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令人不得不认真审视的‘神农氏marker’

之前我在本版提出:
OCA2上的rs4778138与 rs1800414变异均在东亚人群中高频,不过rs1800414(his615arg)仅限于东亚人群,而rs4778138则分布普遍(包括非洲),不过在高纬度地区频度偏低,提示这个变异与色素调节的相关度不大。
    值得指出的是,鉴于rs1800414(his615arg)基本限于东亚的农业人群之中,亚欧高纬度地区人群很低甚至缺少(唯独一个非常奇特的例外,即说图瓦方言的图哈人,居然是全球最高的,可能另有特殊原因。另外,尽管外蒙喀尔喀人几乎缺失,但是蒙古族两份数据截然相反,一份是22%,另一份居然高达80%!也是令我瞠目结舌,呵呵),其他亚美大人种的族群也普遍缺失,说明两点:
1、这个变异非常年轻(估计是新仙女木之后开始爆发);2、应该与东亚农业的兴起有关;

   另外有一种感觉,这个变异始发于长江中下游一代。我的看法,his615arg可作为一个AIM,即“神农氏”marker。也可以作为“亚美大人种新东亚类型”marker


rs1800414(his615arg)全球族群频度一览表:
民族SizetypeentryDate频度
Adygei106G8/6/20120.02
美非洲裔176G8/6/20120
台湾Ami70G8/6/20120.74
台湾Atayal82G8/6/20120.63
广西Dee74G11/18/20110.27
孟加拉i236G5/18/20090.01
布里亚特286G5/18/20090.13
柬埔寨46G8/6/20120.39
Cheyenne112G11/21/20110
Chuvash82G8/6/20120.04
Colombian248G6/8/20110
Danes100G8/6/20120
Druze202G8/6/20120
美国白人120G6/8/20110
Europeans, Mixed176G8/6/20120
鄂温克228G6/8/20110.23
Finns66G8/6/20120
French196G5/18/20090
Germans398G5/18/20090
加纳人72G5/18/20090
Greeks98G8/6/20120
Gujarati176G10/14/20110.01
客家人78G8/6/20120.72
Han90G8/6/20120.77
Han112G8/6/20120.69
Han90G6/8/20110.63
Han174G5/18/20090.45
Han238G5/18/20090.57
Han222G5/18/20090.63
Han80G6/8/20110.55
Han218G6/8/20110.55
Han214G6/8/20110.67
Han236G6/8/20110.65
Han414G10/14/20110.55
非洲豪萨76G8/6/20120
Hazara186G8/6/20120
Hungarian176G8/6/20120.01
Indian, Mixed214G5/18/20090
Indonesian210G5/18/20090.11
Irish224G8/6/20120
Italians176G8/6/20120
日本92G8/6/20120.64
日本88G6/8/20110.52
Japanese206G5/18/20090.55
Japanese174G5/18/20090.47
Japanese578G6/8/20110.6
阿系犹太人230G8/6/20120
埃塞犹太人72G8/6/20120
赛法迪犹太人52G8/6/20120
Kachari30G8/6/20120
Karitiana110G11/21/20110
哈萨克84G11/18/20110.15
Keralite58G8/6/20120
喀尔喀蒙古346G5/18/20090.21
Khamba62G11/18/20110.19
Khanty96G8/6/20120
Komi-Zyrian92G8/6/20120
韩国人106G8/6/20120.62
Koreans278G6/8/20110.56
Koreans282G6/8/20110.54
Kuwaiti26G8/6/20120
老挝Loum230G8/6/20120.55
Malaysians20G8/6/20120
Masai38G8/6/20120
Maya, Yucatan96G8/6/20120
非洲俾格米74G8/6/20120
美拉尼西亚, Nasioi44G8/6/20120
Micronesians66G8/6/20120.05
中国蒙古族124G11/18/20110.22
中国蒙古族122G6/15/20120.8
Oroqen162G6/8/20110.11
巴布亚42G8/6/20120
Pashtun182G8/6/20120
Pima, Arizona102G11/21/20110
羌族72G11/18/20110.38
Quechua42G8/6/20120
Russians92G8/6/20120
Russians64G8/6/20120
Samaritans76G8/6/20120
Sardinian68G8/6/20120
Surui84G8/6/20120
Thai228G6/8/20110.43
Tibetan232G6/8/20110.09
Tsaatan吐哈90G6/15/20120.92
Turks400G5/18/20090.02
Uyghur92G11/18/20110.16
Yakut100G8/6/20120.09
约鲁巴148G8/6/20120
Yoruba120G6/8/20110

