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单倍群F838研究2018年总结报告

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发表于 2018-12-27 21:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 南方有山越 于 2018-12-27 21:41 编辑

注:图片上传失败了,稍后再解决。
前言


截止2018年上半年,我们F838族群的相关研究和文字资料编绘十分不容乐观。在国内人类分子学界F838被归纳为O1b-M268*类型,至今如是。ISOGG单倍群树上,只具有F838、F1199两个上下游分类。YFull树上仅有两个千人组和一个科研高通量样本。
2018下半年,是F838族群推进数据研究和文字资料编写的重要推进期和发展期。
2018年即将过去,我们认为很有必要对这一年来F838族群的研究进展进行一次总结。

第一章:数据研究


1:YFull数据



上图为YFull树一月版本,F838支系在O1b-M268支系树上,短小而单薄,令人不免有沮丧之感。F838*样本为科研高通量样本数据。F714下属的两个高通量样本数据为国际千人基因组计划中国部分数据。
年龄估算上,仅以科研样本ERR1395592来推算单倍型F838的最近共祖年龄。



上图为YFull树11月第2版本。不论是在高通量样本还是下游支系的发展上,F838都有了较大的进步。下半年新增自测高通量样本4个,国外测试机构公布的古人高通量样本1个。
福建侯官陈氏[YF16060]和科研样本ERR1395592对比分析出了单倍型F11242,两人最近共祖大约1500年。
古人样本[ERS2374414]和千人组样本HG00457对比分析出了单倍型CTS4052。随后一个月,安徽黟县汪氏[YF15196]和古人样本[ERS2374414]样本对比分析出了单倍型Y155291。这两个单倍型和F714属于直系上下游关系,构成了单倍群上的父,子,孙三代关系。
四川安岳邹氏样本[LET50065]和千人组样本NA18638D对比分析出来了,F714的另一个下游支系单倍型F4381(F1199)。之后重庆巫溪刘氏[LET50154]上树,确立了F1199下游的三个不同支系。
估龄上面,CTS4052和Y155291这两个单倍型,仅有安徽黟县汪氏[YF15196]能用于估龄。因此这两个单倍型的估龄目前较稳定,分别为2700年1600年。
F838、F714和F1199两个单倍型,因为陆续有新的样本加入,估龄先后出现了数次的更变,目前数据上F838最近共祖大约距今10500年,714最近共祖大约距今6300年,F1199最近共祖距今3400年。
单倍型F11242、CTS4052、Y155291、F1199全部为根据新高通量样本对比分析出来的新增下游支系。

2:ISOGG数据

该数据为ISOGG单倍群树F838支系,2018年上半年数据。表现和YFull树上的F838支系不相上下。


该数据为ISOGG单倍群树F838支系,2018年11月版数据。F838在ISOGG单倍群树上的下游支系扩充,比YFull上更加全面。
由两级单倍群扩展成了六级上下游单倍群。此前F15640支系完全处于数据和研究上的隐藏状态。这一支系部分上下游单倍型的扩展,让我们对这一支系有了一个较清楚的了解。也对原本猜测中的F838*类型有了新的定义。F838——F1199这一支上下游单倍群支系,则体现在中间单倍群的扩充上。
目前ISOGG单倍群树上,F838支系的上下游数据,充分表明了F838支系,在诞生10000年以来,几乎没有遭遇瓶颈期。这也有力证明了,F838支系和M95、M119两个支系一样,是最早驯化和培育种植水稻的族群之一。



3:F838族群成员研究数据

目前这方面由福建侯官陈氏(F11242支系)负责。数月以来,陈氏根据自己对STR的充分研究和23魔方芯片2.1版本提供的便利,对F838的一些研究起到了推动作用。
因目前中通芯片版本的更新问题,不可能和ISOGG最新版本保持一致。但23魔方芯片2.1版嵌入了自己的一些私有点位数据。据此,陈氏结合人为分析为数位在芯片测试中被确定为F838*的成员,确定了自己所属的更近单倍群。他们分别属于:F15640,F714等不同支系的未公开下游。
在STR方面,陈氏也发现了F838不同支系在一些基因座上较易辨识的突变。

