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Y-haplogroup P1 in Pleistocene Siberia (Sikora et al. 2018 preprint)

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发表于 2018-10-23 22:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
Over at bioRxiv at this LINK. Below is the abstract, emphasis is mine. Two of the (unrelated) males from Yana RHS belong to Y-haplogroup P1 and mitochondrial haplogroup U2. Note that P1 is ancestral to Y-haplogroups Q and R.
Far northeastern Siberia has been occupied by humans for more than 40 thousand years. Yet, owing to a scarcity of early archaeological sites and human remains, its population history and relationship to ancient and modern populations across Eurasia and the Americas are poorly understood. Here, we report 34 ancient genome sequences, including two from fragmented milk teeth found at the ~31.6 thousand-year-old (kya) Yana RHS site, the earliest and northernmost Pleistocene human remains found. These genomes reveal complex patterns of past population admixture and replacement events throughout northeastern Siberia, with evidence for at least three large-scale human migrations into the region. The first inhabitants, a previously unknown population of "Ancient North Siberians" (ANS), represented by Yana RHS, diverged ~38 kya from Western Eurasians, soon after the latter split from East Asians. Between 20 and 11 kya, the ANS population was largely replaced by peoples with ancestry from East Asia, giving rise to ancestral Native Americans and "Ancient Paleosiberians" (AP), represented by a 9.8 kya skeleton from Kolyma River. AP are closely related to the Siberian ancestors of Native Americans, and ancestral to contemporary communities such as Koryaks and Itelmen. Paleoclimatic modelling shows evidence for a refuge during the last glacial maximum (LGM) in southeastern Beringia, suggesting Beringia as a possible location for the admixture forming both ancestral Native Americans and AP. Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. We detect additional gene flow events in both directions across the Bering Strait during this time, influencing the genetic composition of Inuit, as well as Na Dene-speaking Northern Native Americans, whose Siberian-related ancestry components is closely related to AP. Our analyses reveal that the population history of northeastern Siberia was highly dynamic, starting in the Late Pleistocene and continuing well into the Late Holocene. The pattern observed in northeastern Siberia, with earlier, once widespread populations being replaced by distinct peoples, seems to have taken place across northern Eurasia, as far west as Scandinavia.Sikora et al., The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene, bioRxiv, posted October 22, 2018, doi: https://doi.org/10.1101/448829

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 楼主| 发表于 2018-10-23 22:17 | 显示全部楼层
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/10/22/448829
不知道在某个帖子里和某论坛满族人的赌注还算不算数,是个爷们儿就道个歉,败于事实真相并不耻辱。
http://www.ranhaer.com/forum.php ... &extra=page%3D1
发表于 2018-10-30 08:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 w_howard 于 2018-10-30 08:46 编辑

整理一下我的思路,请论坛大佬们审核指导。下面的常染成分色谱图是imvivi001坛友今年9月注释并贴出的,从大嘴博士团队今年关于南下的东南亚农夫这篇科研成果来看,Onge人主要是三种来源……



一直有个疑问,Onge的三种成分是怎么形成的?先后顺序如何?Onge有三种成分,蓝色ASE,黑色类Papuans,暗紫色Jehai或称古华南、古孟高棉。今天忽然发现,如果去掉蓝色ASE,那么剩下的黑+紫色成分就变成了一个ghost魔鬼,色谱图中无处不在!暂时简称黑紫人群。

先看左侧的古印度土著,蓝色ASE把黑紫人群等比例压缩成一个窄条,这说明黑紫人群曾广泛分布在印度次大陆,后来ASE强势入侵,只保留了少量黑紫成分。为什么说黑紫人群来的更早,因为黑色类Papuans与丹人是衔接的。而在ASE到来之前,黑色与紫色已经长时间深度混合了。

再看东部的南岛族群(Ami、泰雅和igorot为代表)就更神奇了。上面一排低K值时,可以区分出黑色和紫色,但下面几排K值升高后,黑色和紫色却不见了,几乎变成了纯粉色。咋回事?

