Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 1027|回复: 5

哈萨克Botai样本Y染色体分型:R1b-M73

[复制链接]
发表于 2019-6-30 21:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-6-30 22:27 编辑

哈萨克Botai样本Y染色体分型:R1b-M73

原报告指出,Botai样本是R1bxM269,是不是欧亚草原常见的M73,没有作出判断.

The Y haplogroup R1b was assigned using the yHaploprogram59. To estimate the phylogenetic position of the Botai Y haplogroup more precisely, Y chromosomal SNPs were called with SAMtools mpileup using bases with a quality score of ≥30: a total of 2,481 SNPs out of ~30,000 markers included in the 1,240 K capture panel were called with a mean read depth of 1.2×. Twentytwo SNP positions relevant to the up-to-date haplogroup R1b tree (www.isogg.org and www.yfull.com) confirmed that the sample was positive for the markers of the R1b-P297 branch but negative for its R1b-M269 sub-branch.


有网友层估计该样本属于M73。

The Y-chromosome of the male Botai individual (TU45) belongs to the haplogroup R1b (Table 411 S6). However, it falls into neither a predominant European branch R1b-L5165 nor into a R1b-GG400 branch found in Yamnaya individuals. Thus, phylogenetically this Botai individual should belong to the R1b-M73 branch which is frequent in the Eurasian steppe (Figure S9). This branch was also found in Mesolithic samples from Latvia as well as in numerous modern southern Siberian and Central Asian groups.


samtool提取Botai样本bam文件中所有覆盖到的序列,获得~2.8万个区域.

其中,

R1b1a1a-M478/M73这一级覆盖到2个markers,全部阳性结果.

                                                                                                       
13799335        g        1        a        J                A14362        13799335        R1b1a1a        S3511                20444832        A->C        1
22140700        A        1        G        J                Y13210        22140700        R1b1a1a                        12005190        G->T        1


下游:R1b1a1a1a 覆盖3位点,2个阴性,1个阳性.

6775320        g        1        ,        J                Y14052        6775320        R1b1a1a1a                        8686270        G->A        1
8383898        C        1        G        J                Y14054        8383898        R1b1a1a1a                        12658272        C->A        1
15867116        A        1        .        J                Y14177        15867116        R1b1a1a1a                        11859135        G->A        1

下游:R1b1a1a2 覆盖3位点,2个阴性,1个模糊.

16282616        C        0        *        *                BY15607        16282616        R1b1a1a2                        8538816        G->A        1
17236332        C        1        .        J                BY15609        17236332        R1b1a1a2                        11995878        T->A        1
18256815        G        1        ,        J                BY15611        18256815        R1b1a1a2                        14136643        A->G        1

R1b1a1b及其下游支系,覆盖到53个位点,52阴性,1个阳性突变,但这个位点的突变类型是C->T,而定义R1b1a1b的突变C->G.

18137831        c        1        t        J                CTS8665        18137831        R1b1a1b        PF6479                19349068        C->G        1
18180446        a        0        *        *                L500        18180446        R1b1a1b        PF6481                21120619        G->A        1

这样,可以基本确定Botai样本是R1b1a1a-M73,且为其下游R1b1a1a1a的始祖型或者始祖旁系类型.

