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Ancient DNA Tool

http://www.y-str.org/p/ancient-dna.html
Here is the link to an Ancient DNA calculator that will compare 23andme or ftdna whole genome files to ancient genomes.  I am wondering what is the normal range of percentage for chinese against Ust-Ishim and LBK genomes.
这个也需要翻墙?过不去,goagent不灵后,好久没翻墙了。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
2# Yungsiyebu Genetic Genealogy Tools_ Ancient DNA.pdf (153.81 KB)
本帖最后由 cpan0256 于 2015-4-13 12:40 编辑

我用 GEDMatch.com->Analyze Your Data->'One to one' compare 比较常染色体,记下了相同片段的总长度(CentiMorgan)。

说明:
1. 每个结果并不真代表 Identical By Descent。一是因为23andMe和类似的测量所测的点是隔开一定距离的,即使一个样本的数据里相邻的两点都和另一个样本的相符合,这两点间那些没测的点里仍可能有不符合的。二是因为当一对常染色体等位的点上核酸不一样(杂合)时,现在对单人的测量分不出哪个核酸是在哪条染色体上,在两个样本相应的位点都是杂合的情况下,算作符合的有可能实际上不符合。

2. 把这些结果摆在一起看,应该与某种更严格或准确的比较方法的结果大致正相关。

3. 有的古人样本数据并不全,在23andMe或类似的测量的一部分点上没结果。从 GEDMatch.com->Analyze Your Data->Archaic DNA matches 开始,每次输入一个古人或今人的 Kit Number 后看图,很快可以注意到,下列几个古人数据相对全:LBK,Stuttgart, 7ky; Loschbour,Lux., 8ky;Clovis, Montana, 12.5ky;BR2, Hungary, 3.2ky;Ust-Ishim, Siberia, 45ky;NE1, Hungary, 7.2ky。因此,和这些相比的结果可以列在一起相互比较。

4. 比较了四个今人(东亚、波兰、英国、瑞典各一)和上面列的六个古人与下列样本的逐一匹配结果:Ust-Ishim、K14、Malta、Loschbour、LBK、Motala-12、LaBrana、Hungary KO1、NE1、BR2、IR1、Karelian EHG Oleniy Ostrov I0061、Yamnaya Sok River I0443、Hinxton-4、Palaeo-Eskimo、Clovis。

5. 匹配参数:
Minimum threshold size to be included in total = 100 SNPs
Minimum segment cM to be included in total = 1.0 cM
加其它预设(缺省)值。

例子:
与Ust-Ishim的匹配结果的比较:
Ust-Ishim.jpg
2015-4-13 09:55


与K14的匹配结果的比较:
K14.jpg
2015-4-13 10:03


与Mal'ta的匹配结果的比较:
Malta.jpg
2015-4-13 10:03


与LBK的匹配结果的比较:
LBK.JPG
2015-4-13 09:55


结果:
total_length_of_shared_segments_with100SNPand1cMorMore.xls (22 KB)
1

评分次数

本帖最后由 cpan0256 于 2015-4-13 13:50 编辑

从 gedmatch.com -> Admixture(heritage) -> Eurogenes; Admixture Proportions (With link to Oracle)  -> Eurogenes_ANE K7 得到的一些结果。

ANE_K7.jpg
2015-4-13 12:42

注:
ANE: Ancient North Eurasian
ASE: Ancestral South Eurasian
WHG-UHG: Western European/Unknown Hunter-Gatherer
ENF: Early Neolithic Farmer

Kit Number:
Karelia EHG Oleniy Ostrov I0061:M652848
Yamnaya I0231:M951285
Yamnaya Sok River I0443:M020637

ANE_K7.xls (16 KB)
这个对比和分析非常有意思,狂赞!
cpan0256 有20.37%的Ancestral South Eurasian。欧洲的古代和现代样本都有不少Western European/Unknown Hunter-Gatherer的比例,但马尔他男孩的Ancient North Eurasian比例高。
本帖最后由 三维全息艺术 于 2016-9-22 17:09 编辑

经过一年多时间,本人的数据也可以和古DNA做对比了。East Asian (三维全息艺术)
Screenshot_ANE_K7.png
2016-9-22 11:21

