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Ancient DNA from Himalayan Arc

本帖最后由 Ryan 于 2016-7-6 02:00 编辑

doi: 10.1073/pnas.1520844113 open access

Long-term genetic stability and a high-altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc
Choongwon Jeonga,

Abstract

The high-altitude transverse valleys [>3,000 m above sea level (masl)] of the Himalayan arc from Arunachal Pradesh to Ladahk were among the last habitable places permanently colonized by prehistoric humans due to the challenges of resource scarcity, cold stress, and hypoxia. The modern populations of these valleys, who share cultural and linguistic affinities with peoples found today on the Tibetan plateau, are commonly assumed to be the descendants of the earliest inhabitants of the Himalayan arc. However, this assumption has been challenged by archaeological and osteological evidence suggesting that these valleys may have been originally populated from areas other than the Tibetan plateau, including those at low elevation. To investigate the peopling and early population history of this dynamic high-altitude contact zone, we sequenced the genomes (0.04×–7.25×, mean 2.16×) and mitochondrial genomes (20.8×–1,311.0×, mean 482.1×) of eight individuals dating to three periods with distinct material culture in the Annapurna Conservation Area (ACA) of Nepal, spanning 3,150–1,250 y before present (yBP). We demonstrate that the region is characterized by long-term stability of the population genetic make-up despite marked changes in material culture. The ancient genomes, uniparental haplotypes, and high-altitude adaptive alleles suggest a high-altitude East Asian origin for prehistoric Himalayan populations.




http://www.pnas.org/content/113/27/7485.abstract

This is the first ancient DNA from East Asia and interestingly, the Y haplogroups are M117 and D.
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评分次数

第二例肯定的古代m117样本,和第一例古代D样本。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-6-21 09:03 编辑

额,这个好啊,是二代测序数据,7x覆盖率,理论上可以分下游。数据是否公开下载,大家关注一下。
Long-term genetic stability and a high altitude East Asian origin for the peoples of the high valleys of the Himalayan arc

CHOONGWON JEONG1, ANDREW T. OZGA2, DAVID WITONSKY1, HELENA MALMSTROM3, MATTIAS JAKOBSSON3, CECIL M. LEWIS2, MARK ALDENDERFER4, ANNA DI. RIENZO1 and CHRISTINA WARINNER2.
1Department of Human Genetics, University of Chicago, 2Department of Anthropology, University of Oklahoma, 3Department of Evolutionary Biology, University of Uppsala, 4Department of Anthropology, University of California, Merced

April 16, 2016 11:15, A 602  

The high altitude transverse valleys (> 3000 masl) of the Himalayan arc from Arunachal Pradesh to Ladahk were among the last habitable places permanently colonized by prehistoric humans due to the challenges of hypoxia, cold stress, and resource scarcity. The modern populations of these valleys share cultural and linguistic affinities with peoples found today on the Tibetan plateau, and it is commonly assumed that these modern peoples are the descendants of the earliest inhabitants of these valleys. However, this assumption has been challenged by archaeological and osteological evidence that suggests that these valleys were originally populated from areas other than the Tibetan plateau, some of which are found at low elevation. Importantly, long-term inhabitants of the Tibetan plateau are known to have evolved genetic adaptations to hypoxia, including selection of an EGLN1 allele that is rare in lowlanders. Therefore, migrants into these valleys would have been at a disadvantage relative to pre-existing adapted populations. To investigate the peopling and early population history of this dynamic high altitude contact zone, we obtained low-coverage genome-wide sequences (0.04-0.65x, mean 0.25x) and high coverage mitochondrial sequences (20.8-77.8x, mean 46.4x) from eight individuals dating to three periods with distinct material culture in the Annapurna Conservation Area (ACA) of Nepal, spanning 3150-1250 BP. We demonstrate that the region is characterized by long-term stability of the population genetic make up despite marked changes in cultural remains. Genome-wide markers, mitochondrial haplotypes, and high altitude adaptive alleles suggest a high altitude East Asian origin for prehistoric Himalayan populations.
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
恭喜东亚地区首份古DNA出炉,父系是三例M117,一例D,其他尚未细看,有常染,值得斟酌
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
是以法从心生。名因法立
                      ------------《宗镜录》
样本的父系和年代
样本父系.jpg
样本年代.png
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本帖最后由 Yungsiyebu 于 2016-6-21 11:37 编辑

