返回列表 回复 发帖

PNAS:亚洲栽培稻起源于中国

中国长江流域8000年至9000年前出现了栽培稻,而印度恒河流域大约4000年前才开始出现栽培稻。随着栽培稻通过商人以及农民由中国传入印度,它很可能与当地野生稻进行了大范围杂交,这就是为什么我们曾认为栽培稻可能起源于印度,但实际上是来自于中国。
Molecular evidence for a single evolutionary origin of domesticated rice.pdf (295.99 KB)
4

评分次数

对老永同学确实是个好消息。

看到转机了呀。
有空慢慢看
:-)
Good,但是賈湖稻作農業好像也很早。
Y染色體:O3 M134+ M117- 應屬F444+
mtDNA:D5a2
当时贾湖气候和长江流域差不多,而且也晚了至少1000年.
物变天汰,余者生存
本帖最后由 ranhaer 于 2011-5-9 12:41 编辑

生物谷:
http://www.bioon.com/biology/postgenomics/482759.shtml

来源 新华网 2011-5-3 19:18:30

PNAS:大规模基因重测序确认亚洲栽培稻起源于中国







PNAS:大规模基因重测序确认亚洲栽培稻起源于中国生物谷分享      | 收藏      

美国研究人员在一项通过大规模基因重测序分析稻米进化史的研究中确认,亚洲栽培稻起源于中国,最早可能8000多年前就出现在中国长江流域。

亚洲栽培稻是世界上最古老的农作物物种之一。此前曾有研究认为,亚洲栽培稻有两个起源地——印度和中国。但5月2日刊登在美国《国家科学院院刊》(PNAS)一项新研究说:“分子学证据表明(亚洲)栽培稻只有单一起源……最早出现在中国长江流域。”

亚洲栽培稻具有籼稻和粳稻两个主要亚种,其起源相应也出现两种理论,其中一种为单一起源理论,即籼稻和粳稻均由野生稻栽培而来;而另一种多起源理论认为,籼稻和粳稻在亚洲不同地点分别栽培而来。近年来,由于科学界观测到籼稻和粳稻更多的遗传差异性,多起源理论稍占上风。

美国纽约大学等机构的研究人员利用此前已公布的数据库以及更先进的计算机运算规则,重新分析了亚洲栽培稻的进化史。他们的结论是,籼稻和粳稻具有同一起源,因为二者尽管具有诸多遗传差异性,但彼此间的遗传关系仍比与印度或中国发现的任何野生稻种类的遗传关系都要近。

他们还对栽培稻和野生稻染色体上630个基因片段进行了重测序,结果也是基因测序数据与单起源理论更一致。

研究人员利用稻米基因的分子钟分析了亚洲栽培稻的进化时间。他们认为,亚洲栽培稻大约8200年前开始出现,而籼稻和粳稻在大约3900年前开始分离。

这一结论与考古学发现相一致。考古学家发现,中国长江流域8000年至9000年前出现了栽培稻,而印度恒河流域大约4000年前才开始出现栽培稻。

参与研究的纽约大学生物学家迈克尔·普鲁加南说:“随着栽培稻通过商人以及农民由中国传入印度,它很可能与当地野生稻进行了大范围杂交,这就是为什么我们曾认为栽培稻可能起源于印度,但实际上是来自于中国。”(生物谷Bioon.com)

生物谷推荐原文出处:

Proceedings of the National Academy of Sciences  DOI: 10.1073/pnas.1104686108

Molecular evidence for a single evolutionary origin of domesticated rice

Molina, Jeanmaire; Sikora, Martin; Garud, Nandita; Flowers, Jonathan M.; Rubinstein, Samara; Reynolds, Andy; Huang, Pu; Jackson, Scott; Schaal, Barbara A.; Bustamante, Carlos D.; Boyko, Adam R.; Purugganan, Michael D

Asian rice, Oryza sativa, is one of world's oldest and most important crop species. Rice is believed to have been domesticated ?9,000 y ago, althoughdebate on its origin remains contentious. A single-origin model suggests that two main subspecies of Asian rice, indica and japonica, were domesticated from the wild rice O. rufipogon. In contrast, the multiple independent domestication model proposes that these two major rice types were domesticated separatelyand in different parts of the species range of wild rice. This latter view has gained much support from the observation ofstrong genetic differentiation between indica and japonica as well as several phylogenetic studies of rice domestication. We reexamine the evolutionary history of domesticated riceby resequencing 630 gene fragments on chromosomes 8, 10, and 12 from a diverse set of wild and domesticated rice accessions.Using patterns of SNPs, we identify 20 putative selective sweeps on these chromosomes in cultivated rice. Demographic modelingbased on these SNP data and a diffusion-based approach provide the strongest support for a single domestication origin ofrice. Bayesian phylogenetic analyses implementing the multispecies coalescent and using previously published phylogeneticsequence datasets also point to a single origin of Asian domesticated rice. Finally, we date the origin of domestication at?8,200–13,500 y ago, depending on the molecular clock estimate that is used, which is consistent with known archaeologicaldata that suggests rice was first cultivated at around this time in the Yangtze Valley of China.
自问,于民于家何用?
不知道有没有做温带稻和热带稻的鉴定,这对中国来说很重要。
当时贾湖气候和长江流域差不多,而且也晚了至少1000年.
谜雾 发表于 2011-5-4 08:41
贾湖在8000年前后有一个直线的大升温过程,并进入农业时代,此前仍属于与东北类似的筒形罐+细石器文化圈。

