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Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals

本帖最后由 Ryan 于 2017-2-2 17:59 编辑

Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago


Ancient genomes have revolutionized our understanding of Holocene prehistory and, particularly, the Neolithic transition in western Eurasia. In contrast, East Asia has so far received little attention, despite representing a core region at which the Neolithic transition took place independently ~3 millennia after its onset in the Near East. We report genome-wide data from two hunter-gatherers from Devil’s Gate, an early Neolithic cave site (dated to ~7.7 thousand years ago) located in East Asia, on the border between Russia and Korea. Both of these individuals are genetically most similar to geographically close modern populations from the Amur Basin, all speaking Tungusic languages, and, in particular, to the Ulchi. The similarity to nearby modern populations and the low levels of additional genetic material in the Ulchi imply a high level of genetic continuity in this region during the Holocene, a pattern that markedly contrasts with that reported for Europe.


http://advances.sciencemag.org/content/3/2/e1601877.full

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  • Ryan

本帖最后由 豢龙氏 于 2017-2-2 14:27 编辑

非常有意义的文章,只是可惜两例样本为女性,所以没有Y染的相关信息。希望国内在不久之后也能有相关方面的文章出现。此外补充一点,该遗址很大可能是属于新开流-鲁德纳亚文化,出土有与兴隆洼文化相近的玉玦。实际上这一文化板块可能东亚最早使用玉器及玉器磨制技术的地区。其与中原文化的交流与影响经常会被忽略。
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  • Ryan

C-M130交流群:542136235
2# 豢龙氏

据冯恩学先生的《俄罗斯西伯利亚及远东考古》,Devil’s Gate翻译为鬼门洞穴遗址,是鲁德纳亚文化最主要的遗址之一。黑龙江下游以及俄罗斯滨海边疆区的新石器时代的考古文化,基本都是在中国东北南部的新石器时代文化的影响下产生的,都以平底筒形罐为典型器物。但是,这些地区的新石器时代考古文化都是以采集渔猎为主要经济生活方式的,细石器很发达,基本不见农业。可见,当地人群的遗传成分应该还是以土著成分为主。

兴隆洼-红山一系文化的玉器传统在东亚文化圈的影响力,从来没有被低估啊。玉玦甚至传播到了南岛语人群之中。不过,红山一系文化的制玉技术向外传播,可能是以技术传播为主,没有伴随很大程度的人群的扩散。
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  • Vietschlinger

人类之子全都是为死而生。
              --------《阙特勤碑》
论文总算出来了,
本帖最后由 Yungsiyebu 于 2017-2-2 22:53 编辑

第二批东亚古DNA基因组数据。

这组数据回到多年前基于颅骨特征的讨论,基本上与颅骨特征的变化吻合。

新石器时代外东北地区的古代种系属于古东北类型或者类北极类型,明显不同于古西伯利亚类型/北亚类型,现代阿穆尔河流域的通古斯语族,是新石器时代土著的古东北类型和铁器时代陆续东迁的古西伯利亚类型种系的混合。同时,还有一些来自东亚因素的影响,应当与青铜时代在东北南部地区扩张的古华北类型相关。
朝鲜和日本的古东北类型影响不低,从有限的朝鲜新石器人骨资料来看,也基本属于古东北类型,预计应当与本组血统同质性会很强。

很遗憾,两例女性,没有ydna数据,但常染色体证据已经为阿穆尔河领域通古斯族群父系C3c标记的起源提供了有力的证据,很显然,C3c应当标记铁器时代从西伯利亚向阿穆尔河流域迁徙的古西伯利亚种系族群。而不是C3c由阿穆尔河向西伯利亚扩散。
接下来,把问题主要集中在阿穆尔下游的两大种系上,即满-通古斯人种和阿穆尔-萨哈林人种:

