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SLC24A5,白种人肤色浅化机制与Rs1426654(A)频度汇总

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2012-6-23 22:17 编辑

Rs1426654是SLC24A5基因的三个之一,对白种人肤色浅化的贡献最大。绝大多数的白种人都是Rs1426654(A)型,此类型的年代很近,6,000 - 12,000。


汇总一下人群群发生频度。

(A;A) 棕色


(A;G) 绿色


(G;G) 蓝色


hapmap的北京组似乎没有A型。

ASW: African ancestry in Southwest USA,
CEU: Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collection,
CHB: Han Chinese in Beijing, China,
CHD: Chinese in Metropolitan Denver, Colorado,
GIH: Gujarati Indians in Houston, Texas,
JPT: Japanese in Tokyo, Japan,
LWK: Luhya in Webuye, Kenya,
MEX: Mexican ancestry in Los Angeles, California,
MKK: Maasai in Kinyawa, Kenya,
TSI: Toscans in Italy,
YRI: Yoruban in Ibadan, Nigeria.


rs1426654.png
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
Ethnicityrs1426654 A/A
ASW (A): African ancestry in Southwest USA0
CEU (C): Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collection100
CHB (H): Han Chinese in Beijing, China0
CHD (D): Chinese in Metropolitan Denver, Colorado0
GIH (G): Gujarati Indians in Houston, Texas90.9
JPT (J): Japanese in Tokyo, Japan0
LWK (L): Luhya in Webuye, Kenya1.1
MEX (M): Mexican ancestry in Los Angeles, California34
MKK (K): Maasai in Kinyawa, Kenya10.5
TSI (T): Tuscan in Italy98.9
YRI (Y): Yoruban in Ibadan, Nigeria0
Africans from Benin Gulf (172)4
Asians from Mongolia (115)
36
Europeans from Italy (184)100
未命名.jpg
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
Haplotypes in SLC24A5 Gene as Ancestry Informative Markers in Different Populations,此文的蒙古组(Asians from Mongolia (115)),Rs1426654(A)比例可高达36%,一般来说,外蒙古的西方混合因素通常的估计在20%上下,所以,常染色体遗传分析,但看一两个遗传标记,并不可靠。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
Ethnicityrs1426654 A/A
ASW (A): African ancestry in Southwest USA0
CEU (C): Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collection1
CHB (H): Han Chinese in Beijing, China0
CHD (D): Chinese in Metropolitan Denver, Colorado0
GIH (G): Gujarati Indians in Houston, Texas0.909
JPT (J): Japanese in Tokyo, Japan0
LWK (L): Luhya in Webuye, Kenya0.011
MEX (M): Mexican ancestry in Los Angeles, California0.34
MKK (K): Maasai in Kinyawa, Kenya0.105
TSI (T): Tuscan in Italy0.989
YRI (Y): Yoruban in Ibadan, Nigeria0
Africans from Benin Gulf (172)0.04
Asians from Mongolia (115)
0.36
Europeans from Italy (184)1
Biaka pygmies0.03
Mbuti pygmies0
Mandenka0.23
Yoruba0.1
Bantu N.E.0
San0.07
Bantu S.E.0
Bantu S.W.0.17
Mozabite0.87
Bedouin0.97
Druze1
Palestinian0.99
Brahui1
Balochi0.98
Hazara0.61
Makrani0.92
Sindhi0.83
Pathan0.96
Kalesh1
Burusho0.98
Han0.01
Tujia0
Yizu0
Miaozu0
Orogen0.15
Daur0.1
Mongola0.15
Hezhen0
Xibo0.19
Uygur0.5
Dai0
Lahu0
She0
Naxi0
Tu0.05
Yakut0.24
Japanese0
Cambodian0.09
Papuan0
NAN Melanesian0
French1
French Basque1
Sardinian0.98
Northern Italian1
Tuscan1
Orcadian1
Adygei1
Russian1
Pima0
Maya0.12
Columbian0
Karitiana0
Surui0
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
从这里只能说明相关性,跟机制什么滴相去尚甚远
极品猥琐凤凰眼镜生物党棍左棍五毛愤青爱国
八代贫农根正苗
远山劲松傲然孤独千秋万代一统浆糊
老永你真是的,这是中东北非地区最常见的型。

