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O3-M122 SNPs演化树

花了点精力整理了千人组、BIG YFGC、复旦等O3全测数据的SNP,画了O3—M122 SNPs演化树,画完看了看轮廓,基本可以确定O3三大簇扩张模板非常接近。在F11\F46\F5三大簇急速扩张的前夜,都经历了大约等同于爆发至今的时间长度的瓶颈。
即时间长度上:
M117-->F5)    F5-->现在);
F444-->F46  F46-->现在);
002611-->F11  F11-->现在)

在这长达六千年的瓶颈期间的中段,都出现了“严寒夹缝中短暂的春天”,即对应在M133F629CTS2047等节点短暂的二叉扩张。

这么类似的情境,估计不能用巧合进行解释,推测这个可能是比较大的事件才能影响如此,结合Folland教授的一万年来气候曲线图(如下),谨慎的推测可能和气候环境相关。




另外,提到的这O3的主要支系,在15000-4500年期间内,很大可能还都是生活在北中国的,因此才对图中的0-a,b-c区间内的降温都有相似的反应。


根据气象推测如下:

1.13000-9900期间,由于新仙女木事件,人类进入了近万年以来的最低温度点,刚分化不久的M134丧失了大部分的后代,最后只存活下来了F444M117两支; KL1也只剩下002611F964两兄弟。这个也就是对应SNPs演化树中出现的第一个长达50-60 + SNPs的瓶颈期的阶段。

2.9900-8900的时候,即图a.—b,是冰期后约1500年的气温上升期,气候出现短暂的变暖,出现了“严寒夹缝中短暂的春天”。在这难得机会中,002611M117F444都出现了一定程度的扩张,以至于经历下一个瓶颈期后都能保留有一定的二叉分支存在。这一次短暂升温期,002611获得的扩张相对充足,F444次之,M117最弱。推测可能是所居地理环境不同的缘故。002611当时居住环境、物产丰厚程度最优,M117的应该是相对恶劣,F444居中。

3.8900-7000年期间,又进入了气温下降期,对应的是F5F46F11爆发前最后一次瓶颈。这一次瓶颈几乎抵消了上个千年升温期所积累的大部分支系。

4.7000-5000年期间,进入了最暖期,北中国温和湿润,水热条件好于现代,农业大发展,社会剩余产品丰富,贫富分化,特权产生,藉此F5F46F11大簇快速扩张。

5.5000-4000年,降温期,气温继续下降,进一步向凉干方向发展,一些文化遗址出现衰落,由于前面农业文明获得长足的进步,抵抗气温下降的能力提高。各地文化出现了更进一步的交流、冲突、融合和发展,社会也逐步变革。表现为F5F46、F11下的各个支系实现区域上的扩散,迁徙各处。
M122.png
Folland的一万年气候曲线图.png
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参考上面的O3—M122 SNPs演化树,三大簇的年龄和扩张模式是非常相似的,所以Yungsiyebu基于他最近推测的F11万年年龄说及相关推论也是不可靠的。
F444下两支分离的时间是?
我同意早期M117的环境似乎最为恶劣,因此瓶颈最为严重,不过另一方面,F5的星状扩散最为猛烈,可见新石器时期的星状扩散模式有微妙的区别,F5最猛烈,F11次之,F46最弱
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
F444下两支分离的时间是?
我同意早期M117的环境似乎最为恶劣,因此瓶颈最为严重,不过另一方面,F5的星状扩散最为猛烈,可见新石器时期的星状扩散模式有微妙的区别,F5最猛烈,F11次之,F46最弱
sahaliyan 发表于 2015-2-9 13:11

F444分化为F629和F3451的时间我计算大概是9.7kya左右。

同意萨哈,F5应该是在新石器末期开始爆发,可能是几路出击进军东部,期待更多新时期中后期云南四川陕甘遗骨数据~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
F3563是山东汉族样本,而东北汉族多数是山东人后代,山东汉族好多是明代从山西大槐树搬过去的,这在单倍群上有证据吗?山西大槐树汉族的单倍群信息有吗?
F444分化为F629和F3451的时间我计算大概是9.7kya左右。
风虎云龙 发表于 2015-2-9 13:16
M133和F5的分离时间以及002611下早期二叉的分离时间呢?
总体而言,作为M122下的单倍群,早期的生存环境应该是近似的(有区别,但是近似),应该都是在中国北部这个范围之内,不过日韩的M188的分化原理以及M7的分化过程尚需观察
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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yfull的private snp如果确实列不全,那意义就不大。

17 y-str推算的F11,F44和M1706,前二者大约在5000-5500,后者在4000-4500。各主要分支TMRCA大约在其后1000-2000年。也就说,F11和F46大约在5,500至4,500之间完成生物学意义上的最初爆发,大约相当于龙山文化中早期至青铜文化中早期;M1706在4,500至3,000完成生物学意义上的最初爆发,大约相当于龙山文化结束前夕到青铜晚期时代。

