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乡村土狗基因组解释狗的中亚起源

Genetic structure in village dogs reveals a Central Asian domestication origin

Dogs were the first domesticated species, originating at least 15,000 y ago from Eurasian gray wolves. Dogs today consist primarily of two specialized groups-a diverse set of nearly 400 pure breeds and a far more populous group of free-ranging animals adapted to a human commensal lifestyle (village
dogs). Village
dogs are more genetically diverse and geographically widespread than purebred dogs making them vital for unraveling dog population history. Using a semicustom 185,805-marker genotyping array, we conducted a large-scale survey of autosomal, mitochondrial, and Y chromosome diversity in 4,676 purebred dogs from 161 breeds and 549 village
dogs from 38 countries. Geographic structure shows both isolation and gene flow have shaped genetic diversity in village dog populations. Some populations (notably those in the Neotropics and the South Pacific) are almost completely derived from European stock, whereas others are clearly admixed between indigenous and European dogs. Importantly, many populations-including those of Vietnam, India, and Egypt-show minimal evidence of European admixture. These populations exhibit a clear gradient of short-range linkage disequilibrium consistent with a Central
Asian
domestication
origin.
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10月19日《美国国家科学院院刊》发表文章显示,最早的驯养狗来自于现今尼泊尔和蒙古地区


腾讯科学讯 据国外媒体报道,目前,科学家最新研究发现驯养狗最早源自中亚地区。一项DNA研究显示,狗作为人类最好的朋友可能起源于现今尼泊尔和蒙古地区。
之前研究暗示中国南部、中东地区、西伯利亚和欧洲最早出现驯养犬,它们是从狼逐渐驯养,最终成为人类的伙伴,其历史至少可追溯至15000年前。在这项最新研究中,美国康奈尔大学亚当-博伊科(Adam Boyko)和其他研究人员分析了549只狗,它们分别来自非洲、美洲、亚洲、欧洲、印度、中东地区、澳大利亚东部和北部岛屿等38个国家和地区。
这些狗并非家犬,而是流浪在田野和城市街道的流浪狗。研究人员检查了它们的DNA,分析它们的远古起源所在地,结果显示它们起源于亚洲中部地区。
这项分析并未进一步分析,未证实最早驯养犬具体什么时候出现。这项研究报告发表在近期出版的《美国国家科学院院刊》上。
英国牛津大学专家格雷格-拉尔森(Greger Larson)称,这项最新研究具有重要意义,但同时他也猜测现代狗DNA并不会以这种方式延续下来,目前中亚地区的狗已杂交混合。
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  • Vietschlinger

汪星人更接近近东灰狼而不是中国土狼,这一点正在被更多研究所支持。但一直还没看到来自中亚土狼的报道,或者疏忽没看到。
dog.jpg
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  • xavierxh