老永你刻意加个白人干什么
他们也是高加索人种,即俗称白种人。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
他们也是高加索人种,即俗称白种人。
Yungsiyebu 发表于 2012-6-24 09:21
我觉得这只是相关,不是决定

我看过,很多肤色很深的还是这个类型
我觉得这只是相关,不是决定

我看过,很多肤色很深的还是这个类型
天天向上 发表于 2012-6-24 09:31
肯定不是单基因决定的,但对于高加索人种,这个基因是目前已知贡献率最大的。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
他们也是高加索人种,即俗称白种人。
Yungsiyebu 发表于 2012-6-24 09:21
他们可不白哦
他们也是高加索人种,即俗称白种人。
Yungsiyebu 发表于 2012-6-24 09:21
根据 SNPedia  (https://www.snpedia.com/index.php/Rs1426654

rs1426654
This SNP influences skin pigmentation. The allele, A111T, rs1426654(A), indicates light-skinned european ancestry. [PMID 16847698, PMID 16357253]
It appears as if this SNP is a relatively new one in human evolution; one estimate [PMID 17182896] is that the rs1426654(A) allele, in other words, light skin pigmentation, spread through the European population around 6,000 - 12,000 years ago.
     Prior to that, "European ancestors" were most likely relatively brown-skinned. Another study ([PMID 24048645OA-icon.png]) has concluded that almost individuals carrying the A111T variant can trace ancestry back to a single person who most likely lived at least 10,000 years ago.

SLC24A65 基因上三个变异可能来自某个欧洲/亚洲/非洲 古人(根据2009研究.[PMID 19440451OA-icon.png](注:我的看法,与y-J相关人群有关,不过单个变异应该不足以形成‘浅肤色’,还需要看HERC2与OCA2上的变异)
这三个SNPs是:
rs1426654
rs2555364
rs16960620

A genome-wide association scan in admixed Latin Americans identifies loci influencing facial and scalp hair features | Nature Communications  https://www.nature.com/articles/ncomms10815

Received:
13 July 2015
Accepted:
25 January 2016
Published online:
01 March 2016
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
根据 SNPedia  (https://www.snpedia.com/index.php/Rs1426654

rs1426654 :
...SLC24A65 基因上三个变异可能来自某个欧洲/亚洲/非洲 古人(根据2009研究.[PMID 19440451OA-icon.png](注:我的看法,与y-J相关人群有关...
imvivi001 发表于 2017-11-28 09:17
刚才查了一下,rs1426654很难说与y-J相关人群有关。另外,这个变异应该与肤色色素调节的关联度不大~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
   刚才查了一下,rs1426654很难说与y-J相关人群有关。另外,这个变异应该与肤色色素调节的关联度不大~
imvivi001 发表于 2017-11-28 13:40
修正一下:
对西欧亚人群而言,应该综合考察SLC24A5, SLC45A2、OCA2的基因变异,单独一个snp还不能确定肤色是浅肤色。~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 大昊 于 2018-1-16 19:45 编辑

欧洲人的浅肤色,肯定不是这个基因单独主导的。

以印度古吉拉特邦为例。
根据1楼2楼的资料,这个Rs1426654在印度古吉拉特邦90%AA(欧洲100%AA,日本中国为0%)。
可是古吉拉特人,肤色还是偏黑。

下面都是古吉拉特邦的印度人
rob-188-4413.jpg
2018-1-16 19:31

timg.jpg
2018-1-16 19:31

timg (1).jpg
2018-1-16 19:31

timg (4).jpg
2018-1-16 19:34
本帖最后由 大昊 于 2018-1-16 20:15 编辑

古吉拉特邦,位于印度西北部,也是雅利安人入侵印度的第一站。
1楼的这个等位基因Rs1426654,Gujarati人群里100%的携带A,其中90%AA。
而中国日本AA为0%

下面是古吉拉特邦政府官员
timg (5).jpg
2018-1-16 19:56
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2018-1-16 21:11 编辑
欧洲人的浅肤色,肯定不是这个基因单独主导的。

以印度古吉拉特邦为例。
根据1楼2楼的资料,这个Rs1426654在印度古吉拉特邦90%AA(欧洲100%AA,日本中国为0%)。
可是古吉拉特人,肤色还是偏黑。

下面都是 ...
大昊 发表于 2018-1-16 19:31
你把奥巴马x100,其Rs1426654-A的基因频度也是50%。但奥巴马绝对比你黑的多,为什么?这个基因贡献不大,还是黑人基因太强了?

