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本帖最后由 lindberg 于 2017-7-2 00:43 编辑

44# imvivi001
sag这个是有争议的,有人认为是卡拉苏克II期文化,有人认为是一种平行文化(时间比卡拉苏克I期晚)。

sag的核心区在阿尔泰东北坡,而卡拉苏克核心区在南西伯利亚地区(环萨彦-阿尔泰)的西北部,可能在sag期的时候,卡拉苏克I期已经被其他文化覆盖了。

发现最近论坛流行挖坟,很多老帖子都被挖出来了。
本帖最后由 cpan0256 于 2017-7-2 12:12 编辑

在2016年9月的ISBA7会议(7th International Symposium on Biomolecular Archeology)上,王传超做过一个报告。在乌苏里江附近某地区现代人常染色体几千年来相对连续变化这一点上,与一楼的文章的结论相同。

王的报告涉及关于整个东亚人群DNA演化的研究,众多合作者也包括坛主。但愿正式文章很快会出来。报告摘要里的东西和最近这些天论坛上的不少讨论帖的内容都相关。我把它抄在下面。

Reconstructing population history in East Asia

Chuan-Chao Wang, Nadin Rohland, Shop Mallick, Longli Kang, Shi Yan, Rukesh Shrestha, Shaoqing Wen, Oleg Balanovsky, Elena Balanovska, Yuri Bogunov, Qiongying Deng, Hongbing Yao, Kumarasamy Thangaraj, Lalji Singh, Rong Lin, Wangwei Cai, Dongna Li, Ling-Xiang Wang, Manfei Zhang, Lan-Hai Wei, Alexander Kim, Pontus Skoglund, Iosif Lazaridis, Iain Mathieson, Stephan Schiffels, Wolfgang Haak, Chris Stringer, Nick Patterson, Li Jin, Alexander N Popov, Hui Li, Johannes Krause, David Reich

Abstract:
The deep population history of East Asia remains poorly understood compared to that of West Eurasia, due to the lack of ancient DNA data as well as limited sampling of present-day populations especially on the Tibetan Plateau and in southern China. We report a fine scale survey of East Asian history based on genome-wide data from ancient samples in the Amur River Basin, as well as 435 newly reported individuals from 53 populations. Present-day groups can be broadly classified into highly differentiated clusters, corresponding to Amur River Basin, Tibetan Plateau, southern natives and Han Chinese. Populations of the Amur River Basin show a high degree of genetic continuity from seven thousand years ago until today, and are closely related to the strain of East Asian related ancestry present in Native Americans. Tibetan Plateau populations are all admixed, deriving about 5%-10% of their ancestry from an anciently divergent population that plausibly corresponds to the Paleolithic population on the Plateau, and the remaining part from an ancient population that no longer exists in unmixed form but that likely corresponds to expanding farmers from the Middle and Upper Yellow River Basin who also contributed 40-90% of the ancestry of Han Chinese. A total of 10-60% of Han Chinese ancestry derives from southern Native populations, and we show that the type of southern Native ancestry that contributed to Taiwan Island Austronesian speakers is most closely related to present-day speakers of Tai-Kadai languages in southern mainland China.
只有一个古人标尺,结论都不必当真,看看欧洲就知道,你光看克鲁马农和LBK古dna,是永远找不到欧洲的三波核心祖先颜那亚人的。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。

标题

在2016年9月的ISBA7会议(7th International Symposium on Biomolecular Archeology)上,王传超做过一个报告。在乌苏里江附近某地区现代人常染色体几千年来相对连续变化这一点上,与一楼的文章的结论相同。
王的 ...
cpan0256 发表于 2017-7-2 12:08
从内容上看,分得很粗,对论坛上的讨论没有帮助。
O3a3c* (M134+, M117-)
44# imvivi001
sag这个是有争议的,有人认为是卡拉苏克II期文化,有人认为是一种平行文化(时间比卡拉苏克I期晚)。

sag的核心区在阿尔泰东北坡,而卡拉苏克核心区在南西伯利亚地区(环萨彦-阿尔泰)的西北部, ...
lindberg 发表于 2017-7-1 18:50
...
Ok是指奥库涅夫文化;El是指阿尔泰地区的Elunin文化;Sag是指Sagsai大型古墓(作者称之为一种文化,但是欧美主流学者态度暧昧,有一点类似他们对东方色彩浓烈的奥库涅夫文化一样,why?)...
imvivi001 发表于 2017-6-28 11:48
之前在Eupedia上有一个johen的高级会员,对欧洲学界为何长期忽视奥库涅夫文化感到大惑不解,这篇帖子很有意思,里面好几个会员贴出来许多很有启迪性的文献资料:
http://www.eupedia.com/forum/threads/33484-why-Okunevo-culture-was-ingored-in-Indo-European-history-they-are-just-paleo-people
里面有很多关于奥库涅夫文化平时看不到的图片资料。令人惊奇的是,奥库涅夫文化在许多方面与美洲土著文化有明显的相似之处,可能与y-Q人群有关~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
在2016年9月的ISBA7会议(7th International Symposium on Biomolecular Archeology)上,王传超做过一个报告。在乌苏里江附近某地区现代人常染色体几千年来相对连续变化这一点上,与一楼的文章的结论相同。