我的判断是贾湖水稻农业应当起源于长江流域。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
不知道有没有做温带稻和热带稻的鉴定,这对中国来说很重要。
wolfgang 发表于 2011-5-9 13:35
日本鉴定过河姆渡的古水稻,是热带稻。
O3a3c* (M134+, M117-)
9# hercules
问题是中国的热带稻和温带稻究竟谁先起源,有无先后传承关系?这对中国历史研究来说很重要。
湖南道县发现上万年的栽培稻谷化石
似乎非洲也有独立起源的稻子。
极品猥琐凤凰眼镜生物党棍左棍五毛愤青爱国
eight代 poor农 root正 shoot
非洲稻在非洲也不算主流吧.
好像河姆渡时代长江流域基本属于热带,至少类似现在岭南的气候.
物变天汰,余者生存
道县发现上万年的栽培稻谷化石
那迷 发表于 2011-5-10 00:39
问题,道县玉蟾岩位于山脉的南麓,那里的溪水是向南汇入珠江流域的,怎么就成了“长江流域”呢?
11# 那迷

不是修正成为八千年了么?
物以类聚 人以群分 新老亚洲粉丝始终是fall into the same cluster滴
11# 那迷  

不是修正成为八千年了么?
joy 发表于 2011-5-10 12:23
何时?
1999年,在广东英德市牛栏洞出土了人工栽培的水稻硅质体,经文物部门测定为一万年前稻的遗存,同年,湖南道县玉蟾岩遗址出土的一万年前的栽培稻壳。而早在1963年,广西邕宁、武鸣等地就出土了一万年前的石磨盘、石磨棒等生产加工工具,与以上稻作栽培的时间相联系,说明这些工具,正是加工稻谷的工具。
加工的食材未必就是稻谷.
当然我一直认为先有原始农业后有栽培品种.
物变天汰,余者生存
赞成楼上的说法,国外的一些学者如伦福儒就显得教条了。
O3a3c* (M134+, M117-)
http://www.bioon.com/biology/postgenomics/483923.shtml
来源 生命科学论坛
2011-5-12 19:07:54
PNAS:水稻起源于中国,基因组研究人员作出结论
towersimper分享 转发至豆瓣网 | 收藏   [添加到浏览器书签]

[摘要]亚洲水稻(Oryza sativa),是世界上最古老和最重要的农作物之一。尽管关于水稻起源的争论仍在继续,人们一般认为水稻在大约9000年前被驯化。单一起源理论模型认为两个主要的亚种粳稻和籼稻都是从野生稻(O. rufipogon)驯化而来的。相反,多渠道独立驯化理论模型认为它们是各自从野生稻不同品种中驯化而来。后一种观点由于发现粳稻和籼稻之间存在这显著的遗传差异以及多种水稻驯化进化研究而得到大量支持。研究人员通过在一组多样性的野生和驯化水稻品种的第八、十和十二号染色体上再测序630个基因片段,重新审视驯化稻的进化史。通过使用SNP(即单核苷酸多态性)模型,研究人员在驯化水稻的这些染色体上鉴定出20个可能的(putative)选择性清除 (selective sweep)区域。根据这些SNP数据和基于扩散的方法进行的种群建模结果强烈支持水稻的单一驯化起源。利用已公开发布的数据集并进行多物种溯祖 (multispecies coalescent)的贝叶斯系统进化分析也表明亚洲驯化水稻只有一个起源。最终,依据所采用的分子钟(molecular clock)估计值,研究人员将水稻驯化时间追溯到约8200–13500年前,这一结果也与考古学数据相吻合,从而表明水稻大约是在此时间首先在中国长江流域被驯化。
(Credit: © Elwynn / Fotolia)

来自纽约大学基因组学和系统生物学中心和生物系、华盛顿大学圣路易斯分校生物系、斯坦福大学大学遗传学系和珀德尤大学农学系的基因组研究人员共同从事研究,通过大规模地对水稻基因进行再测序 (gene re-sequencing)来追踪其几千年的进化历史,并作出一个结论,水稻起源于中国。该研究表明驯化水稻(domesticated rice)可能最早出现在大约九千年前的中国长江流域,从而推翻了之前的观点:驯化水稻可能有两个起源------印度和中国。这一研究成果将发表在最新的PNAS杂志上,且得到美国科学基金会植物基因组研究项目的资金支持。