如果三者年代要更远,前二者在6,000-7,000,也即在仰韶文化时期中早期开始扩张;后者5,500,大约在龙山文化时期开始扩张。这个估算年代最大的问题是,各自的始祖哪怕在末次盛冰期结束之后,尚处于细石器文化狩猎阶段仍然可以出现小规模生物学意义的扩张,反倒在全新世大暖季到来、农业文化发展的数千年间,出现了难以想象的瓶颈期。

分子钟在判断1000年上下浮动区间,精度有限,汉藏分离仍然是判断M1706 TMRCA的重要标尺。y-snp在确定下游类型后,以Y-str在判断5000年以内共祖的估算上,还是比较把握的。


汉藏的M1706的亚型,是在M1706分离后不久就一分为二,还是仍然彼此交错,是最重要的核心问题。
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花了点精力整理了千人组、BIG Y、FGC、复旦等O3全测数据的SNP,画了O3—M122 SNPs演化树,画完看了看轮廓,基本可以确定O3三大簇扩张模板非常接近。在F11\F46\F5三大簇急速扩张的前夜,都经历了大约等同于爆发至今的 ...
风虎云龙 发表于 2015-2-9 12:50
这里有一个最大的问题是,考古证据较为清晰的是,在农业文化诞生之前,北方地区以细石器文化为特征,而全新世大升温不单没有让细石器文化出现大繁荣,而因为荒漠草原地带的萎缩,让细石器文化开始衰落,甚至直接出现过断层。如果O3个主要直系的先祖此时在北方,是细石器文化猎人,不单没有出现瓶颈期,甚至出现了短暂扩张?

而华北新石器文化,农业文化一出现就以极为发达的面貌出现,人口快速膨胀,如果O3各支系处于这个发的农业文明区,为什么反倒在期经历了长达数千年的瓶颈期呢?

这个问题,我之前讨论过:我对华北旧石器-新石器文化接替时代的一些初步认识和推测

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=19796&highlight=%BC%D6%BA%FE%2B%CF%B8%CA%AF%C6%F7
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2.9900-8900的时候,即图a.—b,是冰期后约1500年的气温上升期,气候出现短暂的变暖,出现了“严寒夹缝中短暂的春天”。在这难得机会中,002611M117F444都出现了一定程度的扩张,以至于经历下一个瓶颈期后都能保留有一定的二叉分支存在。这一次短暂升温期,002611获得的扩张相对充足,F444次之,M117最弱。推测可能是所居地理环境不同的缘故。002611当时居住环境、物产丰厚程度最优,M117的应该是相对恶劣,F444居中。

这个是最大的问题,如果O3在旧石器晚期处于华北地区,与北方细石器文化相关,此次快速大升温不单没有让新石器文化开始扩张,然而,因为草原地貌大范围萎缩,细石器文化出现严重回撤的迹象。而农业文化只是极少的零星可见,绝大多数区域尚处于一种近于文化断层的状态,灵井的情况最为典型。

如果此期O3的主要支系处于黄河中下游区域,事实上,是处于一种近于无人区的状态,怎么可能出现大扩张呢?

所以,最可能的情况是这个年代高估的大约1000-2000年,也就是这次短暂扩张在7000-8000年间,此期才是华北农业文化高速扩张的年代。

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=12352&highlight=%C1%E9%BE%AE



河南灵井细石器文化遗址,是目前已知的在中国临海或者近海地区细石器文化延伸的最南端。那么,河南灵井这个中原腹地在新石器伊始发生了怎样的一个故事呢?是否如恐龙网传说的那样,发生了一段离奇的“抢女人”的史前大戏?

灵井遗址在地层中,发育一稳定的钙板层,约0.55米的粉砂层,质地纯净,不含任何文化遗物,是新、旧石器之间的间隔层,即下层是细石器的猎人文化时期,而上层是新石器的农业文化时代。在这一时期有着2000年左右的考古断层无法填补,暗示“两种截然不同的经济形态所代表的文化类型,在中原地区没有相遇,或者说没有就地改变和转化,进而合二为一,究其原因,是气候这项在环境内最具重要因素的变化而使然”。

于是可想象的场景是:

“大概与猎人文化北迁的同时,华南的早期新石器循着旧石器时代南方主工业砾石文化向北推进的路线,向北扩展,经洞庭湖地区、长江流域、江淮地区、进而扩展到中原腹地,之后北进东扩西传,在河南、河北、山东、陕西、山西南部这一广褒地区,或直接发展成本地早期新石器文化,或同当地大约同期形成的早期新石器文化汇合,发展成今天看到的具有各自特点的早期新石器文化的面貌,农业经济也以往日从未有过的速度在沃土上迅猛发展。

