区观察的到~
 楼主| 发表于 2018-8-19 14:20 | 显示全部楼层
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      关于田园洞古人的‘非洲成分’,我之前在本坛多次提及并有展示,你这次再次展示,正好可以印证。

      就像我之前多次提及的,亚欧与非洲之间的基因交流一直未曾中断,不过随着亚欧大陆农业逐步完全 ...
imvivi001 发表于 2018-8-19 14:15


无法认可2-4万年前的东亚还存在与非洲如此明显的种系交流,类马萨成分可以高达~13%。很明显,结果仅显示具有接近现代意义的蒙古人种还没有形成,与体质人类学的观察一致。事实上,各种算法可以落入到现代蒙古人种区间的旧石器人骨,还没有发现过。
发表于 2018-8-19 14:25 | 显示全部楼层
2~4万年前亚欧非之间又没有特朗普‘墨西哥墙’,为啥就不能自然流动?
 楼主| 发表于 2018-8-19 14:27 | 显示全部楼层
2~4万年前亚欧非之间又没有特朗普‘墨西哥墙’,为啥就不能自然流动?
imvivi001 发表于 2018-8-19 14:25


证据?如果凭空讲可能性,他们也可以来自外星人的混血,但证据在哪?
发表于 2018-8-19 14:33 | 显示全部楼层
证据?如果凭空讲可能性,他们也可以来自外星人的混血,但证据在哪?
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 14:27
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证据就是:你上面发的运算结果,以及我之前在本坛发的其他专业人士的运算结果,均显示田园洞古人带有不菲的非洲成分,而这种成分显然不是来自火星~
 楼主| 发表于 2018-8-19 14:40 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-8-19 14:42 编辑
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证据就是:你上面发的运算结果,以及我之前在本坛发的其他专业人士的运算结果,均显示田园洞古人带有不菲的非洲成分,而这种成分显然不是来自火星~
imvivi001 发表于 2018-8-19 14:33


你脑子是真成问题,非洲起源论怎么来的?如果田园洞果真有4万年,那么,他们从非洲出来不过1-2万年而已,彼此聚类,没有任何奇怪的。相反,出来就变成蒙古人种才奇怪呢,就目前证据而言,旧石器时代没有与现代蒙古人种典型聚类的人骨挖掘到,目前见到的最早的蒙古人种出现在长江以北至西伯利亚的新石器时代早期,而同时代的,华南地区人骨更接近波利尼西亚和澳大利亚之间的种系。
发表于 2018-8-19 14:44 | 显示全部楼层
11# Yungsiyebu
     请回答:石器时代没有特朗普墙。为啥非洲人就不能来东亚?
 楼主| 发表于 2018-8-19 14:54 | 显示全部楼层
11# Yungsiyebu
     请回答:石器时代没有特朗普墙。为啥非洲人就不能来东亚?
imvivi001 发表于 2018-8-19 14:44


请回答:石器时代没有特朗普墙。为啥外星人就不能来东亚?
发表于 2018-8-19 15:14 | 显示全部楼层
请回答:石器时代没有特朗普墙。为啥外星人就不能来东亚?
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 14:54
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     首先你要证明,外星上有人。
    第二你还要证明,这个外星人的基因出现在田园洞古人身上。

     证毕。
 楼主| 发表于 2018-8-19 15:16 | 显示全部楼层
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     首先你要证明,外星上有人。
    第二你还要证明,这个外星人的基因出现在田园洞古人身上。

     证毕。
imvivi001 发表于 2018-8-19 15:14


所以,要用证据讲话。
发表于 2018-8-19 16:15 | 显示全部楼层
所以,要用证据讲话。
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 15:16 ?
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     云老师,你的这个回答好无厘头吖~?


威尔史密斯1.jpg
发表于 2018-8-19 16:25 | 显示全部楼层
你脑子是真成问题,非洲起源论怎么来的?如果田园洞果真有4万年,那么,他们从非洲出来不过1-2万年而已,彼此聚类,没有任何奇怪的。相反,出来就变成蒙古人种才奇怪呢,就目前证据而言,旧石器时代没有与现 ...
Yungsiyebu 发表于 2018-8-19 14:40
非洲也不是铁板一块,自然也有来自中东地区的交流
发表于 2018-8-19 20:13 | 显示全部楼层
本帖最后由 lll 于 2018-8-19 20:25 编辑

6# imvivi001 Genetiker的k=14田园洞人样品中也显示一些非洲成分,不过他认为这并不是非洲成分,而是认为这是田园洞人的远古成分超过非非洲人和非澳洲人群的现象
54873CC4-0135-4516-AE27-A5ACB3BBDF2B.jpeg
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发表于 2018-8-19 20:21 | 显示全部楼层
不过从这份遗传距离图上,田园洞人也并不比现代东亚人更偏向非洲
6C83576A-B52E-484F-AF78-79DFD018702D.jpeg
发表于 2018-8-19 20:57 | 显示全部楼层
田园洞人k=14的绿色南亚成分和WHG成分可能也并不是真正的南亚和WHG成分,4万年前欧亚大陆还存在Ust’-ishim和Oase这样的非东西欧亚的第三个人种,虽然已灭绝,Ust’-ishim和Oase也显示有大量的绿色南亚成分和WHG,还有一些非洲成分,和田园洞人非常类似,田园洞人很多这些绿色南亚成分和WHG和非洲成分可能来自这个欧亚大陆的第三个人种,不过相比Ust’-ishim和Oase,田园洞人的东亚成分更多
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