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楼主: wanhuatong

Y-haplogroup P1 in Pleistocene Siberia (Sikora et al. 2018 preprint)

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发表于 2018-10-29 19:29 | 显示全部楼层
MNOPS 发表于 2018-10-29 19:28
那也说明南岛人曾经扩张到这一地区。

另外你一会儿说澳洲一会儿说巴布亚,到底是哪里?自己都不一致。

巴布亚不是澳洲?
巴布亚高地自从8000bp以来就和外界隔绝,现代人也只有通过飞机才发现他们,并依赖现代化设备才能进出丛林与他们交流。发现你记性特别差,这是第二遍。
发表于 2018-10-29 22:06 | 显示全部楼层
hercules 发表于 2018-10-29 19:02
东亚人不会连澳洲土著也一并贡献了吧。

东亚人的老祖aEE对澳洲土著的巴布亚成分有过贡献,因此巴布亚成分接近东亚成分。小黑人在4000年前其实没有东亚(北)成分,可以认为就是Onge,Onge也是混合成分,其中包括类巴布亚和类Jehai。
发表于 2018-10-29 22:29 | 显示全部楼层
w_howard 发表于 2018-10-29 22:06
东亚人的老祖aEE对澳洲土著的巴布亚成分有过贡献,因此巴布亚成分接近东亚成分。小黑人在4000年前其实没 ...

这是循环论证吧。Onge反正没看出有东亚影响就是了。
发表于 2018-10-29 22:43 | 显示全部楼层
hercules 发表于 2018-10-29 22:29
这是循环论证吧。Onge反正没看出有东亚影响就是了。

没有循环论证啊,重说,Onge没与现代东亚人混血,但受过东亚人老祖aEE的影响。
发表于 2018-10-29 22:55 | 显示全部楼层
w_howard 发表于 2018-10-29 22:43
没有循环论证啊,重说,Onge没与现代东亚人混血,但受过东亚人老祖aEE的影响。

那你怎么区分出aEE的?
发表于 2018-10-29 23:05 | 显示全部楼层
hercules 发表于 2018-10-29 22:55
那你怎么区分出aEE的?

在常染色谱图中,Papuan和Jehai被归类到东亚成分中。
发表于 2018-10-29 23:14 | 显示全部楼层
啊哦,我明白你的意思了,色谱图可能误导,让我再想想,今天休息吧。
发表于 2018-10-30 08:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 w_howard 于 2018-10-30 08:46 编辑

整理一下我的思路,请论坛大佬们审核指导。下面的常染成分色谱图是imvivi001坛友今年9月注释并贴出的,从大嘴博士团队今年关于南下的东南亚农夫这篇科研成果来看,Onge人主要是三种来源……



一直有个疑问,Onge的三种成分是怎么形成的?先后顺序如何?Onge有三种成分,蓝色ASE,黑色类Papuans,暗紫色Jehai或称古华南、古孟高棉。今天忽然发现,如果去掉蓝色ASE,那么剩下的黑+紫色成分就变成了一个ghost魔鬼,色谱图中无处不在!暂时简称黑紫人群。

先看左侧的古印度土著,蓝色ASE把黑紫人群等比例压缩成一个窄条,这说明黑紫人群曾广泛分布在印度次大陆,后来ASE强势入侵,只保留了少量黑紫成分。为什么说黑紫人群来的更早,因为黑色类Papuans与丹人是衔接的。而在ASE到来之前,黑色与紫色已经长时间深度混合了。

再看东部的南岛族群(Ami、泰雅和igorot为代表)就更神奇了。上面一排低K值时,可以区分出黑色和紫色,但下面几排K值升高后,黑色和紫色却不见了,几乎变成了纯粉色。咋回事?

后来受以前帖子的启发,终于想通了。因为黑紫色与粉色之间的遗传距离一定非常接近,当低K值时,算法强制把相近的成分拆分成多种颜色,当K值升高后,算法认为没必要再区分粉色和黑紫色,于是就全部归类为粉色。而印度土著的蓝色ASE遗传距离与黑紫人群较远,所以不会有颜色合并的现象。

奇怪的是日韩的黑色紫色成分极少,而且有论文描述4000年前的东南亚古样本几乎没有日韩的东亚成分(日韩只是举例),因此推测有一部分东亚人的老祖aEE没走南线。因为黑紫人群是南线最古老的底层,日韩成分如果走南线就应该染上黑紫色,并且留下自己的成分。

在五万年前,东亚人的老祖aEE在向东亚扩散的过程中,分成了南北两只:①东亚北支(日韩主成分)②南线分支在遇到丹人混合后变成Papuan分支和Jehai分支。

我要是把“东亚人的老祖aEE”换成“Papuan的老祖aEE”,可能就容易被接受了,其实是一个意思。
发表于 2018-10-30 09:12 | 显示全部楼层
hercules 发表于 2018-10-29 18:58
为什么不是一部分从阿尔泰山过来,一部分从东南亚过来呢?

