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抗氧化酶相关基因NQO1系统发育分析,解析东西方肤质差异的可能原因

本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-29 18:02 编辑

千人基因组数据的CHB(199号-404号)和CEU(1号-198号)数据的分析,用cluster建的树,可以分出H1、H2、H3、H4四个大群。405号是虚拟的一个outgroup,外群。

H2群,以rs1800566等标记,这个snp临床研究较多,发生这个突变后,氧化酶活性降低,进而增加各种相关疾病风险,皮肤易老化。


T  型增加近端结肠癌风险;
T 型胃癌风险;
? T 型降低食管鳞状细胞癌风险;
T 型增加乳腺癌风险,特别对于吸烟者而言;
T 型与普遍癌症相关;
T 型肝癌风险高;
T 型结直肠癌风险高;
T  型新生儿体重低,酶活性降低,杂合子活性降低3倍,纯合子活性为零,氧自由基增加,增加致癌风险;
T 型半衰期是1.2小时,G 型为18小时;
T 型酶活性低;
T 型吸烟者慢性苯中毒的风险高出7倍;

Genetic  polymorphism 609C>T in NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 enhances the risk  of proximal colon cancer.
The NAD(P)H: quinine oxidoreductase 1  (NQO1) gene 609 C>T polymorphism is associated with gastric cancer risk:  evidence from a case-control study and a meta-analysis.
NQO1 rs1800566 C>T polymorphism was  associated with a decreased risk of esophageal cancer in a Chinese  population.
Association of polymorphisms in iNOS and  NQO1 with bladder cancer risk in cigarette smokers.
The NQO1 polymorphism C609T (Pro187Ser)  and cancer susceptibility: a comprehensive meta-analysis.
A functional NQO1 609C>T polymorphism  and risk of hepatocellular carcinoma in a Chinese population.
Association of NQO1 rs1800566  polymorphism and the risk of colorectal cancer: a meta-analysis.
醌氧化还原酶NQO1基因多态性与低出生体重的关系
Rapid polyubiquitination and  proteasomal degradation of a mutant form of NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1.
A potential mechanism underlying the  increased susceptibility of individuals with a polymorphism in  NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1) to benzene toxicity.
Genetic polymorphisms of MPO, NQO1,  GSTP1, UGT1A6 associated with susceptibility of chronic benzene poisoning
Halpogroup#CHROMPOSIDREFALTMarkerFrequence
H11669742769rs12921017TC0EAS_AF=0.3522;EUR_AF=0.1103;
H11669743760rs10517AG0
H11669747626rs7200270GC0
H11669751385rs2965753CT0
H11669752464rs689452CG0
H11669752708rs6499246TC0
H11669752916rs2917676TC0
H11669753412rs2965752TC0
H11669754502rs2917675TC0
H11669754608rs2917674GA0
H11669755057rs2917673AG0
H11669756955rs2917672AC0
H11669759220rs2917669AG0
H11669761563rs689456CT0
H21669741571rs57488237TC1EAS_AF=0.4177;EUR_AF=0.2127
H21669742248rs10048108GC1
H21669745145rs1800566GA1
H21669747841rs147094750CG1
H21669750092rs57964521AC1
H21669751065rs7186002CG1
H21669757828rs1437135AG1
H21669758076rs2196574CT1
H21669758395rs2361839CA1
H21669761661rs689455TG1
H31669742048rs12933210AT1EAS_AF=0.2272;EUR_AF=0.5895;
H31669757681rs1837016CT1
H31669758741rs2917671AT1
H31669758963rs2917670TC1
H41669742336rs56127339TG1EAS_AF=0.001;EUR_AF=0.0835
H41669750117rs45564335GC1
H41669752373rs689453CT1
H41669757005rs143608168TC1
H41669759742rs689461AG1
H41669761733rs689454CT1
BQO1-Cluster small.jpg
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-30 09:55 编辑

我的1.3x全基因组数据,分型结果是一条链属于H1群,这个群,基因频度为:EAS_AF=0.3522; EUR_AF=0.1103,东方人偏高;另一条链属于H2群,也就是氧化酶活性降低的群,EAS_AF=0.4177; EUR_AF=0.2127,这个群,千人基因组样本EAS东亚组的基因频度很高,小一半,Hapmap的CHB北京组高过50%,西方人则只有20%上下。不知道是否意味着东方人的皮肤更容易受到氧化伤害?
犹他州白人以H3群为主,基因频度近60%,另外,H4群基本上只有白人。
注释:CHB北京组,EUR为美国白人。AF代表基因频度。