后来受以前帖子的启发,终于想通了。因为黑紫色与粉色之间的遗传距离一定非常接近,当低K值时,算法强制把相近的成分拆分成多种颜色,当K值升高后,算法认为没必要再区分粉色和黑紫色,于是就全部归类为粉色。而印度土著的蓝色ASE遗传距离与黑紫人群较远,所以不会有颜色合并的现象。

奇怪的是日韩的黑色紫色成分极少,而且有论文描述4000年前的东南亚古样本几乎没有日韩的东亚成分(日韩只是举例),因此推测有一部分东亚人的老祖aEE没走南线。因为黑紫人群是南线最古老的底层,日韩成分如果走南线就应该染上黑紫色,并且留下自己的成分。

在五万年前,东亚人的老祖aEE在向东亚扩散的过程中,分成了南北两只:①东亚北支(日韩主成分)②南线分支在遇到丹人混合后变成Papuan分支和Jehai分支。

我要是把“东亚人的老祖aEE”换成“Papuan的老祖aEE”,可能就容易被接受了,其实是一个意思。
发表于 2018-10-25 04:12 | 显示全部楼层
我的看法,鼻翼宽窄可能跟冷热有些关系(但也没什么确凿证据),而鼻梁高低看不出跟冷热有什么关系,一些寒冷地区的人反而鼻梁不高。
发表于 2018-10-24 23:20 | 显示全部楼层
@wanhuatong,我把你憋在心里不敢说的话说出来,你无非就是想说塌鼻梁大饼脸小眼睛都是来自南方炎热地区,南方人都是丑陋的,北方人都是高鼻子大眼睛立体且高贵。你这种人还有脸说我是大北方主义者?真是贼喊捉贼。

巴布亚人立体吧,然而他们是北方人吗?你自己的数据都打自己的脸了,还好意思跟我在这争辩。
发表于 2018-10-24 22:48 | 显示全部楼层
@wanhuatong,既然认为鼻指数跟纬度跟冷热生死攸关,那请解释一下为什么在你给出的数据里澳洲土著波利尼西亚土著和美拉尼西亚土著的鼻指数反而要高于东亚人和东北亚人?
发表于 2018-10-24 22:54 | 显示全部楼层
ANE是2.4万年前出现的,对应mal'ta男孩,此论文中说ANE是ANS的后代。而aEE的北支进入东亚的时间甚至比4.5万年前的乌斯季古人还早,因为乌斯季古人的常染已经很复杂了。

aEE是古代东欧亚人群,是东亚人的始祖。如果aEE都是走南线,那应该都染有古华南或类巴布亚成分,但观察几类常染色谱图,发现日韩和汉族没有上述成分,因此推测有一部分aEE没有走南线。(这种想法不是我首先提出的)
发表于 2018-10-24 16:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2018-10-25 18:22 编辑


这两个3.1万年前的Yana古人不太可能是最早的西伯利亚居民,因为已知的乌斯季古人是4.5万年前的,这篇论文解决不了南线or北线的争论。

南线北线争论应该是指顺时针还是逆时针路线的争论,逆时针路线是指古东亚人经过印度-东南亚-中国,顺时针路线是指经过非洲-欧亚大草原-中国。aEES走南线比较确定,但aEEN的路线还比较模糊。

七千年前鬼门洞有一例y-C2b。

发表于 2018-10-28 21:25 | 显示全部楼层
hercules 发表于 2018-10-28 11:47
东亚人不可能五万年前就形成了,如果你说东欧亚人,勉强成立。东亚-东南亚人与东南亚尼格力拓人有剥洋葱一 ...

