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楼主: imvivi001

我认为的全球各地成分的正确分类

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 楼主| 发表于 2018-9-21 11:15 | 显示全部楼层
59# zzzz
    非也。k值并不取决于参照物或考察对象的数目,可以无限提高,不过再考虑精准度与计算量的情况下,有一个相对最优值。
     就目前全球人类族群的种类数目来看,对于普通小型机,最优值可能是45~50.
发表于 2018-9-21 11:20 | 显示全部楼层
感觉基因学家很想模拟人类历史上血统混合的真实进程。

比如说K值加大,会出现几种颜色合一的情况,是不是代表了某个历史阶段一个新的原始人群的产生。

虽然可能效果不见得如此,但感觉还是很想逼近这个效果,不 ...
lindberg 发表于 2018-9-21 11:14
或者这么理解,k值加大。原有的几种成分相对新的参照物,差异很小。看为一个整体不影响整体的结论。
发表于 2018-9-21 11:23 | 显示全部楼层
59# zzzz
    非也。k值并不取决于参照物或考察对象的数目,可以无限提高,不过再考虑精准度与计算量的情况下,有一个相对最优值。
     就目前全球人类族群的种类数目来看,对于普通小型机,最优值可能是45~50.
imvivi001 发表于 2018-9-21 11:15
说到底,我们许多人还是不明白这个常染色体测试的运行机制,还是需要大牛们多多科普啊。
发表于 2018-9-21 11:33 | 显示全部楼层
  .
      看来你还没有完全理解ADM算法。在某些情况下(如低k值或西方族群种类较少),西亚欧成分会统归为一类,用一种颜色表示。
imvivi001 发表于 2018-9-21 10:36

是是是,我看到高K值分离出了新成分,但没搞清楚新成分代表什么。
发表于 2018-9-21 12:12 | 显示全部楼层
64# w_howard 新成分一般由旧成分分出来,或者两种或多种旧成分按不同比例混合形成一种新成分
发表于 2018-9-21 12:17 | 显示全部楼层
本帖最后由 lll 于 2018-9-21 12:23 编辑

62# zzzz 一般来说原有的几种成分相对新成分差异更大,因为新成分一般是原有的一种旧成分划分出来的一个支系,或两种或多种旧成分混合形成一种新成分。不过如果假设有几种成分相互之间的差异都很大,但k值比较小的话,会把其中一些成分当成混合成分,但实际上是独立成分,与其他各种成分都有一定的差距
 楼主| 发表于 2018-9-21 13:05 | 显示全部楼层
感觉基因学家很想模拟人类历史上血统混合的真实进程。

比如说K值加大,会出现几种颜色合一的情况,是不是代表了某个历史阶段一个新的原始人群的产生。

虽然可能效果不见得如此,但感觉还是很想逼近这个效果,不 ...
lindberg 发表于 2018-9-21 11:14
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      这个算法本身并不是真正的simulation,不过在加入古人数据的情况下,可以类同于某种模拟。  真正的模拟需要单独建模,结合多个算法,比较复杂。
 楼主| 发表于 2018-9-21 13:10 | 显示全部楼层
66# lll
算法主要是根据fst值进行分离~
 楼主| 发表于 2018-9-21 22:54 | 显示全部楼层
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      更准确的说,是类巴布亚成分或古南东亚成分,因为onge人群的丹人成分似乎不算太高,回头再去查查
imvivi001 发表于 2018-9-20 09:21
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      刚才查了一下,Onge人的丹人成分不算太高,不过他们的近亲jaawa人略微偏高。不过古华南成分较高的jehai人以及新石器马来农夫,他们的丹人成分相比其他东亚人群明显偏高,提示各地人群的巴布亚成分存在差异。

   另外,澳洲人的丹人成分高得离谱,记得之前有学者研究澳洲人可能存在未知古人的成分,或有可能,需要进一步观察~

东亚欧-丹人-f3-大嘴2018.png
发表于 2018-9-22 01:37 | 显示全部楼层
69# imvivi001 这个图中的Onge人的丹人成分好像比汉族要高
发表于 2018-9-22 08:07 | 显示全部楼层
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      刚才查了一下,Onge人的丹人成分不算太高,不过他们的近亲jaawa人略微偏高。不过古华南成分较高的jehai人以及新石器马来农夫,他们的丹人成分相比其他东亚人群明显偏高,提示各地人群的巴布亚成分存在差异 ...
imvivi001 发表于 2018-9-21 22:54

