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对吉大的古代DNA结果还是要慎重看待,吉大的古DNA结果很多都非常奇怪,难以解释,在更有资质的古DNA测试单位(如马普所)测试之前,我是不会采纳吉大的结果的
sahaliyan 发表于 2015-2-10 23:07
记得小永从str角度质疑过几次,STR我没有研究过,不好评论。但从SNP角度,我没看出来有什么奇怪的。萨兄觉得还有那些奇怪的?
我看过李红杰的论文,在研究方法上还是比较严谨的。国外的好多古DNA是要在两个独立实验室分别测的,吉大这点没有做到。
"父子传递的代数跟拷贝的次数是怎么联系在一起的",我想听听你的解释?
风虎云龙 发表于 2015-2-11 10:17
父子传递的代数,拷贝的次数,Y染色体产生的新SNP数三者之间绝对不是等同或者简单线性的关系,这方面应该让本坛的专业人士来介绍。
父子传递的代数,拷贝的次数,Y染色体产生的新SNP数三者之间绝对不是等同或者简单线性的关系,这方面应该让本坛的专业人士来介绍。
张三 发表于 2015-2-11 12:47
父子传递的代数,拷贝的次数,Y染色体产生的新SNP数三者之间的关系,你是没有答案呢,还是有了答案在等专业人士来说呢?
父子传递的代数,拷贝的次数,Y染色体产生的新SNP数三者之间的关系,你是没有答案呢,还是有了答案在等专业人士来说呢?
风虎云龙 发表于 2015-2-11 12:51
你是关注问题本身还是关注我个人对此问题有没有答案?
因为听你说“父子传递的代数,拷贝的次数,Y染色体产生的新SNP数三者之间绝对不是等同或者简单线性的关系,”,觉得你个人对此问题好像是有答案的?所为我想听听你对这个问题的答案。
fjnj磁山文化的年代,以前的数据都是不超过8000年的。
氐羌人后裔 发表于 2015-2-10 22:32
关于磁山测年的最新数据如下:
磁山1.png
磁山2.png
磁山3.png
可见磁山文化距今约10300-7600年。
同样测序长度下,不同支系间多十几个SNP是很正常的(你要不好理解SNP产生的原理,就可以想象成父子相传的代数,父子相传的代数多,自然产生SNP的数量就比父子相传代数少的支系多,数千年积累下来也不少了)。

实际 ...
风虎云龙 发表于 2015-2-9 17:31
不知体细胞正常复制分裂的时候是否产生Y-SNP?还是只有在减数分裂生成精子的过程中才产生Y-SNP(或在生成精子过程产生Y-SNP几率远大于正常分裂)?

如果是前一种情况的话,SNP产生速率应该和传宗接代的频率无关啊。因为SNP是时时积累的,不是在生成精子并受孕过程中累积的。如果一个男人在40岁才生育,体内已经比20岁时积累起了更多SNP。
不知体细胞正常复制分裂的时候是否产生Y-SNP?还是只有在减数分裂生成精子的过程中才产生Y-SNP(或在生成精子过程产生Y-SNP几率远大于正常分裂)?

如果是前一种情况的话,SNP产生速率应该和传宗接代的频率无 ...
Tocharian_2 发表于 2015-2-11 15:34
DNA中单碱基变异的发生具有随机性。这种变异可以是缺失、置换、插入和转换。并且,单碱基变异通常发生在DNA复制中,即DNA复制过程中会发生双链边解旋边复制中。单碱基变异的发生会对整条链产生影响,一个嘌呤或嘧啶的改变就会使遗传物质编码出不同的氨基酸。
单碱基变异可能会在DNA复制过程中自发形成,也会在有诱变剂时增加突变率。诱变剂可以是物理因子,例如紫外线、X射线,也可以是化学因子,如具有自由氧基的活性分子。与癌症相关的诱变剂通常用于癌症防治的学习和研究。
促使单碱基变异的发生因素有很多。首先,紫外线和高频率电子射线能够促使分子发生电离,从而影响DNA发生单碱基变异。其次,细胞代谢副产物——具有自由基的活性氧分子也会对DNA造成很大的影响,这些反应会使单链DNA和双链DNA被打断。最后,DNA的深度结合物在DNA降解同样会促使单碱基变异。同样,DNA复制过程中的错误也会导致碱基的插入、缺失、置换、转换。
过去,人们认为单碱基变异的发生是随机性的、对生物体没有意义。最近的研究发现,这些变异的发生通常是对环境作出的反应。这也就是说,生物体的单碱基变异倾向于是生物体能更好的适应周围的环境,相对那些对生物体不利的变异而言,有利的变异发生的概率要大的多。
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匈奴测出M3还不是笑柄?同样的Y-STR,却测成不同的单倍群不是奇怪?夏家店上层的所谓N,Y-STR却接近O2b,难道不奇怪?这可不是什么小勇质疑的问题,而是许多人质疑了。吉大的那些所谓N到底是不是N还两说呢,把各种不 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-11 12:40
那是复旦做的,不是吉大。

17 y-str匹配美洲M3样本,没有测snp,是推测。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
53# 氐羌人后裔 细石器文化的北迁以N为主是我先估计的,小永以前的观点还是以为那是O3,不知什么时候变得。西南的CTS1642,我觉得还是和卡诺文化有关,也就是和皇帝长子昌义所居的若水有关。马家窑更可能对应着N和D,O3a*的南下。
53# 氐羌人后裔 细石器文化的北迁以N为主是我先估计的,
wolfgang 发表于 2015-2-11 18:11
请帖原话。
小永以前的观点还是以为那是O3