所谓的满-通古斯类型是指阿穆尔流域的南通古斯诸族所代表的种系,也就是上篇文献中的阿穆尔合并组,请注意这个种系即区别于北通古斯鄂温克、鄂伦春的北亚人种贝加尔类型,也区别于中国东北满洲地区的赫哲、锡伯人那种近北亚的远东类型。阿穆尔合并组表现出与北亚人种贝加尔组、远东人种赫哲-锡伯以及阿穆尔-萨哈林组的多重血统关联,但主成分与贝加尔新石器组最为类聚,这种类聚关系近于北亚人种中亚细亚组同贝加尔新石器组的类聚关系,我们上篇文献中的类聚分析可以很明显的观察到蒙古人代表的中亚细亚组介于贝加尔新石器组(较为纯粹的蒙古人种)和南西伯利亚青铜塔加尔组(高加索人种为主成分)之间,即暗示中亚细亚近代组是在贝加尔新石器组的基础上汇入了塔加尔青铜组德高加索人种成分所形成的,这与X、Y、mt、常染色体所反映出的蒙古人西欧亚血统成分相吻合。上文中援引的另一篇文献也观察到了特罗伊茨基靺鞨组与贝加尔新石器组的种系传承性。这样,我们可以很明显的推测出贝加尔新石器人群的迁徙,即向南进入蒙古草原形成青铜时代的石板墓文化人群,而他们因为受到蒙古西北昌德曼组(和阿尔泰、图瓦的对应文化类型一致)高加索人种的重要影响,表现出了与始祖族群一定的种系差别。另一路则向东迁徙到阿穆尔地域,沿途形成北亚人种的贝加尔类型(西欧亚血统略低于中亚细亚类型),以及阿穆尔的满-通古斯人种,因为后者受高加索人种的影响最小,所以表现出与贝加尔新石器组最近的亲缘关系,当然他们之间也存在种系差别,这种差别主要表现在类北极成分和类远东成分,可能与这里原著成分和南方的远东成分(古东北亚和古华北人种成分)相关。

阿穆尔-萨哈林人种为阿穆尔下游和萨哈林的尼夫赫人所代表,人类学的研究一般认为他们是阿穆尔下游新石器时代广泛分布的kondonskoy文化人群的直系后裔,阿穆尔下游地区有着非常古老而丰富的陶器文化。Kondonskoy文化后来受到朝鲜Gunsan文化的重大影响,但到了铁器时代Maritime文化所代表的类型则重新恢复到了kondonskoy文化的始祖形态。与此同时,在极北地区出现了铁器时代ekven的北极人种族群遗存(介于贝加尔新石器组和爱斯基摩近代组之间);而邻近的黑龙江和内蒙古呼伦贝尔地区则在铁器时代出现了不同程度类北极人种的平洋组和完工组(拓跋鲜卑或者匈奴遗存),或许暗示北极人种成分在铁器时代短暂的扩张。阿穆尔-萨哈林人种本身较为复杂,他们有着很多来自阿依努人种的影响。这种关联性可以从俄滨海新石器时代的Rudninskaya文化和日本绳文Memanbetsu类型陶瓷的密切关联找到依据。俄文资料比较难找带原始数据的原文献,今后慢慢积累。

这样看来,阿穆尔下游地区在新石器早期可能存在两个种系:其一千岛人种(蒙古人种和赤道人种的过渡类型),其二为北极人种,他们在新石器早期的融合形成尼夫赫人所代表阿穆尔-萨哈林人种类型。而阿依努的影响主要集中在阿穆尔河口和萨哈林地区,北极人种成分则靠近内陆一些。尼夫赫人的远祖创造了其后丰富的阿穆尔新石器文化,而阿穆尔陶器类型与贝加尔陶器类型有着明显的不同,属于两个不同的新石器文化圈。金属时代阿穆尔地区分别有来自南部古华北或/古东北人种族群的青铜文化影响,而西面则有来自贝加尔地区北亚人种的新移民,阿穆尔原著人群在吸收了铁器文化之后,可能有过一次扩张,表现在黑龙江平洋组和呼伦贝尔完工组等等的北极人种成分。

http://www.ranhaer.com/viewthread.php?tid=6567
amuer.jpg
新技术方案尝试:低覆盖全基因组,最低成本深度解析父系源流,略有成效,大家一起摸索。微博@好奇云怪 QQ群:387100816。
本帖最后由 baiyueren 于 2017-2-4 13:41 编辑

这个鬼门遗址2个样本的常染分析,似乎有助于解释以前常染分析中有关“西伯利亚成分”问题。
请看:
在K=5时,鬼门的两个样本都是以两种成分为主:浅紫色成分,从日韩的浅紫色成分最多可以看出这部分常染应属于东北亚成分;绿色成分,从西伯利亚族群绿色成分最多可以看出属于西伯利亚成分。
而到K=8时,鬼门两个样本都是以土黄色为主,从土黄色成分在现代的乌尔奇族群中最高法可以看出这部分应属于远东(阿穆尔河)成分。而且可以断定鬼门样本所属人群应该就是远东人种的直系祖先。
综上,可以认为常染上的远东成分形成基础应该是东北亚成分和西伯利亚成分。对应人种类型来说,似乎远东人种应该是古东北亚类型和古西伯利亚类型混血形成的。
而从K=8时东亚族群也有相当多的土黄色成分来看(最高的接近50%)。这很难用东亚人种有大量南下的远东人种成分来解释。所以,我认为属于“远东成分”之中的很多特征突变,很可能在他们的祖先还停留在东亚一带时即已开始出现。
这篇常染分析分解出的土黄色“远东成分”,是否就是国内检测机构WeGene测出的所谓“西伯利亚成分”?如果是的话,我认为结果已经很清楚了。

