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重新修正了,如下:
yang's-欧亚-古人-源流.jpg
2016-10-25 12:06

物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 Lep1dus 于 2016-10-25 12:59 编辑

94516_original.png
2016-10-25 12:18


绿色最多的paniya等民族才是南亚次大陆本土成分,但是与东亚也截然不同,从图上看,只有高棉最多一点,拉祜彝族次之,汉族零星,北方土族蒙古也有少量
马耳他男孩应该是末次盛冰期时期的起点,但看上去并不含类东亚成分,所以更早期的古乌斯季人可能真没有遗留影响到这一时期,至少在当地
本帖最后由 Lep1dus 于 2016-10-25 18:27 编辑

Admixtures-Lazaridis.png
2016-10-25 15:40

从这张图看,除了尼泊尔附近可能是藏缅系统的Kusunda人以外,黄色东亚和鲜绿色南亚基本泾渭分明,没什么交集,但双方中间通过泰雅族的蓝绿色过渡,这种成分与东亚南亚有一定混合,以黄色东亚蓝绿色东南亚为主的柬埔寨泰国有一定比例鲜绿色,而印度东北蒙达语族的Kharia则有一定比例蓝绿色。所以泰雅族这种成分可能叫做东南亚成分比较好,汉族中15-20%的ASE应该是这种,与印度不相干,估计是在分离ASE的时候没有采到足够东南亚和南亚民族样本,因为发现西欧亚有部分东亚成分,而东亚除了混入西欧亚成分以外还有这些很少混入的东南亚成分,而南亚成分也是类似情况,所以把这两种成分合并成ASE,从Y来看,如果这种东南亚成分Y是以O2a和部分O1为主的类南亚和类南岛族群为特征的话,猜测他们与东亚成分更接近,42楼图片上美拉尼西亚人中的深黄色成分其实也是这种,不太可能是真的东亚,不过这也说明,东亚与东南亚成分是更接近的


guwei0001认为泰雅族是东亚成分很少的东南亚族群,从图上看确实有依据,但也不排除另一种情况,像雅库特,在很多类似分析中会被认为是一种单一的成分,但拿东亚成分更少甚至可能没有的Nganasan对比,就能明显看出雅库特是有东亚成分的,所以泰雅可能也是类似情况
根据这篇刚刚出炉的论文,上面的树结构关于basal Papuan部分需要修改一下(似乎正好对应CF分离那一次,时间大约是 51–72 kya)
A genomic history of Aboriginal Australia : Nature : Nature Research http:/ ...
imvivi001 发表于 2016-10-24 21:08
basal papuan不可能对应CF的分化,CF的分化时间与CT的分化时间非常接近,基本是个准四叉结构。这次分化时间在六七万年前,应对应着Basal Eurasia的分化,pupuan里的OoA成分应该主要还是来自五万年前分化的Basal ASE,而且在通过常染计算分化时间的过程中,由于受到XOoA和丹人基因片段的影响,Pupuan的分化时间可能会被拉长,扣除影响后的时间也不一定准确。
我觉得在讨论常染成分的分化时一定要抛弃和Y染一一对应这样的思路。一个Y单倍群可以对应多种成分,一种成分也可能包涵多个单倍群。而有的成分原本占优势的Y染有可能在瓶颈或融合后变得稀少,甚至淹没无闻。
C-M130交流群:542136235
过去分析Y的时候经常听到用O3,C3对应民族不科学的说法,这是当然的,因为这些都是分化几万年的单倍群,而民族出现最多几千年,但进行这种常染分析本来就是看出几万年间分化的过程,所以个人觉得常染和Y的对应还是很有效的,而且根据Y对于我们这些业余爱好者也能大致估计分离时间。但一一对应这个想法确实不科学,因为Y染色体命名方式本来就是不科学的,所以以一级字母来对应肯定问题很多,如果根据Y的准确分离时间来对应则有效的多。巴布亚人Y主要是K2和C1下的部分支系,所以应该对应的是4,5万年左右这两个支系或者更具体其下K2b1和C-M347下的分化,而且说明当时C和K确实很可能是伴随的,过去没有认真注意这种可能性,现在想想,确实应该注意这一点,包括下游NO和C2,K2b和C1的伴随问题。这样C-V20出现在欧洲也不是偶然的了

先把非洲排除掉或者视为基因上联系紧密的一个或两个整体,估计在进行这种常染分析时,如果采世界各地样本,取K=10,结合地域分布,估计4-5万年前这次大扩张包括更早的分化对世界各地造成的影响大部分都能和Y对应上,特别是有些分化出来的支系还经历了较长的瓶颈,不过DE下游相对分化较早,需要进行细分,而到2万年到3万年RO这种级别下游的分离,可能要到K=20才能分离出来,上面东亚和东南亚的分化可能是这样一回事,当然分离以后的支系也可能重新聚合在一起形成伴随,比如上面的C和K,可能还有H与L