以细石器为代表的晚期旧石器文化从华北平原消退以后,在北方荒漠草原和东北得益于优质燧石和黑曜石石料,得到空前发展。西拉木伦河流域、河套地区、呼伦贝尔草原、松嫩平原等发现大量细石器遗存。细石器和陶片、磨制石器等共存,是这一辽阔地区新石器文化的主要特色。在细石器中,凹底石镞等新工具增多,大石核、长石叶等类型达到空前的高质量。同时,细石器同农业工具混合使用,互为补充,使之成为亦农亦猎的经济形态,这种模式可能影响到俄罗斯东部、朝鲜半岛和日本。

在华北地许多地方新石器遗址中,打制石器仍相当多,有些发展成相当大的规模,打制、磨制相结合,创造诸多定型的农业生产工具,细石器也并因此而未全部消失,在黄河流域新石器时代的裴李岗、仰韶、龙山文化及青铜时代遗址中仍有细石器的残余,但已是风光不在了”。

内容摘自:从灵井遗址看中原地区新、旧石器文化过渡
http://www.lunwenda.com/wenhua200804/68765-2/





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yy无止境~
9900-8900这段升温期,北中国现在发现的文化遗址也不少了,比如磁山文化,根据最新的测年数据磁山文化距今约10300-8700年,正好落在这个阶段,磁石文化有着确切的粟种植,原始农业也有一定的发展。但是在8700年这个节点上这群人突然消失了,正好印证第二次大降温的冰点开始。
9900-8900这段升温期,北中国现在发现的文化遗址也不少了,比如磁山文化,根据最新的测年数据磁山文化距今约10300-8700年,正好落在这个阶段,磁石文化有着确切的粟种植,原始农业也有一定的发展。但是在8700年这个节 ...
风虎云龙 发表于 2015-2-9 14:54
即使这种零星出现萌芽期农业文化假定与O3几个主要直系相关,还是无法解释在8000-5000年前农业文化最发达的阶段,M1706等始祖经历了漫长的瓶颈期。
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较为合理的推测,存在两种可能性:


1)年代被低估1000年,大体sahaliyan所述,F11和F46诞生于7000-8000年前,也即仰韶文化等大爆发,农业文化空前繁荣的年代,F5略晚,6,500,但也在新石器时代早期,可能与某些略微晚起的不甚发达农业文化相关。总之,三个簇都与农业文化空前繁荣的新石器时代早期文化兴起相关。

2)年代被高估1000年,如17 Y-str估算的年代,F11和F46诞生于5,500-5,000年前,也即仰韶文化没落,龙山文化扩张的年代,二者不是因为在仰韶期经历瓶颈期,而是因为文化更迭,被大范围替换,二者在龙山文化时期开始重新扩张;F5诞生于4,500前后,其后1000年间,也即铜石并用到青铜时代开始经历最强烈的扩张,而在新石器时代则经历了漫长的瓶颈期,演化轨迹与欧洲的U106等相似。
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F5的年龄在复旦首次测试的时候因为缺少CTS1642的数据而被低估了,CTS1642这个盘踞印度东北、孟加拉、缅甸、泰国、越南、两广的F5下的庞大支系的,对比阿尔法1到4,要拉高F5下游近10+个SNP。
风虎兄辛苦,只是正如你所说,YFULL是极其不全的,要完整反映这些O3的全景恐怕还有距离
是不是说明F5这个点开始突变的时候汉藏还未分离?
F5的年龄在复旦首次测试的时候因为缺少CTS1642的数据而被低估了,CTS1642这个盘踞印度东北、孟加拉、缅甸、泰国、越南、两广的F5下的庞大支系的,对比阿尔法1到4,要拉高F5下游近20+个SNP。
风虎云龙 发表于 2015-2-9 15:29
CTS1642的数据如果全的话,可以估算一个,17 y-str估算的值TMRCA大约在2,500-2,600,但用的样本只有傣族越南样本。
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F5的年龄在复旦首次测试的时候因为缺少CTS1642的数据而被低估了,CTS1642这个盘踞印度东北、孟加拉、缅甸、泰国、越南、两广的F5下的庞大支系的,对比阿尔法1到4,要拉高F5下游近20+个SNP。
风虎云龙 发表于 2015-2-9 15:29
Y7080不止是两广。在这组数据里也有不小的比例

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=28466&page=1#pid414570

还有,你有时间可以问问Gareth他们熟不熟悉HGDP里那些SNPs,那棵树上CTS7634和CTS1642先聚为一簇有无可靠依据和出处
Y7080不止是两广。在这组数据里也有不小的比例

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=28466&page=1#pid414570

还有,你有时间可以问问Gareth他们熟不熟悉HGDP里那些SNPs,那棵树上CTS7634和CTS1642先聚 ...
snelheid 发表于 2015-2-9 15:45
HGDP的数据首先是测的少,勉强能够分型(比如是M117还是C3),其次是质量差,覆盖度低。寄希望于以后的重测数据吧。
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