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透露一下最近研究的進展

請原諒我語焉不詳。很多信息我還是要在確定透露出去對大家有用且對我以及實驗室無害纔敢說的。。。不過我願意儘量滿足大家的好奇心。我沒說明白的大家可以追問,但也請允許我有不回答的權利

研究的方法嘛,可能很多人已經有耳聞。總歸是目前已經得到了數百個新的位點。主要包括了M134、M117以及002611下面的點。但由於暫時還沒有把這些新的點通過通常的測序方法對樣本分型以確認,暫不向大家公佈這棵樹。(因爲測試成本的問題,也肯定不會把所有新得到的位點全測到,只會先每個單倍群各挑幾個、十幾個測試。)

信息正式發佈應該是在文章裏。但文章還沒有開始寫,應該今年中能投出去,但文章何時能接收就看雜誌願不願意了,這不是我們能控制的。文章發出前也許會先透露樹形、位點名稱,以及向在復旦測試的個人透露他本人多測出來的點的結果。

具體:
目前測了M134xM117、M117、002611內各十個或十餘個樣本。其中,(至少是已測的)M134xM117發現有共享且和M117不分享的位點,也就是說,這一部分是單系群而非旁系群。P103(002611下)、M162(M117下)、P101(M134下)等等這些點要麼在人群裏比例非常低,要麼在染色體上有多次重複因此不適宜作爲標記,因此不要催我測這些點,這些點我可能幾年也不會測。有很多比這些重要得多的位點可以測了。

此外,這些單倍群及其內部、外部的分化時間我已經有一些線索。很多分化不是緩慢的二叉樹形擴張,而是突然的星狀擴張。我想這種模式實際上和家譜和史書是一致的。。。
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目前在復旦已經停止對外的收費服務,只做科硏項目。測試可以找源基因 www.yoogene.com 。
新浪微博@polyhedron
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請原諒我語焉不詳。很多信息我還是要在確定透露出去對大家有用且對我以及實驗室無害纔敢說的。。。不過我願意儘量滿足大家的好奇心。我沒說明白的大家可以追問,但也請允許我有不回答的權利

研究的方法嘛 ...

很多分化不是緩慢的二叉樹形擴張,而是突然的星狀擴張。我想這種模式實際上和家譜和史書是一致的。。。
polyhedron 发表于 2011-3-5 09:39
特别感兴趣这些突然爆发的单倍群
估算出爆发年代来,就能大致与历史上某个事件和人群对应起来
M134xM117發現有共享且和M117不分享的位點,也就是說,這一部分是單系群而非旁系群。
polyhedron 发表于 2011-3-5 09:39
就是说M117可能是M134中最先分离的人群?
M134和JST002611的谱系树可以重画,呵呵,哪里敢不收~
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
本帖最后由 polyhedron 于 2011-3-5 13:11 编辑

仔細看了一下,近等分二叉、不等分二叉和多叉還都是有的。但多叉感覺比較集中在下游,而上游基本都是二叉。(過於下游的多叉因爲樣本還少,現在看不出來,二叉現在也沒法判斷是否近等分。)

O3下面有兩個大的近等分二叉,一個是L127和P201的分歧,一個是M134*和M117的叉。

M134*下面樣本不是太多,模式也相對複雜,有多叉。M117目前來看下面直接是一個多叉。002611下面也比較複雜,下面似乎先是一個不等分二叉,後面仍比較複雜,有多叉。
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2011-3-5 11:23 编辑
M134*下面樣本不是太多,模式也相對複雜,有多叉。M117目前來看下面直接是一個多叉。002611下面也比較複雜,下面似乎先是一個不等分二叉,後面仍比較複雜,有多叉。
polyhedron 发表于 2011-3-5 10:55
M134*下面是直接的多叉,与我预想的不一样,我之前估计也是类似M117,是一个大支系占主导,那看来M134就是M117一支独大,而一堆分散的小兄弟。

M117下面也是一个多叉,这个在我想象之内,不清楚地理分布格局的规律性明显吗?还是比较乱,无明显规律?如果方便透漏的话。
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我說了,剛找到位點,還沒對樣本做分型,更不用談地理分佈了。現在連002611整體的地理分佈都不知道。
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仔細看了一下,近等分二叉、不等分二叉和多叉還都是有的。但靠多叉感覺比較集中在下游,而上游基本都是二叉。(過於下游的多叉因爲樣本還少,現在看不出來,二叉現在也沒法判斷是否近等分。)

