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Age of the Association between Helicobacter pylori and Man

Yoshan Moodley1,2#*, Bodo Linz1,3#*, Robert P. Bond4, Martin Nieuwoudt4, Himla Soodyall5, Carina M. Schlebusch5, Steffi Bernhöft1, James Hale6, Sebastian Suerbaum7, Lawrence Mugisha8, Schalk W. van der Merwe4, Mark Achtman

Abstract

When modern humans left Africa ca. 60,000 years ago (60 kya), they were already infected with Helicobacter pylori, and these bacteria have subsequently diversified in parallel with their human hosts. But how long were humans infected by H. pylori prior to the out-of-Africa event? Did this co-evolution predate the emergence of modern humans, spanning the species divide? To answer these questions, we investigated the diversity of H. pylori in Africa, where both humans and H. pylori originated. Three distinct H. pylori populations are native to Africa: hpNEAfrica in Afro-Asiatic and Nilo-Saharan speakers, hpAfrica1 in Niger-Congo speakers and hpAfrica2 in South Africa. Rather than representing a sustained co-evolution over millions of years, we find that the coalescent for all H. pylori plus its closest relative H. acinonychis dates to 88–116 kya. At that time the phylogeny split into two primary super-lineages, one of which is associated with the former hunter-gatherers in southern Africa known as the San. H. acinonychis, which infects large felines, resulted from a later host jump from the San, 43–56 kya. These dating estimates, together with striking phylogenetic and quantitative human-bacterial similarities show that H. pylori is approximately as old as are anatomically modern humans. They also suggest that H. pylori may have been acquired via a single host jump from an unknown, non-human host. We also find evidence for a second Out of Africa migration in the last 52,000 years, because hpEurope is a hybrid population between hpAsia2 and hpNEAfrica, the latter of which arose in northeast Africa 36–52 kya, after the Out of Africa migrations around 60 kya.

发表&全文

journal.ppat.1002693.g003.png
2012-6-5 08:36

journal.ppat.1002693.g006.png
2012-6-5 08:36
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评分次数

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2012-6-5 10:49 编辑

这篇文章的认识太具颠覆性了,意义重大。大体说,

亚洲的2个群和澳洲的1个群关系最近,代表6万年前出非洲的第一波。

欧洲的群则出乎意料的代表5.2万年之后的第二波。

更具体的,粉色代表的澳洲群在3.1-3.7万年间分离迁徙。(难道是K-MS,C(xC3))
亚洲2个群,大约3-4万年间分成两个支系,其中,一个向东方发展(难道是K-NO,C3)?另一个则由中亚与西方有交流(难道是K-P?)。









新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
这两个亚洲的群单倍体是不是D?
这两个亚洲的群单倍体是不是D?
哈特曼元帅 发表于 2012-6-5 10:52
想也不可能,D除了可能通过印巴次大陆在较晚的时期进入安达曼之外,东南亚罕见D,南太平洋不见D。
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想也不可能,D除了可能通过印巴次大陆在较晚的时期进入安达曼之外,东南亚罕见D,南太平洋不见D。
Yungsiyebu 发表于 2012-6-5 10:56
那亚洲早期这批人是什么
跟澳洲土著接近的怕是在亚洲大陆上没有
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2012-6-5 11:09 编辑
那亚洲早期这批人是什么
跟澳洲土著接近的怕是在亚洲大陆上没有
哈特曼元帅 发表于 2012-6-5 11:02
如果亚太地区的这个迁徙模式属实。