  • Vietschlinger

新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
不得不说这篇文章让我很感兴趣,小话题引出大学问。我们很多人都见过乡村土狗,但是有谁想过去探索这篇文章所提出的问题吗? 研究者值得尊敬。----Science
本帖最后由 xavierxh 于 2015-11-18 13:58 编辑
汪星人更接近近东灰狼而不是中国土狼,这一点正在被更多研究所支持。但一直还没看到来自中亚土狼的报道,或者疏忽没看到。
Yungsiyebu 发表于 2015-10-25 11:07
1、看明白这张图了:(1)黑色主线是类似人类基因进化树的狗基因进化树:草原狼---美国狼---欧洲、俄罗斯狼---中国狼---中亚狼---越南狗---尼泊尔狗---印度---阿富汗---蒙古---卡塔尔狗迁徙进化往下分两个支线,横向的进化迁徙到达西非:纳米比亚、利比里亚、刚果。纵向的向下到达克罗地亚、波黑塞尔维亚、葡萄牙,再往下是秘鲁狗和法属玻里尼西亚狗、斐济狗、所罗门群岛狗。(2)看这个图关键是看草原狼和葡萄牙狗。美国狼基因最接近草原狼,类似人类中的尼格罗人种在偏远澳洲印度最南端和安达曼群岛留存,南美洲的草原狼可能被野化葡萄牙狗取代了,其他大洲草原狼也是类似情况。15、16世纪大航海时代葡萄牙海上强国,葡萄牙人把狗带到南美洲巴西,又沿着航海线路经过玻里尼西亚、斐济、所罗门群岛把狗传播到当地。所以,葡萄牙狗野化流浪到郊野从巴西往北迁徙经中美洲国家一直到阿拉斯加,从巴西往南到秘鲁再到太平洋群岛所以这些国家的狗都是葡萄牙狗的后代。(3)仔细研究图中巴西狗位置附近上下那些国家的狗的远近,可以发现很清晰的一条基因差异带:以南北美洲落基山脉东西两侧为分界线,同侧距离近的基因更接近。这和葡萄牙航海殖民的线路相关,葡萄牙人到达南美洲巴西东部沿着海岸线往南航行穿过南美洲最南端的麦哲伦海峡再沿着南美洲西海岸往北航行到智利西海岸再从智利西海岸往西穿太平洋各群岛到东南亚。即以巴西为中间点分为南北美洲落基山脉以东和以南以西两个区域。先是在落基山脉以东巴西往北到南美北部的多米尼加、到中美洲的哥伦比亚、北美洲的波多黎各、墨西哥迁徙扩散,然后是以巴西西部继续往西越过南北美洲落基山脉到达落基山脉西边的秘鲁--沿着南美洲落基山脉以西的太平洋东海岸到达中美洲--再沿着达北美洲落基山脉以西的太平洋东海岸到达阿拉斯加。虽然图上没有阿根廷狗和智利狗的基因位点,但是猜测秘鲁的葡萄牙狗可能不是葡萄牙殖民者经南美洲顶端麦哲伦海峡再往北带到秘鲁的。(4)根据这个图,猜测人类最早驯养狼转化为狗在越南和尼泊尔之间的中南半岛,或者是在图上未标示的越南狗和中亚狼之间的东亚中国地区。(5)狗的混血案例举一例:越南狗左侧有一条偏绿色的连线连接阿拉斯加狗,代表两地的狼基因相似度接近,代表目前阿拉斯加狗其实是东亚狗后代和葡萄牙狗的混血,但是以葡萄牙狗基因为主。越南狗左侧还有一条蓝绿色线连接蒙古狗,证明蒙古狗也有混血越南狗左侧这种狗,猜测越南狗左侧连接线出发除或许就是中国狗,可能中国古人是人类历史上最早驯养狗的,在当时的各人种中不简单。图中和阿拉斯加狗连接线是绿色和蒙古狗连接线是蓝色,显示这个可能存在的图上未标示的中国狗和阿拉斯加狗亲缘关系更近些。
2、另请教云老师图例下面的刻度0.00---0.14是什么单位?
楼上的,如果狗是中国狼驯化而来的,那中国狼应该和很多种狗关系很近,然而,图上是看不出来的
傻逼太多,懒得理会。
楼上的,如果狗是中国狼驯化而来的,那中国狼应该和很多种狗关系很近,然而,图上是看不出来的
roxsan 发表于 2017-4-13 19:29
因为其他狗种间关系更近。举个例子曾祖父和曾孙的基因近似度肯定不如曾孙和曾孙女,也不如孙子和曾孙。
狗进化如下图:
狗进化_jpg_thumb.jpg
没看见澳洲野犬,差评。
传说中的F3530+
据说和唐寅(唐伯虎)同族
本帖最后由 xavierxh 于 2017-7-24 18:10 编辑
没看见澳洲野犬,差评。
我方队友 发表于 2017-7-24 17:17
土著澳洲野狗基因肯定更接近巴布亚新几内亚狗。原始狗迁徙路线:广西和中南半岛之间——越南——菲律宾——印尼婆罗洲——巴布亚新几内亚狗。
个人猜测:1、中东狼变成越南狗是六万多年前第一批走出非洲现代智人到达广西和中南半岛之间后,在这里把基因接种中东狼的本地狼驯化成狗。原始狗分两条路线迁徙进化,一条经中南半岛和东南亚到达巴布亚新几内亚、澳洲和斐济等太平洋岛国,另一条经印度到达中东。2.两三万年前第二批出非洲在中东巴基斯坦一带进化的现代人分三条线路迁徙。往东一条带着狗往中国蒙古阿拉斯加迁徙,往西一条带狗经西亚、南欧迁徙到西欧葡萄牙,往西一条经埃及北非到达西非刚果。3.十四世纪开始的大航海时代,葡萄牙人带着狗首先到巴西传播到南北美洲,又沿着航海线路将葡萄亚狗经南太平洋岛屿到达东南亚。
狗进化迁徙路线.jpg
10# xavierxh
是,但是想看更直接的证据= =
传说中的F3530+
据说和唐寅(唐伯虎)同族
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