Google

蓝海人类学在线 Ryan WEI's Forum of Anthropology

 找回密码
 注册
查看: 2773|回复: 21

北京田园洞古人Y-DNA分型:K2b*

[复制链接]
发表于 2019-9-9 02:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-9-9 02:26 编辑

最新的中亚、南亚古DNA中给出了田园洞古人的Y-dna分型,因为田园洞样本文献说是捕获测序,没有专门设计Y染色体的区域,所以,一直没有尝试跑这组数据,稍候验证一下。

文献的分型结果,与P是一支,K2b,而非NO的K2a。很有意思。

田园洞的年代为3.95万年前,而K2b的最近共祖年代Yfull的估算为4.43万年前。与NO|K2a的分离年代为4.5万年前。
K2b.png
K2b.png

评分

4

查看全部评分

发表于 2019-9-9 21:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 zh0000 于 2019-9-9 21:45 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-9-9 17:30
数据就是老数据,当时,说是捕获测序,没有人去尝试提取y。


捕获了测序竟然没人去提取...
对于用古DNA分析族群,最关键的就是Y-DNA(标记族群简单稳定),其次是mt-dan,最差的就是常染(因为太容易变了).搞不懂为什么很多人喜欢拿mt-dna甚至常染当标准玩,不知道是不是存在种政治正确.
 楼主| 发表于 2019-9-9 16:43 | 显示全部楼层
天天向上 发表于 2019-9-9 16:39
这是网友自己试着匹配还是正规论文

The formation of human populations in South and Central Asia | Science

文献附件有分型。
发表于 2019-9-9 16:19 | 显示全部楼层
老永,除了田园洞人以外还有没有其他消息,第一个照片的文档都再发几张图呗
发表于 2019-9-9 16:39 | 显示全部楼层
这是网友自己试着匹配还是正规论文
 楼主| 发表于 2019-9-9 16:40 | 显示全部楼层
大凌河 发表于 2019-9-9 16:19
老永,除了田园洞人以外还有没有其他消息,第一个照片的文档都再发几张图呗

数据正在下载,下载后,我会用isogg的最新树跑一下数据。
发表于 2019-9-9 16:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 天天向上 于 2019-9-9 17:18 编辑
Yungsiyebu 发表于 2019-9-9 16:43
The formation of human populations in South and Central Asia | Science

文献附件有分型。


我看这篇文章作者没提付巧妹,数据不是她的

数据是Dorian Fuller

School of Cultural Heritage, Northwest University, Shanxi, 710069, China.



 楼主| 发表于 2019-9-9 17:30 | 显示全部楼层
天天向上 发表于 2019-9-9 16:57
我看这篇文章作者没提付巧妹,数据不是她的

数据是Dorian Fuller

数据就是老数据,当时,说是捕获测序,没有人去尝试提取y。
发表于 2019-9-9 17:37 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-9-9 17:30
数据就是老数据,当时,说是捕获测序,没有人去尝试提取y。

或者是杞人忧天,田园洞人这个贡献被归功于Dorian Fuller让人.....
 楼主| 发表于 2019-9-9 21:37 | 显示全部楼层
zh0000 发表于 2019-9-9 21:33
捕获了测序竟然没人去提取...
对于用古DNA,最关键的就是Y-DNA,其次是mt-dan,最差的就是常染(因为太容易 ...

因为原报告没有说有捕获Y。
发表于 2019-9-9 21:51 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-9-9 21:37
因为原报告没有说有捕获Y。

那就是原报告者轻视.
虽然大家平时讨论对Y-dna都很重视,我也知道mt-dna要比y-dna容易提取成功,但我还是感觉搞研究的那帮子好像有点轻Y-DNA重mt-dna.
发表于 2019-9-9 21:58 | 显示全部楼层
田园洞的这个K2b弄不好真的和安达曼的K2b最接近。不过也不奇怪,以前指出原始东欧亚人在阿尔泰山附近分四路迁徙,到藏彝走廊的一路和到田园洞的一路开始可能是重合的。
发表于 2019-9-9 22:13 | 显示全部楼层
wolfgang 发表于 2019-9-9 21:58
田园洞的这个K2b弄不好真的和安达曼的K2b最接近。不过也不奇怪,以前指出原始东欧亚人在阿尔泰山附近分四路 ...