有报道进行比对研究,认为该基因约对白种人肤色变浅有25–40%的贡献率,目前报道的浅肤色相关基因有十余个,认为这个基因对白种人肤色变浅贡献最大,至少目前的证据,是没有问题。

SLC24A5, a putative cation exchanger, affects pigmentation in zebrafish and humans

Genetic evidence for the convergent evolution of light skin in Europeans and East Asians
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
古吉拉特邦,位于印度西北部,也是雅利安人入侵印度的第一站。
1楼的这个等位基因Rs1426654,Gujarati人群里100%的携带A,其中90%AA。
而中国日本AA为0%

下面是古吉拉特邦政府官员

大昊 发表于 2018-1-16 19:56
是的,印巴人这个snp高频,可还是暗黑肤色,而东亚人缺失这个变异,却依然是浅肤色。看来这个allele还是与肤色没什么直接关联性。

   刚才查了一下,rs1426654很难说与y-J相关人群有关。另外,这个变异应该与肤色色素调节的关联度不大~
imvivi001 发表于 2017-11-28 13:40

物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
个人认为这个很扯淡,按道理来说R系O系关系比J系更近,如果这个调节皮肤颜色的也在出现在中东人群中,没有理由不出现在远东人群中
让他们再去做一下芬兰人数据,如果芬兰人都是这个,没道理O系人群没有这个基因型。

有很多科学家拿原始印欧人这个东西,尽可能凑很多数据往上套,
Truth or Happiness Never Both
根据 SNPedia  (https://www.snpedia.com/index.php/Rs1426654

rs1426654 :
This SNP influences skin pigmentation. The allele, A111T, rs1426654(A), indicates light-skinned european ancestry. [PMID  ...
imvivi001 发表于 2017-11-28 09:17
看来 包括小云在内的芸芸众生都被这些主流的欧洲学者误导了。至于为何他们会推导出这个结论,估计与早期的斑马鱼实验有关,但是斑马鱼与咱们哺乳动物相差十万八千里呢,这种推导无异于强推,倒是与小云老师的推导方法有的一拼,呵呵

    不过我认为,把A111T变异视为‘高加索大人种’的AIM,这个是完全可以成立的。
    值得注意的是,美洲纯血土著是没有这个变异的,说明这个变异形成较晚。如果大嘴博士团队最新的‘美洲人形成’的推算是正确的,那‘高加索大人种’应该形成于20kya之后。再根据 SNPedia,A111T变异形成于至少一万年之前,那么,这个时间段内就比较好进一步推测了~(看来比‘亚美大人种’的形成要晚的多)
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
   看来 包括小云在内的芸芸众生都被这些主流的欧洲学者误导了。至于为何他们会推导出这个结论,估计与早期的斑马鱼实验有关,但是斑马鱼与咱们哺乳动物相差十万八千里呢,这种推导无异于强推,倒是与小云老师 ...
imvivi001 发表于 2018-1-17 07:48
你是不是觉得一个高加索人种等于blonde?

这个基因贡献高加索人种浅肤色和金发,肯定是最重要的,至少目前证据如此,但并不是说,欧洲人在一万年前突然由曼德拉的肤色变成特朗普。与肤色相关的突变还有很多,也有很多是由欧亚共享的。比如有些增加白人金发几率的突变,在东亚也很高频,只不过表型是浅肤色,不是金发。再如,克鲁马农人有蓝眼睛,但黑发和较深的肤色,目前的证据看,最早的blonde应当出现在印欧语族始祖,其他高加索人种不是blonde,而近东有大量黑人混血,印巴有大量土著棕色人种混血。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
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