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一篇关于此文章的短新闻附带有第一和倒数第四作者的一张照片:

http://news.harvard.edu/gazette/story/2014/10/new-evidence-on-neanderthal-mixing/
The Ust’-Ishim sequence mitochondrial   shares  a  common  ancestor  with  the  sequencesfrom  154  individuals belonging to the R haplogroup (0.88 posterior support).  (Figure S8.1). The Ust’-Ishim individual carries the following substitutions that define the R haplogroup (compared to rCRS sequence) : 73G, 263G, 750G, 1438G, 2706G, 3107d, 4769G, 7028T, 8860G, 11719A, 14766T, 15326G as well as one specific substitution not seen in any presentday population (rCRS pos: 16150). Further, it lacks any of the additional substitutions that  define  subclades  of  haplogroup  R,  suggesting  that  it  is  related  to  the  mtDNA ancestral to present-day haplogroup R.

Haplogroup  R  is  a  large  and  diverse  haplogroup  and  represents  the  most  common macro-haplogroup in West Eurasia. The 6 most common European haplogroups (H, V, J, T, U, K) 7, and half of the most common eastern Eurasian mtDNA haplogroups 8,9 belong to the R haplogroup. Though the phylogeny is not strongly supported, the Ust’-Ishim mtDNAappears to be most closely related to the direct R sub-clades R*(P,B,  F,  T,  J)  which  are  also  found  among  Papuans,  indigenous  Australians, and mainland Eurasians.
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
The Ust’-Ishim  Y  chromosome  sequence  clusters  with  the  K(xLT) haplogroup.  The Ust’-Ishim  sequence  shares all the  mutations  common  to  the  K  macrohaplogroup and has one additional specific mutation rs2033003/M526 which defines the group
K(xLT) (Figure S9.1,  blue part). The Ust’-Ishim Y-chromosome carries no additional mutations belonging to any of the sub-haplogroups of K(xLT); however, there are 6 additional mutations that are not observed in the 23 present-day humans to which we compare. K(xLT)  currently has a 54% frequency in Eurasia (Lippold et al. 2014, bioRxiv doi: 10.1101/001792).
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
We used the Ust’-Ishim radiocarbon date of 45,000 years asa calibration point to estimate the Ychromosome mutation rate.

With  the  strict  clock  model  and  the constant size model, we estimate a mutation rate of 0.76 ×10-9 substitutions per site per year (95% HPD: 0.67-0.86 ×10-9). This estimate is consistent with the mutation rate of 0.82 x 10-9(95% CI: 0.72 - 0.92 ×10-9) estimated in reference 5
which used the first settlement of the Americas as a  calibration  point,  and is  in  the  range  of  the  other  published  estimate 6 of  1.0 × 10−9 mutations/nucleotide/year (95% CI: 3.0×10−10– 2.5×10−9) based on sequencing of a deep-rooting pedigree. The mutation rate is higher than that used by Mendez et al. (2013) 7.
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
According to this paper, K-M9 is ~50k (47k-55k) years old.
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
According to this paper, K-M9 is ~50k (47k-55k) years old.
Ryan 发表于 2014-10-23 08:22
不错,这对K系的年龄是一个很好的校正。我很好奇

Ust’-Ishim的来源是南亚,还是东南亚,根据以往得文献,C,K系于4.5-5万年已经到了东南亚华莱士线以东的地区。

K(xLT)。。。

所以,诸如沿海大迁徙,东南亚起源,这种毫无考古依据的推测,出了一两例古DNA,就不会有人再提了。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
...The Ust’-Ishim Y-chromosome carries no additional mutations belonging to any of the sub-haplogroups of K(xLT); however, there are 6 additional mutations that are not observed in the 23 present-day humans to which we compare.
Ryan 发表于 2014-10-23 08:01
也有可能是K(xLT)某一个现在已经灭绝的支系~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
Yes. It should be marked as K*(xLT).  

It had been mentioned that Ust'-Ishim Man have "6 additional mutations that are not observed in the 23 present-day humans".  So, just as Mal'ta Boy, Ust' Ishim Man's paternal lineage have its own special SNPs, but it vanished in the history.

I consider that his lineage is only one of numerous of K-M9's sublineages. Please notice the time gap:  K-M9 is about 50k years old (or older slightly to 52k years) and Ust' Ishim Man is only one of M9's descendants after 5000 (or 7k years) years.
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
仅仅诞生5000年就到了西伯利亚?这样看来南线迁徙理论确实问题重重,需要重新考虑了
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
我还是老话,就分子人类学这种刚刚研究了皮毛而已的新兴学科,不要听风就是雨,人群迁徙轨迹还是要重点考虑传统手段,有人骨,观察颅骨形态学变化(至少和常染色体特征有很好的吻合性),没有人骨也要看器物证据,一种与人骨特征变化和石器文化变化毫无吻合度可言的理论,几乎可以不用当回事。
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根据该文
Among the non-Africans, the Ust’-Ishim genome shares more derived alleles with present-day people from East Asia than with present-day Europeans (|Z| = 2.1–6.4).
更接近现代东部欧亚的人,而不是现代欧洲人
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
30# sahaliyan 没什么要重新考虑的,出非洲人群到印度后迅速分南北两线迁徙,开始北线人群的发展不逊于南线。但是随着小冰期的到来,北线人群被重创,南线人群取得了优势,现在这个世界的主流单倍群O,N,Q,R都来自于南线。
29# Ryan 嗯,这个K*看起来是从K的根部直接分出来的。看起来K人群在印度有一次大爆发,然后迅速向各处迁徙。
32# sahaliyan 这个其实是意料中的。按照以前的估计,这个北线人群和现代欧洲人群并没有太多的交集。
仅仅诞生5000年就到了西伯利亚?这样看来南线迁徙理论确实问题重重,需要重新考虑了
sahaliyan 发表于 2014-10-23 18:39
美洲人3000年就跑到了火地岛,岂不是更牛逼?
O3a3c* (M134+, M117-)
36# hercules 真有这事?是时间估算是错的还是“跑”这件事有问题?还是那些人真“牛”?
23# Ryan 这似乎说明Ust‘-Ishim和其他K-M526系人群分离较早,K-M526南亚起源的可能性也很大,在K-M526产生不久,正好一个小间冰期,Ust’-Ishim向北发展,而其他k-M526向东南亚发展,但

Ust’-Ishim无法

躲避随后的冰期,最后灭绝。

一、南线,石器文化不支持任何东南亚砾石工业北上的说法。
二、北线,石叶工业的扩散以及在向细石器文化过渡中,一直不存在断层现象。

被冻死是想当然的。事实上,4万年前后,南太平洋地区有没有现代人还是一打问号的问题,比如蒙戈湖人就不是。
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39# Yungsiyebu
血统分析.jpg
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