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楼主: Tocharian

重庆彭水县土家族彭姓 O3a3c1-M117+

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发表于 2014-10-13 21:47 | 显示全部楼层
感谢论坛网友owen指出:本例样本与YCH174样本同属F1531+(G->A),F2781+;而YCH294和千人组NA19085在这两个位点上为negative。这两个位点定义了Oα2的下游支系(目前包含2个样本)。

S. Yan, C.-C. Wang, H.-X. Zheng, W. Wang, Z.-D. Qin, L.-H. Wei, Y. Wang, X.-D. Pan, W.-Q. Fu, Y.-G. He, L.-J. Xiong, W.-F. Jin, S.-L. Li, Y. An, H. Li, L. Jin, Y Chromosomes of 40% Chinese Descend from Three Neolithic Super-Grandfathers, PLoS ONE, 9 (2014) e105691.
发表于 2014-10-13 21:52 | 显示全部楼层
感谢论坛网友owen提示:本例样本与YCH174样本同属F1531+(G->A),F2781+;而YCH294和千人组NA19085在这两个位点上为negative。这两个位点定义了Oα2的下游支系(目前包含2个样本)。

S. Yan, C.-C. Wang, H.-X. Zh ...
Tocharian_2 发表于 2014-10-13 21:47
对比已知的几个Oα2样本,尚未能总结出STR单倍群特点。
发表于 2014-10-13 22:05 | 显示全部楼层
对比已知的几个Oα2样本,尚未能总结出STR单倍群特点。
风虎云龙 发表于 2014-10-13 21:52

F1754也没法总结。当前看到的多数F1754的DYS390都>=24且DYS385b都偏高值,但浙江永康应氏在该点是低值
发表于 2014-11-22 22:53 | 显示全部楼层
周一的时候把BAM文件提交给full genomes inc.分析。分析很神速,今晚收到了结果。

花了半小时粗看了一下,文件包里最重要的大概是LTUR4.haplogroupCompare.20141121.named与LTUR4.variantCompare.20140314.named两个tab文件,可以用exl打开。

报告中分析了可能的SNP,很多是不稳定的回复突变。报告对其进行了分类,可信度在99%以上的位点没有任何标志,可信度95%以上的位点带*,可信度40%的带**,***的可信度仅为10%。另外有些已知SNP,其实是重复命名的,就是不同机构都发现了。报告中也有指出。

报告的特色是指出每个positive SNP,你与数据库中哪些人共享。所以如果某个SNP仅有一个人与你共享,这肯定是最近的亲戚了。

千人组的结果来看,与我最近的是霓虹人NA19085,已知的F666+。只与一人共享的99%可信位点,我全是与他共享。除了复旦给出的F系列位点,我还与其共享CTS4281,6个FGC命名的位点,还有一个95%可信的位点。indel方面,有一个可信的indel FGC23515+,只有我与NA19085共享。说明定义Oα2的位点远不止F系列的那几个。

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发表于 2014-11-22 22:58 | 显示全部楼层
有2个位点,是我与NA19085,再加另一个霓虹人,NA19072三人共享的。可信度为别为99%与95%。

再往上,有一个5人共享的位点,包含了我与NA19085,另外3个HG打头的样本,不知是哪里的。却没有NA19072。
再往上的位点有更多人共享,包括HGDP00778与一些NA样本。

LTUR4.part01.rar

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LTUR4.part02.rar

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发表于 2014-11-22 23:05 | 显示全部楼层
一周确实是挺快的,我的花了一个月。

FGC没有专门做树形吧?我的在YFULL分析的,YFULL根据我的数据更新了F444下的树形,基本和我分析的一样。
发表于 2014-11-22 23:07 | 显示全部楼层
你可以根据你的数据和千人组NA19085的数据对比一下,算算大致的共祖时间。
发表于 2014-11-22 23:09 | 显示全部楼层
你可以根据你的数据和千人组NA19085的数据对比一下,算算大致的共祖时间。
风虎云龙 发表于 2014-11-22 23:07


怎么算呢?不太会分析。我已上传附件了,帮忙一起看看吧。
发表于 2014-11-22 23:15 | 显示全部楼层
怎么算呢?不太会分析。我已上传附件了,帮忙一起看看吧。
Tocharian_2 发表于 2014-11-22 23:09
好的
发表于 2014-11-23 00:07 | 显示全部楼层
FT-DNA提示250个private SNP。而经FGC分析,可信度为95%以上的,只有35个左右。
发表于 2014-11-23 00:48 | 显示全部楼层
有2个位点,是我与NA19085,再加另一个霓虹人,NA19072三人共享的。可信度为别为99%与95%。

