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Y-chromosome haplogroup K-M526

Improved phylogenetic resolution and rapid diversification of Y-chromosome haplogroup K-M526 in Southeast Asia

Tatiana M Karafet, Fernando L Mendez, Herawati Sudoyo, J Stephen Lansing and Michael F Hammer

Abstract
The highly structured distribution of Y-chromosome haplogroups suggests that current patterns of variation may be informative of past population processes. However, limited phylogenetic resolution, particularly of subclades within haplogroup K, has obscured the relationships of lineages that are common across Eurasia. Here we genotype 13 new highly informative single-nucleotide polymorphisms in a worldwide sample of 4413 males that carry the derived allele at M526, and reconstruct an NRY haplogroup tree with significantly higher resolution for the major clade within haplogroup K, K-M526. Although K-M526 was previously characterized by a single polytomy of eight major branches, the phylogenetic structure of haplogroup K-M526 is now resolved into four major subclades (K2a–d). The largest of these subclades, K2b, is divided into two clusters: K2b1 and K2b2. K2b1 combines the previously known haplogroups M, S, K-P60 and K-P79, whereas K2b2 comprises haplogroups P and its subhaplogroups Q and R. Interestingly, the monophyletic group formed by haplogroups R and Q, which make up the majority of paternal lineages in Europe, Central Asia and the Americas, represents the only subclade with K2b that is not geographically restricted to Southeast Asia and Oceania. Estimates of the interval times for the branching events between M9 and P295 point to an initial rapid diversification process of K-M526 that likely occurred in Southeast Asia, with subsequent westward expansions of the ancestors of haplogroups R and Q.

http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2014106a.html
K-M526.png
2014-6-5 16:17
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本帖最后由 Ryan 于 2014-6-5 17:28 编辑

能找到这些 K*样本,也不容易啊。
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
K2* 什么区域?
M147是印度、巴基斯坦以及南太平洋地区。
P261在印尼。
P402/P403在什么民族,没看到过资料。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
全文。。。。。。。。。。。。。。

karafet2014.pdf (639.04 KB)

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三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
K2c-P261出现在印尼巴厘岛,K2d-P402出现在印尼爪哇岛,和Q,R最接近的P-P295*-K2b2*在菲律宾aeta人群,印尼timor人,sumba人,苏拉威西人中均有发现。总之,K2的大多数类型都在马来群岛和太平洋上,M214-NO(=K2a),P27(=K2b2a)(包括Q,R)是少数北上的类型。这样一来,M214,P27是从东南亚北上的可能性大大增加。
还一种可能就是,南太平洋人群始祖的南迁远比从前估计的4-6万年前晚的多。从C的情况也能看出一些端倪。还有古dna。
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6# Yungsiyebu 南迁的时间意义不大。菲律宾的aeta人,是极为典型的菲律宾尼革利陀人,从常染看是如此,而它拥有最高比例的P-P295*,这是P27最近的姐妹支系。
尼格力托是介于蒙古人种和澳大利亚人种的过渡种系。

当前种系分化时间也不是很清晰,各类估算方法很不理想。包括田园洞的年代,有些专家事实上认为是1-2万年而已,与山顶洞相当。而西伯利亚古人常染色体有很多接近南亚种系的因素,分化并不十分清晰。更典型的是美洲万年前颌骨突出的类美拉尼西亚种系就是现代印第安人的直系祖先。所以,种系差异放在1万年以上的跨度上,并不是一个理想的标尺。
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从目前的数据看,P应该确实是东南亚起源,这样的可能性是最大的,NO可能起源于东南亚北部,P起源于印尼一带,因为P的兄弟分支都在那一带
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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是以法从心生。名因法立
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还是要考虑环境的变迁,2.7-4.1万年前的变迁很关键,而且,毕竟LT还是在大陆上的。
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8# Yungsiyebu 目前无论从Y,MtDNA还是常染都不能得出尼革利陀是蒙古人种和澳大利亚人种过度种系的结论。而且,那里的K2实际上是在各种系人群中都存在的。
10# Yungsiyebu LT属于K1,和大部分K2小支系明显一个在西,一个在东。
P的分化与K衔接的很近,我估计,在出现大的环境变迁之前,整个史前部族的迁徙都不会太过强烈。而一旦一次剧烈的变迁出现,可能伴随着一次族群的整体的大迁徙,C在南太平洋地区的分化,其实,节奏与K很吻合。
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P的分化与K衔接的很近,我估计,在出现大的环境变迁之前,整个史前部族的迁徙都不会太过强烈。而一旦一次剧烈的变迁出现,可能伴随着一次族群的整体的大迁徙,C在南太平洋地区的分化,其实,节奏与K很吻合。
Yungsiyebu 发表于 2014-6-6 00:56
但是P-P295不一样,这个衔接不近,而且在东南亚的分布虽少,却是广泛的
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
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因此从多样性的角度来看,没有任何理由认为P有东南亚以外的起源
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是以法从心生。名因法立
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因此从多样性的角度来看,没有任何理由认为P有东南亚以外的起源
sahaliyan 发表于 2014-6-6 00:58
P的高加索人种起源看来基本不可能了
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2014-6-6 10:59 编辑

不合乎逻辑,3-4万年前,找不到人群从东南地区向大陆扩散的考古学依据,相反的证据是存在的。

这个问题我同考古界的朋友沟通过多次,自南向北扩张,沿海迁徙路线,最大的硬伤就是丝毫没有考古学依据支持,而当前的考古证据均指向相反的方向。
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本帖最后由 wolfgang 于 2014-6-6 12:52 编辑

17# Yungsiyebu 光谈3-4万年间的考古证据是没有意义的,因为谁也不能保证3-4万年的人类迁徙奠定了今日人类的分子人类学版图。K2的现实分布确是肯定的。R,Q在西伯利亚古尸上的年代都是在2.5万年后,之前发现的是丹尼索瓦人。
我再说一句,西伯利亚古尸所在的墓穴有强烈的大蛇崇拜色彩,而这种大蛇显然是热带和亚热带的水蟒。这意味着P系人群占据南西伯利亚来自于一次从南部热带亚热带的长距离快速的迁徙。
还有,北线的可能性并未被彻底排除,排除的只是NO,P不会走北线,C3,C1,D走北线的可能性依旧存在。
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