绿色最多的paniya等民族才是南亚次大陆本土成分,但是与东亚也截然不同,从图上看,只有高棉最多一点,拉祜彝族次之,汉族零星,北方土族蒙古也有少量
马耳他男孩应该是末次盛冰期时期的起点,但看上去并不 ...
Lep1dus 发表于 2016-10-25 12:18
考虑到这张图来自13年低覆盖率的数据,当时还没有有效分离出ANE与E.E.成分,因此存在较大的误差在所难免,比如本图就会造成美洲人与东亚人毫不相干以及以汉族为代表的典型东亚民族是纯血民族的假象,事实上我们知道这与最新的检测结果严重相悖。
     不过这张图也的确提供了一些很有启发性的信息,比如马儿他人群依然还携带极少量的某种与巴布亚人群相同的成分,我估计皆来自最早的OoA先祖的遗留。 还有,马儿他人群大比例的绿色,在现代南亚人群明显高频,但是我们知道,南亚人群是由ANI与ASE共同组成的,因此这种在印度南部民族尤其高频的成分显然不能简单对应于ASE成分,更像是未能有效分离出ANE成分的basal南亚成分,因此也可以印证我本页顶楼贴出的经过修订过的发生树猜想,即ANE极有可能脱胎于basal南亚(姑且定义为basal south Asia,BSA),与ASE的发生学关系最近。正好这也与马儿他人群的眼镜蛇饰物相呼应~
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basal papuan不可能对应CF的分化,CF的分化时间与CT的分化时间非常接近,基本是个准四叉结构。这次分化时间在六七万年前,应对应着Basal Eurasia的分化,pupuan里的OoA成分应该主要还是来自五万年前分化的Basal ASE,而且在通过常染计算分化时间的过程中,由于受到XOoA和丹人基因片段的影响,Pupuan的分化时间可能会被拉长,扣除影响后的时间也不一定准确。
我觉得在讨论常染成分的分化时一定要抛弃和Y染一一对应这样的思路。一个Y单倍群可以对应多种成分,一种成分也可能包涵多个单倍群。而有的成分原本占优势的Y染有可能在瓶颈或融合后变得稀少,甚至淹没无闻。
豢龙氏 发表于 2016-10-25 19:20
我前面已经说明了,二者并不是一一对应关系,只不过是因为Y树上的分离一般都意味着两个人群的地理上的分离,进而出现隔离演化(往往伴随着与当地土著的混合),于是造成二者正相关的表象。
    还有,任何一个先期分离出去的人群,之后还经常会与从另一支人群中再分离出来的人群再次发生混合,因此会造成更加复杂的局面,这个我已经在顶楼修订的发生树上标示了
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本帖最后由 Lep1dus 于 2016-10-29 08:57 编辑
考虑到这张图来自13年低覆盖率的数据,当时还没有有效分离出ANE与E.E.成分,因此存在较大的误差在所难免,比如本图就会造成美洲人与东亚人毫不相干以及以汉族为代表的典型东亚民族是纯血民族的假象,事实上我们知道 ...
imvivi001 发表于 2016-10-28 18:27
这张图与自己预想的很接近,主要问题在于取了这么多民族和样本,但K只取了9,实际上只能分离出相对主要的差异,次要的差异是分不出来的,比如东亚样本中的东南亚成分,而且也还记得之前有人提到王传超的原话,认为汉族中的高比例的ASE是误差,由于没有取足够东欧亚民族样本的结果,所以如果认为这种ASE是一种印度成分,汉族中应该很少有,而43楼K升到20已经明显能看出来,汉族中除了东亚成分,最主要的是东南亚成分,之前大家贴出的K7分析结果,汉族基本上就是4EE+1ASE,大概这个比例左右摆动,ANE很少,所以个人认为,是分离ASE的时候错了,把与东亚成分更接近的东南亚成分划到了ASE中。汉族中ANE比例低也是不奇怪的,因为北亚成分本来就是多数EE+少数ANE混合的结果


其他观点也不太能同意,马耳他男孩的巴布亚成分,包括除巴布亚以外其他民族的巴布亚成分,以印度为最多,个人认为不是早期现代人遗留,而是前现代人xOoA,以及特别是尼人的成分,因为尼人与丹人相对现代人更接近,且巴布亚人中尼人和丹人成分最高,所以巴布亚成为衡量尼人的标杆,其他民族的尼人丹人和混在一起的xOoA会被显示为巴布亚成分。