再往上,有一个5人共享的位点,包含了我与NA19085,另外3个HG打头的样本,不知是哪里的。却没有NA19072。

再往上的位点有更多人共享,包括HGDP00778与一些NA样本。
Tocharian_2 发表于 2014-11-22 22:58


吐兄,我记得查过1000Genomes的Y染色体浏览器,印象中Oα2-F666+的霓虹金只有一位,应该就是NA19085,不知这位NA19072是神马情况?再往上与HGDP00778以及一些NA样本共享的点有哪些,可以列出来吗?
发表于 2014-11-23 01:15 | 显示全部楼层
吐兄,我记得查过1000Genomes的Y染色体浏览器,印象中Oα2-F666+的霓虹金只有一位,应该就是NA19085,不知这位NA19072是神马情况?再往上与HGDP00778以及一些NA样本共享的点有哪些,可以列出来吗?
snelheid 发表于 2014-11-23 00:48


吐。。。叫老彭好了。

这会儿用不了电脑 看不了。文件我都上传了 你先看看。

19072号不属于Oα2,但与Oα2共享2个位点。所以貌似比NA中其他Oα更接近Oα2。这2个位点好像是fgc分析我的数据后得到的。更上游的位点没太仔细看了。
发表于 2014-11-23 15:21 | 显示全部楼层
又看了一下,除了与NA19085的关系很明确以外,更上游的关系还是不太清楚。

FGC23469,FGC23471与NA19085,NA19072两人共享。

但更上面的FGC20226,却与HG00634, NA18603, NA18637 3人共享。这里面没有NA19072,甚至没有NA19085。NA18603, NA18637是北京的样本,都不晓得是不是M117。或许这个位点没有意义(**,***的位点都已经全部无视了)。

再往上有个位点FGC23468,共享者有HG02613, HG02645, HG02666, NA19085。却没有NA19072。

再往上有FGC23467,共享者有HG00409, HG00565, HG00619, HG01852, HG01866, HG02380, HG02388, NA18557, NA18945, HG00592, HG00594, HG00619, HG00621。 很多样本不知所属。但NA18557,HG00619等是已知的M117http://www.ranhaer.com/thread-27459-1-1.html。没有NA19085,NA190722;当然,没有列出共享不一定是negative,可能是没有测到。

再往上的,有两个已知位点可能值得注意一下,CTS3251,CTS4111。或许是F666上游,F5下游的有效位点。列出的共享者,至少NA打头的,都是靠谱的。而共享这两个位点的人要比共享F5(以及一大堆等效位点)的人少1/3-1/2。
发表于 2014-11-23 16:23 | 显示全部楼层
按照千人组的数据和彭兄的数据大致算了下阿尔法2下的树形和年龄。
阿尔法2.png
发表于 2014-11-23 16:29 | 显示全部楼层
Oα2-FGC23469也算是阿尔法甫一诞生便紧接着接着诞生的支系。
发表于 2014-11-23 16:40 | 显示全部楼层
F666到Oα根基之间应该还有1个位点,FGC23468。

刚才仔细对比了相关样本的位点。CTS3251,CTS4111,FGC23467其实与F5等价。目前的样本并没有F5+,那3个位点为-的情况。那3个位点共享人数少,是因为很多人没有测到或ambiguous。

但FGC23468是F5的真下游,大部分F5+在这两个位点明确为-。那两个日本人在这个位点都为+,只是另一份文件中没有把NA19072作为共享者列出来。只是HG02613, HG02645, HG02666不知来历。

F666真孤独啊,一开始就和其它支系分开了。
发表于 2014-11-23 16:55 | 显示全部楼层
FGC23468点有问题,NA18530也是+
发表于 2014-11-23 17:13 | 显示全部楼层
F402支系扩张的时间大约在公元前1610年,适逢夏商易代,风云际会。
发表于 2014-11-23 20:49 | 显示全部楼层
Oα下的Oα1-F438、Oα2-FGC23469、Oα3-CTS7634很相似,都是只有2个equal SNP就开始分层了,CTS1642支稍多些,有15个个equal SNP。Oα4-F2268情况不明。
发表于 2014-11-23 21:20 | 显示全部楼层
CTS1642有15个等价的?

Yfull上显示只有4个呢? http://www.yfull.com/tree/O3a2c1a/
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