你说“东亚人从小黑人中分离出来”,记得是某篇论文中的话。解铃还须系铃人,论文《史前东南亚人群起源》3月份预印版,7月份Science上正式发表,短短4个月中,作者团队对东亚人的认知有了质的飞越!建议以7月版为准。《史前东南亚人群起源》

从常染图上看,小黑人的成分和形成过程是很清晰的,就是类Onge+若干东亚,是一种混合成分,而东亚成分是一种原始单一的成分,东亚人为小黑人贡献了部分常染成分,小黑人不是东亚人的祖先。
 楼主| 发表于 2018-10-24 18:57 | 显示全部楼层
@w_howard 走北线必然要面对ANE人群,无法解释今天东亚人群种的ANE成分如此之少。
发表于 2018-10-27 19:03 | 显示全部楼层
谢谢楼主提供链接,我刚看了,虽然还不确定是否是智人,但毕竟留有希望,说明五万年前人类有能力在西伯利亚生存。

我不反对走南线,但走南线遇见丹人就会变成Jehai或Papuan。
发表于 2018-10-27 21:38 | 显示全部楼层
yfull的数据库上又多了一个N的样本,id:ERS2478500RUS [RU-AL],标记为N-Y6503*,位置俄罗斯的阿尔泰地区。这个样本和以前在欧洲发现的N-189.2一起构成新的N-Y6503,年龄和我们通常熟知的N-4672差不多,并且和N-Z4672一起把N的整体年龄大大提高了,现在N的年龄已经和O是一样的了。现在看来,N-Y6503可能从未来到过中国,在冰盛期最严重的时候,和Q一起躲在阿尔泰山区,然后在历史时期和Q一起向欧洲扩散。
这个结果对NO走北线更为有利。甚至可以这样猜测,只存在一次北上。出非洲人群在印度河口,分成了两部分,一部分越过印度河进入南亚次大陆,继续沿着海岸线前进,最终抵达东南亚,另外一部分沿着印度河北上,然后穿越开伯尔山口进入中亚,然后从中亚进入欧洲,北亚,东亚。北上支系包括O,N,Q,R,C-M217,C-CTS11043(也就是以前的C1),D1,D2,D3。当然也包括那些已经被灭绝的支系。
 楼主| 发表于 2018-10-23 22:19 | 显示全部楼层
虽然这个人为了彰显自己已经退出论坛,把原来的言论删了,但是还是会时不时的跳出来托人警告几句,我想他这个也能看到吧。
发表于 2018-10-24 07:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 Ryan 于 2018-10-25 18:15 编辑

地点,父系和母系支系,以及一些备注。


Sikora2018, The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene.png
Sikora2018, The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene.jpg
发表于 2018-10-24 08:38 | 显示全部楼层
如果P1这么早就出现在西伯利亚东北部,那么P从东亚北上的可能性就增加了。

另外鼻子这种体质特征跟父系母系单倍群没什么关系,劝你不要总是混淆这两者。

就算新西伯利亚人是东亚来的,也不代表他们就一定来自东亚最南部或东南亚。南人北上的证据几乎找不到,反倒是北人南下的证据不少。我的推测是现代蒙古人种起源于东亚北部,然后在新石器时期分别向南北两个方向扩张。
发表于 2018-10-24 09:28 | 显示全部楼层
这篇文章中,距今约9000年的 Kolyma1样本(快到楚科奇半岛了...)竟然是 M120,而不是 B143,很惊奇啊。这个数据要确认一下。
发表于 2018-10-24 14:17 | 显示全部楼层
常染方面与我之前的推测非常吻合,再次揭示之前西方学者的一次两次迁移论的荒谬(包括大嘴博士年初论文中的论点)。

