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multiregional evolution of autosomes and East Asia origin of Y and mtDNA

Modern human origins: multiregional evolution of autosomes and East Asia origin of Y and mtDNA

Dejian Yuan, Xiaoyun Lei, Yuanyuan Gui, Zuobin Zhu, Dapeng Wang, Jun Yu, Shi Huang

Abstract

Recent studies have established that genetic diversities are mostly maintained by selection, therefore rendering the present molecular model of human origins untenable. Using improved methods and public data, we have revisited human evolution and derived an age of 1.91-1.96 million years for the first split in modern human autosomes. We found evidence of modern Y and mtDNA originating in East Asia and dispersing via hybridization with archaic humans. Neanderthals and Denisovans were archaic Africans with Eurasian admixtures and ancestors of South Asia Negritos and Aboriginal Australians. Verifying our model, we found more ancestry of Southern Chinese from Hunan in Africans relative to other East Asian groups examined. These results suggest multiregional evolution of autosomes and East Asia origin of Y and mtDNA, thereby leading to a coherent account of modern human origins.

http://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/18/101410.full.pdf
这文章真够无耻的。
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O3a3c* (M134+, M117-)
本帖最后由 Hanhe 于 2017-1-25 09:50 编辑

有意思,勇气可嘉!这下有戏看了。
http://www.shanghai.gov.cn/nw2/n ... 1/u21aw1155195.html
人类起源之争,到底争的是什么?美国科学家创立的非洲起源说认为,人类有一个共同祖先——源自非洲的现代人。7万—5万年前,他们走出非洲,逐步迁徙到世界各地。中国科学家提出的多地起源说认为,欧亚非大陆的现代人都是从直立人独立进化出来的,例如在东亚,存在独立起源的连续化石证据。
  这两个学说孰是孰非?分子遗传学兴起后,为理论验证提供了有力武器。金力解释说,生物体的基因突变是常态,会不断发生,而且突变速率基本恒定,所以可以通过突变数计算分化时间。于是,美国科学家检测了全球各地200人的母系遗传物质——线粒体DNA,结果发现,他们在基因上分化的时间为14.3万年前。这与非洲起源说吻合,因为14.3万年正处在现代人生活于非洲的时期,而与多地起源说的“190万年前出现直立人至今,欧亚非大陆分别独立进化出现代人”这一论断不符。研究结果发表后,当时在斯坦福大学做博士后的金力也参与了一项实验:从父系遗传入手,检测全球各地1000多人的Y染色体,结论是他们分化于14.4万年前,与前一项实验结果一致。
  “这两个实验结果出来后,多地起源说就没存在的意义了。”金力说,“但我还不死心,我们亚洲人真的都来自非洲吗?”于是,他带领团队对亚洲各个地区163个群体的12127个Y染色体进行检测,结果发现:全部起源于非洲。对此,李辉表示,非洲起源说是很“硬”的,不可能被推翻,只会被后续发现不断细化丰富。
  饶毅说:“现在看来,我们与北京猿人(距今70万—20万年前)肯定没关系。”事实上,亚洲人的祖先除了非洲现代人,还有尼安德特人、丹尼索瓦人这两种起源于非洲的早期智人。
本帖最后由 Hanhe 于 2017-2-2 04:14 编辑

我把论坛上的树系按新文章树系作了移位(没有改变原有关系),这样便于对照。二者相近,都要划归F系?八万年前的道县人与它有关?
右图中只有N的位置移到O系之上,它很值得玩味!(一是商周时期与Q-M120在一起,二是有文章说N起源于北部湾)
如果现代人的融合产生不足两万年,它是否源自南方经湖南北上的虞舜系?两个框框内应该对应两个重要时间段主流人口的爆发,这是以牺牲其他种群生存空间换来的结果。其中,夏后O1在南方、商后C在东北,远离中原战争,也繁育了大量人口。

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本帖最后由 Hanhe 于 2017-1-31 09:40 编辑



其实,对于人类起源这样复杂的大问题,大家认识上不统一很正常,某个阶段出错并不丢人。本文的观点将来也有可能会变化。无论如何,我们不能忽视湖南道县、石门古人类,以及更早的贵州毕节古人类,这三处都与现代人非常接近。
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本帖最后由 Hanhe 于 2017-2-1 12:42 编辑