1.jpg
2017-2-3 21:37
NRY: O2a1c1a1a1a1a1a1-002611,F11,F17,F856,F1495(源自粤西云浮)
mtDNA:B4d1(源自浙北慈溪)
百越人的人类学文集 http://blog.sina.com.cn/baiyueren
上面K=5与K=7两幅图,因为有鬼门古人的aDNA,对揭示亚美大人种现代东亚人种的形成很有帮助。
首先我们可以清楚地看到,在K5时,构成我们东亚人最主要的成分是粉色,这个成分无疑是以EE为绝对主成分隔离演化出来的一种地区成分,基本可以肯定就是我们现在耳熟能详的EA成分。
     如不出意外,EA成分应该形成于两石时期东亚最主要的避难所中亚热带的湖南湖北一带。之后,随着冰盛期的结束,东亚进入全新世(东亚的中亚热带地区很明显是要比纬度偏高的欧洲提早进入全新世),避难所的人群开始四处扩散,其中北上途径比较通顺,因此北扩是主流。与此同时,东亚中亚热带最早出现原始农业的萌芽,人口提前出现增长(当然,早期的农业我认为不具有明显优势,不过随后两三千年后,农业逐渐成熟,人口优势开始逐渐体现)。综合以上两大因素,北上人群(尽管只占华中南古人群的一小部分),但是依然对北方土著游猎古人形成明显的优势,这正是鬼门古人以及东亚高纬度地区粉色成分的最初来源的最大可能性吧。

     我们同时可以看到,K5时鬼门古人还有一种次主要成分,一种在西伯利亚地区常见的绿色。这种成分很明显是与ANE密切相关的成分。当然,考虑到西伯利亚地区人口的高度流动性,而此时已经是欧亚大陆进入全新世好几千年了,所以此时西伯利亚的绿色肯定不是一种纯粹的成分(因为手机上网没看到原文,不是很肯定其中的组成,但是可以肯定ANE应该是第一主成分,而考虑到鬼门的地理位置,估计这种绿色也带有不少早期的EE成分)。

      在K5时,我们还可以看到东亚人群的第二主成分是一种深蓝色,尽管没有看到与南亚人群的对比,不过从这种成分在东南亚人群的高频可以推测,这是一种与ASE密切相关的成分。而且我们还可以在日韩人群中观察到。不过值得注意的是,在七八千年前的鬼门古人中没有发现这种成分,说明什么? 我的理解是,最早北上的新石器早期东亚EA人群基本没有ASE,后来,随着农业的发展,特别是新仙女木结束之后,东亚气温的逐步升高,南方农业人群也开始快速增长,于是华南与华中的农民人群开始大规模混合,一种由EA为主导的华中农民,与这些带着浓郁ASE血统的南方农民混合,一种新的成分开始形成,这就是SEA成分。(不过以上两幅图并没有真正体现出SEA成分,估计是财因为采用样本可能来自大陆华中南一带,他们的SEA本来就是以EA为绝对主导形成的,而本文采用的算法敏感度不够,所以无法有效区分二者成分)。
物格而后知至,知至而后意诚,意诚而后心正,心正而后身修,身修而后家齐,家齐而后国治,国治而后天下平...
本帖最后由 guwei0001 于 2017-3-25 21:35 编辑