灰色与P的吻合性最高,其中向西发展的可能是R,向北发展的可能是Q。

与P分离的可能是NO,二者向东方发展,应伴随C3。

粉色与MS吻合,NOP最先分离,代表向南太平洋迁徙的支系。其中,应当伴随C(xC3)。

K(xMSNOP)可能代表5.2万年后的第二波出非洲人群,这批人群可能一直盘踞在东北非与近东的交界地区。




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还有一种可能性,就是只有一次出非洲,但是后来从中东又出现了大规模的回流非洲的运动。
还有一种可能性,就是只有一次出非洲,但是后来从中东又出现了大规模的回流非洲的运动。
wolfgang 发表于 2012-6-5 11:24
这种可能性,要假定群2要在邻近近东的位置,看看他的分支,不太现实。
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亚洲的幽门螺杆菌以前描述过,这里的sahul指的是澳洲和巴布亚的土著的,灰色的asia2指的是中亚成分,黄色的Easia包括南北美洲,东亚大陆以及台湾和太平洋上的南岛人。
如果亚太地区的这个迁徙模式属实。

灰色与P的吻合性最高,其中向西发展的可能是R,向北发展的可能是Q。

与P分离的可能是NO,二者向东方发展,应伴随C3。

粉色与MS吻合,NOP最先分离,代表向南太平洋迁徙 ...
Yungsiyebu 发表于 2012-6-5 11:07
看来澳大利亚土著还是比欧亚大陆各族群,晚出非洲?
他们才是新亚洲人
8# Yungsiyebu
非洲班图人得主要单倍群Y-E3a目前并没有能够排除是从中东回流的结果。而且,你看看什么地方Mt-H1比例最高,就会发现北非,西亚,欧洲其实交流一直是很复杂的。
天馬行空,pre-NO走北路到達亞洲東部也是有可能,然後NO在中國北部生出pre-N和pre-O,N留在北方發展,O一路向南擴張下去。
Y染色體:O3 M134+ M117-
mtDNA:D5a2
今天老永一定心情大好,呵呵

K(xMSNOP)可能代表5.2万年后的第二波出非洲人群,这批人群可能一直盘踞在东北非与近东的交界地区。
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你是指LT和K*?IJ,GH那可不 ...
疁殇1958 发表于 2012-6-5 13:26
K(xMSNOP),不需要把所有的y-dna都重新点评一遍吧,我说的就是K的支系。
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天馬行空,pre-NO走北路到達亞洲東部也是有可能,然後NO在中國北部生出pre-N和pre-O,N留在北方發展,O一路向南擴張下去。
natsuya 发表于 2012-6-5 13:36
主要看到底是NOP,还是MSNO。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
老文章结合看
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=15288
看来文章默认是母婴垂直传播的。
O3a3c* (M134+, M117-)
主要看到底是NOP,还是MSNO。
Yungsiyebu 发表于 2012-6-5 13:40
Q1a1是不是伴随NO向东北方向进发的
Q1a1是不是伴随NO向东北方向进发的
哈特曼元帅 发表于 2012-6-5 13:45
如果NO走北路東進,朝同個方向走的或許還有C3,以及美洲原住民Q-M3、Q-P89、Q-NWT01的始祖Q-MEH2。
Y染色體:O3 M134+ M117-
mtDNA:D5a2
如果NO走北路東進,朝同個方向走的或許還有C3,以及美洲原住民Q-M3、Q-P89、Q-NWT01的始祖Q-MEH2。
natsuya 发表于 2012-6-5 13:54
也许就在那个时候形成了最初的蒙古人种?
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2012-6-5 14:00 编辑
老文章结合看
http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=15288
看来文章默认是母婴垂直传播的。
hercules 发表于 2012-6-5 13:42
3.3-3.2万年前,中亚(东亚-美洲)分为一个大群,澳大利亚分为另一个大群,这个年代在2.3-2.5万年前,为什么3-4万年前的西伯利亚丹人和4-6万年的蒙戈湖人都测出超出现代人世系的古代dna?值得对比参考。

同时,细菌的树出来了,对于到底是MSNO还是NOP,我想也是一个很有意义的参考。





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也许就在那个时候形成了最初的蒙古人种?
哈特曼元帅 发表于 2012-6-5 13:56
母系單倍群A、C、D的始祖會不會是走北路到東方的呢?
Y染色體:O3 M134+ M117-
mtDNA:D5a2
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