抗氧化能力弱的H2群(Rs1800566-A,图红色)在Hapmap的汉族样本中,基因频度50%上下浮动,日本要低不少,34-39%。西方人更低,只有20%上下的基因频度。
rs1800566 1.jpg
rs1800566 2.jpg
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-30 17:11 编辑

其他几位参与1.3x全基因组测序朋友的分型:

1号:跟我一样,两条链一条属于H1群,一条属于抗氧化能力较弱的H2群。2号:同上,也是分别属于H1和H2两个最常见的大群。3号样本,其中一个属于H2群,另一个H*,不属于H1,H2,H3,H4。4号样本,两条链均属于H2群。

我母亲的结果是,一条链为H2群,另一条链为H3群,这个群CEU组接近60%是西方人最大的群,东方人也有20%+的基因频度。我父亲是一条链为H1,一条链为H2。这样,我的H2应当来自母亲,H1来自父亲。


H2群在千人基因组这个位点的基因频度,注意,Rsid跟文献常用的不同,以物理位置为准。
6975412-1.jpg
6975412-2.jpg
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-30 18:04 编辑

测过23andme的朋友可以检索如下位点,我使用的老芯片,四个群的Marker还真都覆盖上了一些。可以分型。

Halpogroup#CHROMPOSIDREFALTMarkerFrequence
H11669759220rs2917669AG0

H11669752464rs689452CG0
H11669747626rs7200270GC0

H41669761733rs689454CT
H41669752373rs689453CT1


H31669758963rs2917670TC1


H21669761661rs689455TG1

H21669757828rs1437135AG1

H21669745145rs1800566GA1


中华8芯片覆盖到的点:
  
  

Halpogroup

  
  

#CHROM

  
  

POS

  
  

ID

  
  

REF

  
  

ALT

  
  

Marker

  
  

Frequence

  
  

H1

  
  

16

  
  

69743760

  
  

rs10517

  
  

A

  
  

G

  
  

0

  
  

H1

  
  

16

  
  

69759220

  
  

rs2917669

  
  

A

  
  

G

  
  

0

  

  

H2

  
  

16

  
  

69745145

  
  

rs1800566

  
  

G

  
  

A

  
  

1

  
  

H2

  
  

16

  
  

69757828

  
  

rs1437135

  
  

A

  
  

G

  
  

1

  


  

H3

  
  

16

  
  

69758963

  
  

rs2917670

  
  

T

  
  

C

  
  

1

  


  

H4

  
  

16

  
  

69752373

  
  

rs689453

  
  

C

  
  

T

  
  

1

  
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本帖最后由 cpan0256 于 2016-1-31 23:55 编辑

下面是我的 23andMe v3 的结果:

rsid                染色体       位置            genotype

rs10517           16      69743760        AA
rs689452         16      69752464        CC
rs2917669       16      69759220        AA

rs1800566      16      69745145        GG
rs1437135      16      69757828        AA
rs689455        16      69761661        TT

rs2917670      16      69758963        TT

rs689453        16      69752373        CC
rs689454        16      69761733        CC
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-1-31 23:47 编辑

楼上兄弟,注意H1群是相对ref没有突变,因此,你的两条链应当都属于H1,避开了H2群,抗氧化能力强,基因不错。多数人都至少携带一个H2。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@基因人王冰 QQ群:387100816。
谢谢6楼指出我在5楼开始把该算做H1的数据搞错了。改了。
咨询如何判定 H1群的相对ref没有突变 代表抗氧化能力强。即如何判定AA  CC AA 是抗氧化能力强的基因型?非常感谢
咨询如何判定 H1群的相对ref没有突变 代表抗氧化能力强。即如何判定AA  CC AA 是抗氧化能力强的基因型?非常感谢
小豆77 发表于 2017-4-12 13:40
生物学表型信息,请检索ncbi数据库的rs1800566位点信息,请注意,相关医学研究均处于科研水平,谨慎对待结果。
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大神能给一下联系方式么 ,我还是看不太懂,rs1800566位点信息我只能看出来,亚洲(北京人)T的频率为50%左右,亚洲(日本人)T的频率为30%左右,依此类推,我根本就看不来到底是T还是C代表抗氧化能力强?

23魔方做的基因检测结果准确么,他们针对那么多SNP位点是做关联分析么?究竟他们是怎样判断一个基因型和某种性状关系问题,大神有了解么,最近刚开始做这方面的东西,问题太多了,大神能解析不胜感激。
还有就是rs1800566位点不是C T突变么,为什么中华8芯片覆盖到的点是G A
rs10517 同样NCBI中查到是C T 突变,为什么中华8芯片覆盖到的点是A G ?
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