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一统浆糊的Y-STR和mtDNA的自测数据

实验室自己动手测试mtDNA,居然是U2E.
比较confident的位点如下:
16051g 16129c 16183c 16362c 16519c 73g 217c 228a 263g 340t 508g


我感觉自己基本上就是C3*了。
再说一句,山区真是很奇妙,做分生多去走走没准会有新发现。
俺这里还只是丘陵地带,沂蒙老区里估计更有料。

YofY.xls
我自己合成引物测的。以我多年分子生物学基础,相信不会有太大问题。除非引物合成时有人吐了一口进去。美国人玩阴的很厉害的说。


一统浆糊 发表于 2010-9-16 07:55
你怎麼測的?hvr-i?具體結果,哪些位點對於rCRS有突變?
目前在復旦已經停止對外的收費服務,只做科硏項目。測試可以找源基因 www.yoogene.com 。
新浪微博@polyhedron
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sorry, I can't type chinese on this computer.

I designed primer by Primer premium. ordered primers from Sigma. PCRed from 16000 to 600.
Actually, I need to confirm that all my reagents are not contaminated before I can claim my conclusion.

My result shows my MT is U2e certainly. Actually I spend couple of hours to search from M,N* before I got this unbelivble result. I will rearrenage them and post them here.
你怎麼測的?hvr-i?具體結果,哪些位點對於rCRS有突變?
polyhedron 发表于 2010-9-16 08:58
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hvr-i数据? 如果细化后的匹配类型都在东欧亚,那有什么惊讶的,西欧亚单倍体群在东方虽然相对比例不高,但绝对数量也是浩浩荡荡~
现在最著名的U2e古代样本就是匈奴一例,应当是东进的斯基泰人。
FTDNA's U2 Haplogroup Mitochondrial DNA Project:
http://www.familytreedna.com/pub ... x?section=mtresults
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
本帖最后由 natsuya 于 2010-9-16 12:09 编辑
现在最著名的U2e古代样本就是匈奴一例,应当是东进的斯基泰人。
Yungsiyebu 发表于 2010-9-16 10:49
說的是這篇: http://konglong.5d6d.com/viewthr ... mp;page=1#pid125400

"The DNA analyses revealed that one subject was an ancient male skeleton with maternal U2e1 and paternal R1a1 haplogroups."
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
<Different Matrilineal Contributions to Genetic Structure of Ethnic Groups in the Silk Road Region in China>, 這篇文獻數據中的U2e, 烏茲別克人有1.7%, 維吾爾人有4.3%。

http://mbe.oxfordjournals.org/content/21/12/2265.full
http://mbe.oxfordjournals.org/co ... 5/T2.expansion.html
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
我的mt也是个很纠结的问题(虽然目前暂时判定为F1-16189,暂归F1b'd'e,但没有绝对的把握)。。呵呵,前面给牛人发了个请求,帮我把编码区也测一下,后来删了。
▄︻═┳一┅ぷ

Y-Hg:O3a3c1-M117
mtHg:F1d (formerly F1b, F1b'd'e)?
我的mt也是个很纠结的问题(虽然目前暂时判定为F1-16189,暂归F1b'd'e,但没有绝对的把握)。。呵呵,前面给牛人发了个请求,帮我把编码区也测一下,后来删了。
鲜于叔明 发表于 2010-9-16 12:37
考慮測個FTDNA或23andMe吧。但23andMe的shipping list沒有中國, 比較麻煩。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
考慮測個FTDNA或23andMe吧。但23andMe的shipping list沒有中國, 比較麻煩。
natsuya 发表于 2010-9-16 12:40
有机会会测的。。不过我觉得我的mt是F1b'd'e的可能性仍是最大的,毕竟国内现有文献里和我一样HVS-I值的样本也不少了。不过,这些样本的分布总体上偏西。。有西南少数民族的,有藏族和门巴族的,有南西伯利亚的。华东肯定也有(尽管以前有一个tiff文件的网络结构图里标出过F1*-16189也有一些东部地区的汉族样本),只是比例可能相当低了。跟F1b的情况不同。当然,也的确不排除非F的可能性。因为我的HVS-I的确有不少H3和H5(中东高频单倍群)特别是H5a的匹配的。从概率上说,在确认HVS-II和编码区数据前的确很难判定。

即使不测编码区,哪怕能测一下HVS-II确定有无249d,也是不错的。至少对判定是否为F/R9还是有决定性意义的。
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Y-Hg:O3a3c1-M117
mtHg:F1d (formerly F1b, F1b'd'e)?
山东淄博人
楼主的母亲祖籍是哪里?
sahaliyan 发表于 2010-9-16 22:13
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All,
    由于之前出现过网友伪造数据发表的情况,因此我们比较敏感类似的主题。 对于此次的误解,我非常抱歉。此帖会被转回家族谱系区。
   为了避免再次出现类似不愉快的情况,暂时在家族谱系区加上一条版规,详见置顶贴。
自问,于民于家何用?
不过,西部欧亚的mtDNA出现在大陆沿海省份的概率确实是极小的。因此我个人还是有是否可能是样本污染所致的疑惑。   当然,小概率事件通常总是会发生,就比如我的Y.  因此,希望楼主再次确认一下 U的编码区的定义突变。

by the way,楼主已向我确认,其结果是在Upenn的实验室中测得的结果。这个结果的数据本身是没有问题的,大家可继续讨论。
自问,于民于家何用?
本帖最后由 songkoro 于 2010-9-18 22:39 编辑

mitosearch上也有个16189回覆的。
http://www.mitosearch.org/search ... ewuid=CKRCV&p=1
http://www.mitosearch.org/gedcom_show.asp?uid=&viewuid=CKRCV
在這兒說一下再發正式文章也沒問題,當然爲你自己這一個序列寫篇文章還是不太容易的,如果你能把你整個母系老家做了還是有一定價值。。。這個工作量可不小,你乾脆整個改行人類學得了。
污染的問題,你多做幾個別人的樣,或者把你的樣送到別的地方測一次就知道了。當然我比較相信是你媽發生的問題了,也就是東亞發生的小概率事件。
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山东人有一部分是来自山西的,想必这个解释更靠谱一些。
O3a3c* (M134+, M117-)
剪版曾说过河南以前有天竺僧人,我觉得可能与此有关。mt-U2e是西欧亚母系里比较靠东的一个分支,印东北应该都有一些分布。
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Y-Hg:O3a3c1-M117
mtHg:F1d (formerly F1b, F1b'd'e)?
新疆的塔里木盆地的mt-U2e,来源也不太清楚:

http://www.eupedia.com/forum/showthread.php?t=25613

山东的人口流动很复杂,而感觉mt-U2又是一个分布极其广泛的类型,从欧亚大陆中部到西部都有广泛的分布,楼主的母系其实是很难讲的。我说天竺只是众多可能性中的一种罢了,当然西北来源的可能性恐怕更大。
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Y-Hg:O3a3c1-M117
mtHg:F1d (formerly F1b, F1b'd'e)?
谢谢百越版清理版面。
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