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转: Current Biology, 苏门答腊发现新的红毛猩猩物种

本帖最后由 Ryan 于 2017-11-3 22:49 编辑

DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2017.09.047

Morphometric, Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species

Alexander Nater, Maja P. Mattle-Greminger, Anton Nurcahyo, Matthew G. Nowak, et al...

Summary

Six extant species of non-human great apes are currently recognized: Sumatran and Bornean orangutans, eastern and western gorillas, and chimpanzees and bonobos [[url=]1[/url]]. However, large gaps remain in our knowledge of fine-scale variation in hominoid morphology, behavior, and genetics, and aspects of great ape taxonomy remain in flux. This is particularly true for orangutans (genus: Pongo), the only Asian great apes and phylogenetically our most distant relatives among extant hominids [[url=]1[/url]]. Designation of Bornean and Sumatran orangutans, P. pygmaeus (Linnaeus 1760) and P. abelii (Lesson 1827), as distinct species occurred in 2001 [[url=]1[/url], [url=]2[/url]]. Here, we show that an isolated population from Batang Toru, at the southernmost range limit of extant Sumatran orangutans south of Lake Toba, is distinct from other northern Sumatran and Bornean populations. By comparing cranio-mandibular and dental characters of an orangutan killed in a human-animal conflict to those of 33 adult male orangutans of a similar developmental stage, we found consistent differences between the Batang Toru individual and other extant Ponginae. Our analyses of 37 orangutan genomes provided a second line of evidence. Model-based approaches revealed that the deepest split in the evolutionary history of extant orangutans occurred ∼3.38 mya between the Batang Toru population and those to the north of Lake Toba, whereas both currently recognized species separated much later, about 674 kya. Our combined analyses support a new classification of orangutans into three extant species. The new species, Pongo tapanuliensis, encompasses the Batang Toru population, of which fewer than 800 individuals survive.

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http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(17)31245-9
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
本帖最后由 Ryan 于 2017-11-3 22:53 编辑

转自:读论文的花老师
花老师的人间观察

http://mp.weixin.qq.com/s/UaEhwOyc5P_PNmEQxH33CQ


今日,《当代生物学》杂志发布了一条爆炸性的消息:科学家在苏门答腊岛上发现了一个猩猩新种。《当代生物学》的报道评论说:这是自1929年发现倭黑猩猩之后,人类第一次发现新种大猿。自此,现生人科物种增加到了8种。


新种被命名为达巴奴里猩猩(Pongo tapanuliensis,中文名为暂译注1),是以发现地印尼北苏门答腊省达巴奴里命名。


大胡子雄性达巴奴里猩猩,拍摄者Tim Laman。


科学家并非不知道此处有猩猩,但一直把他们当中是苏门答腊猩猩(P. abelii)的一个种群。但这一群猩猩的食性很奇怪,特爱吃毛毛虫和松果,这在猩猩属当中非常独特。于是吸引了科学家们的注意。

对于分类学家来说,最容易获得的DNA样本来自于粪便当中。捡屎测出来的数据却让他们大吃了一斤:这些个体的基因居然和千里之外的婆罗洲猩猩(P. pygmaeus)关系更近。

达巴奴里猩猩的头骨,图片来自研究团队。

大规模的研究开始了。分类学家们动用了行为、形态、分子生物学等方面的工具,利用了37个个体的全基因组。发现这一群猩猩的颅骨、牙齿、下颌和其他猩猩有显著区别,毛发更卷,胡子更长,基因也有显著差异。因此应该独立成种——这就是我们的达巴奴里猩猩。

达巴奴里猩猩生活在苏门答腊岛北部的多峇湖以南,苏门答腊猩猩生活在多峇湖以北,两者栖息地之间的直线距离仅有大约100公里。猩猩属的第三个成员婆罗洲猩猩,生活在千里之外的婆罗洲,和前两种间隔着大海和群山。为什么达巴奴里猩猩反而与他们关系更近?