总体上如果用GEDmatch上K7对照,大致应该是


ANE,图上淡黄色的部分,另外北美和北亚的粉紫色也是,我看了论文的SI,当K从8升到9的时候分离出来的就是两种成分,可见隔离时间也很长了


ASE,其实就是图上绿色的部分,但这种成分原来分布还要广,记得以前书上看到过,印欧人南征伊朗高原前,当地文化其实与达罗毗荼人更接近的,所以这种成分早期在更西边原来也有更高比例,另外如上所说东南亚成分其实不应该属于ASE,他们是与EE更接近的


WHG-UHG,图上的深蓝色,欧洲早期猎人,后来扩张的印欧人都属于其中


EE东欧亚,图上的深黄色,另外东南亚成分应该属于EE而非ASE


ENF,同意guwei0001,其实这基本等于basal E,图上的淡蓝色,早期分化的中东农夫


另外ANE也并非脱胎于ASE或与其相关,当K值较低时,淡黄色的ANE和深黄色的EE是集中在一起的东欧亚成分,而绿色的ASE,深蓝色的WHG-UHG,淡蓝色的ENF是集中在一起的西欧亚成分,虽然说常染无法做树,但如果用Y来对照的话,考虑到西伯利亚高比例的N分布,ANE最初应该是一种东欧亚成分,与H可能包括L的西欧亚成分并无关联。所以整个东欧亚的情况应该是NO分化出来后与C2北上,N和C2北支最早分出并且北上到最北,经过环境选择以后形成了ANE,而剩余的O和C2南支在南方,形成EE,此后O2O1与O3分开,前者形成东南亚,后者与C2南支形成东亚,当然,其实各支系不会那么精确,肯定有后来又跑到对面的下级支系,但个人觉得这是比较容易能理解的解释


这样马耳他男孩也很好理解,2万5千年P已经沿印度北上并且分化出了R,所以能沾上绿色的印度ASE成分,从中亚走到西伯利亚遇上了东欧亚的ANE和后来走到美洲的美洲成分
考虑到这张图来自13年低覆盖率的数据,当时还没有有效分离出ANE与E.E.成分,因此存在较大的误差在所难免,比如本图就会造成美洲人与东亚人毫不相干以及以汉族为代表的典型东亚民族是纯血民族的假象,事实上我们知道 ...
imvivi001 发表于 2016-10-28 18:27
你这说话就不地道,无论有没有马尔他人,不影响程序的分析结果。而且这种图跟纯种不纯种其实是没有关系的。不信你从K=2开始看起。美洲人和东亚人有没有关系,也不是K=9时所反应的,翻前面的图啊。
O3a3c* (M134+, M117-)
你这说话就不地道,无论有没有马尔他人,不影响程序的分析结果。而且这种图跟纯种不纯种其实是没有关系的。不信你从K=2开始看起。美洲人和东亚人有没有关系,也不是K=9时所反应的,翻前面的图啊。
hercules 发表于 2016-10-28 23:13
简单一句话,不要指望一个早期1x深度的测序结果对当今10x已经开始普及的时代来说进行最新的研究分析具有太大的意义,尽管的确是具有一些参考价值,但仅仅是参考价值而已~
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简单一句话,不要指望一个早期1x深度的测序结果对当今10x已经开始普及的时代来说进行最新的研究分析具有太大的意义,尽管的确是具有一些参考价值,但仅仅是参考价值而已~
imvivi001 发表于 2016-10-29 10:58
再说一遍,图中Malta的样本加不加不影响其它样本的分析。
O3a3c* (M134+, M117-)
再说一遍,图中Malta的样本加不加不影响其它样本的分析。
hercules 发表于 2016-10-29 12:27
你在开玩笑吗? 难道karitiana和汉族真的是纯血统?
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
这张图与自己预想的很接近,主要问题在于取了这么多民族和样本,但K只取了9,实际上只能分离出相对主要的差异,次要的差异是分不出来的,比如东亚样本中的东南亚成分,而且也还记得之前有人提到王传超的原话,认为 ...
Lep1dus 发表于 2016-10-28 20:41
有什么证据认为NO和C2是从很南的地方北上的而不是从北方南下的呢?从乌斯季辛古人和Oase古人的分布情况来看我觉得K2a和与其伴随的C2有走北线到达东亚的可能性。