O3下面有兩個大的近等分二叉,一個是L127和P201的分歧,一個是M134*和M117的叉。

M134*下面樣本不是太多,模式也相對複雜,有多叉。M117目前來看下面直接是一個多叉。002611下面也比較複雜,下面似乎先是一個不等分二叉,後面仍比較複雜,有多叉。
这和我预计的倒是差不多。
现在对于单倍群突变年代的估算方法,不知有没有较大改进,年代的估算太重要了
本帖最后由 natsuya 于 2011-3-5 12:59 编辑

從Marie Lin那篇新文獻已看出O3a4a-P103很少或缺失, 大部分還是O3a4-002611(xP103), 而O3a3c2-P101也都不見數據, 估計可能是某個未知支系當中比較下游的小單倍群。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
本帖最后由 natsuya 于 2011-3-5 12:59 编辑

才發現POLY的簽名檔多了母系Y和父系mt,幾年內我也想測測了。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
M134*下面是直接的多叉,与我预想的不一样,我之前估计也是类似M117,是一个大支系占主导,那看来M134就是M117一支独大,而一堆分散的小兄弟。
Yungsiyebu 发表于 2011-3-5 11:22
怎么跟我想的恰好相反?听polyhedron的描述,M134下面应该是两个大支系呀。一个是M117,一个是在M134*里面的"共享“点。只是在这个M134*的共享点下面有大爆发。
就是说M117可能是M134中最先分离的人群?
反恐 发表于 2011-3-5 10:28
我想POLY那句話的意思是,M134(xM117)下面也有規模不算小的單倍群?如果僅在少數的M134(xM117)樣本就能發現共享的位點是很幸運的,或許那個支系包含我和hercules等人的類型在內,記得以前chanyu提過他從Y-STR觀察出M134(xM117)在華東有一個龐大的支系,既與日韓的M134(xM117)不同,也和哈薩克的M134(xM117)相區別,只能等新樹出來證實了。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
我想POLY那句話的意思是,M134(xM117)下面也有規模不算小的單倍群?如果僅在少數的M134(xM117)樣本就能發現共享的位點是很幸運的,或許那個支系包含我和hercules等人的類型在內,記得以前chanyu提過他從Y-STR觀察出 ...
natsuya 发表于 2011-3-5 13:13
我就是說,比方有一個新發現的點叫F444(F for Fudan),目前測的這少數幾個M134+, M117-的樣都有F444+,而目前還未知M134+, M117-, F444-的樣本。反恐理解是對的,也就是說M117的單倍群是目前所知M134下游先分出去的。
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POLY博士的意思是目前已测的M134(XM117)都是共享位点的,看来很有可能除了M117,M134内还有一个囊括了大部分M134的大支系,至于哈萨克和日韩的M134是否属于这个大支系只有以后的发现了,不过我估计应该是
sahaliyan 发表于 2011-3-5 13:21
我怎么听的意思是相反。
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我就是說,比方有一個新發現的點叫F444(F for Fudan),目前測的這少數幾個M134+, M117-的樣都有F444+,而目前還未知M134+, M117-, F444-的樣本。反恐理解是對的,也就是說M117的單倍群是目前所知M134下游先分出去的。
polyhedron 发表于 2011-3-5 13:23
理解了,這是好消息阿。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
现在对于单倍群突变年代的估算方法,不知有没有较大改进,年代的估算太重要了
反恐 发表于 2011-3-5 12:43
不知道polyhedron用什么方法来估算单倍群的突变年代?
能不能透露一下,
本文所说的这些O3下的新SNP,
是不是都是通过对很少的几个样本测全婿,
然后通过跟O1或者O2的比较,而得到的?
这样的话,
因为还没有对大量的O3样本进行这些SNP的测序,
单凭SNP本身没有任何办法可以估算年代?
我就是說,比方有一個新發現的點叫F444(F for Fudan),目前測的這少數幾個M134+, M117-的樣都有F444+,而目前還未知M134+, M117-, F444-的樣本。反恐理解是對的,也就是說M117的單倍群是目前所知M134下游先分出去 ...
polyhedron 发表于 2011-3-5 13:23
不懂你怎么能判断出M117是先分出去的。
关于某单倍群下面的子单倍群“分出去的先后”,我理解是没有任何意义的。

树本身的结构才是关键。
当然SNP的产生年代还是非常重要的,但这跟某两个子单倍群的分家时间不是一回事。
不知道polyhedron用什么方法来估算单倍群的突变年代?
能不能透露一下,
本文所说的这些O3下的新SNP,
是不是都是通过对很少的几个样本测全婿,
然后通过跟O1或者O2的比较,而得到的?
这样的话,
因为还没有对 ...
张三 发表于 2011-3-5 22:32
前面的問題,是的,是和O1或O2比較出來的。
但我沒理解你後面的質疑。
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