不管怎样,依然祝贺大嘴博士的新作,他的确是一个值得尊敬的高产学者,也是一个勇于自我纠错不断迭代的新时代学者!
发表于 2018-10-24 14:21 | 显示全部楼层
把白令海峡附近的那个古人,作为推论“白令海峡地区是某个时期的避难所”的依据,我看还是犯了刻舟求剑的老毛病。我依然认为,勘察加半岛是一个不错的避难所~
发表于 2018-10-24 14:47 | 显示全部楼层
we report 34 ancient genome sequences,34个样本有 C 吗
发表于 2018-10-24 15:26 | 显示全部楼层
  然而这些携带U2单倍群的人并没有进入美洲而是驻留在了亚洲。
 楼主| 发表于 2018-10-24 18:48 | 显示全部楼层
某个人极度自信的通古斯群体是什么时候来到西伯利亚的,相关专家的意思:“Between 11 and 4 kya, AP were in turn largely replaced by another group of peoples with ancestry from East Asia, the "Neosiberians" from which many contemporary Siberians derive. ”。我之前也有过相关推论——感情你通古斯人专指鄂温克人?那抱歉了,你可能没明白我的意思,我是指整个通古斯语族人群,整个通古斯语族人群都是鼻梁比较塌的,而且我之前也很明确的讲[fly]
整个通古斯语族人群鼻梁塌是由于进入西伯利亚时间较晚,还没有形成对西伯利亚寒冷环境的适应
[/fly] 你要怼我的话就证明你这群塌鼻子人群是适应了寒冷环境的结果嘛,你怎么不和同纬度的欧洲人和印第安人比一比呢?
 楼主| 发表于 2018-10-24 18:54 | 显示全部楼层
末次冰盛期结束之前通古斯人群果然不在西伯利亚,不过去年的时候,一些人还信心满满,还说什么如果将后来的证据证明现在的西伯利亚人群并没有那么早的到达西伯利亚,我就道歉。还有这个傻叉MNOPS,-非要把通古斯人的居住地往东西伯利亚扯,就担心这些塌鼻子不是极度寒冷下的产物,无法给他的东亚人群寒带适应性特征圆谎。去年每每听到这些胡说八道的言辞就有点不爽。不管怎么说西伯利亚已经不是东亚人群的起源地了。
发表于 2018-10-24 19:32 | 显示全部楼层
  天,谁能贴一下常染色体的数据。
发表于 2018-10-24 22:55 | 显示全部楼层
@wanhuatong 别动不动就骂人是傻叉,管好你自己的那张臭嘴别到处喷粪,这是公共论坛,不是你家的茅房

另外人家只说了新西伯利亚人是从东亚来的,并没有说他们是从华南东南亚来的,鼻子跟冷热的关系是你自己脑补的,文章里可没有这么说。
 楼主| 发表于 2018-10-24 23:03 | 显示全部楼层
@MNOPS我说过他们从东南亚和华南来吗?你还要脸不?不是你老一直强调C北支和通古斯人起源于东西伯利亚吗?现在不承认了?有点勇气行不?去年争的是什么?通古斯人和今天的西伯利亚人群从哪里来,不管是不是你老说的东亚北部,那也是西伯利亚的南边,那也是从南边的东亚来,你的理解力有这么差吗?链接就在3楼,你如果找不出我任何说通古斯人来源于东南亚的话,就老老实实承认自己是个傻叉,别BB,我不像某个人,出言不慎还删自己的言语!
发表于 2018-10-24 23:04 | 显示全部楼层
@w_howard 握一下手,跟我的想法不谋而合。我觉得现在东亚人ANE少并不能代表说东亚人祖先就一定是从南线过来的。Mal'ta男孩只有两万四千年,而这个父系单倍群P1的东西伯利亚古人的年代也不过只有三万一千年,而K2a的乌斯季古人的年代达到了四万五千年,另外有消息指贝加尔湖一带甚至还发现过距今五万年的智人遗迹。

我现在觉得吧,东欧亚人的祖先可能很早扩散到了欧亚大陆北部,体质上可能类桑人,同时混合了一定的尼人成分(东欧亚人的尼人成分要比西欧亚人更高一些,这也是走北线的证据之一)。
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