三种猩猩的分布,图片编译自参考文献2。


这得从东南亚的地形说起。

东南亚由两部分组成:一部分自中国南方向南延伸到大海当中,那是中南半岛和马来半岛,这是东南亚的大陆部分;一部分是更南方的群岛,其中最大的是婆罗洲,在它旁边还有苏门答腊岛、爪哇岛等许许多多大大小小的岛屿。

这些地区,看起来是海中的一叶叶扁舟。但在地史上可不是这个样子。在冰期当中,许多水变成了冰川,海平面下降,大陆和许多岛屿连了起来。在过去200万年间的若干次冰期里,中南半岛、马来半岛、婆罗洲、苏门答腊岛、爪哇岛等岛屿连了起来,组成了一块被称为“巽他古陆”的区域——这样的连接在东南亚不止发生了一次,更早也有。

于是,来自大陆的动植物涌进了巽他古陆。直到今天,婆罗洲、苏门答腊、爪哇岛和泰国、柬埔寨甚至中国南方的物种分布都很像,这就是巽他古陆带来的影响。


亚洲象分布于印尼的多个岛屿上,是巽他古陆动植物迁徙的一个例子。图为婆罗洲侏儒象,拍摄于亚庇洛高宜野生动物园。


猩猩属的祖先其实来自大陆。人科物种的起源应该在非洲,它们一波波的迁出,在整个旧大陆上开枝散叶。在中国南方发现的身高可达3米的布氏巨猿(Gigantopithecus blacki),就是猩猩属在东亚大陆上的亲戚。

我们没有时光机,不能亲眼见到猩猩属的祖先开拓东南亚。但这一次达巴奴里猩猩的发现,让我们在基因当中发现了猩猩属的演化轨迹。

大约在300万-400万年前,某次地质事件让东南亚的大陆和海岛连了起来。来自大陆的猩猩祖先从马来半岛来到了苏门答腊岛,首次殖民了多峇湖以北的地区。这很有可能就是猩猩属诞生的标志性事件。


左图为婆罗洲猩猩,右图为苏门答腊猩猩。这两个个体都为雄性,可见其宽大的轮缘状脸颊。图片来自fotosdeanimales、redbubble。

基因证据发现,在338万年前,猩猩属明显分化成了两群。一群留在了多峇湖以北,他们就是现代苏门答腊猩猩的祖先。一群跨越了多峇湖地区的群山,进入苏门答腊岛更南方的区域,我们暂且称他们为南方猩猩,他们是达巴奴里猩猩和婆罗洲猩猩的祖先,二者之间的亲缘关系就是这么来的。

而到了67万年前,南方猩猩发生了分化。中国的冰川遗迹告诉我们,在距今大约62万-68万年前曾有过一次鄱阳冰期。那时海平面下降,或许南方猩猩就是借这个机会从苏门答腊岛来到了婆罗洲。达巴奴里猩猩和婆罗洲猩猩就此分家。

尽管分了家,这三种猩猩之间依旧有基因交流。猩猩属的社会主要还是母系社会,雌性为主的家庭占据祖上传下来的地盘,生了儿子就让他们外出漂泊,传递基因。在三种猩猩的基因当中,人类都发现过基因交流的痕迹。多峇湖地区的群山远比两岛之间的海峡容易跨越,更是无法阻挡南北间频繁的交流。

直到,直到大灾变的降临。

大约在75000年前,多峇湖地区发生了一件改变了整个地球的大事——一座超级火山爆发了。这是过去25万年中最强的火山喷发,火山爆发指数(VEI)达到8级,自奥陶纪起的4.9亿年间一共只出现过47次这种强度的火山爆发事件。

火山喷发物的推测对比。最右是多峇超级火山爆发的推测,最左边是毁灭了庞贝城的维苏威火山喷发。图片来自World Fossil society。

大地之怒喷薄而出,整座山被炸飞了,制造出长100公里、宽30公里、500米深的多峇湖——现今地球上最大的火山湖。火山灰遮天蔽日,全球降温。随后的1000年里,可能出现了一次小冰期。