...Tibetan Plateau populations are all admixed, deriving about 5%-10% of their ancestry from an anciently divergent population that plausibly corresponds to the Paleolithic population on the Plateau, and the remaining part from an ancient population that no longer exists in unmixed form but that likely corresponds to expanding farmers from the Middle and Upper Yellow River Basin who also contributed 40-90% of the ancestry of Han Chinese. A total of 10-60% of Han Chinese ancestry derives from southern Native populations, and we show that the type of southern Native ancestry that contributed to Taiwan Island Austronesian speakers is most closely related to present-day speakers of Tai-Kadai languages in southern mainland China
cpan0256 发表于 2017-7-2 12:08
这个分析结果,正好与本坛主流观点是一致的,不过可能小云老师会有不同的看法~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
终于看到他的全套检测方法。是先通过17str筛选,再采用MALDI-ToF方法的芯片对设定的snp进行点射,基本上是非常正规与科学省力的方法。
这样说来,他的数据还是可信的,但是为什么mathi以及其他知名研究者没有采用他的数据呢? 难道读不懂法文还是‘文人相轻’? 不得而知,暂且存疑...

他文中给出的数据颇有助益:

Echantillons



Sexe



Hg mt



Hg Y



Cheveux


Yeux

moléculaire



Kaf



Kh19



XX



C





brun foncé - noir



brun



Kh20



XY



C



R1b1a2-M269



brun clair - brun foncé



Int.



Kh21



XY



H



R1b1a2-M269



brun clair -brun foncé



bleu



Kh22



XY



U



R1b1a-P297



brun foncé - noir



brun


...
imvivi001 发表于 2017-6-28 11:48
至今为止其他主流学者也没有把Holllard的这几个阿凡那谢沃古人的y检测数据纳入,也没有看到正式的编号,提示这几个古人的样品可能存在问题。

    神秘的M269到底与原始印欧人群是什么关系呢? 看来还是要继续探究...
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
65# imvivi001 不止欧洲,中国这方面同样忽视奥库涅夫,国内学者的论述中很少引用到这一文化
68# 15736068420
国内学界过于依赖西方的研究资料,很少直接参与北亚的项目,成果非常薄弱,特别是西方之前比较轻视的非印欧文化区域。相信以后会逐渐改变~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
10-60% Han Chinese ancestry derives from southern Natives,对这样的结果我并不感到意外,我认为南汉可能确实有不少南方土著血统(尤其是岭南),而北汉的南方土著血统可能相对来说会少很多。但同时也要注意到,仍然有40-90%的汉族血统并不是来源于南方土著而是来源于古黄河流域人群。
南方民族就是南方民族,不需要有些别有用心的蝗汗给我们满世界找祖宗,一会儿说通古斯是南方人一会儿又说日韩是南方人,你们编故事编得累不累
刚才打开原文,发现之前那两个把CHG视为一种对欧洲影响深远的‘纯种成分’的‘北欧三一之光’的美女博士Eppie R. Jones与她的导师Daniel G. Bradley赫然也是团队的主创,希望这一次他们不要再闹出什么笑话来,呵呵~
imvivi001 发表于 2017-3-25 21:29
仔细回看了一下,发现美女博士团队这篇文章的瑕疵还是挺明显的,特别是在ADMIXTURE分析方面又犯了老毛病,简单说明如下:

1、使用的pop数目太少。如果是小云那样玩票性质玩一下,那选取左右附近十几个族群做比对分析,K值从3到8,也可以看出一个非常模糊的轮廓,倒也无妨,反正是玩票而已。但是,如果是专业分析,这远远不够。
     具体来说,比如在本文中,当K值打到8,而pop数目只有周边十几个族群,那就会让算法出现‘不知所措’的情况,有一些混合成分因为含有远方的成分较多(比如图中的西伯利亚族群,因为普遍含有较多的万里之外的WHG与小亚农夫成分),因此导致Fst差距虚高,故而导致算法会把这种西伯利亚族群中的‘外来混合成分’误判为一种独特的‘本地成分’(也就是小云至今没有搞清楚的‘西伯利亚通古斯成分’,这不怪他,夜郎自大往往是因为见识少,可能并不是因为他没能力理解,当然故意装睡则另当别论);


2、族群分类非常笼统。比如我们知道西伯利亚是亚欧大陆最为混杂的一个地区,由东至西之间的差别非常大,完全可以从一个种系(我是说种系)跳到另一个完全不同的族系,这是一个基本常识。但是这居然没有阻止到无畏的美女团队把他们统统混为一谈,统归为一个‘西伯利亚大类’,于是我们再一次看到上次我调侃小云运算结果中的“地球人中出现‘外星人’”的奇观,一大帮差距巨大的混合体居然被一个‘西伯利亚’代表了,呵呵。   当然,这一次,并不是因为他们不懂得处理data missing,而是因为,他们缺乏对西伯利亚历史最基本的了解。(我非常奇怪,团队中还有一些半岛的人士参与,难道他们都是来看美女的,or 单纯来打酱油的?呵呵)


    至于他们的样品的读取量不足,可能也是造成通古斯成分计算略为偏高的主要原因(与其他权威专业团队的计算结果比较),这是另当别论,不是原则性问题。原则性问题还是上面两个原因,会严重误导不懂ADM算法的小白们。 所以特别说明一下,以正视听。   
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
至于他们的样品的读取量不足,可能也是造成通古斯成分计算略为偏高的主要原因(与其他权威专...
imvivi001 发表于 2018-1-25 23:19
匆忙之中表达不准确,是指他们的古人样品的alleles读取量不足~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
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