imvivi001 发表于 2017-11-21 20:48

       从这个变异在当代东亚族群中的分布来看,其诞生地极有可能处于中国东部黄河以南到长江中下游一带,其携带者族群最早一批向北扩散带去了水稻种植技术,之后良渚文化大溪文化屈家岭文化带来了鼎豆壶之类的陶器与南方特色的玉器特别是当时属于先进技术的火烧造屋技术(可能是炎帝一词的由来),至石家河文化时期达到一个高潮,可能奠定了华夏最主要源头---夏族的一半人口,一个携带‘神农氏marker’的‘炎黄子孙’族系由此诞生。
       现在汉族各地民系的‘神农氏marker’的频度普遍介于55~75%之间,应该不单是新石器时期打下的基础,可能与文明时期的人口流动融合也有很大的关系,比如大楚疯狂兼并黄河以南的广大地区,以及以楚人为核心建立的大汉帝国等等。
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
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之后良渚文化大溪文化屈家岭文化带来了鼎豆壶之类的陶器与南方特色的玉器特别是当时属于先进技术的火烧造屋技术(可能是炎帝一词的由来),至石家河文化时期达到一个高潮,可能奠定了华夏最主要源头---夏族的一半人口,一个携带‘神农氏marker’的‘炎黄子孙’族系由此诞生。
       现在汉族各地民系的‘神农氏marker’的频度普遍介于55~75%之间,应该不单是新石器时期打下的基础,可能与文明时期的人口流动融合也有很大的关系,比如大楚疯狂兼并黄河以南的广大地区,以及以楚人为核心建立的大汉帝国等等。
imvivi001 发表于 2017-12-10 15:01
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   从台湾土著普遍高频的情况看,这个marker最有可能滥觞与长江中下游的水稻种植文化比如大溪文化城头山文化与前良渚文化,之后向南北两个方向大规模扩散~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-2-15 10:31 编辑

如果你多少会一点基本的工具,就不会乱讲。从OCA2的系统发育树来看,rs1800414(his615arg)(浅粉色标记)是一个突变热点,携带突变的样本并没有聚类在一个cluster下,而是多个cluster中都有样本携带这个突变。换句话讲,有多个不同起源的Haplogroup都在这个突变热点发生了突变,并不一定同源。类似mtdna上的C16189T,你可以在多个不同的群,如B,D,U,A等的亚群中找到这个突变。

从N-J分析的聚类特征来看,自上而下,其中一个携带his615arg的cluster A与北方高频的cluster关系非常密切;另一个携带his615arg的cluster B则两个marker都不携带的部分东亚样本聚类;另一个携带his615arg的cluster C相对较远的接近欧洲人群样本。

突变时间来看,聚类特征最为明显的cluster A中间夹杂几个美洲印第安人样本,暗示,这个群的历史很悠久。而cluster B和C的关系更为疏远。


东亚人浅肤色相关基因OCA2的系统发育树
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=37574&highlight=
东亚人浅肤色相关基因OCA2的系统发育树
做些说明,该系统发育树采用N-J算法,将AA始祖型设为外群(一些不明位点用Hg19的值替代,主要为了区分一个可能的始祖)。样本随机取自1000G,并录入了所有北亚高频的突变阳性样本。其中,高加索人种蓝色标记,印度人棕色标记,非洲人黑色标记,美洲人绿色标记。华南高频的突变样本用浅粉色标记,北亚高频突变样本用红色标记(其中包括几例芬兰FIN和一例美国白人CEU样本)。其他东方样本用深粉色标记。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
3# Yungsiyebu .
你的OCA2系统发育树可笑之极,我都不想置评一词。


还是祝你除夕之夜万事如意吧,如果你的戎狄也过春节的话~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
3# Yungsiyebu .
你的OCA2系统发育树可笑之极,我都不想置评一词。


还是祝你除夕之夜万事如意吧,如果你的戎狄也过春节的话~
imvivi001 发表于 2018-2-15 10:17
等你学会基本的发育树分析工具,再谈可笑不可笑。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
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