3.1:其他数据研究


该部分主要针对挖掘于哈萨克斯坦南部地区的唐代古人。安徽黟县汪氏的高通数据和唐代古人的数据对比,清晰可信的确立了唐代古人属于安徽徽州汪氏家族早期戌守边疆成员的身份。
终结了唐代古人属于突厥人的早期结论。
国内优秀的人类分子学学者邱老师也据此发布了相关文章《大唐曾深入中亚的DNA证据:一千多年前的突厥人竟有中国南方血统?》

第二章:文字资料


1

自2018下半年以来,重庆巫溪刘氏[LET50154]开始着手根据陆续掌握的资料,编写F838支系的文字资料。
11月发布了名为《南方有山越:F838父系族群源流初探》的文章,文章中结合目前公开的数据,初步探索了F838族群和南方古代山越人的源流继承关系。
纵然这篇文章发布后,承受了诸多的质疑和诘问。但也收到了一些正面效应。F838族群这个此前名不见传的万年小支系,在爱好者中受到了些许的关注。也因为这篇文章,有数位父系祖源属于F838的成员,和我们建立了联系。尤其是甘肃“西汪”家族(西汪的称谓是相对于徽州汪氏而言)。
目前西汪家族成员,已经在筹备通过家族联谊会,商讨选取一定数量的家族成员,进行祖源基因检测中去。西汪家族的检测结果,对揭晓汪华家族所属单倍群的类型有着至关重要的作用(F838或L599)。
但也得承认《南方有山越:F838父系族群源流初探》这篇文章,因为受到现有数据的限制,以及探究时作者自身的水平问题,有不够严谨之处,和可商榷之处。
但这篇文章发表后,作者又接受到了大量新数据,这些证据对F838山越论,总体上是支持的。
在数据足够后,作者将会对F838的祖源源流进行更进一步的探索,相关文章也会进行公布。

2

下半年里,重庆巫溪刘氏开通了F838族群专属微信公众号。目前已经发布了收集整理的部分F838资料,数首F838族群成员创作的文艺作品。在F838家族的探索上,也对湖南耒阳李旭家族,陕西榆林叶氏家族进行了家族相关介绍。
仅限F838族群成员内部共享的重要资料,目前也进行了有效的收集和整理。有望在2019年出版第一期《F838族群研究》。
结合公开数据和自我研究,F838基因家谱世系树,也一直得到了良好的更新和维护。


第三章:确立F838起源地


根据目前的数据总结,我们已经能确定F838族群【江西—皖南起源】的可靠结论。
根据F838相关家族家谱上祖籍地的记载,祖籍地均能追溯到江西—皖南地区。且在江西—皖南地区,发现了F838目前已知的所有下游支系相关的家族。


第四章:2019年展望


2018年下半年,我们着重于推进F838下游支系的扩展和研究。2019年我们将陆续展开F838族群各家族的推进探究。
2019年,F838族群成员将有望增加高通量样本上树分析5例以上。目前已确定的5人中,1人属于F714*,4人属于F1199。
湖南耒阳李旭家族和重庆巫溪雨条岭刘氏家族,有望构建F1199下游一支,600-300年最近共祖和150-50年最近共祖的二至三级单倍型的近代家族基因家谱。

评分

1

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发表于 2019-2-7 23:34 | 显示全部楼层
古人样本[ERS2374414] 是哪一个呢?lz有研究吗?

你们家的f714跟越南 西双版纳的m111 年纪倒是蛮近的
 楼主| 发表于 2019-2-26 18:07 | 显示全部楼层
红豆吐司 发表于 2019-2-7 23:34
古人样本[ERS2374414] 是哪一个呢?lz有研究吗?

你们家的f714跟越南 西双版纳的m111 年纪倒是蛮近的

堂兄弟支系了。很可能是安徽汪氏的戌边成员。
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