达尔文提出了进化论,就如中国哲学思想中的物择天竟。可自然选择进化实在太慢,空棘鱼上亿年几乎不变。而人工杂交的花草、金鱼、犬,可以在几十代内变化万千。可见,物种融合,退化或优化的效率要远远高于自然选择。除了生物体本身,还有其它影响:一堆苹果,分装几篮子还是那么多;让来自不同种族的一群人分享思想与技术,却能使每一个人得到极大的提升。
再说环境影响。现代人能在零下70至零上50多摄氏度的环境正常生活,冰期灭绝说应该不成立。如果是小行星撞击与地震等因素灭绝古人,可同期还有大量其它物种幸存。谁能解释上百万年的古人类,只留下了非洲一支?
现代人非洲起源说,是以非洲黑猩猩基因为样本,相当于说大家都必须像猩猩;它与宇宙起源的大爆炸理论相类似,是追求终极、急功近利的表现,并且话语权只为少数人所有。然而,创建者是知道不完备的,大多数人没有指出错误的能力,更没有重建新理论的能力,所以只好人云亦云。但是,我们如果丧失了辨别能力,成为了错误理论的守护人,那就很可悲!
本帖最后由 Hanhe 于 2017-2-1 12:37 编辑

昨晚又搜索了一些相关资料,发现与主人公黄石的爱好、部分经历相似。这里略作介绍——
楼主推荐的这篇文章,主要思想在2012年就提出了,虽然没有引起足够重视,但作为专业人士故作无视状,就很可悲。有可能让我们错失跟进先进理论的机会。

文章作者:
1.黄石:中南大学医学遗传学国家重点实验室,教授,博导;
2.于军:中国科学院北京基因组研究所副所长,研究员;
3.袁德健、朱作斌:中南大学,医学遗传学国家重点实验室,2013年硕士,2016年博士。导师为黄石教授。
........
黄石博士是中南大学医学遗传学国家重点实验室教授。他在解放军军事医学科学院长大,他的父亲是那里的教授。他童年的爱好开始是运动,后来是纯粹艺术。由于1978年报考中央美术学院失利,他的兴趣转向了自然科学。他1979至1983年在复旦大学获得遗传学学士学位。他是CUSBEA第三期(1984)公派出国留学生,于1988年获得加州大学戴维斯分校博士学位。随后在加州大学圣地亚哥分校完成博士后工作,并于1992年被任命为美国圣地亚哥Burnham Institute 助理教授(assistant professor),1998年升为副教授(associate professor)。2009年回国后至今担任中南大学教授。早年对艺术的研习培养了他的审美观,使他在自然科学研究中,更关注能发挥创造性的课题。黄石教授的实验室首先发现了RIZ肿瘤基因和PRDM家族组蛋白甲基转移酶,并确定了它通过表观遗传学调节在高肉低蔬菜饮食(西方式饮食)增加癌症患病风险中的作用。从2003年起,黄石教授开始了他对遗传和表观遗传在生物复杂性进化中相互关系的原创性研究。他在世界上首次提出了种内变异度上限理论(maximum genetic diversity theory),这一理论解决了主流进化理论不能解释分子进化中的遗传等距离现象以及不能解释复杂疾病的遗传机制这些重要问题。
参考资料:
1.分子进化迟到近半世纪的完整解读:支持“多地区起源说”而不是“出非洲说”
http://www.csstoday.net/Item/35951.aspx
2.基因能否证明我们的祖先都来自非洲?
http://www.sklmg.edu.cn/articles_662.shtml
3.遗传多样性上限假说所揭示的进化历程
http://www.doc88.com/p-8592244186050.html
本帖最后由 Hanhe 于 2017-1-31 09:11 编辑

理论要点:“出非洲说”属于对极限距离的错误解读

  对于进化分离时间较长的物种或快变序列而言,我们给出只与极限距离相关的遗传等距离现象的抽象定义,姑且称之为极限遗传等距离,即各种不同物种与另一复杂程度较低或同样低的物种之间的遗传距离大致相等,且遗传距离不随时间增加或降低。对于进化分离时间较短的物种或满足中性理论前提的慢变序列而言,距离与时间仍成线性关系,我们给出由于分子钟真实存在,而导致的只与线性距离有关的遗传等距离现象定义,姑且称之为线性遗传等距离,即当两亲缘关系较近的物种有类似突变速度时,它们与另一复杂性较低或同样低的亲缘关系较远的物种的距离相等,且这种遗传距离会随时间的推移而增加。

