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Science: 非洲南部古人DNA证明全体现代人的共祖时间可达30余万年

本帖最后由 天天向上 于 2017-9-29 21:19 编辑

原题目,人类可能35万年前起源于非洲南部

其实就是对300年至2300年前生活在南部非洲地区的7个人进行了测序,3人成功(应该是mt)

理论上分歧26万年至35万年

据英国《每日邮报》北京时间9月29日报道,在对南非夸祖鲁-纳塔尔省发现的人体遗骸进行基因组分析后发现,非洲南部在人类发展史上扮演着重要角色。

之前,我们对人类起源的共识是,约18万年前起源于非洲。但是,通过追踪科依桑人的遗传起源,专家把人类起源时间向前推到26万年至35万年之前。
如果35万年这一数字是准确的,人类历史将向前推约17万年。
来自瑞典乌普萨拉大学和南非约翰内斯堡大学的一个研究团队,对300至2300年前生活在南部非洲地区的7个人的基因组进行了测序。
其中3名“年龄”最大的人生活在1800至2300年前,他们的基因,与非洲南部地区科依桑人种的后代存在关联。其中包括南非东海岸巴利托湾的一名古石器时代的狩猎男孩。
DNA分析使得研究人员能精确查明科依桑人祖先与其他人种——其中包括非洲西部、东部和中部以及非洲之外其他地区——分离的时间。
这意味着现代人类的起源要早于上述分离的时间,把人类历史向前推了数十万年。

在接受《每日邮报》采访时,论文联合作者马提亚斯·雅各布松(Mattias Jakobsson)表示,“我们新的研究,再加上约60万至70万年前与尼安德特人的分离,使得古代人类过渡为现代人类的时间更精确了。根据我们的估计,现代人类在约30万年前就完全形成了。它还使非洲南部成为现代人类起源地的有力竞争者。传统上,非洲东部被认为是人类起源地。这有助于人们更好地理解人类起源于非洲,以及哪些基因的进化导致了现代人类的出现。”

▲对科依桑人遗传起源的追踪
人体遗骸是在夸祖鲁-纳塔尔省的不同地方发现和挖掘的。


发表于:
http://science.sciencemag.org/content/early/2017/09/27/science.aao6266

Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago

Abstract

Southern Africa is consistently placed as a potential region for the evolution of Homo sapiens. We present genome sequences, up to 13x coverage, from seven ancient individuals from KwaZulu-Natal, South Africa. Three Stone Age hunter-gatherers (about 2000 years old) were genetically similar to current-day southern San groups, while four Iron Age farmers (300 to 500 years old) were genetically similar to present-day Bantu-speakers. We estimate that all modern-day Khoe-San groups have been influenced by 9 to 30% genetic admixture from East Africans/Eurasians. Using traditional and new approaches, we estimate the first modern human population divergence time to between 350,000 and 260,000 years ago. This estimate increases the deepest divergence among modern humans, coinciding with anatomical developments of archaic humans into modern humans as represented in the local fossil record.

biorxiv上的全文:
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/06/05/145409

本帖最后由 天天向上 于 2017-9-29 21:19 编辑

现代学者总喜欢语出惊人,其实应该就是300年至2300年前生活在南部非洲地区的7个人进行了测序,成功3人

他们的基因,与非洲南部地区科依桑人种的后代存在关联。其中包括南非东海岸巴利托湾的一名古石器时代的狩猎男孩。

与欧亚分歧26万年至35万年
本帖最后由 lindberg 于 2017-9-29 16:31 编辑

刚才也是刚看见,楼主反应非常迅速,话说北欧的丹麦和瑞典这几年在分子人类学研究方面很活跃,经常看见乌普萨拉、伦德、哥本哈根什么的
不过,这几个人怎么就能判断出人类南部非洲起源呢?难道没有可能从东非扩散过去吗?
本帖最后由 天天向上 于 2017-9-29 21:16 编辑
刚才也是刚看见,楼主反应非常迅速,话说北欧的丹麦和瑞典这几年在分子人类学研究方面很活跃,经常看见乌普萨拉、伦德、哥本哈根什么的
不过,这几个人怎么就能判断出人类南部非洲起源呢?难道没有可能从东 ...
lindberg 发表于 2017-9-29 16:29
我认为分子学界当前的判断依据就是多样性,认为参考考古和体质是旁门左道
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2# 天天向上


根本不是学者语出惊人啊。是你自己没有仔细看文章吧。30万年是根据常染色体数据算出来的。mtDNA是测试了,但也就是最近3000年的古DNA而已,mtDNA原有的突变速率和共祖年代并没有变化。
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
...Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago

Abstract

Southern Africa is consistently placed as a potential region for the evolution of Homo sapiens. We present genome sequences, up to 13x coverage, from seven ancient individuals from KwaZulu-Natal, South Africa. Three Stone Age hunter-gatherers (about 2000 years old) were genetically similar to current-day southern San groups, while four Iron Age farmers (300 to 500 years old) were genetically similar to present-day Bantu-speakers. We estimate that all modern-day Khoe-San groups have been influenced by 9 to 30% genetic admixture from East Africans/Eurasians. Using traditional and new approaches, we estimate the first modern human population divergence time to between 350,000 and 260,000 years ago. This estimate increases the deepest divergence among modern humans, coinciding with anatomical developments of archaic humans into modern humans as represented in the local fossil record.

biorxiv上的全文:
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/06/05/145409
天天向上 发表于 2017-9-29 16:05
原文的摘要这样说:
ABSTRACT
Southern Africa is consistently placed as one of the potential regions for the evolution of Homo sapiens.  To examine the region’s human prehistory prior to the arrival of migrants from East and West Africa or  Eurasia in the last 1,700 years, we generated and analyzed genome sequence data from seven ancient
individuals from KwaZulu-Natal, South Africa. Three Stone Age hunter-gatherers date to ~2,000 years ago, and we show that they were related to current-day southern San groups such as the Karretjie People.   Four Iron Age farmers (300-500 years old) have genetic signatures similar to present day Bantu-speakers. The genome sequence (13x coverage) of a juvenile boy from Ballito Bay, who lived ~2,000 years ago, demonstrates that southern African Stone Age hunter-gatherers were not impacted by recent admixture;   however, we estimate that all modern-day Khoekhoe and San groups have been influenced by 9-22% genetic admixture from East African/Eurasian pastoralist groups arriving >1,000 years ago,  including the Ju|’hoansi San, previously thought to have very low levels of admixture. Using traditional and new approaches, we estimate the population divergence time between the Ballito Bay boy and other groups to beyond 260,000 years ago. These estimates dramatically increases the deepest divergence
amongst modern humans, coincide with the onset of the Middle Stone Age in sub-Saharan Africa, and  coincide with anatomical developments of archaic humans into modern humans as represented in the  local fossil record.  Cumulatively, cross-disciplinary records increasingly point to southern Africa as a potential (not necessarily exclusive) ‘hot spot’ for the evolution of our species.  

对比之前本栏目热论的“Reconstructing Prehistoric African Population Structure  ”,可以看到,这个著名的瑞典Uppsala大学与南非某解剖学研究机构的联合科研成果还是相对比较粗浅的。当然,双方的阵容对比也可能是一个重要的原因,感觉有一点像巴萨宇宙队对神州国足队一样,呵呵

噢,对了,本楼这个文章中提及的Ballito Bay男孩,应该就是“宇宙队”文章中说的“South africa 2000BP”,如下:


      可以看到,这个神州汉朝时期的南非男孩几乎就是一个“纯血”族裔,我是说,基本上是纯粹的黄色(我在解说中列为“科伊桑人特异成分”)。在两千年前也是东部非洲的主要成分之一,不过现在日落西山,仅在南部非洲极小部分相对与世隔绝的族群中特异化保留了。如此看来,当年李聃老先生的“惟愿鸡犬相闻老死不相往来”的米好愿望是真的不太现实的,呵呵

   另外,本楼“神州国足队”在摘要中说“however, we estimate that all modern-day Khoekhoe and San groups have been influenced by 9-22% genetic admixture from East African/Eurasian pastoralist groups arriving >1,000 years ago,  including the Ju|’hoansi San, previously thought to have very low levels of admixture. ”,似乎对我上面贴出的‘宇宙队’的admix K图关于Ju|’hoan桑人的‘纯血”分析结果提出挑战,可是他们自己文中的admix K图却是这样的:
K3-K13非洲成分-jacobsson2017.png
2017-9-29 20:59



   难道是俺的english太差? 亦或是这些从小就以english为第二语言的北欧人的’英格丽诗‘太好? 亦或是,他们和allentoft教授以及那些西北欧三一之光的精英们一样,都是一个不太靠谱的老师调教出来的? 呵呵
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 cpan0256 于 2017-9-30 11:44 编辑

取的人群不同或SNP不同,算出的PCA图和Admixture成分图可以差非常多。

6楼的图C是顶楼文章里的图1C。也看一下文章的图1A和B吧:
fig1ab-2017-09-28.jpg
2017-9-30 11:42


图1B是PCA结果。日本人(JPT)、意大利的Tuscan人(TSI)和移居美国犹他州的北欧人(CEU)的点几乎都重叠在图左边的一小块地方。

非洲人群30万年来积累了很多外边没有或少有的SNP。主要研究非洲外人群的计算会排除掉相当一部分这样的SNP。不然的话,非洲外人群都集中在图上一点,就没什么可看的了。
这是文章的图3,图3A里每个颜色支的宽度应该是按SNP的丰度画的。可以看出,非洲外的是现代非洲人群之和的几分之一。

fig3-2017-09-28.jpg
2017-9-30 11:58
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这是divergent time,不是TMRCA。人的常染TMRCA本来就比这个数字要大。
O3a3c* (M134+, M117-)
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