从Ami族人的图构来看,确实是一部分从阿尔泰山来的,一部分从东南亚来的。
发表于 2018-10-30 10:13 | 显示全部楼层
现在看来南北两线说确实是最合理的解释,争议的问题无非就是哪些单倍群走北线哪些单倍群走南线。
 楼主| 发表于 2018-10-30 10:21 | 显示全部楼层
MNOPS 发表于 2018-10-30 10:13
现在看来南北两线说确实是最合理的解释,争议的问题无非就是哪些单倍群走北线哪些单倍群走南线。

你这句话也代表我的意思,
发表于 2018-10-31 13:07 | 显示全部楼层
南来占了常染的绝大多数,这是我一贯的观点。
发表于 2019-2-14 14:31 | 显示全部楼层

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这张图片是此论文中的Figure3,有人拿它到处招摇撞骗,说东亚人2.7万年前才从北亚人群中分离出来。

真相就在论文中,“We find that the ancestors of Kolyma1, Ancient Beringians and Native Americans diverged ~30 kya (26.8-36.4) from present-day East Asians (Han), in agreement with previous results,Both Kolyma1 and Native American ancestors received ANS-related gene flow at a similar time (Kolyma1 20.2 kya (15.5-23.7); USR1 19.7 kya (13.3-23.5)), which we model as a contribution from a population related to Yana. ”

原文的大意是,Kolyma1等北亚人大约3万年前从现代东亚人中分离出来,这与之前的研究一致,Kolyma1本来是东亚人的一个分支,后来关键的一步是他们染上了ANS成分。

说明东亚人在三万年前就存在了,并且默默奉献自己的基因。
发表于 2019-2-14 15:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-2-14 15:50 编辑
w_howard 发表于 2019-2-14 14:31
这张图片是此论文中的Figure3,有人拿它到处招摇撞骗,说东亚人2.7万年前才从北亚人群中分离出来。

...

treemix的结果,是高加索人种与亚美人种在4.3万年分离,北极人种与北亚-东亚人种在2.7万年分离,北亚和东亚人种在1.96万年分离,北极-美洲人种人种共祖在3.0万年前与东亚-北亚种系分离,这是主干。

同时,Yana有约29.2%的亚美人种混血。北极Kolyma有16.6%Yana混血,混血时间在2.0万左右,Even有3.9%的北极混血。

这是现代人标尺。事实上,Yana才是始祖型。

treemix只是根据基因频度做出来的最大似然树,在大种系混合上应当不会有大的问题,但对于很接近的种系就未必怎么有效了。treemix不设参数直接跑出来的蒙古语族的tree。



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发表于 2019-2-14 17:06 | 显示全部楼层
永老师在,太好了。
问永老师一个问题
东亚蒙古人种的平均脑容量是否比欧裔白人要大。
发表于 2019-2-14 17:30 | 显示全部楼层
我上面说的是此论文中的Figure3,不是Fucking TreeMix,论文中专门有一节讲这个Demographic modelling算法。它的可贵之处是考虑到了混合的影响。

如果研究常染不考虑混合,你觉得那种狗屁算法可信吗?你随便找几个人都可以根据遗传距离画出分离树,但这种太容易得到的结果是没有意义的,它不能反应人类真实的演化历史。早期在黑暗中摸索时常常使用分离模型,现在各大人群的混合模型越来越清晰,而分离树变得越来越不可信!

Demographic modelling

The parameters of alternative demographic scenarios were inferred based on the joint site frequency spectrum (SFS) by approximating the likelihood of a given model with coalescent simulations, using the composite likelihood method implemented in the fastsimcoal2 software73. Demographic modelling was carried out on selected ancient individuals from the “CGG WGS” panel, merged with a set of genomes of present-day individuals from the Simon’s Genome Diversity Project37. We discarded singleton SNPs for this analysis to minimize the influence of possible sequencing errors in the ancient individuals. Confidence intervals were obtained using a block-bootstrap approach, resampling blocks of 1Mb.Parameters in coalescent time were scaled to time in years assuming a mutation rate of 1.25 x 10-8 / generation / site74 and a generation time of 29 years75 (Supplementary Information section 10).
发表于 2019-2-14 23:19 | 显示全部楼层
w_howard 发表于 2019-2-14 14:31
这张图片是此论文中的Figure3,有人拿它到处招摇撞骗,说东亚人2.7万年前才从北亚人群中分离出来。

...

看问题要双向考虑,不能总是以东亚为中心。更有可能的情况是东亚人的祖先与北极和美洲人的祖先于2.7至3万年前在今天的蒙古或东北亚分开,前者南下而后者北上。
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