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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-22 21:27 编辑
代表汉代汉族的DA43、45与代表匈奴的DA39是两回事(尽管根据原文作者团队的检测结果共享很大比例的EAS+EAW),请不要故意混为一谈。

现代汉族相比蒙古族和雅库特族更接近DA43、45古人也是显而易见的,你自己跑出 ...
imvivi001 发表于 2018-6-22 21:18
没有任何证据显示南戈壁DA43和DA45与汉族有任何明显的相关性,相反,类DA45-DA43成分高比例见于东北阿尔泰语系各民族,是后者有着更复杂其他源流,造成二者PCA结果差距巨大。这就好比,黄秋生与其英国父亲和香港妈妈PCA结果千差万别,但并不影响admixture的K值足够深时,发现其与维吾尔族没有任何血统关联,而是一般香港和一半英国血统。

PCA是二维处理的严重降维数据,且南戈壁样本不但与汉族聚类,事实上,与满蒙混血、藏羌、日韩等等几乎所有东亚地区偏北部人群都聚类。这就好比,黄秋生这种东西混血儿,PCA结果肯定远远不同于其香港妈妈和英国爸爸,而与新疆维吾尔族的PCA聚类。但这说明不了黄秋生是维吾尔族。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-22 21:36 编辑

一个具体案例,比如苗族的K7b结果与华中地区的汉族几乎看不到任何特别明显的差异,PCA同样聚类。但在admixutre跑深后,几乎可以无一例外的清晰辨识谁是汉谁是苗。

同样,K7b计算器下,我们几乎看不出畲族不同样本有什么明显的不同,结果非常接近,但在admixture跑深后,可以发现其中一些畲族样本明显更似畲汉混血儿,明显区分于其他畲族样本。


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admixture不光看结果,还要注意adm的原理,adm是基于fst的。以畲、苗为例,长期较小的种群规模,以及族内通婚,造成往往同一地区的苗族遗传多样性都很小,也就形成了pop,如果是苗族合并组,k值调高以后,恐怕就是一个地区一个苗族的pop。这种情况其实很类似跑家族样本的情况,如果永谢布也跑过家族样本,就会发现家族样本往往很容易产生pop。
admixture不光看结果,还要注意adm的原理,adm是基于fst的。以畲、苗为例,长期较小的种群规模,以及族内通婚,造成往往同一地区的苗族遗传多样性都很小,也就形成了pop,如果是苗族合并组,k值调高以后,恐怕就是一个 ...
无诸王 发表于 2018-6-22 21:44
Fst在原贴中都贴过。南汉和北汉的样本,在K值足够高时,可以形成独特的pop,且明显区分于苗族等其他民族样本,显然,他们不是小族群而是数以亿计的人口。admixture基本上是可以较为清晰的反应不同族群内部差异的。特别是Maf<5%的snp足够多时。
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没有任何证据显示南戈壁DA43和DA45与汉族有任何明显的相关性,相反,类DA45-DA43成分高比例见于东北阿尔泰语系各民族,是后者有着更复杂其他源流,造成二者PCA结果差距巨大。这就好比,黄秋生与其英国父亲和香港妈妈PCA结果千差万别,但并不影响admixture的K值足够深时,发现其与维吾尔族没有任何血统关联,而是一般香港和一半英国血统。

PCA是二维处理的严重降维数据,且南戈壁样本不但与汉族聚类,事实上,与满蒙混血、藏羌、日韩等等几乎所有东亚地区偏北部人群都聚类。这就好比,黄秋生这种东西混血儿,PCA结果肯定远远不同于其香港妈妈和英国爸爸,而与新疆维吾尔族的PCA聚类。但这说明不了黄秋生是维吾尔族。
Yungsiyebu 发表于 2018-6-22 21:25
郑重建议管理员规范一下某些会员无意义的灌水!

你通篇都在偷换概念。O与Fe化合作用形成两种物质:Fe2O3与Fe3O4,因此此Fe不同于彼Fe?? 笑死人哒

PCA二维图失真,难道等同于PCA实际距离失真?? 你到底懂不懂什么是PCA与欧式距离?? 悲哀~~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
admixture不光看结果,还要注意adm的原理,adm是基于fst的。以畲、苗为例,长期较小的种群规模,以及族内通婚,造成往往同一地区的苗族遗传多样性都很小,也就形成了pop,如果是苗族合并组,k值调高以后,恐怕就是一个 ...
无诸王 发表于 2018-6-22 21:44
他要是懂得ADM的原理,他就不会胡扯这么多页了。
当然,不排除戎狄学院高级教授的胡扯就是为了掩盖什么事实吧~
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-6-22 22:23 编辑

老建议,学下工具,自己跑。A与BCDEF都接近,得不出A=B的结论。
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假设以上结果可以接受,那广东汉族大致为0.0305,DA43-45古人大致为0.0283,现代北方汉族大致为0.0248,而介于现代北方汉族与现代广东汉族之 ...
imvivi001 发表于 2018-6-22 12:44

0.0305的是hgdp的han,理论上是各地汉族,但是实际上样本多来自岭南(根据一起pca中福建人的点可以看出,那组han样本大约1/2-2/3的样本比福建人偏南),但是说是广东汉还是不确切的。永谢布pca,0.0283这个pc1的位置,个人估计应该大致是现代华东的位置,总体来说还是更接近北部汉族,而不是南部汉族的。

无诸王 发表于 2018-6-22 17:28
无论如何,根据戎狄学院云教授的这个结果,这组0.0305汉族是比较偏南的是毫无疑问。换言之,位于0.0283的汉代古人,无疑是更接近这组偏南的现代汉族的,当然,有可能最接近位于0.0283与0.0305之间的其他南方汉族~
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