你这属于奇思妙想,不过可能性不大就是了。
发表于 2019-9-10 10:42 | 显示全部楼层
有意思的结果,四万多年前K2a在西伯利亚西部和罗马尼亚被发现,然而K2b却在中国北方,看来这两者后来调了一个位置。
 楼主| 发表于 2019-9-10 11:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2019-9-10 11:58 编辑

40,000-Year-Old Individual from Asia Provides Insight into Early Population Structure in Eurasia
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB20217
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=ERR1910473

NCBI和EBI的数据都从新跑了,没有提取到有价值的Y数据。数据非常小,SRA格式只有100M+,Fastq.gz不到300M。得到的y染色体数据,只覆盖到700个左右的潜在y染色体位点,并没有覆盖到K2b的若干位置。


染色体        Hg38位置        参考序列        读取次数        读取结果        测序质量        单倍体群        基因标记
chrY        7853051        c        1        ,        ]        B2        M8699
chrY        7853051        c        1        ,        ]        B2        Z11676
chrY        12774201        g        1        ,        N        I1a2a1a1d1a        L1301
chrY        13468413        c        1        .        ]        J2a1a1b2a1b        CTS4326
chrY        13468413        c        1        .        ]        J2a1a1b2a1b        Z2154
chrY        13699084        t        6        ,.,,^:.^:.        6>>EBB        R1b1a1b1a1a2c1a4a1        L159.2
chrY        13699084        t        6        ,.,,^:.^:.        6>>EBB        R1b1a1b1a1a2c1a4a1        S169.2
chrY        8511571        t        1        C        6        unknown        unknown
chrY        13217606        t        1        c        ]        unknown        unknown
chrY        13468404        g        1        A        ]        unknown        unknown
chrY        17367851        G        3        ..c        ;?7        R        MF86482
chrY        20658275        c        1        G        O        unknown        FGC9348
chrY        21111064        a        1        G        ]        unknown        unknown
chrY        26449671        g        1        .-1C        H        unknown        unknown
chrY        26483537        c        1        a        ]        unknown        unknown


所以,文献说,没有设计y染色体的捕获应当是对的。

https://www.cell.com/current-biology/pdf/S0960-9822(17)31195-8.pdf

In-solution capture of nuclear DNA
Since the content of human DNA in these libraries is only between 0.013% and 0.031% (Table S1A), we hybridized the libraries to four
previously described panels of oligonucleotide probes [6] to enrich for 71,044,176 fragments (R35 bp) carrying a total of approximately
3.7 million SNPs (Table S1C) Hybridization capture was performed separately for each panel. Enriched libraries were
sequenced on the HiSeq2500 platform using a double index configuration (2x76bp). We trimmed identifying sequences and any trailing
adapters, and merged forward and reverse sequences into fragments with a minimum overlap of 11 base pairs. Sequences were
aligned to the human reference genome (hg19) using bwa [36] and the following parameters: -n 0.01 and –l 16500. We removed duplicate
fragments with the same start and end positions, keeping the fragment with the highest average base quality (Table S1B).


不清楚是不是原报告作者另有Y的捕获数据没有公布?

发表于 2019-9-10 13:33 | 显示全部楼层
也就是和PQR更近而不是NO?聯繫到常染更接近Malta boy
发表于 2019-10-29 11:43 | 显示全部楼层
ANE人群那30%左右的东欧亚成分可能来自类田园洞人,如果田园洞人是K2b那ANE的y染色体单倍群也有可能来自田园洞人
发表于 2019-11-3 22:08 | 显示全部楼层
http://ranhaer.com/forum.php?mod ... 336&fromuid=649

记得以前有个帖子大家一起猜,我猜的是P*。
发表于 2019-11-7 12:11 | 显示全部楼层
Yungsiyebu 发表于 2019-9-9 21:37
因为原报告没有说有捕获Y。

     最初的报告中应该提示了有捕获Y,不过估计初步配型结果不符合Z科院本土派LD的心愿,所以后来就假装睡着了,呵呵
(以上内容提交时有敏感字,但是搞不清到底是什么敏感,只好瞎猜一下了,呵呵)

情景模拟对话:

实验者:报告领导,初步配型结果出来了~
领导:是什么结果?  
实验者:好像是K2b。
领导:这个K2b是什么东东?
实验者:是西亚欧、美洲、南亚、以及部分东南亚与巴布亚常见的类型,在咱们中国很少见。
领导:哦,这样吗?
实验者:请示领导,那要不要现在宣布?
领导:那你们看着办吧。 哦对了,你们明年的课题经费申请好像是二百万吧?
实验者:是的,是250万。
领导:那你们看这个明显不属于咱们中国人主流的古人类型,还需要马上公布吗?
实验者:哦,明白了~~~

     
发表于 2019-11-7 12:13 | 显示全部楼层
田园洞-大凌河-捕获测序1.png

分开提交看看行不行,呵呵
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则

小黑屋|手机版|Archiver|人类生物学在线 ( 苏ICP备16053048号 )

GMT+8, 2019-11-16 02:44 , Processed in 0.216209 second(s), 21 queries .

Powered by Discuz! X3.4

© 2001-2017 Comsenz Inc.

快速回复 返回顶部 返回列表