亚洲水稻(Oryza sativa),是世界上最古老的农作物之一,同时也是极富多样性的作物,在全球有成千上万个品种。水稻有两个主要的亚种 (subspecies)------粳稻(Oryza sativa ssp. japonica)和籼稻(Oryza Sativa ssp. indica)可以代表世界上大多数品种,例如寿司水稻(Sushi rice)是粳稻的一种类型,而意大利调味饭中所用的长粒水稻大多数是籼稻。由于水稻品种是如此多样化,关于它的起源也一直是科学争论的话题。其中单一起源理论模型认为粳稻和籼稻都是从野生稻(O. rufipogon)驯化而来的。

而多起源理论模型认为两种主要水稻类型的粳稻和籼稻是从亚洲不同地方驯化而来的。最近几年,由于生物学家观察到粳稻和籼稻之间存在这显著的遗传差异,以及几项研究水稻品种之间的进化关系支持大多种驯化发生在中国和印度的观点,多起源理论模型逐渐为大家所接受。

在本文中,研究人员利用以前公开发布的数据集重新评估了驯化水稻的进化史,这其中一些数据集还被用作证据证明粳稻和籼稻起源不同。然而通过使用更为现代的计算机算法,研究人员作出结论:它们之间的血缘关系要比它们与在中国或印度发现的任何野生稻品种的血缘关系更亲近。

此外,在一组多样性的野生和驯化水稻品种被选中的染色体上,探究人员通过再测序630个基因片段来研究驯化水稻的进化史。利用在分析基因组数据来研究人类进化中曾被采用的新的建模技术,他们发现基因序列数据更吻合水稻的单一起源理论。

研究人员还采用了水稻基因的"分子钟"来观察水稻的进化时间。通过校准这些基因的分子钟,他们查明水稻起源于大约8200年前,其中粳稻和籼稻大约在3900年前发生进化分歧而将彼此区别开来。他们还指出这些分子钟时间符合考古学的研究。

纽约大学生物学家Michael Purugganan解释道,当商人和移居的农民将水稻从中国带到印度后,它很可能与当地的野生稻进行大量的杂交,因而人们曾经认为起源于印度的驯化水稻实际上真正起源于中国。

华盛顿大学圣路易斯分校著名的生物学教授Barbara A. Schaal说道,这一研究是结合基因组学、生物信息学和建模技术获得新观点的好典范;人类在亚洲流动时,水稻与人类之间有着一段复杂的进化史,这项研究开始揭示那一运动的遗传结果。

towersimper注:

分子钟(molecular clock)

定义1:一种关于分子进化的假说,认为两个物种的同源基因之间的差异程度与它们的共同祖先的存在时间(即两者的分歧时间)有一定的数量关系。基于这个假说,可以计算生物谱系发育的年代表。

定义2:由美国进化生物学家朱克坎德尔(E. Zuckerkandl)和波林(L. Pauling)于1963年提出,用DNA链中核酸序列替换速率推导进化事件发生时间的方法。

选择性清除(selective sweep)

指由于最近的较强的正向自然选择,一个突变位点相邻DNA上的核苷酸之间的差异下降或消除。

溯祖理论(coalescent theory)

追溯共同祖先后代系谱进化特征、动态变化过程和样本特性的群体遗传学理论。\\生命科学论坛\\ towersimper

towersimper博文:http://bbs.bioon.net/bbs/home.ph ... 60&do=blog&id=90201

注:版权所有,欢迎转载,转载请注明来源作者。

生物谷推荐原文出处:

PNAS, May 2, 2011 DOI: 10.1073/pnas.1104686108

Molecular evidence for a single evolutionary origin of domesticated rice

Jeanmaire Molina, Martin Sikora, Nandita Garud, Jonathan M. Flowers, Samara Rubinstein, Andy Reynolds, Pu Huang, Scott Jackson, Barbara A. Schaal, Carlos D. Bustamante, Adam R. Boyko and Michael D. Purugganan.
自问,于民于家何用?
http://www.bioon.com/biology/postgenomics/483923.shtml
来源 生命科学论坛
2011-5-12 19:07:54
PNAS:水稻起源于中国,基因组研究人员作出结论
towersimper分享 转发至豆瓣网 | 收藏   [添加到浏览器书签]

...
ranhaer 发表于 2011-5-12 21:27
湖南道县遗址应该是被归到长江流域了,其实它更接近珠江水系。,
返回列表
baidu
互联网 www.ranhaer.org