说明鄂伦春、达斡尔等族是当地细石器猎人的后代,算是8000年土著了。

湘西苗、畲族分在东亚组,说明作者认为两者是东亚人种。

之前威廉问的畲族采样点在哪,看图应是浙江最南部。
F1.large.jpg
在K=8时,可以清晰看到现代东亚人群的一种乳黄色次主要成分,而这种成分在现今东北亚人群中非常普遍,在七八千年前的鬼门古人中达到高潮,这个非常有趣。
当然我们知道,这种成分绝不可能是由鬼门那旮瘩扩散开来的,而最大的可能,就是与新石器早期东北与临近地区的某种强势农业人群有关,目前来看,筒形罐文化比如兴隆洼文化人群或磁山文化人群都是较好的选择。
顺便说一句,这种乳黄色成分应该与现在汉族身上不菲的ANE成分密切相关(估计是EE、ANE、EA混合而成)。如此说来,中国人其实是一个典型的南北混血民族(其中包括不少少数民族同胞)
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刚才打开原文,发现之前那两个把CHG视为一种对欧洲影响深远的‘纯种成分’的‘北欧三一之光’的美女博士Eppie R. Jones与她的导师Daniel G. Bradley赫然也是团队的主创,希望这一次他们不要再闹出什么笑话来,呵呵~
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However, East Asia represents an extremely interesting region as the shift to reliance on agriculture appears to have taken a different course from that in western Eurasia. In the latter region, pottery, farming, and animal husbandry were closely associated. In contrast, Early Neolithic societies in the Russian Far East, Japan, and Korea started to manufacture and use pottery and basketry 10.5 to 15 ka, but domesticated crops and livestock arrived several millennia later (8, 9).------------------------------------------


作者团队的这一个判断,估计会让小云老师很失落~
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11# imvivi001 欧洲的农业传播主路线是两条,东亚只有一条,当然不可能一样。小永的欧洲东亚类似论开始就一点基础都没有。
常染图里的蓝色应该是农业人群初始分离后留在江南的部分,南岛人群是比较纯粹的蒙古利亚南亚人群。留在大陆的百越人群和孟高棉人群和北方接触都不少,所以都带有相当比例的北方成分。
She appears to have at least one copy of the derived mutation on the EDAR gene, encoding the Ectodysplasin A receptor (rs3827760; GP, 0.865), which gives increased odds of straight, thick hair (33), as well as shovel-shaped incisors (34). She almost certainly lacked the most common Eurasian mutation for lactose tolerance (rs4988235, LCT gene; GP > 0.999) (35) and was unlikely to have suffered from alcohol flush (rs671, ALDH2 gene; GP, 0.847) (36). Thus, at least with regard to those phenotypic traits for which the genetic basis is known, there also seems to have been some degree of phenotypic continuity in this region for the last 7.7 ky.
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这个团队还是比较认真的,对多个重要变异做了检测,证明鬼门古人的确是如假包换的东亚人(尽管在某些方面有一点接近西欧亚乃至东欧古人,估计与ANE与EE在西欧亚的传播有关)。

从鬼门古人可以看出该地区的万世一系的特性(几乎快一万年了,至今变化不大),也是很令人惊奇了~
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有一个细节挺有意思。根据之前俄国考古学家与体质人类学高手判断,鬼门2号古人是一个男性,可是基因检测却显示是一个女性。到底应该相信who? 俺宁愿相信科学,呵呵~
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14# imvivi001 那里原始部落的生产方式可能就8000年来变化不大吧。Ulchi人和hezhen人和鬼门古人的常染几乎都没变化。
常染图里的蓝色应该是农业人群初始分离后留在江南的部分,南岛人群是比较纯粹的蒙古利亚南亚人群。留在大陆的百越人群和孟高棉人群和北方接触都不少,所以都带有相当比例的北方成分。
wolfgang 发表于 2017-3-25 22:04
以台湾土著为代表的南岛人群依然是EA为第一主成分的东亚人群。而中南半岛的孟高棉人群身上ANE成分极低,但是与西南的缅甸人群差不多,近代南亚成分(不妨称之为达罗毗达成分)却很高,我认为是介乎东亚与南亚之间的族系~
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14# imvivi001 那里原始部落的生产方式可能就8000年来变化不大吧。Ulchi人和hezhen人和鬼门古人的常染几乎都没变化。
wolfgang 发表于 2017-3-25 22:28
根据原文,Ulchi人与鬼门古人非常接近(二者同属一个地区),而鄂伦春与赫哲人群有一定的差别(似乎他们的现代东亚成分多一些,可能与后期北上的原始鲜卑人的影响有关)
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17# imvivi001 southeast asia里的常染人群的具体民族图片上看不出来,实际上所有的具体民族都看不出来,不知兄台怎么看出来的?
有意思的是,原文称根据之前的一篇论文,定义亚美大人种的370a变异起源于3万年前的华中地区,我正在查看原文。如果属实,进一步侧面印证我关于湖南湖北作为早期东亚避难所的猜测~
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