如果NO和C2真的是从东南亚北上的,那为什么现代的东亚人几乎没有澳美血统?难道三四万年前的东南亚就已经遍布EE了?
53# MNOPS
根据目前的数据,有两点首先可以确定,即:1、我们的OoA祖先出非洲后沿印度洋东进是绝对的主流(是否存在沿新月地带北上的分支目前不得而知,起码目前看不到迹象,因为basal E.进入欧洲是后来的事情。当然,个别欧洲存在的y-A人群目前还不能确定是何时进入欧洲的,即便是史前进入的估计也不会很早,起码目前的欧洲旧石器检测看不到,再退一步,即便是旧石器就进入了也对欧亚人群的历史几无影响,原因同上);2、如果1成立,那所有的北部欧亚祖先其实都是通过南线北上,当然,北上的出发点会各不相同。
      回到NO和C2,首先谈谈NO或K2a,其先祖无疑是来自南亚的K,换言之,所有欧亚高纬度的NO都是南线北上的产物,区别在于是从南亚直接北上? 抑或从东南亚北上? 如果根据NO后裔目前在欧亚的分布来看,从东亚南部北上的可能性比较大(换一个角度,如果不是NO,那会是哪一个K系人群走这条路线?)。 不过这样我们可能要考虑,如果NO是从东南亚北上的,那为什么现代的东亚人几乎没有澳美血统?其中一个比较合理的解释是,NO走的是藏缅通道的快速迁移模式,而basal澳美的形成在巺它古陆东部与巴布亚,二者几乎没有交集。 当然,还存在其他原因,以后可以慢慢探讨。
     至于C2的北上路线,不妨听一下豢龙氏的意见...
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你在开玩笑吗? 难道karitiana和汉族真的是纯血统?
imvivi001 发表于 2016-10-29 19:30
别臆想了,任何文章都不会说图上一个颜色代表一个血统。
O3a3c* (M134+, M117-)
有什么证据认为NO和C2是从很南的地方北上的而不是从北方南下的呢?从乌斯季辛古人和Oase古人的分布情况来看我觉得K2a和与其伴随的C2有走北线到达东亚的可能性。

如果NO和C2真的是从东南亚北上的,那为什么现代的 ...
MNOPS 发表于 2016-10-29 22:08
谁告诉你东亚人和澳美人种没关系的?http://ranhaer.s47-56.myverydz.com/viewthread.php?tid=16441
O3a3c* (M134+, M117-)
O3a3c* (M134+, M117-)
对于K2a系的堂兄弟K2b的诞生地以及扩散模式,著名学者Karafet倾向于诞生于东南亚,她这样认为:K2b1 (P397/P399) known previously as Haplogroup MS, and Haplogroup P (P-P295), also known as K2b2 are the only primary clades of K2b. The population geneticist Tatiana Karafet and other researchers (2014) point out that K2b1, its subclades and P* are virtually restricted geographically to South East Asia and Oceania.[1] Whereas, in a striking contrast, P1 (P-M45) – the sole primary subclade of P* – and the primary clades Q and R, now make up: "the majority of paternal lineages in Europe, Central Asia and the Americas". According to Karafet et. al., the estimated dates for the branching of K, K2, K2b and P point to a "rapid diversification" within K2 "that likely occurred in Southeast Asia", with subsequent "westward expansions" of P*, P1, Q and R.[1]    不过如果这样的话,就必须认真分析一下西迁的k2b人群是否携带basal papuan血统,这方面仍需进一步观察。 就目前为止,我认为仍然不能排除k2b诞生于南亚的可能性~
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本帖最后由 MNOPS 于 2016-10-30 22:14 编辑
谁告诉你东亚人和澳美人种没关系的?http://ranhaer.s47-56.myverydz.com/viewthread.php?tid=16441
hercules 发表于 2016-10-30 15:12
真是奇怪了。以前我说东亚人种,特别是东亚南部和东南亚可能有少量澳美血统的时候,你和某些人拼命反对我,说东亚人几乎没有澳美血统,还说东南亚成分也是很晚近才从东亚分离出来的。

现在我说东亚人种几乎没有澳美血统的时候,你又说有澳美血统。你到底有没有固定的立场?我很想听听你对东亚人种起源的观点。
说白了,这里有些人极其顽固,认为东亚人种南线迁徙是板上钉钉的事实,就好像自己亲身经历过几万年前那场迁徙一样。不管事实是什么样,不管东亚人种有没有澳美血统,都要为南线迁徙找一个落脚点。然而南线迁徙毕竟只是一个假说而已,东亚人的祖先究竟是走南线还是走北线来到东亚还需要更多证据。
53# MNOPS
根据目前的数据,有两点首先可以确定,即:1、我们的OoA祖先出非洲后沿印度洋东进是绝对的主流(是否存在沿新月地带北上的分支目前不得而知,起码目前看不到迹象,因为basal E.进入欧洲是后来的事情。当 ...
imvivi001 发表于 2016-10-30 09:49
我个人认为有两种可能性:

1. K2和C的迁徙大军在中亚或南亚北部某地分开,K2a和C2先迁徙到西伯利亚或蒙古和新疆,然后再向东南迁徙到东亚。K2b和C1则是从南亚继续向东南方向迁徙,一直迁徙到东南亚古陆和澳洲。

2. K2和C的迁徙大军在南亚东部靠近缅甸一带分离,K2a和C2沿着河流向北进入东亚腹地,K2b和C1则继续向南迁徙。
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