2785000        g        1        .        J                Z17970        2785000        R1b1a1b1a1a2c1a4c2~                        15576317        C->A        1
2889012        G        1        .        J                BY3497        2889012        R1b1a1b1a1a2b1d2a~                        21472680        G->A        1
2904845        T        1        .        J                A6484        2904845        R1b1a1b1a1a2c1a5c5                        8566305        T->C        1
4567631        T        1        ,        J                S275        4567631        R1b1a1b1a1a1c2b2a1b1a4        YSC0000043; Z1                16842228        A->G        1
6820033        a        1        ,        J                FGC17520        6820033        R1b1a1b1a1a1c2b2a1b1a2                        19121587        A->G        1
7048943        a        1        .        F                FGC11317        7048943        R1b1a1b1a1a2c1a5c4a                        15735830        G->A        1
7136863        t        1        ,        J                BY63469        7136863        R1b1a1b1a1a1c2b1b4a3b~                        8688819        C->T        1
7527165        G        1        ,        J                BY15554        7527165        R1b1a1b1a1a2c1a5c4a3        FGC32648                12556050        G->T        1
7718251        a        1        ,        J                A155.2        7718251        R1b1a1b1a1a2c1a3a2a1b1a2a        Z12652.2                16658001        G->A        1
8029773        G        1        .        J                S10957        8029773        R1b1a1b1a1a1c2b2a1b6b1                        16070789        C->T        1
8209128        g        1        ,        F                Z21253        8209128        R1b1a1b1a1a2c1a2a2d                        13642457        G->A        1
8262194        t        1        ^F,        C                A459        8262194        R1b1a1b1a1a2c1a5b1a1a3a3                        7825274        C->T        1
8708886        A        1        ,        J                Z16282        8708886        R1b1a1b1a1a2c1a5c3b1                        12925521        C->G        1
8836743        G        1        ^F.        A                ZS5209        8836743        R1b1a1b1a1a2c1a2b2b1a                        14880722        T->C        1
9046578        g        1        ,        J                BY283        9046578        R1b1a1b1a1a2c1a1d3b1c                        15808082        T->C        1
9061159        G        1        ,        A                FGC11808        9061159        R1b1a1b1a1a2c1a2b3a1        Z16388                15843150        G->A        1
9376352        G        2        ,,        JJ                S309        9376352        R1b1a1b1a1a2c1a5a2a1a1                        18908552        G->C        1
9392804        a        1        .        J                Z269        9392804        R1b1a1b1a1a2a1b1a1~                        12297941        C->A        1
14055404        a        1        .        J                FGC11327        14055404        R1b1a1b1a1a2c1a5c4a                        16013948        T->A        1
14229405        G        1        ,        J                A6906        14229405        R1b1a1b1a1a1c2b2a1b1a4b2a1                        9245013        T->C        1
14323108        C        1        .        J                Z21254        14323108        R1b1a1b1a1a2c1a2a2d                        6839624        A->G        1
14417425        g        1        ,        J                FGC18028        14417425        R1b1a1b1a1a2c1a3b1                        17121994        G->A        1
14543140        T        1        ,        J                BY11113        14543140        R1b1a1b1a1a2c1a5c1b1a2        Y23206                6836938        C->T        1
14583239        g        1        .        J                FGC11147        14583239        R1b1a1b1a1a2c1a3a2a1a2        Y6238; Z16252                15161522        C->A        1
14629851        g        1        ,        J                M12149        14629851        R1b1a1b1b        Y4371; Z8128                3005501        G->A        1
14959288        T        1        .        J                Y32040        14959288        R1b1a1b2a2b3a                        7562960        G->A        1
15278311        A        1        .        J                JFS0002        15278311        R1b1a1b1a1a1c2a1c2b2b2                        16000830        T->A        1
15309354        a        1        .        J                A8058        15309354        R1b1a1b1a1a4a                        14718726        A->G        1
15973294        G        1        ,        J                A132        15973294        R1b1a1b1a1a2c1a6a~                        14944200        T->A        1
16324214        g        1        ,        J                A11718        16324214        R1b1a1b2a1b                        14220380        T->C        1
16436039        C        1        .        J                Z17822        16436039        R1b1a1b1a1a2c1a2a2b                        3753099        T->C        1
16572520        C        1        ,        J                A14088        16572520        R1b1a1b1a1a2c1a5d3a1a1a~                        6885275        C->G        1
16808901        A        1        .        J                PH2558        16808901        R1b1a1b2a2b4                        17319728        A->C        1
17303579        g        1        ,        J                A6509        17303579        R1b1a1b1a1a2c1a3a2a1a2c1c                        16005313        C->T        1
18018133        c        1        ,        J                FGC33397        18018133        R1b1a1b1a1a2c1a5d2                        15016556        G->T        1
18018243        t        1        .        J                A8        18018243        R1b1a1b1a1a2c1a2a2a1a1                        15022935        G->A        1
18137831        c        1        t        J                CTS8665        18137831        R1b1a1b        PF6479                19349068        C->G        1
18180446        a        0        *        *                L500        18180446        R1b1a1b        PF6481                21120619        G->A        1
18954670        a        1        .        J                Z9487.2        18954670        R1b1a1b1a1a1c2b1b4e1a2a                        18918317        C->T        1
19096343        G        1        .        J                L221        19096343        R1b1a1b1a1a2~                        13364387        G->A        1
19356242        c        1        .        J                FGC42652        19356242        R1b1a1b1a1a2c1a1a1a1a1b1~                        19128326        A->G        1
19442027        G        1        ,        J                S6024        19442027        R1b1a1b1a1a2c1a5c1b1a                        19910266        C->A        1
21144137        g        1        .        J                ZS4594        21144137        R1b1a1b1a1a2c1a3a2a1b1a1a                        16667135        C->T        1
21144148        t        1        .        J                BY4142        21144148        R1b1a1b1a1a2c1a1a1a1a1a1a2a3a                        21348359        C->T        1
21399858        C        1        ,        J                Z21260        21399858        R1b1a1b1a1a2c1a2a2d                        12380008        A->T        1
21636677        G        1        .        J                A16411        21636677        R1b1a1b1a1a2c1a5c3g                        9322340        T->A        1
21761713        A        1        .        J                A8046        21761713        R1b1a1b1a1a3b1b                        8547374        A->T        1
21827692        g        1        ,        F                FGC11803        21827692        R1b1a1b1a1a2c1a2b3a1        Z16396                19555967        G->C        1
21827794        a        1        ,        F                S348        21827794        R1b1a1b1a1a2a1a1a1a        Z214                19769572        A->G        1
22564462        g        1        .        F                Z16415        22564462        R1b1a1b1a1a2c1a2b1                        12891376        C->T        1
23032649        a        1        ,        F                S1774        23032649        R1b1a1b1a1a1c2b2a1b1a1b                        7967231        G->T        1
25095124        g        1        ,        F                FGC5657        25095124        R1b1a1b1a1a2c1a4b2a                        19350930        G->C        1
28769781        G        1        ,        F                BY39396        28769781        R1b1a1b1a1a2c1a1d3a2                        14255530        T->C        1






发表于 2019-6-30 23:18 | 显示全部楼层
记得Botai还有N,不知应属于哪一个分支?
发表于 2019-6-30 23:23 | 显示全部楼层
imvivi001 发表于 2018-5-24 11:53
这个联队也真是的,干嘛一定要测出这个博泰古人不是欧洲人常见的M269呢(极有可能是现在中亚较为常见的M73 ...

     
发表于 2019-6-30 23:41 | 显示全部楼层
汉族当中,据说有辽西朱氏测出过M73,不知道是否与历史上的朱邪氏有关系?
发表于 2019-7-1 21:24 | 显示全部楼层
lindberg 发表于 2019-6-30 23:18
记得Botai还有N,不知应属于哪一个分支?

是现在比较罕见的N2,而且跟欧洲分支更近
 楼主| 发表于 2019-7-1 22:06 | 显示全部楼层
双头鹰 发表于 2019-7-1 21:24
是现在比较罕见的N2,而且跟欧洲分支更近

哪个样本?
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2019-11-13 08:30 , Processed in 0.097161 second(s), 16 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表