Screenshot-1.png
2016-9-22 17:09
1

评分次数

7# 三维全息艺术 大神不是说这个不准吗?估计区分度太小
ANE.jpg
7# 三维全息艺术 ang王博士说无意义
QQ图片20160923185532.png
默默地关注!
4# cpan0256
从你这个结果看,4.5万年前的Ust-Isim人(Y-K*,mt-R*)常染已经开始表现出向东欧亚进化和发展的趋势。
NRY: O2a1c1a1a1a1a1a1-002611,F11,F17,F856,F1495(源自粤西云浮)
mtDNA:B4d1(源自浙北慈溪)
百越人的人类学文集 http://blog.sina.com.cn/baiyueren
继续更新已经公开的网友数据:
ANE_K7.png
2016-10-10 22:32
继续更新已经公开的网友数据:48990
三维全息艺术 发表于 2016-10-10 22:32
请问这些古人的数据是你转发的? 还是自己计算的?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
7# 三维全息艺术 ang王博士说无意义
safin1987 发表于 2016-9-23 18:58
不知道传超博士是不是这么说过或者是表达理解的偏差? 我的看法是,我们不能滥用Eurogenes_ANE K7,因为这种admixture分析比较适合新石器之后的人类,对类似马儿他Mal'ta这样的古人类是不太适合的,更遑论对Ust-ishim这样的的古人类了(主要是因为ANE K7里面含有新石器时期的成分,以今推古显然会带来不可预知的偏差)。计算古人类与后人以及今人的关系,目前来看还是逐一比对然后再进行PCA或MDS方法换算比较明了,当然,也可以直接查阅其之间的欧氏距离数据~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
比如Eurogenes_ANE K7包括ENF这种新石器成分(当然ENF人群多少都与马儿他或乌斯既辛古人有直接或非直接的继承关系),于是运算结果会因为马儿他或乌斯既辛古人都‘带有’某个曾曾曾孙辈的血统,其位置会偏向这个曾曾曾孙,从而会造成一种乌斯既辛古人更接近现代西欧亚的假象,这显然是不准确的。公平的做法,或者加入与ENF相当的E. Asian成分一起运算。当然,最直接的做法,还是我上面说的,逐一比对然后再进行PCA或MDS方法换算。
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
13# imvivi001 王博士的原话是:"这个对东亚样本是不适用的,他主要是排除西欧其他古人、南亚和东南亚土著ASE之后看西欧亚人群中的ANE成分(也就是贝加尔湖旁的MA1男孩的成分),因为西欧亚人群不会有南亚、东南亚土著的成分,东亚人群也没有南亚、东南亚土著成分,但如果在这个panel下和西欧古人、2万多年前的MA1相比的话就会显示出和南亚、东南亚土著ASE有大比例混合,但这不是真实的信号,而是由于所选择的比较参考数据造成的。
Ancestral South Eurasian (ASE): this is a really basal cluster that peaks in tribal groups of Southeast Asia. It's probably very similar in some ways to the Ancestral South Indian (ASI) component described by Reich et al. a few years ago."
主要是针对用这个panel对东欧亚人测试有偏差的问题说明.
本帖最后由 紫蔻 于 2016-10-11 09:09 编辑

14# imvivi001 我觉得你说的问题不能被忽视,但有时候搞清楚因果关系太复杂,先退而其次弄清楚关联也可以的.
11# 三维全息艺术 从表中看我和小黑gg的结果是最接近的
从这个计算器来看,大部分汉族的远古南亚水平落在14-24%之间,古北亚成分在5%以下,东亚成分则在70%-80%之间,这应该就是汉族主要成分吧。
闽民系基因交流群 209955432
M117交流群 O2a2b1a1-M117 7425996
M8母系群 585843910
R父系基因研究交流群 543365293
Y-高通量发布 271838550
郑氏基因交流群 574991236

本帖最后由 笑竹 于 2016-10-11 11:18 编辑

18# william0509 我的
5.PNG
2016-10-11 11:18
Population         
ANE        3.32
ASE        15.86
WHG-UHG        -   
East_Eurasian        79.93
West_African        0.06
East_African        0.25
ENF        0.58
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