  出非洲说的主要证据是分子生物学的研究结论,而化石和文化证据更倾向于支持多地区起源说。但需要注意的是,出非洲说的分子证据属于对极限距离的错误解读。这种错误解读分析基本都是快变序列,如线粒体DNA,Y染色体,或基因组平均值等。这些快变序列如今都处于极限变异水平,受到强烈的负选择影响。当发现两个群体共享某些线粒体DNA或Y染色体DNA时,我们不应只考虑共同祖先的可能性,还应判断他们是否可能共享某些自然选择条件。最近已有报道显示人类Y染色体受到强烈负选择影响,我们的研究也证实了整个核基因组大部分序列都处于负选择状态。只有极少数慢变序列才符合中性理论的无限多突变位点和中性的前提。根据最近对慢变序列的分析,我们认为多地区起源说是基本正确的。

  总之,即便不考虑多地区起源说,出非洲说也是不正确的,因为它误用了对进化时间和种系发生史毫无意义的非中性序列。当人类对于分子进化中的最重要现象——遗传等距离,还没有充分认识之前,或被具有明显错误的分子钟和中性理论误导时,任何物种起源的分子解读都注定是片面的。
理论要点:“出非洲说”属于对极限距离的错误解读

  对于进化分离时间较长的物种或快变序列而言,我们给出只与极限距离相关的遗传等距离现象的抽象定义,姑且称之为极限遗传等距离,即各种不同物种与另一复杂程 ...
Hanhe 发表于 2017-1-31 08:44
按其理论,实际上是将现有中性突变理论的突变率放慢一个数量级,以得出符合多起源说的分子生物学结果。问题是,现在已有对一整个家族的Y染色体突变研究,比如江南的严嵩家族。得出的结果是支持中性突变假说的突变率。实践是检验理论的唯一标准,黄石只能意淫以及淫一些愿意上钩的人罢了。
O3a3c* (M134+, M117-)
谢谢解答!是意淫还好,说明脑子还在。如果脑子没有了,那就只能算作嘴淫。
不过,我还是相信9#最后一段话。
并非故作无视状。

Prof. Shi Huang的关于这个话题的一系列文章,对遗传学的理论以及通常所用的DNA序列的性质的理解有比较大的偏差,文章中的论证(就我个人的理解而言)有较多的不符合逻辑的地方。而对于DNA序列的分析方法和论证过程的漏洞之大,似乎已经到了不需要去讨论和反驳的程度。所以...
人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
谢谢!
谢谢解答!是意淫还好,说明脑子还在。如果脑子没有了,那就只能算作嘴淫。
不过,我还是相信9#最后一段话。
Hanhe 发表于 2017-2-1 09:55
黄石肯定是有脑子的,像他这样有目的的玩弄数据不是蠢而是坏。倒是那些文章都看不懂就上钩的,是真没脑子。
O3a3c* (M134+, M117-)
本帖最后由 Hanhe 于 2017-2-3 15:20 编辑

算你还有点自知之明,知道我是在说你。我看不起的就是那些无视事实,不知理论模型有局限,为了"装"只会人云亦云的“专业人士”!真正的科学工作者是不会这样的。我作为外行,是不能肯定他的理论是否有错误,但以他的专业背景,提出新观点为什么就这么受轻视?
(注意,我怀疑的只是五六万年出非洲理论)
以下几份材料能忽视吗?
1.(道县古人牙齿)呈现出完全的现代人类特征
http://hn.rednet.cn/c/2015/10/16/3815090.htm
http://www.nature.com/nature/journal/v526/n7575/full/nature15696.html