NCBI上的原始数据还没有发出来,非常期待,看看细分后的结果是什么。

http://www.pnas.org/content/early/2016/06/16/1520844113

Data deposition: Metagenomic DNA sequences have been deposited in the NCBI Short Read Archive (SRA) (project accession no. SRP065070 and sample accession nos. SRR2751055–SRR2751058, SRR2751060–SRR2751063, SRR2751066–SRR2751067, SRR2751070, SRR2751142, SRR2751148, SRR2751152, SRR3222643, SRR3222649, SRR3222655, SRR3222659, SRR3222661, SRR3222664, SRR3222686, SRR3222749, SRR3222758, SRR3222765, and SRR3222772).
常染色体分析,基本同质,看不出M117样本D样本有什么差异,与现代藏族最为接近。
母系结果,都是东方类型。

父系样本,覆盖率挺不错,y-dna 5900万位点中,3个m117样本1200-1500万之间,以往经验,这个足够细分到最细端了。期待数据公开。
尼泊尔 常染色体.png
QQ截图20160621113158.jpg
QQ截图20160621113459.jpg
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我还是老话,3000年前后,一例尼泊尔样本,就可以测到M117+,而其它地区,除了内蒙古山戎组,至今没有肯定的样本,我相信这个绝不是偶然现象。
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目前在只存在一份东亚地区古DNA的情况下,谈M117的分布不妥吧,要是有其他数据还好说,但现在是首份数据,如果我们多测测仰韶遗骨,以及以后的中原遗骨才能下结论
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
                            --------《法华经》
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一组古人基因组数据。
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8# sahaliyan
能将山戎和喜马拉雅地区联系起来的古文明不正是仰韶么?甚至没有另外一种可能。
8# sahaliyan  
能将山戎和喜马拉雅地区联系起来的古文明不正是仰韶么?甚至没有另外一种可能。
wolfgang 发表于 2016-6-21 12:18
山戎有古代DNA吗?我是不承认吉大的古代DNA结果的(当然也包括更早的李某测的所谓古代DNA,所以我说主楼是东亚首份古DNA),而且就算承认吉大的结果,吉大测的也是夏家店上层的祭祀坑,祭祀坑的人是本族人?
M117是仰韶文化的可能性高于90%
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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没人任何证据支持F5主要支系在青铜时代前后走向地理意义上的扩张,这是我们目前基于全部证据看到的事实。
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没人任何证据支持F5主要支系在青铜时代前后走向地理意义上的扩张,这是我们目前基于全部证据看到的事实。
Yungsiyebu 发表于 2016-6-21 12:28
也没有任何证据反对啊。
O3a3c* (M134+, M117-)
也没有任何证据反对啊。
hercules 发表于 2016-6-21 12:34
证据是支持的,M117下面在青铜时期以后扩张的大簇有哪几个,比例多少?北方M117达到15%,只有F316是在2000多年前扩张的,其他似乎分化都很远,不支持青铜扩张模式,反倒吻合新石器农民扩张模式,所以支系零碎而散,每支人均不多,总量却很高
这说明了很可能在先秦的时候M117的比例是高于当今汉人的,在青铜时期之前可能比例更高
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证据是支持的,M117下面在青铜时期以后扩张的大簇有哪几个,比例多少?北方M117达到15%,只有F316是在2000多年前扩张的,其他似乎分化都很远,不支持青铜扩张模式,反倒吻合新石器农民扩张模式,所以支系零碎而散,每 ...
sahaliyan 发表于 2016-6-21 12:46
完全想当然。
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
证据是支持的,M117下面在青铜时期以后扩张的大簇有哪几个,比例多少?北方M117达到15%,只有F316是在2000多年前扩张的,其他似乎分化都很远,不支持青铜扩张模式,反倒吻合新石器农民扩张模式,所以支系零碎而散,每 ...
sahaliyan 发表于 2016-6-21 12:46
你说的这不是一回事。
O3a3c* (M134+, M117-)
你说的这不是一回事。
hercules 发表于 2016-6-21 12:51
我知道你说的是古DNA证据,但是没有古DNA同样能够推导出符合逻辑的结论
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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非常有意思,希望尽早看到关中地区仰韶古人的DNA检测结果~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
非常有意思,希望尽早看到关中地区仰韶古人的DNA检测结果~
imvivi001 发表于 2016-6-21 13:51
不仅关中,河南西部,晋南也颇为值得关注,当然这些地方可能各有区别,不过值得关注
三界无安,犹如火宅。众苦充满,甚可怖畏
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不仅关中,河南西部,晋南也颇为值得关注,当然这些地方可能各有区别,不过值得关注
sahaliyan 发表于 2016-6-21 13:54
估计豫西晋南在仰韶中后期也是比较混杂了~
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
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