许多地区的生态系统几近崩溃。达巴奴里猩猩遭受了灭顶之灾,他们的许多种群覆灭了。基因证据显示,大约在1-2万年前达巴奴里猩猩和苏门答腊猩猩的基因交流几乎停止了,这很可能就是这次火山喷发导致的。

宁静美丽的多峇湖。图片来自places-city.blogspot.hk。

在这场多峇巨灾当中,我们的祖先也受到了极大的影响。但毕竟种姓强韧。正好是在巨灾的同期或是不久之后,人类来到了苏门答腊岛,占领了平原,侵入了山地,铲平了森林,占领了这里。达巴奴里猩猩本来有恢复的可能,但在人类到达之后,机会消失了。

自此之后,达巴奴里猩猩在苏门答腊岛南部的栖息地渐次失去。他们和关系远的苏门答腊猩猩住得近、关系近的婆罗洲猩猩住得远的分布格局就此形成。

现如今,这个新发现的古老物种仅剩800个个体。一发现,就成为全世界最珍稀的人科动物。人类的压力在让他们濒临灭绝。


达巴奴里猩猩的分布区,红色为研究者建议的生态廊道。图片来自参考文献2。


这一次,我们可能还有拯救他们的机会。达巴奴里猩猩的栖息地被道路和人类居住区分割成了4块,研究者强烈建议建设3条廊道将它们沟连起来,防止栖息地的破碎。关心这个物种人强烈建议对他们进行更强有力的保护,帮助他们抵御偷猎者的袭击和森林的破坏。

希望保护顺利。


希望达巴奴里猩猩长存,拍摄者Maxime Aliaga。


注释:
1 “Tapanuli”一词,中文互联网上较多译为“打巴奴里”。但在向一位熟悉印尼华人圈的朋友求证翻译时,他表示“打”这个词有贬义,印尼华人并不喜欢,因此逐渐弃用“打巴奴尼”而改用“达巴奴里”,此处从他的意见。

参考文献:

1 Nater et al., Morphometric, Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species, Current Biology(2017), https://doi.org/10.1016/j.cub.2017.09.047
2 Erik Stokstad. New ape found, sparking fears for its survival.
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
可爱的远亲们,不知道和刚果黑猩猩分开的时间是多少年?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
...这些地区,看起来是海中的一叶叶扁舟。但在地史上可不是这个样子。在冰期当中,许多水变成了冰川,海平面下降,大陆和许多岛屿连了起来。在过去200万年间的若干次冰期里,中南半岛、马来半岛、婆罗洲、苏门答腊岛、爪哇岛等岛屿连了起来,组成了一块被称为“巽他古陆”的区域——这样的连接在东南亚不止发生了一次,更早也有。

于是,来自大陆的动植物涌进了巽他古陆。直到今天,婆罗洲、苏门答腊、爪哇岛和泰国、柬埔寨甚至中国南方的物种分布都很像,这就是巽他古陆带来的影响。


亚洲象分布于印尼的多个岛屿上,是巽他古陆动植物迁徙的一个例子。图为婆罗洲侏儒象,拍摄于亚庇洛高宜野生动物园。
Ryan 发表于 2017-11-3 22:49
巽他古陆的确是一个神奇的land,亚欧现代智人发展至今,我看这块land(包括islands)功不可没(西方人早期‘伊甸园’的记忆?)
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
(以下摘自wikipedia)
生态:
苏门达腊猩猩较婆罗洲猩猩更喜欢吃生果,并且会吃昆虫。[2]喜欢的生果有无花果及波罗蜜果。它亦会吃鸟蛋及细小的脊椎动物。[3]