jehai的丹人成分相对较高,是否可理解为jehai也含有大比例的类巴布亚成分,只是色谱图中没有表达出来?
发表于 2018-9-22 08:46 | 显示全部楼层
两年前的一篇关于丹人的科普文章(根据2011年的研究),说菲律宾mamanwa也丹人成分较高,可惜上面表中没有。这篇文章的推论是Sunda陆棚之外的岛屿躲过了现代族群的冲击。
 楼主| 发表于 2018-9-22 08:50 | 显示全部楼层
69# imvivi001 这个图中的Onge人的丹人成分好像比汉族要高
lll 发表于 2018-9-22 01:37
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    是的,比汉族(平均而言)要高
 楼主| 发表于 2018-9-22 09:05 | 显示全部楼层
jehai的丹人成分相对较高,是否可理解为jehai也含有大比例的类巴布亚成分,只是色谱图中没有表达出来?
w_howard 发表于 2018-9-22 08:07
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    原文有表示。jehai成分(aEES1)与类巴布亚成分(aEES2)关系密切,但还是存在不同的,后者的丹人成分比较高~


 楼主| 发表于 2018-9-22 22:43 | 显示全部楼层
两年前的一篇关于丹人的科普文章(根据2011年的研究),说菲律宾mamanwa也丹人成分较高,可惜上面表中没有。这篇文章的推论是Sunda陆棚之外的岛屿躲过了现代族群的冲击。
w_howard 发表于 2018-9-22 08:46
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    嗯,记得以前是有一篇文章说过,不妨再找找原文链接。    不过原文中也有提到:


mamanwa-丹人-2018大嘴.png
发表于 2018-9-22 23:18 | 显示全部楼层
本帖最后由 geoanth 于 2018-9-22 23:21 编辑
两年前的一篇关于丹人的科普文章(根据2011年的研究),说菲律宾mamanwa也丹人成分较高,可惜上面表中没有。这篇文章的推论是Sunda陆棚之外的岛屿躲过了现代族群的冲击。
w_howard 发表于 2018-9-22 08:46

有一条所谓Huxley's line,就是一条较深的海域把菲律宾、新几内亚和澳大利亚与其他东南亚隔开,这片海域在冰河期也很深,不容易趟过。这条线以东的菲律宾、新几内亚和澳大利亚保留了较多的丹人成分,其中新几内亚人有2%尼人成分,另有3-6%的丹人成分。
 楼主| 发表于 2018-10-9 17:34 | 显示全部楼层
下午抽空看了一下传超Haak团队今年的力作,发现新石器至青铜时期,环两海地区(Pontiac-Caspian)有一种非常耀眼的成分,如下:

K22-两海pink-2018传超haak.png



图中这种令人瞩目的粉紫色(或洋红色)成分,我认为不妨定义为:老两海PPC成分(paleo-pontic-Caspian)。从K值演化图来看,是某种WHG与小亚农夫成分长期混合而成的,或可视为西部AAF成分(AAF见最新的拉扎Reich团队刚刚出炉的《晚更新世人类基因组提示安纳托利亚中部最初的农民从当地起源 - 分子人类学讨论区 Molecular Anthropolog》 中的定义)

    鉴于这种成分在历史上的重要性,那在设计全球祖源成分计算器时,不妨加入(在wegene的K47上,可能巴尔干成分与之相对比较接近)

 楼主| 发表于 2018-11-6 08:36 | 显示全部楼层
本帖最后由 imvivi001 于 2018-11-6 15:52 编辑

看一看K12b的数据,略有助益

.

GedrosiaSiberian西北非洲东南亚西南欧北欧南亚东非西南亚东亚高加索次撒哈拉
Gedrosia00.1210.0740.1230.0620.0480.0810.1320.0660.1180.0410.173
Siberian0.12100.1440.0720.1390.1230.1010.1810.1460.0520.1290.218
西北非洲0.0740.14400.1420.0560.0670.0990.0970.060.1370.0520.129
东南亚0.1230.0720.14200.1420.1290.0910.1730.1450.0320.130.209
西南欧0.0620.1390.0560.14200.0410.0980.1360.0520.1370.0330.185
北欧0.0480.1230.0670.1290.04100.0860.140.0630.1230.0410.183
南亚0.0810.1010.0990.0910.0980.08600.1350.0990.0850.0820.172
东非0.1320.1810.0970.1730.1360.140.13500.1240.170.1230.051
西南亚0.0660.1460.060.1450.0520.0630.0990.12400.1390.0470.169
东亚0.1180.0520.1370.0320.1370.1230.0850.170.13900.1250.206
高加索0.0410.1290.0520.130.0330.0410.0820.1230.0470.12500.171
次撒哈拉0.1730.2180.1290.2090.1850.1830.1720.0510.1690.2060.1710

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