记者了解到,来自中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中科院地球环境研究所、北京大学、湖南省文物考古研究所、湖南省道县文物管理局、西班牙国家人类演化中心、英国伦敦大学学院(UCL)、美国明尼苏达大学等机构的人员参与了这次考古发掘。
负责这次发掘的中科院古脊椎动物与古人类研究所研究员吴秀杰告诉记者,研究人员通过对比发现,道县福岩洞发现的人类牙齿,无论形态特征、测量尺寸或是一些特殊特征,都和东亚地区的现生人类很像,和古老型人类不一样,呈现出完全的现代人类特征。经测定,这些化石的埋藏年代是8万至12万年前。
2.贵州毕节17.8万年前人类牙齿
http://news.sina.com.cn/c/nd/2016-07-17/doc-ifxuapvw2145799.shtml
3.金力、褚嘉祐主编的《中华民族遗传多样性研究》一书指出:
“当然对于走出非洲的时间推算,并非所有的来自染色体的证据都支持非洲起源假说,甚至有些结论是相互矛盾的。一些常染色体和X染色体的数据显示,这些基因的共同祖先可追溯到535000-1860000年前,远远比线粒体和Y染色体的估算时间久远得多,这一结果支持多起源假说观点。”(p.234)
我来这里只是玩,不想打嘴仗。以后不会再回复了!
算你还有点自知之明,知道我是在说你。我看不起的就是那些无视事实,不知理论模型有局限,为了"装"只会人云亦云的“专业人士”!真正的科学工作者是不会这样的。我作为外行,是不能肯定他的理论是否有错误,但以他的 ...
Hanhe 发表于 2017-2-2 21:38
啥,自知之明?你有脸评价别人没脑子,人云亦云?
无视事实?我们来看看谁无视事实了。由于国内研究者思维脱节于国际前沿,加上国内搞科普的总喜欢吃二手三手材料,导致国内一说非洲起源说,总提所谓化石空档。因此那些国内支持多起源说的把主攻目标也对准了这个年代,千方百计把现代人出现于中国的时间往100kbp之前靠。实际上国际上早已放弃现代人的一次出非洲理论。即在我们这波以外,还有一批AMH(即解剖学上的现代人)殖民亚欧了。年代就是十几万年前。这根本挑战不了非洲起源说,因为非洲AMH早到20万年前。因此,你在中国找到10万年前左右的现代人,除了佐证了这批人10万年前就到达中国还能做啥?这批人的下落如何?大部分应与欧洲的尼人一样消融了。有文章表明澳洲土著身上有他们的DNA。至于中国人,目前还没有证据表明有遗留。根据中国人的基因组数据初步估计,不会比尼人遗留的更多。我甚至有个猜想,鉴于欧洲有早期尼人测出的mt与建人的接近,而晚期尼人的更接近现代人,是不是西欧尼人基因组里实际有早期现代人的血统?而东亚人比西欧人更多的尼人血统,是继承自早期现代人。
O3a3c* (M134+, M117-)
3.金力、褚嘉祐主编的《中华民族遗传多样性研究》一书指出:“当然对于走出非洲的时间推算,并非所有的来自染色体的证据都支持非洲起源假说,甚至有些结论是相互矛盾的。一些常染色体和X染色体的数据显示,这些基因的共同祖先可追溯到535000-1860000年前,远远比线粒体和Y染色体的估算时间久远得多,这一结果支持多起源假说观点。”(p.234)
Hanhe 发表于 2017-2-2 21:38
我不知道这一段是谁写的,如果是金力写的,那么他应该被打屁屁。根据中性突变假说,结合统计学,常染色体基因共祖年代的平均值是四五十万。注意是平均值!因此出现186万年的共祖年代根本不算啥,比这个高的多的多的是。比如ABO血型基因,共祖年代近千万。这一点他留学美国的时候应该学过。
O3a3c* (M134+, M117-)
呵呵哒。我也认为最早的非洲现代人并非在非洲雷打不动上百万年进化形成的,最早的现代人种就极可能是亚洲回流人种与非洲早期智人结合的产物。这也还是唯物主义的进化论的观点,假如说到神创论,则又有不可道的量子天机了——听说最近有泄露天机搞天气预报遭雷劈的,大概对于科研界确实有雷区,雷区来自科学大拿,可能实际也是神的(选民的)操控,某些人有霸权总想掩盖什么,另一些人有奴性则竭力维护他们的观点。
http://blog.sina.com.cn/aganmu;安德(嗨,前一个无辜被封):
http://blog.sina.com.cn/kilarler
曾经请黄石先生给我的微信群友讲过2小时科。基本上对于他们提出的等距上限突变理论,我是之前没有听过,从直觉上感觉还是有诸多合理性。但这似乎并不能撼动出非洲说,所以他后面搞的那些Y和mt树,感觉与现有理论冲突较大,当然黄石又提出“无限位点假说”不成立,用频繁重复突变来解释。但仍然感觉现有理论不太可能犯那么大错误。

后来黄石被几个“湖南中心论”请去,双方一拍即合。于是乎大家可以看到“现代人起源于湖南”“人类文明起源于湖南”,这已经是某些人纯粹在搞政治,而不是搞学术了。
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