在斯瓦克杨桃园的野生苏门达腊猩猩曾被发现使用工具。[4]当时一头猩猩将一根树枝折成约一呎长,清除小枝及削磨枝头,并以此插入树孔中找寻白蚁。它们亦会以树枝来拍打蜂巢,并挖出蜂蜜。另外,它们亦会以长约5吋的树枝,除去利沙树果实种子上像玻璃纤维的刺,以便吃这些种子。虽然婆罗洲猩猩亦会吃这类种子,但就未曾发现有用上工具。

新西兰自然历史制作公司在制作苏门达腊猩猩的纪录片时,就拍摄到它们使用简单的树枝,在不同的地方寻觅食物。此外在热带雨林中它们亦有使用树叶当作雨伞。

苏门达腊猩猩比婆罗洲猩猩更喜欢树上的生活,这可能是由于在陆地上有苏门答腊虎等大型掠食者存在。它们会以臂行方式在树林之间走动。

出生及成长

苏门达腊猩猩较婆罗洲猩猩更为群居。苏门达腊猩猩的族群会聚集在无花果树吃果实。成年雄性一般会避免与其他的成年雄性接触。强暴在苏门达腊猩猩中是很普遍。雄性亚成体会尝试与任何雌性交配,不过成年雌性一般懂得如何避开它们。成年雌性较喜欢与成年雄性交配。

苏门达腊猩猩约要在12、3岁才能生育。[2]它们生育的间距这比婆罗洲猩猩的更长,且是类人猿中最长的。猩猩婴儿在3岁前都要由母亲照顾,而幼猩猩亦会留在母亲身边。

苏门达腊猩猩及婆罗洲猩猩似乎都有几十年的寿命,估计可能多于50年。现存最老的苏门达腊猩猩就出生于1960年。[5]已知最长寿命的苏门达腊猩猩于美国迈阿密都市动物园逝世,享年55岁。[6]
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经过嗒芭湖超级灾难洗劫后,苏门答腊猩猩居然还有三种幸存,说明在非洲智人来到之前,这里是咱们的远亲~~亚洲猩猩的天堂,种类我估计远不止三种~
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据说这超级火山爆发,人类基本死光了,只剩下远在非洲的千八百号人。近在咫尺的猩猩却活下来了。

想想就觉得这逻辑真滑稽!

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据说这超级火山爆发,人类基本死光了,只剩下远在非洲的千八百号人。近在咫尺的猩猩却活下来了。
想想就觉得这逻辑真滑稽!
鹧鸪天 发表于 2017-11-20 12:53
猩猩吃什么,人吃什么?
O3a3c* (M134+, M117-)
有一种情景是很有可能的:    Toba超级火山大灾难之后,东亚欧的原居民(丹人为主,兼有混血种与零星的现代智人)大为减少。“核冬天”过去之后,居于亚非交界处的现代智人开始东进移居亚洲,首先他们遭遇了第一批尼人(type1,具体参见付大美团队最新的论文),混合成为第一批OoA先祖(时间大约是70~45kya,地点大约是两河流域南部至印度洋南亚海岸一带)。这是我们OoA先祖的第一个大本营。

     之后,开始分化,活动在南亚海岸一带的先祖逐渐形成原始EE人群,部分继续东进,与当地丹人土著混合,形成最早的巴布亚人群(时间是45~35kya,最早的地点应该是中南半岛一带,继而扩散到巽他古陆与东亚的‘古中国’)。

     在这里有一个前提:此时的东亚欧相比非洲和西亚欧,可谓是‘人烟稀少’。中高纬度地区是因为气候寒冷,而气候相对比较温暖的中南半岛与巽他古陆,则是因为刚刚遭受了toba超级灾难,人口规模急剧下降了。   因此新移民在人口规模上还是具有明显的优势的,这也是之后发生‘人种替代’的主要原因吧。

      至于在西亚欧,情况则更加复杂...
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
猩猩吃什么,人吃什么?
hercules 发表于 2017-11-21 11:59
七万多年前,人和猩猩的食物来源差别很大吗?
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