红山文化不是细石器文化,尽管包含少量细石器文化因素,也存在O。我现在依然认为M134与北方某些细石器文化相关,不是以前认为,而是随着M117和F444的深入研究,我更坚信M134与北方细石器文化相关,是北方猎人,而不是新石器时代之初自南方迁徙而来的魔石时期农夫。
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标题

支系之间在5000年内能积累多个多少个新的SNP呢?
我们来推算一下,现在认为差不多每四代人就会产生一个新的SNP突变(10Mbp长度下的全测,薛阿姨做的全测是13代人积累3个SNP)。
SNP突变产生的实质不就是基于 ...
风虎云龙 发表于 2015-2-10 14:07
恰恰相反,由于精母细胞分裂迅速,主要突变都是在精子生成过程中积累的。因此,青春期性成熟后至生育期间时间越长,突变越多。假如平均20岁传一代,那么他们只有四分之一时间处于性成熟期。若平均30岁传一代,那么就有一半时间处于成熟期。很明显,后者累积的突变多。实际上做父亲年龄越大,为了替补由于各种原因损失的干细胞,这些精母细胞会加速分裂,突变自然加速上升。
O3a3c* (M134+, M117-)
匈奴测出M3还不是笑柄?同样的Y-STR,却测成不同的单倍群不是奇怪?夏家店上层的所谓N,Y-STR却接近O2b,难道不奇怪?这可不是什么小勇质疑的问题,而是许多人质疑了。吉大的那些所谓N到底是不是N还两说呢,把各种不 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-11 12:40
不同单倍群下测出同样STR的可能性是存在的,这方面也发表过文章。或者说,他们测得STR有问题也并非不可能。SNP除非人为造假,我觉得出错的概率不大,相反古DNA STR出错的概率较大。而吉大人为造假的可能性,我觉得也不大。
就我了解的检测技术而言,直接测错snp的可能性不高,通常都是PCR老技术做很小的一段基因片段,只是存在降解掉的可能性,错误的可能性不高,排错编号,混淆样本可就不好说了,博士论文,文章中明确说是P201+,突变中却标为T,没有突变。
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53# 氐羌人后裔 细石器文化的北迁以N为主是我先估计的,小永以前的观点还是以为那是O3,不知什么时候变得。西南的CTS1642,我觉得还是和卡诺文化有关,也就是和皇帝长子昌义所居的若水有关。马家窑更可能对应着N和D ...
wolfgang 发表于 2015-2-11 18:11
细石器文化的北迁以N为主我也没说是小永先估计的。小永提到的那篇考古学的文 章,好多年前我也看过。我是因为最近看了李红杰那篇古DNA,又看到小永转载的文章,所以感觉N和细石器文化非常有对应关系。至于你们俩对这个以前有什么观点,我没有任何印象。至于西南的CTS1642和所谓卡若文化的关系,我只能说卡若是CTS1642的可能性很大,但卡若文化影响有限,主要在西藏东部地区,考古学上没有证据影响到影响到云南、缅甸、东南亚等。所以CTS1642是不能喝卡若划等号的。相反,藏彝走廊的文化整体上却强烈收到马家窑-马厂-半山系统的影响,即使卡若文化也有强烈的马家窑文化的影子,所以我才建立这样的对应关系。既然要说对应,自然不但要看内涵,还要看外延。当然,我以为马家窑文化的成分绝不仅仅是CTS1642。因为哈密的天山北路文化强烈受到河西走廊的四坝文化的影响,而四坝文化又和马家窑文化有着非常密切的关系。所以,可以预料,马家窑文化应该由很高比例的N以及部分的C*等。
就我了解的检测技术而言,直接测错snp的可能性不高,通常都是PCR老技术做很小的一段基因片段,只是存在降解掉的可能性,错误的可能性不高,排错编号,混淆样本可就不好说了,博士论文,文章中明确说是P201+,突变中却 ...
Yungsiyebu 发表于 2015-2-11 22:27
李红杰的那篇文章,我记得明显的好几处地方都是测试的突变结果和识别的单倍群不严格对应,描述不准确。
要看是几个位点,以及是什么水平下的Y-SNP
我不相信吉大,原因我就不多说了
sahaliyan 发表于 2015-2-11 22:21
所以,这个事情,要说有问题,就得具体问题具体分析。萨兄如果掌握别的证据不便发表那这个事情就不适合在论坛上讨论。但至少从我读那篇文章的情况看,我是无法得出测试结果不正确的结论的。
如果孟加拉的千人组M1706+样本在印度藏缅族群中具有较为普遍的意义(尽管只有两个样本,但显然没有很近的亲缘关系),几乎可以肯定印度藏缅和东亚族群M117的分离年代不是在新石器时代,而是青铜时代甚至之后的事情,明显处于彼此交错的状态,除非M1706既不是17 y-str估算的4,000-4,500,也不是5,000-5,500,而是深度高于6,000-7,000年前。
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值得注意的是,印度东北诸汉藏语言没有N,而在藏彝走廊有些民族是颇有一些N的,说明他们南下的年代,其居住地并没有很多N。但是印度东北有少量F444,说明F444与M117虽然起源不同,但是早期居住地应该是接壤的,双方肯 ...
sahaliyan 发表于 2015-2-11 23:14
比较少而已,处于中印交界地区的珞巴族不是没有N,而是目前东亚地区N1*比例最高的族群。
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